FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6229, 673 aa
1>>>pF1KB6229 673 - 673 aa - 673 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8788+/-0.00118; mu= -0.4259+/- 0.070
mean_var=280.0749+/-59.544, 0's: 0 Z-trim(112.8): 928 B-trim: 585 in 1/51
Lambda= 0.076637
statistics sampled from 12425 (13468) to 12425 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16
Scan time: 4.410
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CCDS76895.1 ZNF23 gene_id:7571|Hs108|chr16 ( 585) 743 95.9 1.7e-19
>>CCDS8367.1 ZBTB16 gene_id:7704|Hs108|chr11 (673 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MDLTKMGMIQLQNPSHPTGLLCKANQMRLAGTLCDVVIMVDSQEFHAHRTVLACTSKMFE
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pF1KB6 ILFHRNSQHYTLDFLSPKTFQQILEYAYTATLQAKAEDLDDLLYAAEILEIEYLEEQCLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ILFHRNSQHYTLDFLSPKTFQQILEYAYTATLQAKAEDLDDLLYAAEILEIEYLEEQCLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MLETIQASDDNDTEATMADGGAEEEEDRKARYLKNIFISKHSSEESGYASVAGQSLPGPM
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VDQSPSVSTSFGLSAMSPTKAAVDSLMTIGQSLLQGTLQPPAGPEEPTLAGGGRHPGVAE
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VKTEMMQVDEVPSQDSPGAAESSISGGMGDKVEERGKEGPGTPTRSSVITSARELHYGRE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ESAEQVPPPAEAGQAPTGRPEHPAPPPEKHLGIYSVLPNHKADAVLSMPSSVTSGLHVQP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ALAVSMDFSTYGGLLPQGFIQRELFSKLGELAVGMKSESRTIGEQCSVCGVELPDNEAVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QHRKLHSGMKTYGCELCGKRFLDSLRLRMHLLAHSAGAKAFVCDQCGAQFSKEDALETHR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QTHTGTDMAVFCLLCGKRFQAQSALQQHMEVHAGVRSYICSECNRTFPSHTALKRHLRSH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TGDHPYECEFCGSCFRDESTLKSHKRIHTGEKPYECNGCGKKFSLKHQLETHYRVHTGEK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PFECKLCHQRSRDYSAMIKHLRTHNGASPYQCTICTEYCPSLSSMQKHMKGHKPEEIPPD
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670
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:::::::::::::
CCDS83 WRIEKTYLYLCYV
670
>>CCDS31940.1 ZNF84 gene_id:7637|Hs108|chr12 (738 aa)
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pF1KB6 HKADAVLSMPSSVTSGLHVQPALAVSMDFSTYGGLLPQGFIQ-RELFSKLGELAVGMKSE
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. ::. :: : . . .. .:.. :.: : .:: ::: : .. .: : ..:.
CCDS31 TIHTGEKPYECSECRKAFRERSSLINHQRTHTGEKPHGCIQCGKAFSQKSHLISHQMTHT
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: : :.:..:: ::... : :..:::: . : ::: :. . .: .:...:.:
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. :.::::...: ... : : :.:::..:::: ::. : ..:.: .:.: ::::::::
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: : : :: : ::.:: :.::::::.::.::.. . : .:.:::::.: .::.:. :
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. ::. .:.. :.:: :
CCDS31 RKAFREKSSLINHQRIHTGEKPFECSECGKAFSRKSHLIPHQRTHTGEKPYGCSECRKAF
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>--
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pF1KB6 SRTIGEQCSVCGVELPDNEAVEQHRKLHSGMKTYGCELCGKRFLDSLRLRMHLLAHSA--
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: : . :..: .:::. .: :.. : :.: : ::: : .: . : ..:.: .
CCDS31 GEKLYECSECRKRFSKKPSLIKHQSRHI-RDIAFGCGNCGKTFPQKSQFITHHRTHTGEK
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pF1KB6 SYICSECNRTFPSHTALKRHLRSHTGDHPYECEFCGSCFRDESTLKSHKRIHTGEKPYEC
: ::.:...: ... : : :.:::..:::: ::. : .: : :: : ::::::: :
CCDS31 PYNCSQCGKAFSQKSQLTSHQRTHTGEKPYECGECGKAFSRKSHLISHWRTHTGEKPYGC
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: ::. :: : .: .: :.:::::::::. : . : .. : :
CCDS31 NECGRAFSEKSNLINHQRIHTGEKPFECRECGKAFSRKSQLVTHHRTHTGTKPFGCSDCR
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>>CCDS77368.1 ZNF773 gene_id:374928|Hs108|chr19 (441 aa)
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Smith-Waterman score: 785; 42.2% identity (68.1% similar) in 251 aa overlap (405-655:191-439)
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pF1KB6 LPQGFIQRELFSKLGELAVGMKSESRTIGEQCSVCGVELPDNEAVEQHRKLHSGMKTYGC
.:: :: . .. . ::..::.: : : :
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pF1KB6 ELCGKRFLDSLRLRMHLLAHSAGAKAFVCDQCGAQFSKEDALETHRQTHTGTDMAVFCLL
::: : . : .: ..:. : . . :..:: .::.. : :...::: . :
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::: :. .:.: :: ..:.::: : ::::.. : ...: .: : :::..::.: ::.
