Result of FASTA (ccds) for pF1KB6268
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6268, 772 aa
  1>>>pF1KB6268 772 - 772 aa - 772 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0976+/-0.00104; mu= 3.6732+/- 0.063
 mean_var=191.2426+/-38.312, 0's: 0 Z-trim(111.1): 38  B-trim: 85 in 1/50
 Lambda= 0.092743
 statistics sampled from 12077 (12101) to 12077 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.372), width:  16
 Scan time:  4.220

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS239.2 TCEB3 gene_id:6924|Hs108|chr1            ( 798) 5156 702.7 5.7e-202
CCDS11932.1 TCEB3B gene_id:51224|Hs108|chr18       ( 753) 1551 220.4 8.6e-57
CCDS11931.1 TCEB3C gene_id:162699|Hs108|chr18      ( 546)  878 130.3 8.4e-30
CCDS59316.1 TCEB3CL2 gene_id:100506888|Hs108|chr18 ( 546)  852 126.8 9.4e-29


>>CCDS239.2 TCEB3 gene_id:6924|Hs108|chr1                 (798 aa)
 initn: 5156 init1: 5156 opt: 5156  Z-score: 3739.5  bits: 702.7 E(32554): 5.7e-202
Smith-Waterman score: 5156; 100.0% identity (100.0% similar) in 772 aa overlap (1-772:27-798)

                                         10        20        30    
pF1KB6                           MAAESALQVVEKLQARLAANPDPKKLLKYLKKLS
                                 ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MHGGRSCGPRTRREPSSGEEAAPVTAMAAESALQVVEKLQARLAANPDPKKLLKYLKKLS
               10        20        30        40        50        60

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB6 TLPITVDILAETGVGKTVNSLRKHEHVGSFARDLVAQWKKLVPVERNAEPDEQDFEKSNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 TLPITVDILAETGVGKTVNSLRKHEHVGSFARDLVAQWKKLVPVERNAEPDEQDFEKSNS
               70        80        90       100       110       120

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB6 RKRPRDALQKEEEMEGDYQETWKATGSRSYSPDHRQKKHRKLSELERPHKVSHGHERRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 RKRPRDALQKEEEMEGDYQETWKATGSRSYSPDHRQKKHRKLSELERPHKVSHGHERRDE
              130       140       150       160       170       180

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB6 RKRCHRMSPTYSSDPESSDYGHVQSPPSCTSPHQMYVDHYRSLEEDQEPIVSHQKPGKGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 RKRCHRMSPTYSSDPESSDYGHVQSPPSCTSPHQMYVDHYRSLEEDQEPIVSHQKPGKGH
              190       200       210       220       230       240

          220       230       240       250       260       270    
pF1KB6 SNAFQDRLGASQERHLGEPHGKGVVSQNKEHKSSHKDKRPVDAKSDEKASVVSREKSHKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SNAFQDRLGASQERHLGEPHGKGVVSQNKEHKSSHKDKRPVDAKSDEKASVVSREKSHKA
              250       260       270       280       290       300

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB6 LSKEENRRPPSGDNAREKPPSSGVKKEKDREGSSLKKKCLPPSEAASDNHLKKPKHRDPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 LSKEENRRPPSGDNAREKPPSSGVKKEKDREGSSLKKKCLPPSEAASDNHLKKPKHRDPE
              310       320       330       340       350       360

          340       350       360       370       380       390    
pF1KB6 KAKLDKSKQGLDSFDTGKGAGDLLPKVKEKGSNNLKTPEGKVKTNLDRKSLGSLPKVEET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 KAKLDKSKQGLDSFDTGKGAGDLLPKVKEKGSNNLKTPEGKVKTNLDRKSLGSLPKVEET
              370       380       390       400       410       420

          400       410       420       430       440       450    
pF1KB6 DMEDEFEQPTMSFESYLSYDQPRKKKKKIVKTSATALGDKGLKKNDSKSTGKNLDSVQKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DMEDEFEQPTMSFESYLSYDQPRKKKKKIVKTSATALGDKGLKKNDSKSTGKNLDSVQKL
              430       440       450       460       470       480

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB6 PKVNKTKSEKPAGADLAKLRKVPDVLPVLPDLPLPAIQANYRPLPSLELISSFQPKRKAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 PKVNKTKSEKPAGADLAKLRKVPDVLPVLPDLPLPAIQANYRPLPSLELISSFQPKRKAF
              490       500       510       520       530       540

          520       530       540       550       560       570    
pF1KB6 SSPQEEEEAGFTGRRMNSKMQVYSGSKCAYLPKMMTLHQQCIRVLKNNIDSIFEVGGVPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SSPQEEEEAGFTGRRMNSKMQVYSGSKCAYLPKMMTLHQQCIRVLKNNIDSIFEVGGVPY
              550       560       570       580       590       600

          580       590       600       610       620       630    
pF1KB6 SVLEPVLERCTPDQLYRIEEYNHVLIEETDQLWKVHCHRDFKEERPEEYESWREMYLRLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SVLEPVLERCTPDQLYRIEEYNHVLIEETDQLWKVHCHRDFKEERPEEYESWREMYLRLQ
              610       620       630       640       650       660

