Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6254
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6254, 683 aa
1>>>pF1KB6254 683 - 683 aa - 683 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8437+/-0.000927; mu= 0.7307+/- 0.056
mean_var=289.7923+/-60.497, 0's: 0 Z-trim(115.0): 82 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.075341
statistics sampled from 15490 (15570) to 15490 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.478), width: 16
Scan time: 4.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34706.1 LRCH4 gene_id:4034|Hs108|chr7 ( 683) 4563 509.6 5.8e-144
CCDS3330.1 LRCH3 gene_id:84859|Hs108|chr3 ( 712) 1270 151.7 3.4e-36
CCDS59175.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX ( 748) 1037 126.4 1.5e-28
CCDS48155.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX ( 765) 1037 126.4 1.5e-28
CCDS53866.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 ( 696) 1029 125.5 2.5e-28
CCDS31972.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 ( 728) 1029 125.5 2.6e-28
CCDS53865.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 ( 763) 1008 123.3 1.3e-27
>>CCDS34706.1 LRCH4 gene_id:4034|Hs108|chr7 (683 aa)
initn: 4563 init1: 4563 opt: 4563 Z-score: 2698.0 bits: 509.6 E(32554): 5.8e-144
Smith-Waterman score: 4563; 100.0% identity (100.0% similar) in 683 aa overlap (1-683:1-683)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPGLPGRRSAERALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRG
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CCDS34 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPGLPGRRSAERALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 AARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQ
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CCDS34 LSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLAPSRPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLAPSRPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GFHSVDSGSKRWSGNESTDEFSELSFRISELAREPRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GFHSVDSGSKRWSGNESTDEFSELSFRISELAREPRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 VPGEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERAPSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQERERRQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VPGEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERAPSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQERERRQQQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QSGAWGAPRKDSLLKPGLRAVVGGAAAVSTQAMHNGSPKSSASQAGAAAGQGAPAPAPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QSGAWGAPRKDSLLKPGLRAVVGGAAAVSTQAMHNGSPKSSASQAGAAAGQGAPAPAPAS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 QEPLPIAGPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDL
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CCDS34 QEPLPIAGPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 MTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 RKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLG
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KB6 GFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
:::::::::::::::::::::::
CCDS34 GFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
670 680
>>CCDS3330.1 LRCH3 gene_id:84859|Hs108|chr3 (712 aa)
initn: 1326 init1: 864 opt: 1270 Z-score: 763.4 bits: 151.7 E(32554): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1453; 42.5% identity (64.2% similar) in 704 aa overlap (2-592:12-710)
10 20 30 40
pF1KB6 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGS---PGL-PGR--RSAERALEEAVAT
:: .. .:.::. .. . :.: ::. :: :: .::::::..:
CCDS33 MAAAGLVAVAAAAEYSGTVASGGNLPGVHCG-PSSGAGPGFGPGSWSRSLDRALEEAAVT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 GTLNLSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLR
:.:.::.:.:..:::::: ..::.: :.:::::::. :.: ::..::::.:.::.::.:
CCDS33 GVLSLSGRKLREFPRGAA-NHDLTDTTRADLSRNRLSEIPIEACHFVSLENLNLYQNCIR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 CLNPALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQL
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CCDS33 YIPEAILNLQALTFLNISRNQLSTLPVHLCNLPLKVLIASNNKLVSLPEEIGHLRHLMEL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 DVSSNELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFC
::: ::.:..::.. .: .:::::::::.: :::::..:::.:::::::... ::: .
CCDS33 DVSCNEIQTIPSQIGNLEALRDLNVRRNHLVHLPEELAELPLIRLDFSCNKITTIPVCYR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 RLRHLQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLAPSRPPSFSPCP
:::::.: ::.:::::::::.:.:::.::::::. .: . . : : :: .:. :
CCDS33 NLRHLQTITLDNNPLQSPPAQICIKGKVHIFKYLNIQACKIAPDLPDY-DRRPLGFGSCH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 AEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNESTDEFSELSFRISELAREPRGPRERK--
:.:. .. : :.:::::.:::::.::::::: :::::.: .:..:...: : :: .
