Result of FASTA (omim) for
pF1KB6208
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6208, 720 aa
1>>>pF1KB6208 720 - 720 aa - 720 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3372+/-0.000426; mu= 3.9333+/- 0.027
mean_var=367.6650+/-76.312, 0's: 0 Z-trim(122.6): 1811 B-trim: 286 in 2/55
Lambda= 0.066888
statistics sampled from 38877 (41073) to 38877 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.482), width: 16
Scan time: 14.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_079017 (OMIM: 616454,616468,616469) zinc finger ( 720) 5108 507.5 7.6e-143
NP_001171680 (OMIM: 616454,616468,616469) zinc fin ( 712) 5009 497.9 5.6e-140
NP_001288204 (OMIM: 603404) zinc finger protein 16 ( 412) 936 104.6 8.3e-22
XP_016869855 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 412) 936 104.6 8.3e-22
XP_016869854 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 412) 936 104.6 8.3e-22
XP_016869853 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 590) 939 105.1 8.5e-22
XP_016869852 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 591) 939 105.1 8.5e-22
NP_919301 (OMIM: 603404) zinc finger protein 169 i ( 603) 939 105.1 8.6e-22
NP_003439 (OMIM: 603404) zinc finger protein 169 i ( 604) 939 105.1 8.6e-22
XP_016869851 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 604) 939 105.1 8.6e-22
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 910 102.3 6.1e-21
NP_068735 (OMIM: 194544) zinc finger protein 70 [H ( 446) 906 101.7 6.5e-21
XP_016881832 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 891 100.3 1.7e-20
XP_016881831 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 891 100.3 1.7e-20
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 889 100.0 1.8e-20
XP_016881830 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 499) 891 100.3 1.9e-20
NP_689690 (OMIM: 614275) zinc finger protein 565 [ ( 499) 891 100.3 1.9e-20
NP_001035939 (OMIM: 614275) zinc finger protein 56 ( 499) 891 100.3 1.9e-20
XP_011524814 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 499) 891 100.3 1.9e-20
XP_011524816 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 499) 891 100.3 1.9e-20
XP_016882732 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger ( 474) 890 100.2 2e-20
XP_005259469 (OMIM: 604749) PREDICTED: zinc finger ( 734) 894 100.8 2e-20
NP_004225 (OMIM: 604749) zinc finger protein 235 [ ( 738) 894 100.8 2e-20
XP_011526571 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger ( 508) 890 100.3 2.1e-20
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 889 100.1 2.1e-20
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 889 100.1 2.1e-20
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 889 100.1 2.1e-20
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 889 100.1 2.1e-20
NP_003428 (OMIM: 604078) zinc finger protein 136 [ ( 540) 890 100.3 2.1e-20
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 889 100.2 2.2e-20
NP_001318063 (OMIM: 606954) zinc finger protein 25 ( 423) 881 99.3 3.4e-20
NP_001318062 (OMIM: 606954) zinc finger protein 25 ( 435) 881 99.3 3.4e-20
NP_066385 (OMIM: 606954) zinc finger protein 253 i ( 499) 881 99.4 3.7e-20
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 885 100.0 3.8e-20
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 885 100.0 3.8e-20
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 885 100.0 3.8e-20
