FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6290, 785 aa 1>>>pF1KB6290 785 - 785 aa - 785 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7536+/-0.000533; mu= -2.8149+/- 0.033 mean_var=585.8321+/-135.959, 0's: 0 Z-trim(119.1): 1147 B-trim: 1846 in 1/57 Lambda= 0.052989 statistics sampled from 31226 (32783) to 31226 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.384), width: 16 Scan time: 13.570 The best scores are: opt bits E(85289) NP_612482 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 ( 785) 5133 408.6 5.3e-113 XP_011536998 (OMIM: 189906) PREDICTED: transcripti ( 778) 5083 404.8 7.5e-112 NP_003100 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 ( 778) 5083 404.8 7.5e-112 NP_001238754 (OMIM: 189906) transcription factor S ( 737) 4487 359.2 3.8e-98 NP_003102 (OMIM: 601804) transcription factor Sp3 ( 781) 1589 137.7 1.9e-31 NP_001166183 (OMIM: 601804) transcription factor S ( 778) 1564 135.7 7.2e-31 NP_001017371 (OMIM: 601804) transcription factor S ( 713) 1438 126.1 5.4e-28 NP_001313471 (OMIM: 600540) transcription factor S ( 767) 1117 101.6 1.4e-20 XP_005249885 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 767) 1117 101.6 1.4e-20 NP_003103 (OMIM: 600540) transcription factor Sp4 ( 784) 1117 101.6 1.4e-20 NP_001313472 (OMIM: 600540) transcription factor S ( 471) 1023 94.1 1.5e-18 XP_011513788 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 711) 904 85.2 1.1e-15 XP_005249886 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 706) 884 83.7 3e-15 XP_011523440 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 760) 850 81.1 1.9e-14 XP_011523439 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 768) 850 81.1 1.9e-14 XP_011523438 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 771) 850 81.1 1.9e-14 XP_011523442 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 717) 849 81.0 1.9e-14 XP_016880457 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_011523445 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_006722089 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_011523444 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_006722090 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_006722088 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_016880458 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 845 80.7 2.3e-14 XP_006722086 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 667) 845 80.7 2.3e-14 NP_003101 (OMIM: 601801) transcription factor Sp2 ( 613) 844 80.5 2.3e-14 XP_011523441 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 727) 845 80.7 2.4e-14 NP_001003845 (OMIM: 609391) transcription factor S ( 398) 693 68.7 5.4e-11 XP_005246599 (OMIM: 609391) PREDICTED: transcripti ( 442) 693 68.8 5.7e-11 XP_011509461 (OMIM: 609391) PREDICTED: transcripti ( 454) 693 68.8 5.8e-11 NP_945194 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 ( 490) 682 68.0 1.1e-10 NP_874359 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 ( 508) 682 68.0 1.1e-10 XP_016868046 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 661) 623 63.7 3e-09 XP_011513791 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 562) 611 62.7 5.1e-09 XP_011513789 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 572) 611 62.7 5.1e-09 XP_011536202 (OMIM: 606633,613849) PREDICTED: tran ( 413) 606 62.1 5.6e-09 NP_001287766 (OMIM: 606633,613849) transcription f ( 413) 606 62.1 5.6e-09 NP_690599 (OMIM: 606633,613849) transcription fact ( 431) 606 62.1 5.7e-09 NP_001166938 (OMIM: 606633,613849) transcription f ( 431) 606 62.1 5.7e-09 NP_954871 (OMIM: 608613) transcription factor Sp6 ( 376) 584 60.4 1.7e-08 NP_001245177 (OMIM: 608613) transcription factor S ( 376) 584 60.4 1.7e-08 XP_006722178 (OMIM: 608613) PREDICTED: transcripti ( 376) 584 60.4 1.7e-08 NP_057079 (OMIM: 605328,612001) Krueppel-like fact ( 288) 502 53.9 1.1e-06 NP_001171187 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like f ( 495) 488 53.2 3.2e-06 NP_001171189 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like f ( 495) 488 53.2 3.2e-06 NP_003588 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like fact ( 512) 488 53.2 3.3e-06 NP_001197 (OMIM: 602902) Krueppel-like factor 9 [H ( 244) 473 51.6 4.7e-06 NP_001027453 (OMIM: 601878) Krueppel-like factor 1 ( 469) 477 52.3 5.6e-06 NP_005646 (OMIM: 601878) Krueppel-like factor 10 i ( 480) 477 52.3 5.6e-06 NP_114124 (OMIM: 606139) Krueppel-like factor 16 [ ( 252) 442 49.3 2.5e-05 >>NP_612482 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 isof (785 aa) initn: 5133 init1: 5133 opt: 5133 Z-score: 2149.7 bits: 408.6 E(85289): 5.3e-113 Smith-Waterman score: 5133; 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NP_001 TVSSVQYQVIPQIQSADGQQVQIGFTGSSDNGGINQE-SSQIQIIPGSNQTLLASGTPSA 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 pF1KB6 NIIAAMPNLLQQAVPLQGLA--NNVLSGQTQYVTNVPVALNGNITLLPVNSVSAATL--T :: .:. : : .::.: .. . :::: :.:::..: ::::..:.:::. .: . NP_001 NIQNLIPQTGQ--VQVQGVAIGGSSFPGQTQVVANVPLGLPGNITFVPINSVDLDSLGLS 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 PSSQAVT---------ISSSGSQESGSQPVTSGTTISSASLVSSQASSSSFFTNANSYST :::..: :... ...:... .: .: .. ...... : ...: . NP_001 GSSQTMTAGINADGHLINTGQAMDSSDNSERTGERVSP-DINETNTDTDLFVPTSSSSQL 280 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KB6 TTTTSNMGIMNFTTSGSSGTNSQGQTPQRVSGLQGSDALNIQQNQTSGGSLQAGQQKEGE .: .. ::.. .:. : :.:.::. . : :::. . ...:.. ..:.. . 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