Result of FASTA (omim) for
pF1KB6202
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6202, 711 aa
1>>>pF1KB6202 711 - 711 aa - 711 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6850+/-0.000793; mu= 22.3624+/- 0.050
mean_var=386.8534+/-76.860, 0's: 0 Z-trim(111.7): 2031 B-trim: 86 in 1/51
Lambda= 0.065208
statistics sampled from 18080 (20403) to 18080 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.566), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 9.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_009078 (OMIM: 601139) zinc finger protein 175 [ ( 711) 5017 488.2 4.7e-137
XP_016882738 (OMIM: 601139) PREDICTED: zinc finger ( 656) 4634 452.1 3.2e-126
XP_016884976 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2616 262.3 4.5e-69
NP_009068 (OMIM: 300498,314998) zinc finger protei ( 661) 2616 262.3 4.5e-69
XP_005272657 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2616 262.3 4.5e-69
XP_011542201 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2616 262.3 4.5e-69
XP_016884975 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2616 262.3 4.5e-69
XP_011542202 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2616 262.3 4.5e-69
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 2542 255.5 6e-67
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 2542 255.5 6e-67
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 2542 255.5 6e-67
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2542 255.5 6e-67
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2542 255.5 6e-67
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2542 255.5 6e-67
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2542 255.5 6e-67
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2518 253.2 2.9e-66
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 2514 252.8 3.7e-66
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 2514 252.8 3.7e-66
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 2514 252.8 3.7e-66
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 2514 252.8 3.7e-66
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 2514 252.8 3.7e-66
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 2514 252.8 3.7e-66
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 2514 252.9 3.8e-66
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2242 227.1 1.8e-58
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2242 227.1 1.8e-58
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2242 227.1 1.8e-58
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2242 227.1 1.8e-58
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2242 227.1 1.8e-58
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2242 227.1 1.8e-58
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 2183 221.6 8.6e-57
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 2183 221.6 8.6e-57
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2049 209.0 5.4e-53
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2049 209.0 5.4e-53
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 2049 209.0 5.4e-53
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1901 195.2 8.5e-49
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1901 195.2 8.5e-49
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1901 195.2 8.5e-49
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1901 195.2 8.6e-49
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1901 195.2 8.6e-49
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1901 195.2 8.6e-49
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1901 195.2 8.6e-49
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1901 195.2 8.6e-49
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1901 195.2 8.6e-49
>>NP_009078 (OMIM: 601139) zinc finger protein 175 [Homo (711 aa)
initn: 5017 init1: 5017 opt: 5017 Z-score: 2581.6 bits: 488.2 E(85289): 4.7e-137