CCDS33 -EELYSSRPY-GALDSGFNSVDSGDKRWSGNEPTDEFSDLPLRVAEITKEQRLRRESQYQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370
pF1KB6 --------EDGSADGDPVQIDFIDSHVPGEDEE-----RGT------------VEEQR-P
.:... : :::.::: . :.: .: .:..:
CCDS33 ENRGSLVVTNGGVEHDLDQIDYIDSCTAEEEEAEVRQPKGPDPDSLSSQFMAYIEQRRIS
360 370 380 390 400 410
380 390
pF1KB6 PELSP----------GAGDRER---------APSS--------------------RREEP
: :: . : .: ::: :::.
CCDS33 HEGSPVKPVAIREFQKTEDMRRYLHQNRVPAEPSSLLSLSASHNQLSHTDLELHQRREQL
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440
pF1KB6 AGEERRRPD--TLQLWQERERRQQQQSGA------WGAPRKDSLLKPGLRAVVGGAAAVS
. . ::. . .:: .:. : .: : : : .. . .: : .: : :
CCDS33 VERTRREAQLAALQYEEEKIRTKQIQRDAVLDFVKQKASQSPQKQHPLLDGVDGECPFPS
480 490 500 510 520 530
450 460 470 480 490
pF1KB6 TQAMHNGSPKSSASQAG-AAAGQGAPAPAPASQEPL-----P---IAGPAT-----APA-
...:. . : .: .: .: : .. :: : ...::: .::
CCDS33 RRSQHTDDSALCMSLSGLNQVGCAATLPHSSAFTPLKSDDRPNALLSSPATETVHHSPAY
540 550 560 570 580 590
500 510 520 530
pF1KB6 --PRPL--GSIQRPNSFLFRSS--SQSGSGPSSP---------DSV--LRPRRYPQVPDE
: . .. :::.:::::.. .....: .:: ::. . . : .:
CCDS33 SFPAAIQRNQPQRPESFLFRAGVRAETNKGHASPLPPSAAPTTDSTDSITGQNSRQREEE
600 610 620 630 640 650
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 KDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSA
.:. :::. .: ::. :: ::. ::..::.::.:::..:::::: ::::::::
CCDS33 LELIDQLRKHIEYRLKVSLPCDLGAALTDGVVLCHLANHVRPRSVPSIHVPSPAVVS
660 670 680 690 700 710
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 LKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPS
>>CCDS59175.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX (748 aa)
initn: 1309 init1: 836 opt: 1037 Z-score: 626.2 bits: 126.4 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 1349; 41.3% identity (63.0% similar) in 683 aa overlap (23-635:65-724)
10 20 30 40
pF1KB6 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPG--LPGR--RSAERALEEAVATGTLN
: .:: : . :: .:::::: ..: :.
CCDS59 AGGGGGGGGGTLVVPIPVPTLFGQPFPNGPPWNPGSLQPQHTVRSLDRALEEAGSSGILS
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNP
::.:.:. :: :.. :::.: :::::::::: :.: . .. :: :.:::::.. .
CCDS59 LSGRKLRDFP-GSG--YDLTDTTQADLSRNRFTEIPSDVWLFAPLETLNLYHNCIKTIPE
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 ALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSS
:. :: :::::.::: :: :: :. .:::.::.:::::: ..: .:: : .: .::.:
CCDS59 AIKNLQMLTYLNISRNLLSTLPKYLFDLPLKVLVVSNNKLVSIPEEIGKLKDLMELDISC
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 NELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRH
::.: ::... : :::.::.:::.: .::.::::::::.::::::.:..::: . .:.:
CCDS59 NEIQVLPQQMGKLHSLRELNIRRNNLHVLPDELGDLPLVKLDFSCNKVTEIPVCYRKLHH
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 LQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLA--PS---RPPSFSPC
::::.::.:::: ::::.:::::.::::::. .: : . : :: : :: .:
CCDS59 LQVIILDNNPLQVPPAQICLKGKVHIFKYLNIQACCRMDKKPDSLDLPSLSKRMPS-QPL
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 P--AEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNE-STDEFSELSFRISELAREPRGPRE
::..:.. . : :::. : :.: :: : .: : :. : ..:: :: . .
