Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6277
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6277, 781 aa
1>>>pF1KB6277 781 - 781 aa - 781 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8638+/-0.00112; mu= 17.5543+/- 0.067
mean_var=77.5432+/-15.773, 0's: 0 Z-trim(103.1): 46 B-trim: 331 in 1/47
Lambda= 0.145647
statistics sampled from 7231 (7266) to 7231 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 3.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2694.1 CTNNB1 gene_id:1499|Hs108|chr3 ( 781) 5129 1088.0 0
CCDS11407.1 JUP gene_id:3728|Hs108|chr17 ( 745) 3165 675.4 9.5e-194
>>CCDS2694.1 CTNNB1 gene_id:1499|Hs108|chr3 (781 aa)
initn: 5129 init1: 5129 opt: 5129 Z-score: 5821.9 bits: 1088.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5129; 100.0% identity (100.0% similar) in 781 aa overlap (1-781:1-781)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATQADLMELDMAMEPDRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSGKGNPEEEDVDTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MATQADLMELDMAMEPDRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSGKGNPEEEDVDTS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QVLYEWEQGFSQSFTQEQVADIDGQYAMTRAQRVRAAMFPETLDEGMQIPSTQFDAAHPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QVLYEWEQGFSQSFTQEQVADIDGQYAMTRAQRVRAAMFPETLDEGMQIPSTQFDAAHPT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NVQRLAEPSQMLKHAVVNLINYQDDAELATRAIPELTKLLNDEDQVVVNKAAVMVHQLSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 NVQRLAEPSQMLKHAVVNLINYQDDAELATRAIPELTKLLNDEDQVVVNKAAVMVHQLSK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KEASRHAIMRSPQMVSAIVRTMQNTNDVETARCTAGTLHNLSHHREGLLAIFKSGGIPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 KEASRHAIMRSPQMVSAIVRTMQNTNDVETARCTAGTLHNLSHHREGLLAIFKSGGIPAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VKMLGSPVDSVLFYAITTLHNLLLHQEGAKMAVRLAGGLQKMVALLNKTNVKFLAITTDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VKMLGSPVDSVLFYAITTLHNLLLHQEGAKMAVRLAGGLQKMVALLNKTNVKFLAITTDC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LQILAYGNQESKLIILASGGPQALVNIMRTYTYEKLLWTTSRVLKVLSVCSSNKPAIVEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LQILAYGNQESKLIILASGGPQALVNIMRTYTYEKLLWTTSRVLKVLSVCSSNKPAIVEA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 GGMQALGLHLTDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQEGMEGLLGTLVQLLGSDDINVVTCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 GGMQALGLHLTDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQEGMEGLLGTLVQLLGSDDINVVTCA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AGILSNLTCNNYKNKMMVCQVGGIEALVRTVLRAGDREDITEPAICALRHLTSRHQEAEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 AGILSNLTCNNYKNKMMVCQVGGIEALVRTVLRAGDREDITEPAICALRHLTSRHQEAEM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AQNAVRLHYGLPVVVKLLHPPSHWPLIKATVGLIRNLALCPANHAPLREQGAIPRLVQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 AQNAVRLHYGLPVVVKLLHPPSHWPLIKATVGLIRNLALCPANHAPLREQGAIPRLVQLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VRAHQDTQRRTSMGGTQQQFVEGVRMEEIVEGCTGALHILARDVHNRIVIRGLNTIPLFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VRAHQDTQRRTSMGGTQQQFVEGVRMEEIVEGCTGALHILARDVHNRIVIRGLNTIPLFV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 QLLYSPIENIQRVAAGVLCELAQDKEAAEAIEAEGATAPLTELLHSRNEGVATYAAAVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QLLYSPIENIQRVAAGVLCELAQDKEAAEAIEAEGATAPLTELLHSRNEGVATYAAAVLF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 RMSEDKPQDYKKRLSVELTSSLFRTEPMAWNETADLGLDIGAQGEPLGYRQDDPSYRSFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RMSEDKPQDYKKRLSVELTSSLFRTEPMAWNETADLGLDIGAQGEPLGYRQDDPSYRSFH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 SGGYGQDALGMDPMMEHEMGGHHPGADYPVDGLPDLGHAQDLMDGLPPGDSNQLAWFDTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 SGGYGQDALGMDPMMEHEMGGHHPGADYPVDGLPDLGHAQDLMDGLPPGDSNQLAWFDTD
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 L
:
CCDS26 L
>>CCDS11407.1 JUP gene_id:3728|Hs108|chr17 (745 aa)
initn: 3118 init1: 2428 opt: 3165 Z-score: 3591.9 bits: 675.4 E(32554): 9.5e-194
Smith-Waterman score: 3188; 68.6% identity (85.1% similar) in 751 aa overlap (8-755:1-731)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATQADLMELDMAMEPDRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSGKGNPEEEDVDTS
::. :: : :..::: ::::::::.: .::.:.:: ::...
