Result of FASTA (omim) for
pF1KB6223
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6223, 670 aa
1>>>pF1KB6223 670 - 670 aa - 670 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5167+/-0.000728; mu= 22.2822+/- 0.046
mean_var=350.8111+/-67.126, 0's: 0 Z-trim(112.5): 2004 B-trim: 74 in 1/54
Lambda= 0.068476
statistics sampled from 19170 (21505) to 19170 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.576), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 9.110
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [ ( 627) 2298 242.8 2.9e-63
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2024 215.8 4.2e-55
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 2023 215.7 4.4e-55
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 2023 215.7 4.4e-55
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1991 212.6 4.2e-54
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1991 212.6 4.2e-54
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1991 212.6 4.2e-54
XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1952 208.4 5.1e-53
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1934 206.8 1.9e-52
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1934 206.8 1.9e-52
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1934 206.9 1.9e-52
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1934 206.9 2e-52
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1934 206.9 2e-52
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1934 206.9 2e-52
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1934 206.9 2e-52
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1907 204.3 1.3e-51
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1907 204.3 1.3e-51
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1907 204.3 1.3e-51
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1907 204.3 1.3e-51
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1893 202.7 3e-51
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1893 202.9 3.3e-51
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1893 202.9 3.3e-51
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1884 201.8 5.6e-51
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1884 201.8 5.6e-51
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1884 201.8 5.6e-51
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1884 201.8 5.6e-51
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1884 201.9 6e-51
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1884 202.0 6.1e-51
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1884 202.0 6.1e-51
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1884 202.0 6.1e-51
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1884 202.0 6.1e-51
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1884 202.0 6.2e-51
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1884 202.0 6.2e-51
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1884 202.0 6.2e-51
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1884 202.0 6.2e-51
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1881 201.7 7.6e-51
NP_008887 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 659) 1866 200.2 2.1e-50
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1863 199.7 2.4e-50
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1863 199.8 2.5e-50
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1863 199.9 2.5e-50
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1863 199.9 2.6e-50
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1863 199.9 2.6e-50
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1862 200.2 3.3e-50
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1862 200.2 3.3e-50
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1862 200.2 3.3e-50
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1862 200.2 3.3e-50
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1862 200.2 3.3e-50
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1842 197.8 1.1e-49
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1842 197.8 1.1e-49
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1832 196.8 2.1e-49
>>NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [Homo (627 aa)
initn: 3502 init1: 1909 opt: 2298 Z-score: 1256.8 bits: 242.8 E(85289): 2.9e-63
