FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6205, 664 aa
1>>>pF1KB6205 664 - 664 aa - 664 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7821+/-0.00117; mu= 17.8664+/- 0.070
mean_var=88.8046+/-17.294, 0's: 0 Z-trim(102.1): 58 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.136099
statistics sampled from 6788 (6815) to 6788 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 2.980
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS58275.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 621) 3998 795.9 0
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CCDS33924.1 ACAP2 gene_id:23527|Hs108|chr3 ( 778) 359 81.5 4.9e-15
CCDS34075.1 ARHGAP10 gene_id:79658|Hs108|chr4 ( 786) 302 70.3 1.2e-11
>>CCDS9101.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (664 aa)
initn: 4263 init1: 4263 opt: 4263 Z-score: 4527.1 bits: 848.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4263; 100.0% identity (100.0% similar) in 664 aa overlap (1-664:1-664)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFRE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 KDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 YYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVEL
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 EAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWERL
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 YFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAESR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 KENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPSQNLKNS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 EMENENDKIVPKATASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQNRGSRRTNPFGETEDE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTESHLMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 SFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTESHLMVT
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550 560 570 580 590 600
pF1KB6 SQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLSTYIFESNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 SQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLSTYIFESNS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 EGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNPNEHRGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS91 EGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNPNEHRGA
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 ESEA
::::
CCDS91 ESEA
>>CCDS58276.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (670 aa)
initn: 4251 init1: 3403 opt: 4241 Z-score: 4503.7 bits: 843.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4241; 99.1% identity (99.1% similar) in 670 aa overlap (1-664:1-670)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFRE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 KDLTEVSTLKDLFGLASN------EHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQ
:::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KDLTEVSTLKDLFGLASNDVCLFLEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HLSSLQYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HLSSLQYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SIQVELEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SIQVELEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 TTWERLYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TTWERLYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGII
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 LQAESRKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LQAESRKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 QNLKNSEMENENDKIVPKATASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQNRGSRRTNPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QNLKNSEMENENDKIVPKATASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQNRGSRRTNPF
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 GETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTE
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 SHLMVTSQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLSTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SHLMVTSQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLSTY
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 IFESNSEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IFESNSEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNP
610 620 630 640 650 660
660
pF1KB6 NEHRGAESEA
::::::::::
CCDS58 NEHRGAESEA
670
>>CCDS58275.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (621 aa)
initn: 3998 init1: 3998 opt: 3998 Z-score: 4246.3 bits: 795.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3998; 100.0% identity (100.0% similar) in 621 aa overlap (44-664:1-621)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 QDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQLSKQLLAYEKQNF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MQRVYGAQNEMCLATQQLSKQLLAYEKQNF
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 ALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFREKDLTEVSTLKDLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFREKDLTEVSTLKDLF
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 GLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSLQYYCALNALQYRKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSLQYYCALNALQYRKQ
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 MAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVELEAEAEKMRVSQQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVELEAEAEKMRVSQQE
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWERLYFFTQGGNLMCQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWERLYFFTQGGNLMCQP
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 RGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAESRKENEEWICAINNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAESRKENEEWICAINNI
280 290 300 310 320 330
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pF1KB6 SRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPSQNLKNSEMENENDKIVPKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPSQNLKNSEMENENDKIVPKA
340 350 360 370 380 390
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pF1KB6 TASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQNRGSRRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQNRGSRRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQM
400 410 420 430 440 450
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pF1KB6 FIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTESHLMVTSQSLRLIDPQTQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTESHLMVTSQSLRLIDPQTQV
460 470 480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 SRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLSTYIFESNSEGEKICYAINLGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLSTYIFESNSEGEKICYAINLGK
520 530 540 550 560 570
620 630 640 650 660
pF1KB6 EIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNPNEHRGAESEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNPNEHRGAESEA
580 590 600 610 620
>>CCDS2882.1 APPL1 gene_id:26060|Hs108|chr3 (709 aa)
initn: 2176 init1: 1606 opt: 2177 Z-score: 2313.1 bits: 438.4 E(32554): 1.6e-122
Smith-Waterman score: 2262; 55.0% identity (80.8% similar) in 629 aa overlap (1-615:1-625)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
::..::: .::.:.:::::::::.:::::: ....: ::: :::.:.: ::::. ::.
CCDS28 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR
:: : :::: : :: ::.::.: ::. ::::.:::. :. :. ::::.:..:: ::.
CCDS28 TSKLLKEYEKQRFPLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFK
70 80 90 100 110
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pF1KB6 EKDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSL
:.:: :. :::..: .:::.:: .. .:::: ::.::.::: :: ..: ..:.::: . .
CCDS28 ERDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMM
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVE
.:.::::.:::.:..:..::..:. ..::.::: :.: ...... ::.... ::... :
CCDS28 HYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRRE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWER
.... : :. . ..: ... .:.:: : . .:::: .:::::: :::::::..::.:
CCDS28 MDSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 LYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAES
..:::::::: : :: ::::: .:.::::::::::::::::::::. .::.. ::::::
CCDS28 QFYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 RKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS--QNL
.:..:::::.:::::.::::..::: .: ..::.::.:::: :: ...:: :. :.
CCDS28 KKDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB6 KNSEMENENDKIVPKAT--ASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQ-------NRGS
. . . .. ..: :.: . :.:: :::::::. :. : :: ..:.
CCDS28 PPTARTSSSGSLGSESTNLAALS-LDSLVAPDTPIQFDIISPVCE--DQPGQAKAFGQGG
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 RRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHN
::::::::. . :.:::.:.:.::::::::: ::.:. .:.::.:::.::::::::
CCDS28 RRTNPFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHN
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 IFRMTESHLMVTSQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGE
:::::::::.:: . :.::::::::.: .: : :. .:.::::::: :::.:. . .:
CCDS28 IFRMTESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSE
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 ESLST--YIFESNSEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQ
.::. ::::::.:::::: ...:.:.:
CCDS28 SNLSSVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQ
600 610 620 630 640 650
>>CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 (834 aa)
initn: 172 init1: 78 opt: 396 Z-score: 422.2 bits: 88.8 E(32554): 3.4e-17
Smith-Waterman score: 396; 24.2% identity (59.6% similar) in 421 aa overlap (9-417:5-405)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
.:: ..:::. :. .. : :. . ..:. .. ... : : .
CCDS19 MTVEFEECVKDSPRFRATIDEVETDVVEIEAKLDKLV----KLCSGMVEAGKAYVS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVISTLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFRE
:. ... .. .:: . :. :. ..:. : : : .. . .: .
CCDS19 TSRLFVSGVRDLSQQCQGDTVISECLQRFADSLQEVVNYHMILFDQAQRSVRQQLQSFVK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSLQ
.:. . . : : . .. .::... .. :... .: :. .: . . . .::. :.
CCDS19 EDVRKFKETKKQFDKVREDLELSLVRNAQAPRHRPHE-VEEATGALTLTRKCFRHLA-LD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVEL
: .:.:: .:.. ... :..: :.: .::..: .. ...: .....: .... ..
CCDS19 YVLQINVLQAKKKFEILDSMLSFMHAQSSFFQQGYSLL-HQLDPYMKKLAAELDQLVIDS
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB6 EAEAEKMR-----VSQQELL---SVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGL
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CCDS19 AVEKREMERKHAAIQQRTLLQDFSYDES--KVEFDVDAPS---GVVME-GYLFKRASNAF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]