CCDS59 TDSMEDFYPNKNH--GPDSGIGS-DNGEKRLSTTEPSDDDTVSLHSQVSESNREQTSRND
340 350 360 370 380
350 360 370 380 390
pF1KB6 RKEDGS-ADGDPVQ--IDFIDSHVPGEDEERGTVEEQRPPEL----SPGAGDRERAPSSR
. :: .:.. : ::.: .. :: .: :: .. : : .. . .::
CCDS59 SHIIGSKTDSQKDQEVYDFVDPNT--EDV---AVPEQGNAHIGSFVSFFKGKEKCSEKSR
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 REEPAGEERRRPDTLQLWQERERRQQQQSGAWGAPRK--DSLLKPGLRAVVGGAAAVSTQ
..: :.:.: . :: :.: . .. :: .::. . . . ::.
CCDS59 KNEELGDEKRL-EKEQLLAEEEDDDLKEVTDL---RKIAAQLLQQEQKNRILNH---STS
450 460 470 480 490
460 470 480 490
pF1KB6 AMHNGSPKSSASQAGAAAGQGAPAP-APASQEPLPIAGPATAPAPRPLG-----------
.:.: .::... ..... . .: .: . .:: : : .
CCDS59 VMRN-KPKQTVECEKSVSADEVNSPLSPLTWQPLENQKDQIDEQPWPESHPIIWQSEERR
500 510 520 530 540 550
500 510 520
pF1KB6 -SIQ-RPNSFLFRSSSQSGSG---------------------PSS--------------P
: : : . : ..: .:.:: : : :
CCDS59 RSKQIRKEYFKYKSMRKSSSGNENDEEYDRTDGFSHSPFGLKPRSAFSRSSRQEYGAADP
560 570 580 590 600 610
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 DSVLRPRRYPQVPDEKDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSV
..: :.. .. .:.. . :::. :::::. ::.:.. :: .::.::.:::..:::::
CCDS59 GFTMR-RKMEHLREEREQIRQLRNNLESRLKVILPDDIGAALMDGVVLCHLANHIRPRSV
620 630 640 650 660 670
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 PFIHVPSPAVPKLSALKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAV
:::::::::::: : :.:::.::.::.:.:: . :: : .:. :::
CCDS59 ASIHVPSPAVPKLSMAKCRRNVENFLDACKKLGVSQERLCLPHHILE--ERGLVKVGVTV
680 690 700 710 720 730
650 660 670 680
pF1KB6 KRVGGKALPPLWPPSGLGGFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
CCDS59 QALLELPTTKASQLSVA
740
>>CCDS48155.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX (765 aa)
initn: 1309 init1: 836 opt: 1037 Z-score: 626.1 bits: 126.4 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 1329; 40.3% identity (62.2% similar) in 695 aa overlap (23-635:65-741)
10 20 30 40
pF1KB6 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPG--LPGR--RSAERALEEAVATGTLN
: .:: : . :: .:::::: ..: :.
CCDS48 AGGGGGGGGGTLVVPIPVPTLFGQPFPNGPPWNPGSLQPQHTVRSLDRALEEAGSSGILS
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNP
::.:.:. :: :.. :::.: :::::::::: :.: . .. :: :.:::::.. .
CCDS48 LSGRKLRDFP-GSG--YDLTDTTQADLSRNRFTEIPSDVWLFAPLETLNLYHNCIKTIPE
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 ALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSS
:. :: :::::.::: :: :: :. .:::.::.:::::: ..: .:: : .: .::.:
CCDS48 AIKNLQMLTYLNISRNLLSTLPKYLFDLPLKVLVVSNNKLVSIPEEIGKLKDLMELDISC
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 NELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRH
::.: ::... : :::.::.:::.: .::.::::::::.::::::.:..::: . .:.:
CCDS48 NEIQVLPQQMGKLHSLRELNIRRNNLHVLPDELGDLPLVKLDFSCNKVTEIPVCYRKLHH
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 LQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLA--PS---RPPSFSPC
::::.::.:::: ::::.:::::.::::::. .: : . : :: : :: .:
CCDS48 LQVIILDNNPLQVPPAQICLKGKVHIFKYLNIQACCRMDKKPDSLDLPSLSKRMPS-QPL
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 P--AEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNE-STDEFSELSFRISELAREPRGPRE
::..:.. . : :::. : :.: :: : .: : :. : ..:: :: . .