Smith-Waterman score: 5017; 100.0% identity (100.0% similar) in 711 aa overlap (1-711:1-711)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPADVNLSQKPQVLGPEKQDGSCEASVSFEDVTVDFSREEWQQLDPAQRCLYRDVMLELY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MPADVNLSQKPQVLGPEKQDGSCEASVSFEDVTVDFSREEWQQLDPAQRCLYRDVMLELY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SHLFAVGYHIPNPEVIFRMLKEKEPRVEEAEVSHQRCQEREFGLEIPQKEISKKASFQKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 SHLFAVGYHIPNPEVIFRMLKEKEPRVEEAEVSHQRCQEREFGLEIPQKEISKKASFQKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MVGEFTRDGSWCSILEELRLDADRTKKDEQNQIQPMSHSAFFNKKTLNTESNCEYKDPGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MVGEFTRDGSWCSILEELRLDADRTKKDEQNQIQPMSHSAFFNKKTLNTESNCEYKDPGK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 MIRTRPHLASSQKQPQKCCLFTESLKLNLEVNGQNESNDTEQLDDVVGSGQLFSHSSSDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MIRTRPHLASSQKQPQKCCLFTESLKLNLEVNGQNESNDTEQLDDVVGSGQLFSHSSSDA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 CSKNIHTGETFCKGNQCRKVCGHKQSLKQHQIHTQKKPDGCSECGGSFTQKSHLFAQQRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 CSKNIHTGETFCKGNQCRKVCGHKQSLKQHQIHTQKKPDGCSECGGSFTQKSHLFAQQRI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 HSVGNLHECGKCGKAFMPQLKLSVYLTDHTGDIPCICKECGKVFIQRSELLTHQKTHTRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 HSVGNLHECGKCGKAFMPQLKLSVYLTDHTGDIPCICKECGKVFIQRSELLTHQKTHTRK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 KPYKCHDCGKAFFQMLSLFRHQRTHSREKLYECSECGKGFSQNSTLIIHQKIHTGERQYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 KPYKCHDCGKAFFQMLSLFRHQRTHSREKLYECSECGKGFSQNSTLIIHQKIHTGERQYA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 CSECGKAFTQKSTLSLHQRIHSGQKSYVCIECGQAFIQKAHLIVHQRSHTGEKPYQCHNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 CSECGKAFTQKSTLSLHQRIHSGQKSYVCIECGQAFIQKAHLIVHQRSHTGEKPYQCHNC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 GKSFISKSQLDIHHRIHTGEKPYECSDCGKTFTQKSHLNIHQKIHTGERHHVCSECGKAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GKSFISKSQLDIHHRIHTGEKPYECSDCGKTFTQKSHLNIHQKIHTGERHHVCSECGKAF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 NQKSILSMHQRIHTGEKPYKCSECGKAFTSKSQFKEHQRIHTGEKPYVCTECGKAFNGRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NQKSILSMHQRIHTGEKPYKCSECGKAFTSKSQFKEHQRIHTGEKPYVCTECGKAFNGRS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 NFHKHQITHTRERPFVCYKCGKAFVQKSELITHQRTHMGEKPYECLDCGKSFSKKPQLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NFHKHQITHTRERPFVCYKCGKAFVQKSELITHQRTHMGEKPYECLDCGKSFSKKPQLKV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KB6 HQRIHTGERPYVCSECGKAFNNRSNFNKHQTTHTRDKSYKCSYSVKGFTKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 HQRIHTGERPYVCSECGKAFNNRSNFNKHQTTHTRDKSYKCSYSVKGFTKQ
670 680 690 700 710
>>XP_016882738 (OMIM: 601139) PREDICTED: zinc finger pro (656 aa)
initn: 4634 init1: 4634 opt: 4634 Z-score: 2387.1 bits: 452.1 E(85289): 3.2e-126
Smith-Waterman score: 4634; 100.0% identity (100.0% similar) in 656 aa overlap (56-711:1-656)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 SVSFEDVTVDFSREEWQQLDPAQRCLYRDVMLELYSHLFAVGYHIPNPEVIFRMLKEKEP
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLELYSHLFAVGYHIPNPEVIFRMLKEKEP
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 RVEEAEVSHQRCQEREFGLEIPQKEISKKASFQKDMVGEFTRDGSWCSILEELRLDADRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RVEEAEVSHQRCQEREFGLEIPQKEISKKASFQKDMVGEFTRDGSWCSILEELRLDADRT
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 KKDEQNQIQPMSHSAFFNKKTLNTESNCEYKDPGKMIRTRPHLASSQKQPQKCCLFTESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KKDEQNQIQPMSHSAFFNKKTLNTESNCEYKDPGKMIRTRPHLASSQKQPQKCCLFTESL
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 KLNLEVNGQNESNDTEQLDDVVGSGQLFSHSSSDACSKNIHTGETFCKGNQCRKVCGHKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KLNLEVNGQNESNDTEQLDDVVGSGQLFSHSSSDACSKNIHTGETFCKGNQCRKVCGHKQ
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 SLKQHQIHTQKKPDGCSECGGSFTQKSHLFAQQRIHSVGNLHECGKCGKAFMPQLKLSVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLKQHQIHTQKKPDGCSECGGSFTQKSHLFAQQRIHSVGNLHECGKCGKAFMPQLKLSVY
