FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6205, 664 aa 1>>>pF1KB6205 664 - 664 aa - 664 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7821+/-0.00117; mu= 17.8664+/- 0.070 mean_var=88.8046+/-17.294, 0's: 0 Z-trim(102.1): 58 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.136099 statistics sampled from 6788 (6815) to 6788 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16 Scan time: 2.980 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9101.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 664) 4263 848.0 0 CCDS58276.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 670) 4241 843.7 0 CCDS58275.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 621) 3998 795.9 0 CCDS2882.1 APPL1 gene_id:26060|Hs108|chr3 ( 709) 2177 438.4 1.6e-122 CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 ( 834) 396 88.8 3.4e-17 CCDS33924.1 ACAP2 gene_id:23527|Hs108|chr3 ( 778) 359 81.5 4.9e-15 CCDS34075.1 ARHGAP10 gene_id:79658|Hs108|chr4 ( 786) 302 70.3 1.2e-11 >>CCDS9101.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (664 aa) initn: 4263 init1: 4263 opt: 4263 Z-score: 4527.1 bits: 848.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4263; 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CCDS28 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR :: : :::: : :: ::.::.: ::. ::::.:::. :. :. ::::.:..:: ::. CCDS28 TSKLLKEYEKQRFPLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 EKDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSL :.:: :. :::..: .:::.:: .. .:::: ::.::.::: :: ..: ..:.::: . . CCDS28 ERDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMM 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 QYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVE .:.::::.:::.:..:..::..:. ..::.::: :.: ...... ::.... ::... : CCDS28 HYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRRE 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 LEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWER .... : :. . ..: ... .:.:: : . .:::: .:::::: :::::::..::.: CCDS28 MDSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 LYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAES ..:::::::: : :: ::::: .:.::::::::::::::::::::. .::.. :::::: CCDS28 QFYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAES 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 RKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS--QNL .:..:::::.:::::.::::..::: .: ..::.::.:::: :: ...:: :. :. CCDS28 KKDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSR 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB6 KNSEMENENDKIVPKAT--ASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQ-------NRGS . . . .. ..: :.: . :.:: :::::::. :. : :: ..:. CCDS28 PPTARTSSSGSLGSESTNLAALS-LDSLVAPDTPIQFDIISPVCE--DQPGQAKAFGQGG 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB6 RRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHN ::::::::. . :.:::.:.:.::::::::: ::.:. .:.::.:::.:::::::: CCDS28 RRTNPFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHN 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB6 IFRMTESHLMVTSQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGE :::::::::.:: . :.::::::::.: .: : :. .:.::::::: :::.:. . .: CCDS28 IFRMTESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSE 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KB6 ESLST--YIFESNSEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQ .::. ::::::.:::::: ...:.:.: CCDS28 SNLSSVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQ 600 610 620 630 640 650 >>CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 (834 aa) initn: 172 init1: 78 opt: 396 Z-score: 422.2 bits: 88.8 E(32554): 3.4e-17 Smith-Waterman score: 396; 24.2% identity (59.6% similar) in 421 aa overlap (9-417:5-405) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ .:: ..:::. :. .. : :. . ..:. .. ... : : . CCDS19 MTVEFEECVKDSPRFRATIDEVETDVVEIEAKLDKLV----KLCSGMVEAGKAYVS 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFRE :. ... .. .:: . :. :. ..:. : : : .. . .: . CCDS19 TSRLFVSGVRDLSQQCQGDTVISECLQRFADSLQEVVNYHMILFDQAQRSVRQQLQSFVK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 KDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSLQ .:. . . : : . .. .::... .. :... .: :. .: . . . .::. :. CCDS19 EDVRKFKETKKQFDKVREDLELSLVRNAQAPRHRPHE-VEEATGALTLTRKCFRHLA-LD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 YYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVEL : .:.:: .:.. ... :..: :.: .::..: .. ...: .....: .... .. CCDS19 YVLQINVLQAKKKFEILDSMLSFMHAQSSFFQQGYSLL-HQLDPYMKKLAAELDQLVIDS 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 pF1KB6 EAEAEKMR-----VSQQELL---SVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGL .: ..:. ..:. :: : ::: . :: ::. ..... ::: : .... CCDS19 AVEKREMERKHAAIQQRTLLQDFSYDES--KVEFDVDAPS---GVVME-GYLFKRASNAF 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 pF1KB6 VTTTWERLYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLI-QDLDNCSVMAVDCED--RRYCFQITTPNG ::.: .: :...:. : . : .. .:: ::: ::: ::.::.. .:. CCDS19 --KTWNRRWFSIQNSQLVYQKKLKDALTVVVDDLRLCSVKP--CEDIERRFCFEVLSPT- 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KB6 KSGIILQAESRKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAV-AIKLNQTALQAVTPITSFGKKQ :: .:::.:.: . :. :.. . : ..:.. . .:..:: ... : : . CCDS19 KS-CMLQADSEKLRQAWVQAVQASIASAY-RESPDSCYSERLDRTASPSTSSIDSATDTR 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KB6 ESSCPSQNLKNSEMENENDKIVPKATASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQNRGS : . .... CCDS19 ERGVKGESVLQRVQSVAGNSQCGDCGQPDPRWASINLGVLLCIECSGIHRSLGVHCSKVR 400 410 420 430 440 450 >>CCDS33924.1 ACAP2 gene_id:23527|Hs108|chr3 (778 aa) initn: 168 init1: 75 opt: 359 Z-score: 383.3 bits: 81.5 E(32554): 4.9e-15 Smith-Waterman score: 408; 25.3% identity (60.1% similar) in 411 aa overlap (9-409:7-393) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ .:: :.:::. :. : : :.. : ..:.. . . . .:.:..: CCDS33 MKMTVDFEECLKDSPRFRAALEEVEGDVAELELKLDKLVKLCIAMIDTGKAFCVANKQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIST-LHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR . . . ...: .... :. : : :: ..:. .:: : : .. . .: CCDS33 FMNGI-----RDLAQYSSNDAVVETSLTKFSDSLQEMINFHTILFDQTQRSIKAQLQNFV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 EKDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRK--QHLS ..:: . . : : .:.:.. ...: ... ..:..: .: . .. .: :: .:.. 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CCDS34 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEE--VISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQF ....: .. . .. . :.: . ..:. ::. . .:. . .: ....:.. :. .: CCDS34 FAHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKF 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 REKDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSS :...: :. : : .... . :. : ::.. ... :. .: :.. . : CCDS34 RKEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQ-EADIQVEQNRQHFYELS 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 LQYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQV :.: : :. .: ::.. ..:::..: .:...:...: :. .: .. . . .:. . 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