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 885 100.0 3.9e-20
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 885 100.0 3.9e-20
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 885 100.0 3.9e-20
>>NP_079017 (OMIM: 616454,616468,616469) zinc finger pro (720 aa)
initn: 5108 init1: 5108 opt: 5108 Z-score: 2685.5 bits: 507.5 E(85289): 7.6e-143
Smith-Waterman score: 5108; 100.0% identity (100.0% similar) in 720 aa overlap (1-720:1-720)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEEAEELLLEGKKALQLAREPRLGLDLGWNPSGEGCTQGLKDVPPEPTRDILALKSLPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 MEEAEELLLEGKKALQLAREPRLGLDLGWNPSGEGCTQGLKDVPPEPTRDILALKSLPRG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LALGPSLAKEQRLGVWCVGDPLQPGLLWGPLEEESASKEKGEGVKPRQEENLSLGPWGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 LALGPSLAKEQRLGVWCVGDPLQPGLLWGPLEEESASKEKGEGVKPRQEENLSLGPWGDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CACEQSSGWTSLVQRGRLESEGNVAPVRISERLHLQVYQLVLPGSELLLWPQPSSEGPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 CACEQSSGWTSLVQRGRLESEGNVAPVRISERLHLQVYQLVLPGSELLLWPQPSSEGPSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TQPGLDKEAAVAVVTEVESAVQQEVASPGEDAAEPCIDPGSQSPSGIQAENMVSPGLKFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 TQPGLDKEAAVAVVTEVESAVQQEVASPGEDAAEPCIDPGSQSPSGIQAENMVSPGLKFP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TQDRISKDSQPLGPLLQDGDVDEECPAQAQMPPELQSNSATQQDPDGSGASFSSSARGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 TQDRISKDSQPLGPLLQDGDVDEECPAQAQMPPELQSNSATQQDPDGSGASFSSSARGTQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PHGYLAKKLHSPSDQCPPRAKTPEPGAQQSGFPTLSRSPPGPAGSSPKQGRRYRCGECGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 PHGYLAKKLHSPSDQCPPRAKTPEPGAQQSGFPTLSRSPPGPAGSSPKQGRRYRCGECGK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AFLQLCHLKKHAFVHTGHKPFLCTECGKSYSSEESFKAHMLGHRGVRPFPCPQCDKAYGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 AFLQLCHLKKHAFVHTGHKPFLCTECGKSYSSEESFKAHMLGHRGVRPFPCPQCDKAYGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QRDLKEHQVVHSGARPFACDQCGKAFARRPSLRLHRKTHQVPAAPAPCPCPVCGRPLANQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 QRDLKEHQVVHSGARPFACDQCGKAFARRPSLRLHRKTHQVPAAPAPCPCPVCGRPLANQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 GSLRNHMRLHTGEKPFLCPHCGRAFRQRGNLRGHLRLHTGERPYRCPHCADAFPQLPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 GSLRNHMRLHTGEKPFLCPHCGRAFRQRGNLRGHLRLHTGERPYRCPHCADAFPQLPELR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RHLISHTGEAHLCPVCGKALRDPHTLRAHERLHSGERPFPCPQCGRAYTLATKLRRHLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 RHLISHTGEAHLCPVCGKALRDPHTLRAHERLHSGERPFPCPQCGRAYTLATKLRRHLKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 HLEDKPYRCPTCGMGYTLPQSLRRHQLSHRPEAPCSPPSVPSAASEPTVVLLQAEPQLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 HLEDKPYRCPTCGMGYTLPQSLRRHQLSHRPEAPCSPPSVPSAASEPTVVLLQAEPQLLD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 THREEEVSPARDVVEVTISESQEKCFVVPEEPDAAPSLVLIHKDMGLGAWAEVVEVEMGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 THREEEVSPARDVVEVTISESQEKCFVVPEEPDAAPSLVLIHKDMGLGAWAEVVEVEMGT
670 680 690 700 710 720
>>NP_001171680 (OMIM: 616454,616468,616469) zinc finger (712 aa)
initn: 5009 init1: 5009 opt: 5009 Z-score: 2634.0 bits: 497.9 E(85289): 5.6e-140