CCDS11 MEVMNLMEQPIK--VTEWQQTYTYDSGIHSGANTCVPSVSSKGIMEEDEACGR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 QVLYEWEQGFSQSFTQEQVADIDGQYAMT-RAQRVRAAMFPETLDEGMQIP-STQFDAAH
: . ..:. : .:.. :.. : ::.::: :: : . : .. .:: .. .
CCDS11 QYTLKKTTTYTQGVPPSQ-GDLEYQMSTTARAKRVREAMCPGVSGEDSSLLLATQVEG-Q
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 PTNVQRLAEPSQMLKHAVVNLINYQDDAELATRAIPELTKLLNDEDQVVVNKAAVMVHQL
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CCDS11 ATNLQRLAEPSQLLKSAIVHLINYQDDAELATRALPELTKLLNDEDPVVVTKAAMIVNQL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SKKEASRHAIMRSPQMVSAIVRTMQNTNDVETARCTAGTLHNLSHHREGLLAIFKSGGIP
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CCDS11 SKKEASRRALMGSPQLVAAVVRTMQNTSDLDTARCTTSILHNLSHHREGLLAIFKSGGIP
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 ALVKMLGSPVDSVLFYAITTLHNLLLHQEGAKMAVRLAGGLQKMVALLNKTNVKFLAITT
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CCDS11 ALVRMLSSPVESVLFYAITTLHNLLLYQEGAKMAVRLADGLQKMVPLLNKNNPKFLAITT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DCLQILAYGNQESKLIILASGGPQALVNIMRTYTYEKLLWTTSRVLKVLSVCSSNKPAIV
::::.::::::::::::::.:::::::.:::.:.:::::::::::::::::: :::::::
CCDS11 DCLQLLAYGNQESKLIILANGGPQALVQIMRNYSYEKLLWTTSRVLKVLSVCPSNKPAIV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 EAGGMQALGLHLTDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQEGMEGLLGTLVQLLGSDDINVVT
::::::::: :::. : :::::::::::::::.::::::.:..: ::. :. ::.::.:
CCDS11 EAGGMQALGKHLTSNSPRLVQNCLWTLRNLSDVATKQEGLESVLKILVNQLSVDDVNVLT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 CAAGILSNLTCNNYKNKMMVCQVGGIEALVRTVLRAGDREDITEPAICALRHLTSRHQEA
::.: :::::::: ::: .: : .:.:::....:::::..::::::.:::::::::: ::
CCDS11 CATGTLSNLTCNNSKNKTLVTQNSGVEALIHAILRAGDKDDITEPAVCALRHLTSRHPEA
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 EMAQNAVRLHYGLPVVVKLLHPPSHWPLIKATVGLIRNLALCPANHAPLREQGAIPRLVQ
:::::.:::.::.:..::::. :..:::.:::.::::::::::::::::.: ..::::::
CCDS11 EMAQNSVRLNYGIPAIVKLLNQPNQWPLVKATIGLIRNLALCPANHAPLQEAAVIPRLVQ
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 LLVRAHQDTQRRTSMGGTQQQFVEGVRMEEIVEGCTGALHILARDVHNRIVIRGLNTIPL
:::.::::.::... .:::: ...::::::::::::::::::::: ::. : ::::::
CCDS11 LLVKAHQDAQRHVA-AGTQQPYTDGVRMEEIVEGCTGALHILARDPMNRMEIFRLNTIPL
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 FVQLLYSPIENIQRVAAGVLCELAQDKEAAEAIEAEGATAPLTELLHSRNEGVATYAAAV
::::::: .:::::::::::::::::::::.::.::::.::: :::::::::.:::::::
CCDS11 FVQLLYSSVENIQRVAAGVLCELAQDKEAADAIDAEGASAPLMELLHSRNEGTATYAAAV
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KB6 LFRMSEDKPQDYKKRLSVELTSSLFRTEPMAWNETADLGLDIGAQGEPLGYRQDDPSYRS
:::.:::: ::.::.:::::.:::. .: :: :.:. . :. :: : .: .::
CCDS11 LFRISEDKNPDYRKRVSVELTNSLFKHDPAAW-EAAQSMIPIN---EPYGDDMD-ATYRP
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KB6 FHSGGYGQDALGMDPMMEH-EMGGHHPGADYPVDGLPDLGHAQDLMDGLPPGDSNQLAWF
. :..: . .::. : .: : :::.: :
CCDS11 M----YSSD-VPLDPLEMHMDMDG-----DYPIDTYSDGLRPPYPTADHMLA
710 720 730 740
780
pF1KB6 DTDL
781 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 01:23:12 2016 done: Sat Nov 5 01:23:13 2016
Total Scan time: 3.970 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]