          640       650       660       670       680       690    
pF1KB6 DAREQRLRVLTKNIQFAHANKPKGRQAKMAFVNSVAKPPRDVRRRQEKFGTGGAAVPEKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DAREQRLRVLTKNIQFAHANKPKGRQAKMAFVNSVAKPPRDVRRRQEKFGTGGAAVPEKI
              670       680       690       700       710       720

          700       710       720       730       740       750    
pF1KB6 KIKPAPYPMGSSHASASSISFNPSPEEPAYDGPSTSSAHLAPVVSSTVSYDPRKPTVKKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 KIKPAPYPMGSSHASASSISFNPSPEEPAYDGPSTSSAHLAPVVSSTVSYDPRKPTVKKI
              730       740       750       760       770       780

          760       770  
pF1KB6 APMMAKTIKAFKNRFSRR
       ::::::::::::::::::
CCDS23 APMMAKTIKAFKNRFSRR
              790        

>>CCDS11932.1 TCEB3B gene_id:51224|Hs108|chr18            (753 aa)
 initn: 1853 init1: 674 opt: 1551  Z-score: 1133.0  bits: 220.4 E(32554): 8.6e-57
Smith-Waterman score: 2087; 47.7% identity (71.0% similar) in 791 aa overlap (1-772:1-753)

                10        20        30        40        50         
pF1KB6 MAAESA-LQVVEKLQARLAANPDPKKLLKYLKKLSTLPITVDILAETGVGKTVNSLRKHE
       ::: :. :..:::::.:::.. .:::: :::.:::.::.:.:::::::. :::. ::::.
CCDS11 MAAGSTTLHAVEKLQVRLATKTEPKKLEKYLQKLSALPMTADILAETGIRKTVKRLRKHQ
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 HVGSFARDLVAQWKKLVPVERNAEPDEQDFEKSNSRKRPRDALQKEEEMEGDYQETWKAT
       :::.:::::.:.::::: :.::..:  :: :.: ::.:  .::: .:.  : . :.  : 
CCDS11 HVGDFARDLAARWKKLVLVDRNTRPGPQDPEESASRQRFGEALQDQEKAWG-FPENATAP
               70        80        90       100       110          

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 GSRSYSPDHRQKKHRKLSELERPHKVSHGHERRDERKRCHRMSPTYSSDPESSDYGHVQS
        : :.::.::.  .:     .:::  ::..: : ::: : :..:        .: :. ..
CCDS11 RSPSHSPEHRRTARRTPPGQQRPHPRSHSREPRAERK-CPRIAP--------ADSGRYRA
     120       130       140       150        160               170

     180       190       200       210       220         230       
pF1KB6 PPSCTSPHQMYVDHYRSLEEDQEPIVSHQKPGKGHSNAFQDRLGASQ--ERHLGEPHGKG
        :. :.: .:         :  :: .  ..::.::..: :   :.        :.:.::.
CCDS11 SPTRTAPLRM--------PEGPEPAAPGKQPGRGHTHAAQ---GGPLLCPGCQGQPQGKA
              180               190       200          210         

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB6 VVSQNKEHKSSHKDKRPVDAKSDEKASVVSREKSHKALSKEENRRPPSGDNAREKPPSS-
       :::..: ::::...:::. :..: .. .. ::::  :  .::. : ::  .::.. ::. 
CCDS11 VVSHSKGHKSSRQEKRPLCAQGDWHSPTLIREKSCGACLREETPRMPSWASARDRQPSDF
     220       230       240       250       260       270         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB6 GVKKEKDREGSSLKKKCLPPSEAASDNHLKKPKHRDPEKAKLDKSKQGLDSFDTGKGAGD
        . ::  . ::. .   .:  : : :.: :.:.:     .. .:.. .::. : :.:.  
CCDS11 KTDKEGGQAGSGQR---VPALEEAPDSHQKRPQH-----SHSNKKRPSLDGRDPGNGTHG
     280       290          300       310            320       330 

        360       370        380       390       400       410     
pF1KB6 LLPKVKEKGSNNLKTPEGKVKT-NLDRKSLGSLPKVEETDMEDEFEQPTMSFESYLSYDQ
       : :. ::. ::. .: :::  : .::: :..:: .:::.:: .::::::.: :.::.:::
CCDS11 LSPEEKEQLSNDRETQEGKPPTAHLDRTSVSSLSEVEEVDMAEEFEQPTLSCEKYLTYDQ
             340       350       360       370       380       390 

         420       430       440       450       460         470   
pF1KB6 PRKKKKKIVKTSATALGDKGLKKNDSKSTGKNLDSVQKLPKVNKTKSEK--PAGADLAKL
        ::.:::  :...::::::  : :.::.: .. ::..::: :....::.   :::: :  
CCDS11 LRKQKKKTGKSATTALGDKQRKANESKGTRESWDSAKKLPPVQESQSERLQAAGADSAGP
             400       410       420       430       440       450 