Smith-Waterman score: 2298; 54.0% identity (75.9% similar) in 632 aa overlap (17-639:1-627)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MPAPVGRRSPPSPRSSMAAVALRDSAQGM-TFEDVAIYFSQEEWELLDESQRFLYCDVML
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NP_005 MAAAELTAPAQGIVTFEDVAVYFSWKEWGLLDEAQKCLYHDVML
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ENFAHVTSLGYCHGMENEAI----ASEQSVSIQVRTSKGNTPTQKTHLSEIKMCVPVLKD
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NP_005 ENLTLTTSLGGSGAGDEEAPYQQSTSPQRVS-QVRIPKALPSPQKTNPCEI--CGPVLRQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ILPAAEHQTTSPVQKSYLGSTSMRGFCFSADLHQHQKHYNEEEPWKRKVDEATFVTGCRF
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NP_005 ILHLVEHQGTHHGQKLYTDGACRKQLQFTAYLHQHQKQHVGQKHFRSNGGRDMFLSSCTF
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HVLNY-FTC---GEAFPAPTDLLQHEATPSGEEPHSSSSKHIQAFFNAKSYYKWGEYRKA
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NP_005 EVSGKPFTCKEVGKDFLVRSRFLQQQAAHT--RKKSNRTKSAVAFHSVKNHYNWGECVKA
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SSHKHTLVQHQSVCSEGGLYECSKCEKAFTCKNTLVQHQQIHTGQKMFECSECEESFSKK
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NP_005 FSYKHVRVQHQGDLIRERSYMCSECGKSFSTSCSLSDHLRVHTSEKPYTCGECGKSYRQS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 CHLILHKIIHTGERPYECSDREKAFIHKSEFIHHQRRHTGGVRHECGECRKTFSYKSNLI
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NP_005 SSLITHRRIHTGVRPHQCDECGKLFNRKYDLLIHQRVHTGERPYKCSECGKSFSHSSSLI
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 EHQRVHTGERPYECGECGKSFRQSSSLFRHQRVHSGERPYQCCECGKSFRQIFNLIRHRR
:::.::: :::::.:::::: .::::. :::::.: :::.: :::::: : .::.:::
NP_005 THQRIHTGMRPYECSECGKSFIHSSSLITHQRVHTGTRPYMCSECGKSFSQSCHLIKHRR
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 VHTGEMPYQCSDCGKSFSCKSELIQHQRIHSGERPYECRECGKSFRQFSNLIRHRSIHTG
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NP_005 LHIGEGPYECSECGKLFTYRSRFFQHQRVHTGVRSHECHECGKLFSRKFDLIVHERVHTG
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 DRPYECSECEKSFSRKFILIQHQRVHTGERPYECSECGKSFTRKSDLIQHRRIHTGTRPY
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NP_005 ERPYECSECGKSFTCKSYLISHWKVHTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPY
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 ECSECGKSFRQRSGLIQHRRLHTGERPYECSECGKSFSQSASLIQHQRVHTGERPYECSE
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NP_005 ECNECGKFFSQSSSLIRHRRSHTGERPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSE
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 CGKSFSQSSSLIQHQRGHTGERPYECSQCGKPFTHKSDLIQHQRVHTGERPYECSECGKS
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NP_005 CGKSFSQSSNLTNHQRIHSGERPYECSDCGKFFTFNSNLLKHQNVHKG
580 590 600 610 620
660 670
pF1KB6 FSRKSNLIRHRRVHTEERP
>>XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (670 aa)
initn: 1934 init1: 1934 opt: 2024 Z-score: 1110.3 bits: 215.8 E(85289): 4.2e-55
Smith-Waterman score: 2076; 44.9% identity (71.0% similar) in 677 aa overlap (7-666:6-669)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPAPVGRRSPPSPRSSMAAVALRDSAQGMTFEDVAIYFSQEEWELLDESQRFLYCDVMLE
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XP_005 MELGSRRRSVGCRCRGLCLAVRR--EQVTFEDVVVGFSQEEWGQLKPAQRTLYRDVMLD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 NFAHVTSLGYCHGMENEAIAS--EQSV---SIQVRTSKGNTPTQKTHLSEIKMCVPVLKD
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XP_005 TFRLLVSVG--HWLPKPNVISLLEQEAELWAVESRLPQGVYPDLETR-PKVKLSV--LKQ
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120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ILPAAEHQTTSPVQKSYLGSTSMRGFCFSADLHQHQKHYNEEEPWKRKVDEATFVTGCRF
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XP_005 GI--SEEISNSVILVERFLWDGLW-YCRGEDTEGHWE-WSCESLESLAVPVA--FTPVKT
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pF1KB6 HVLNYFT---CGEAFPAPTDLLQHEATPSGEEPHSSSSKH---------IQAFFNAKSYY
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XP_005 PVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPY
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pF1KB6 KWGEYRKASSHKHTLVQHQSVCSEGGLYECSKCEKAFTCKNTLVQHQQIHTGQKMFECSE
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XP_005 KCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQ
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 CEESFSKKCHLILHKIIHTGERPYECSDREKAFIHKSEFIHHQRRHTGGVRHECGECRKT
: ..:.. :: :. ::::.:::::. :.: .: : .:.: ::: .::.:: :.