CCDS48 TDSMEDFYPNKNH--GPDSGIGS-DNGEKRLSTTEPSDDDTVSLHSQVSESNREQTSRND
340 350 360 370 380
350 360 370 380 390
pF1KB6 RKEDGS-ADGDPVQ--IDFIDSHVPGEDEERGTVEEQRPPEL----SPGAGDRERAPSSR
. :: .:.. : ::.: .. :: .: :: .. : : .. . .::
CCDS48 SHIIGSKTDSQKDQEVYDFVDPNT--EDV---AVPEQGNAHIGSFVSFFKGKEKCSEKSR
390 400 410 420 430 440
400 410 420
pF1KB6 REEPAGEERR----------RPDTLQ------------LWQERERRQQQQSGAW--GAPR
..: :.:.: . : :. : ::.. : ..: . . :.
CCDS48 KNEELGDEKRLEKEQLLAEEEDDDLKEVTDLRKIAAQLLQQEQKNRILNHSTSVMRNKPK
450 460 470 480 490 500
430 440 450 460
pF1KB6 KDSLLKPGLRA--VVGGAAAVSTQAMHNGS--------PKSSA-----------------
. . .. : : . . .. : ..: . :.:
CCDS48 QTVECEKSVSADEVNSPLSPLTWQPLENQKDQIDEQPWPESHPIIWQSEERRRSKQIRKE
510 520 530 540 550 560
470 480 490 500 510
pF1KB6 -----SQAGAAAG-----QGAPAPAPASQEPLPIA--GPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFR
:. ...: : . ..: :. . . . :.: .: : . :
CCDS48 YFKYKSMRKSSSGNENDEQDSDNANMSTQSPVSSEEYDRTDGFSHSPFG--LKPRSAFSR
570 580 590 600 610 620
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 SSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVIL
:: : : ..: ..: :.. .. .:.. . :::. :::::. ::.:.. :: .::.:
CCDS48 SSRQE-YGAADPGFTMR-RKMEHLREEREQIRQLRNNLESRLKVILPDDIGAALMDGVVL
630 640 650 660 670
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 CQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQG
:.:::..::::: :::::::::::: : :.:::.::.::.:.:: . :: : .:.
CCDS48 CHLANHIRPRSVASIHVPSPAVPKLSMAKCRRNVENFLDACKKLGVSQERLCLPHHILE-
680 690 700 710 720 730
640 650 660 670 680
pF1KB6 TARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLGGFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
:::
CCDS48 -ERGLVKVGVTVQALLELPTTKASQLSVA
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..: :. :: : . :: . ..:... : . : : : ::
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:.:. :.: :. : . :: :: ... . ..:. .:
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670 680
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10 20 30
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CCDS31 FCLVHILFIVLVYITYHWNALSA
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pF1KB6 ALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGL
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CCDS53 ALEEAANSGGLNLSARKLKEFPRTAAPGHDLSDTVQADLSKNRLVEVPMELCHFVSLEIL
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pF1KB6 SLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIG
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CCDS53 NLYHNCIRVIPEAIVNLQMLTYLNLSRNQLSALPACLCGLPLKVLIASNNKLGSLPEEIG
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160 170 180 190 200 210
pF1KB6 TLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRV
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CCDS53 QLKQLMELDVSCNEITALPQQIGQLKSLRELNVRRNYLKVLPQELVDLSLVKFDFSCNKV
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 SRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALG-DLAPS
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CCDS53 LVIPICFREMKQLQVLLLENNPLQSPPAQICTKGKVHIFKYLSIQACQIKTADSLYLHTM
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 RPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNESTDEFS-ELSFRISELARE
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CCDS53 ERPHLHQ-HVED---GKK-DS--DSGVGS-DNGDKRLSATEPSDEDTVSLNVPMSNIMEE
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pF1KB6 PRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSHVP-----GEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERA
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CCDS53 EQII---KEDSCHRLSPVKGEFHQEFQPEPSLLGDSTNSGE-ERDQFTDRADGLHSEFMN
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390 400 410 420 430
pF1KB6 PSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQER----ERRQQQQSGAWGAPRK---DSLLKP-GL---
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CCDS53 YKARAED--CEELLRIEEDVHWQTEGIISSSKDQDMDIAMIEQLREAVDLLQDPNGLSTD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]