            480       490       500       510       520       530  
pF1KB6 RKVPD-VLPVLPDLPLPAIQANYRPLPSLELISSFQPKRKAFSSPQEEEEAGFTGRRMNS
       . ::. :.  : ::    .:::: :: . . ..: : : .:.:::. .:::.: :::.:.
CCDS11 KTVPSHVFSELWDLSEAWMQANYDPLSDSDSMTS-QAKPEALSSPKFREEAAFPGRRVNA
             460       470       480        490       500       510

            540       550       560       570       580       590  
pF1KB6 KMQVYSGSKCAYLPKMMTLHQQCIRVLKNNIDSIFEVGGVPYSVLEPVLERCTPDQLYRI
       :: :::::. :   .. ::.::: .::.:: :.. .:: ::: :::::::   :::::: 
CCDS11 KMPVYSGSRPACQLQVPTLRQQCAQVLRNNPDALSDVGEVPYWVLEPVLEGWRPDQLYRR
              520       530       540       550       560       570

            600       610       620       630       640       650  
pF1KB6 EEYNHVLIEETDQLWKVHCHRDFKEERPEEYESWREMYLRLQDAREQRLRVLTKNIQFAH
       .. ::.:..:::.: . :: .:::::.:.: ..:::.:::: :: ::::::.: ::. :.
CCDS11 KKDNHALVRETDELRRNHCFQDFKEEKPQENKTWREQYLRLPDAPEQRLRVMTTNIRSAR
              580       590       600       610       620       630

            660       670       680       690       700       710  
pF1KB6 ANKPKGRQAKMAFVNSVAKPPRDVRRRQEKFGTGGAAVPEKIKIKPAPYPMGSSHASASS
       .:.:.::.:::   .:::: : :. :::::  ..: : ::. .::::  : ::::. .:.
CCDS11 GNNPNGREAKMICFKSVAKTPYDTSRRQEK--SAGDADPENGEIKPASKPAGSSHTPSSQ
              640       650       660         670       680        

                       720       730       740       750       760 
pF1KB6 ISFNPS-----------PEEPAYDGPSTSSAHLAPVVSSTVSYDPRKPTVKKIAPMMAKT
        : . .           ::. :    :.:. : ::....      :: ..::.::.:::.
CCDS11 SSSGGGRDSSSSILRWLPEKRANPCLSSSNEHAAPAAKT------RKQAAKKVAPLMAKA
      690       700       710       720             730       740  

             770  
pF1KB6 IKAFKNRFSRR
       :. .: :::::
CCDS11 IRDYKRRFSRR
            750   

>>CCDS11931.1 TCEB3C gene_id:162699|Hs108|chr18           (546 aa)
 initn: 1429 init1: 727 opt: 878  Z-score: 648.5  bits: 130.3 E(32554): 8.4e-30
Smith-Waterman score: 1204; 37.1% identity (54.5% similar) in 776 aa overlap (1-772:1-546)

                10        20        30        40        50         
pF1KB6 MAAESA-LQVVEKLQARLAANPDPKKLLKYLKKLSTLPITVDILAETGVGKTVNSLRKHE
       ::: :. :..: :::.:::.. .:::: :::.:::.::.:.:::::::. :::. ::::.
CCDS11 MAAGSTTLRAVGKLQVRLATKTEPKKLEKYLQKLSALPMTADILAETGIRKTVKRLRKHQ
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 HVGSFARDLVAQWKKLVPVERNAEPDEQDFEKSNSRKRPRDALQKEEEMEGDYQETWKAT
       :::.:::::.:.::::: :.::. :: :: :.: ::.:  .:::..:.  : . :.  : 
CCDS11 HVGDFARDLAARWKKLVLVDRNTGPDPQDPEESASRQRFGEALQEREKAWG-FPENATAP
               70        80        90       100       110          

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        : :.::.::.  .:     .:::  : ..: : ::::  ::.:        .: :  ..
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       ::. :.:  :         :  :: :  ..::.::..: :    :: . .   :.:.:..
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       : :..: ::::.                                    : .:...::   
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          :.:. :. :..                                              
CCDS11 ---VQESQSERLQA----------------------------------------------
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CCDS11 ------------------------------------------------AGADSAGPKTVP
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       . :.  : :     .::::  : ..: ..: : . .:.:.:  .:::.: :::.:.:: :
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       ::::. :   .. ::.:::.:: .:: :.. .: ::::::::::::  ::::::: :. :
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        .: .:::.::..:: .:::::.:.:.:::::.::::.:::::::::.: .:. :. :::
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       .:::.::   ::::: : :. :::::  ..::: : . ...::: : :::.:  :...  
CCDS11 SGRQTKMICFNSVAKTPYDASRRQEK--SAGAADPGNGEMEPAPKPAGSSQAP-SGLG--
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        . .  . .: ..:. : ::. ..      :: ..::.::.:::.:. .:.:::::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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