Smith-Waterman score: 5009; 100.0% identity (100.0% similar) in 703 aa overlap (18-720:10-712)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEEAEELLLEGKKALQLAREPRLGLDLGWNPSGEGCTQGLKDVPPEPTRDILALKSLPRG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSATLNLGPAREPRLGLDLGWNPSGEGCTQGLKDVPPEPTRDILALKSLPRG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LALGPSLAKEQRLGVWCVGDPLQPGLLWGPLEEESASKEKGEGVKPRQEENLSLGPWGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LALGPSLAKEQRLGVWCVGDPLQPGLLWGPLEEESASKEKGEGVKPRQEENLSLGPWGDV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CACEQSSGWTSLVQRGRLESEGNVAPVRISERLHLQVYQLVLPGSELLLWPQPSSEGPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CACEQSSGWTSLVQRGRLESEGNVAPVRISERLHLQVYQLVLPGSELLLWPQPSSEGPSL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TQPGLDKEAAVAVVTEVESAVQQEVASPGEDAAEPCIDPGSQSPSGIQAENMVSPGLKFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TQPGLDKEAAVAVVTEVESAVQQEVASPGEDAAEPCIDPGSQSPSGIQAENMVSPGLKFP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TQDRISKDSQPLGPLLQDGDVDEECPAQAQMPPELQSNSATQQDPDGSGASFSSSARGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TQDRISKDSQPLGPLLQDGDVDEECPAQAQMPPELQSNSATQQDPDGSGASFSSSARGTQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PHGYLAKKLHSPSDQCPPRAKTPEPGAQQSGFPTLSRSPPGPAGSSPKQGRRYRCGECGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PHGYLAKKLHSPSDQCPPRAKTPEPGAQQSGFPTLSRSPPGPAGSSPKQGRRYRCGECGK
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AFLQLCHLKKHAFVHTGHKPFLCTECGKSYSSEESFKAHMLGHRGVRPFPCPQCDKAYGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AFLQLCHLKKHAFVHTGHKPFLCTECGKSYSSEESFKAHMLGHRGVRPFPCPQCDKAYGT
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QRDLKEHQVVHSGARPFACDQCGKAFARRPSLRLHRKTHQVPAAPAPCPCPVCGRPLANQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRDLKEHQVVHSGARPFACDQCGKAFARRPSLRLHRKTHQVPAAPAPCPCPVCGRPLANQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 GSLRNHMRLHTGEKPFLCPHCGRAFRQRGNLRGHLRLHTGERPYRCPHCADAFPQLPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GSLRNHMRLHTGEKPFLCPHCGRAFRQRGNLRGHLRLHTGERPYRCPHCADAFPQLPELR
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RHLISHTGEAHLCPVCGKALRDPHTLRAHERLHSGERPFPCPQCGRAYTLATKLRRHLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RHLISHTGEAHLCPVCGKALRDPHTLRAHERLHSGERPFPCPQCGRAYTLATKLRRHLKS
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 HLEDKPYRCPTCGMGYTLPQSLRRHQLSHRPEAPCSPPSVPSAASEPTVVLLQAEPQLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLEDKPYRCPTCGMGYTLPQSLRRHQLSHRPEAPCSPPSVPSAASEPTVVLLQAEPQLLD
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 THREEEVSPARDVVEVTISESQEKCFVVPEEPDAAPSLVLIHKDMGLGAWAEVVEVEMGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 THREEEVSPARDVVEVTISESQEKCFVVPEEPDAAPSLVLIHKDMGLGAWAEVVEVEMGT
660 670 680 690 700 710
>>NP_001288204 (OMIM: 603404) zinc finger protein 169 is (412 aa)
initn: 1209 init1: 370 opt: 936 Z-score: 512.5 bits: 104.6 E(85289): 8.3e-22
Smith-Waterman score: 936; 41.1% identity (64.5% similar) in 321 aa overlap (313-632:6-320)
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 QDPDGSGASFSSSARGTQPHGYLAKKLHSPSDQCPPRAKTPEPGAQQSGFPTLSRSPPGP
:: : : : :: : :. : .
NP_001 MSLGGSDTMLKGADTSESGAVIRGNYRLGLSKKSS
10 20 30
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 AGSSPKQGRRYRCGECGKAFLQLCHLKKHAFVHTGHKPFLCTECGKSYSSEESFKAHMLG
: :. . : :::..: : : :: .:::.::.:: :::. .:.. :.. :.