XP_005 CGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKA
290 300 310 320 330 340
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pF1KB6 FSYKSNLIEHQRVHTGERPYECGECGKSFRQSSSLFRHQRVHSGERPYQCCECGKSFRQI
: . .: .: :.::::.::.::::::.: .:::: .:::.:.::.::.: ::::.: ::
XP_005 FRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQI
350 360 370 380 390 400
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pF1KB6 FNLIRHRRVHTGEMPYQCSDCGKSFSCKSELIQHQRIHSGERPYECRECGKSFRQFSNLI
::.:.:.:::: ::.:..:::.:: .. : .:.:::.::.:: : ::::.: . :.:
XP_005 TPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLS
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pF1KB6 RHRSIHTGDRPYECSECEKSFSRKFILIQHQRVHTGERPYECSECGKSFTRKSDLIQHRR
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XP_005 QHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQR
470 480 490 500 510 520
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pF1KB6 IHTGTRPYECSECGKSFRQRSGLIQHRRLHTGERPYECSECGKSFSQSASLIQHQRVHTG
:::: .::::..::..: : . ::::.:.::::.::::..::..::::. ::.:::.::
XP_005 IHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTK
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pF1KB6 ERPYECSECGKSFSQSSSLIQHQRGHTGERPYECSQCGKPFTHKSDLIQHQRVHTGERPY
:.:: :.:::::::.:::: ::.: ::::.:::: .::: : ... : ::.:.::::.::
XP_005 EKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPY
590 600 610 620 630 640
650 660 670
pF1KB6 ECSECGKSFSRKSNLIRHRRVHTEERP
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XP_005 ACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
650 660 670
>>NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (658 aa)
initn: 1934 init1: 1934 opt: 2023 Z-score: 1109.8 bits: 215.7 E(85289): 4.4e-55
Smith-Waterman score: 2075; 45.6% identity (71.8% similar) in 660 aa overlap (24-666:10-657)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPAPVGRRSPPSPRSSMAAVALRDSAQGMTFEDVAIYFSQEEWELLDESQRFLYCDVMLE
: : .:::::.. :::::: : .:: :: ::::.
NP_001 MTPGVRVSTDPEQ-VTFEDVVVGFSQEEWGQLKPAQRTLYRDVMLD
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 NFAHVTSLGYCHGMENEAIAS--EQSV---SIQVRTSKGNTPTQKTHLSEIKMCVPVLKD
.: ..:.: : . . . : :: . ... : .: : .:. ..:. : ::.
NP_001 TFRLLVSVG--HWLPKPNVISLLEQEAELWAVESRLPQGVYPDLETR-PKVKLSV--LKQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ILPAAEHQTTSPVQKSYLGSTSMRGFCFSADLHQHQKHYNEEEPWKRKVDEATFVTGCRF
. .:. ..: . . .. .: . : . : . .. : . : : : .
NP_001 GI--SEEISNSVILVERFLWDGLW-YCRGEDTEGHWE-WSCESLESLAVPVA--FTPVKT
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB6 HVLNYFT---CGEAFPAPTDLLQHEATPSGEEPHSSSSKH---------IQAFFNAKSYY
::. . :: . :: .. :: . ::. ... .: .. :
NP_001 PVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPY
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 KWGEYRKASSHKHTLVQHQSVCSEGGLYECSKCEKAFTCKNTLVQHQQIHTGQKMFECSE
: : :: ::. .:..:. . . ::: .: :.: ...:..::.::::.: ..:..
NP_001 KCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQ
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 CEESFSKKCHLILHKIIHTGERPYECSDREKAFIHKSEFIHHQRRHTGGVRHECGECRKT
: ..:.. :: :. ::::.:::::. :.: .: : .:.: ::: .::.:: :.
NP_001 CGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 FSYKSNLIEHQRVHTGERPYECGECGKSFRQSSSLFRHQRVHSGERPYQCCECGKSFRQI
: . .: .: :.::::.::.::::::.: .:::: .:::.:.::.::.: ::::.: ::
NP_001 FRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQI
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 FNLIRHRRVHTGEMPYQCSDCGKSFSCKSELIQHQRIHSGERPYECRECGKSFRQFSNLI
::.:.:.:::: ::.:..:::.:: .. : .:.:::.::.:: : ::::.: . :.:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]