CCDS77 CGKAFRHNSTLVQHHRIHTGVRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHTGERPYKCSECGKF
280 290 300 310 320 330
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pF1KB6 FRDESTLKSHKRIHTGEKPYECNGCGKKFSLKHQLETHYRVHTGEKPFECKLCHQRSRDY
. .:.: .: :.::::.::::. ::: :: . .: : .::::::::.:. : . .
CCDS77 YSHKSSLINHWRVHTGERPYECSECGKFFSQSSSLMQHRKVHTGEKPFKCNECGRFFSEN
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CCDS77 SSLVKHQRVHTGAKPYECRECGKFFRHSSSLVKHRRIHTGEIQ
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>>CCDS33134.1 ZNF773 gene_id:374928|Hs108|chr19 (442 aa)
initn: 3074 init1: 577 opt: 785 Z-score: 490.2 bits: 100.5 E(32554): 5.5e-21
Smith-Waterman score: 785; 42.2% identity (68.1% similar) in 251 aa overlap (405-655:192-440)
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pF1KB6 LPQGFIQRELFSKLGELAVGMKSESRTIGEQCSVCGVELPDNEAVEQHRKLHSGMKTYGC
.:: :: . .. . ::..::.: : : :
CCDS33 VLKHQVTHTGEKSHRSSKSREAFHAGKRHYKCSECGKAFGQKYLLVQHQRLHTGEKPYEC
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 ELCGKRFLDSLRLRMHLLAHSAGAKAFVCDQCGAQFSKEDALETHRQTHTGTDMAVFCLL
::: : . : .: ..:. : . . :..:: .::.. : :...::: . :
CCDS33 SECGKLFSHKSNLFIHQIVHT-GERPYGCSDCGKSFSRNADLIQHQRVHTG-EKPFTCSE
230 240 250 260 270
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::: :. .:.: :: ..:.::: : ::::.. : ...: .: : :::..::.: ::.
CCDS33 CGKAFRHNSTLVQHHRIHTGVRPYECSECGKLFSFNSSLMKHQRVHTGERPYKCSECGKF
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CCDS33 SSLVKHQRVHTGAKPYECRECGKFFRHSSSLVKHRRIHTGEIQ
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CCDS47 VHYRTHSGEKPYECNECGKTFYLNSALMRHQRVHTGEKPYECNECGKLFSQLSYLTIHHR
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CCDS47 THSGVKPYECSECGKTFYQNSALCRHRRIHKGEKPYECYICGKFFSQMSYLTIHHRIHSG
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pF1KB6 HKPEEIPPDWRIEKTYLYLCYV
.:: :
CCDS47 EKPYECSECGKTFCQNSALNRHQRTHTGEKAYECYECGKCFSQMSYLTIHHRIHSGEKPF
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CCDS35 HTGEKPYKCDGCDKAFSAKSGLRIHQRTHT-GEKPFECHECGKSFNYKSILIVHQRTHTG
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CCDS35 ECGKTFRQKSNLRGHQRTHTGEKPYECNECGKAFSEKSVLRKHQRTHTGEKPYNCNQCGE
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CCDS35 AFSQKSNLRVHQRTHTGEKPYKCDKCGRTFSQKSSLREHQKAHPGD
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CCDS59 HCSDLRKHERTHLG-DKPYGCLLCGKAFSKCSYLRQHERTHNGEKPYECHLCGKAFSHCS
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CCDS59 HERTHTGEKPYECHLCGKAFNHSSVLRRHERTHTGEKPYECNICGKAFNRSYNFRLHRRV
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pF1KB6 --GHKPEEIPPDWRIEKTYLYLCYV
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CCDS59 HTGEKPYVCPLCGKAFSKFFNLRQHERTHTKKAMNM
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CCDS23 RHRRAHTGEKPYHCNECGENFSRISHLVQHQRTHTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQK
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CCDS23 EKPYECTECEKSFSRSSALIKHKRVHTD
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420 430 440 450 460 470
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CCDS12 QKSHLNIHQKIHTGERQYECHECGKAFNQKSILIVHQKIHT-GEKPYVCTECGRAFIRKS
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CCDS12 NFITHQRIHTG-EKPYECSDCGKSFTSKSQLLVHQPVHTGEKPYVCAECGKAFSGRSNLS
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CCDS12 KHQKTHTGEKPYICSECGKTFRQKSELITHHRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQLQVHQR
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pF1KB6 EEIPPDWRIEKTYLYLCYV
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CCDS12 KGFSYNSDLSIHEKIHTGERHHECTDCGKAFTQKSTLKMHQKIHTGERSYICIECGQAFI
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CCDS12 VHQRIHTGEKSYICMKCGLAFIQKAHLIAHQIIHTGEKPHKCGHCGKLFTSKSQLHVHKR
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CCDS12 IHTGEKPYMCNKCGKAFTNRSNLITHQKTHTGEKSYICSKCGKAFTQRSDLITHQRIHTG
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pF1KB6 EEIPPDWRIEKTYLYLCYV
CCDS12 EKPYECNTCGKAFTQKSHLNIHQKIHTGERQYECHECGKAFNQKSILIVHQKIHTGEKPY
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673 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 14:18:43 2016 done: Sat Nov 5 14:18:43 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]