NP_001 LFSHQKH---HVCPECGRGFCQRSDLIKHQRTHTGEKPYLCPECGRRFSQKASLSIHQRK
40 50 60 70 80 90
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 HRGVRPFPCPQCDKAYGTQRDLKEHQVVHSGARPFACDQCGKAFARRPSLRLHRKTHQVP
: : .:. : .: . . .: .:. .::: :::.:..::..: .. .: ::..::
NP_001 HSGEKPYVCRECGRHFRYTSSLTNHKRIHSGERPFVCQECGRGFRQKIALLLHQRTH---
100 110 120 130 140
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 AAPAPCPCPVCGRPLANQGSLRNHMRLHTGEKPFLCPHCGRAFRQRGNLRGHLRLHTGER
: :: ::: . ...:: .:. ::::.:::: .:::.:::.. : .: :.::.
NP_001 LEEKPFVCPECGRGFCQKASLLQHQSSHTGERPFLCLECGRSFRQQSLLLSHQVTHSGEK
150 160 170 180 190 200
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 PYRCPHCADAFPQLPELRRHLISHTGEA-HLCPVCGKALRDPHTLRAHERLHSGERPFPC
:: : .:. .: : : :: .:::: .::: ::... . :: .:.: :.::.:. :
NP_001 PYVCAECGHSFRQKVTLIRHQRTHTGEKPYLCPQCGRGFSQKVTLIGHQRTHTGEKPYLC
210 220 230 240 250 260
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 PQCGRAYTLATKLRRHLKSHLEDKPYRCPTCGMGYTLPQSLRRHQLSHRPEAPCSPPSVP
:.:::.. . : :: ..: .::: :: :: .. . . : ::: .: :
NP_001 PDCGRGFGQKVTLIRHQRTHTGEKPYLCPKCGRAFGFKSLLTRHQRTHSEEELYVDRVCG
270 280 290 300 310 320
650 660 670 680 690 700
pF1KB6 SAASEPTVVLLQAEPQLLDTHREEEVSPARDVVEVTISESQEKCFVVPEEPDAAPSLVLI
NP_001 QGLGQKSHLISDQRTHSGEKPCICDECGRGFGFKSALIRHQRTHSGEKPYVCRECGRGFS
330 340 350 360 370 380
>>XP_016869855 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger pro (412 aa)
initn: 1209 init1: 370 opt: 936 Z-score: 512.5 bits: 104.6 E(85289): 8.3e-22
Smith-Waterman score: 936; 41.1% identity (64.5% similar) in 321 aa overlap (313-632:6-320)
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 QDPDGSGASFSSSARGTQPHGYLAKKLHSPSDQCPPRAKTPEPGAQQSGFPTLSRSPPGP
:: : : : :: : :. : .
XP_016 MSLGGSDTMLKGADTSESGAVIRGNYRLGLSKKSS
10 20 30
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 AGSSPKQGRRYRCGECGKAFLQLCHLKKHAFVHTGHKPFLCTECGKSYSSEESFKAHMLG
: :. . : :::..: : : :: .:::.::.:: :::. .:.. :.. :.
XP_016 LFSHQKH---HVCPECGRGFCQRSDLIKHQRTHTGEKPYLCPECGRRFSQKASLSIHQRK
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XP_016 SRISRTFFSPHQGDPVEWVEGNREGGTDLRLAQRMSLGGSDTMLKGADTSESGAVIRGNY
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XP_016 ASLSIHQRKHSGEKPYVCRECGRHFRYTSSLTNHKRIHSGERPFVCQECGRGFRQKIALL
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XP_016 LHQRTH---LEEKPFVCPECGRGFCQKASLLQHQSSHTGERPFLCLECGRSFRQQSLLLS
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XP_016 HTGEKPYLCPDCGRGFGQKVTLIRHQRTHTGEKPYLCPKCGRAFGFKSLLTRHQRTHSEE
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720 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]