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 LTDHTGDIPCICKECGKVFIQRSELLTHQKTHTRKKPYKCHDCGKAFFQMLSLFRHQRTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LTDHTGDIPCICKECGKVFIQRSELLTHQKTHTRKKPYKCHDCGKAFFQMLSLFRHQRTH
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 SREKLYECSECGKGFSQNSTLIIHQKIHTGERQYACSECGKAFTQKSTLSLHQRIHSGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SREKLYECSECGKGFSQNSTLIIHQKIHTGERQYACSECGKAFTQKSTLSLHQRIHSGQK
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 SYVCIECGQAFIQKAHLIVHQRSHTGEKPYQCHNCGKSFISKSQLDIHHRIHTGEKPYEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SYVCIECGQAFIQKAHLIVHQRSHTGEKPYQCHNCGKSFISKSQLDIHHRIHTGEKPYEC
400 410 420 430 440 450
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 SDCGKTFTQKSHLNIHQKIHTGERHHVCSECGKAFNQKSILSMHQRIHTGEKPYKCSECG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDCGKTFTQKSHLNIHQKIHTGERHHVCSECGKAFNQKSILSMHQRIHTGEKPYKCSECG
460 470 480 490 500 510
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 KAFTSKSQFKEHQRIHTGEKPYVCTECGKAFNGRSNFHKHQITHTRERPFVCYKCGKAFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KAFTSKSQFKEHQRIHTGEKPYVCTECGKAFNGRSNFHKHQITHTRERPFVCYKCGKAFV
520 530 540 550 560 570
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 QKSELITHQRTHMGEKPYECLDCGKSFSKKPQLKVHQRIHTGERPYVCSECGKAFNNRSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QKSELITHQRTHMGEKPYECLDCGKSFSKKPQLKVHQRIHTGERPYVCSECGKAFNNRSN
580 590 600 610 620 630
690 700 710
pF1KB6 FNKHQTTHTRDKSYKCSYSVKGFTKQ
::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FNKHQTTHTRDKSYKCSYSVKGFTKQ
640 650
>>XP_016884976 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc fin (661 aa)
initn: 3191 init1: 1778 opt: 2616 Z-score: 1361.1 bits: 262.3 E(85289): 4.5e-69
Smith-Waterman score: 2616; 55.5% identity (80.2% similar) in 667 aa overlap (1-666:1-661)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPADVNLSQKPQVLGPEKQDGSCEASVSFEDVTVDFSREEWQQLDPAQRCLYRDVMLELY
:::. . :: : .. ..::.:::::::::::::::::::: .:: ::.::::: :
XP_016 MPANED---APQ---PGEHGSACEVSVSFEDVTVDFSREEWQQLDSTQRRLYQDVMLENY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SHLFAVGYHIPNPEVIFRMLKEKEPRVEEAEVSHQRCQEREFGLEIPQKEISKKASFQKD
:::..::...:.:::::.. . . : . :.:. :: :.. .::.. :..:: :..:...
XP_016 SHLLSVGFEVPKPEVIFKLEQGEGPWTLEGEAPHQSCSDGKFGIKPSQRRISGKSTFHSE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MVGEFTRDGSWCSILEELRLDADRTKKDEQNQIQPMSHSAFFNKKTLNTESNCEYKDPGK
: :: ::: : :::::: ::.. :. .... . .:...:.::: :::: . :::: ::
XP_016 MEGEDTRDDSLYSILEELWQDAEQIKRCQEKHNKLLSRTTFLNKKILNTEWDYEYKDFGK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 MIRTRPHLASSQKQPQKCCLFTESLKLNLEVNGQNESNDTEQLDDVVGSGQLFSHSSSDA
... :.: :::.:.: : .:.: ::... .:.:: ...:: ..: ::.:...:: .
XP_016 FVHPSPNLILSQKRPHKRDSFGKSFKHNLDLHIHNKSNAAKNLDKTIGHGQVFTQNSSYS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB6 CSKNIHTGETFCKGNQCRKVCGHKQSLKQH-QIHTQKKPDGCSECGGSFTQKSHLFAQQR
.: ::: ::. ::: :: . :.::.:. .. .: . :.: : :::.::.:: :.
XP_016 HHENTHTGVKFCERNQCGKVLSLKHSLSQNVKFPIGEKANTCTEFGKIFTQRSHFFAPQK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 IHSVGNLHECGKCGKAFMPQLKLSVYLTDHTGDIPCICKECGKVFIQRSELLTHQKTHTR
::.: . :: .:: ..: . ::.:: : . :: .:::.::: :::. :.:::::
XP_016 IHTVEKPHELSKCVNVFTQKPLLSIYLRVHRDEKLYICTKCGKAFIQNSELIMHEKTHTR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 KKPYKCHDCGKAFFQMLSLFRHQRTHSREKLYECSECGKGFSQNSTLIIHQKIHTGERQY
.:::::..:::.:::. ::.::: ::. :::.:::::::::: ::.: ::::::::::..
XP_016 EKPYKCNECGKSFFQVSSLLRHQTTHTGEKLFECSECGKGFSLNSALNIHQKIHTGERHH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 ACSECGKAFTQKSTLSLHQRIHSGQKSYVCIECGQAFIQKAHLIVHQRSHTGEKPYQCHN
:::::::::::::: .:::::.:..::.: .::::::::::::.::: :::::::.: .
XP_016 KCSECGKAFTQKSTLRMHQRIHTGERSYICTQCGQAFIQKAHLIAHQRIHTGEKPYECSD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 CGKSFISKSQLDIHHRIHTGEKPYECSDCGKTFTQKSHLNIHQKIHTGERHHVCSECGKA
::::: :::::..:.::::::::: :..:::.::..:.:: ::: ::::. ..:.:::::
XP_016 CGKSFPSKSQLQMHKRIHTGEKPYICTECGKAFTNRSNLNTHQKSHTGEKSYICAECGKA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]