Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6365
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6365, 268 aa
1>>>pF1KB6365 268 - 268 aa - 268 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4364+/-0.00068; mu= 6.7234+/- 0.042
mean_var=123.6669+/-24.353, 0's: 0 Z-trim(114.5): 34 B-trim: 43 in 1/52
Lambda= 0.115331
statistics sampled from 15063 (15097) to 15063 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.464), width: 16
Scan time: 1.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34021.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4 ( 268) 1785 307.0 8.7e-84
CCDS3586.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4 ( 123) 788 141.0 3.9e-34
CCDS8527.1 FGF6 gene_id:2251|Hs108|chr12 ( 208) 423 80.4 1.2e-15
CCDS5998.1 FGF20 gene_id:26281|Hs108|chr8 ( 211) 408 77.9 6.6e-15
CCDS9298.1 FGF9 gene_id:2254|Hs108|chr13 ( 208) 402 76.9 1.3e-14
CCDS75996.1 FGF16 gene_id:8823|Hs108|chrX ( 207) 398 76.2 2.1e-14
CCDS8194.1 FGF4 gene_id:2249|Hs108|chr11 ( 206) 397 76.0 2.3e-14
CCDS3950.1 FGF10 gene_id:2255|Hs108|chr5 ( 208) 363 70.4 1.2e-12
CCDS8195.1 FGF3 gene_id:2248|Hs108|chr11 ( 239) 349 68.1 6.7e-12
CCDS34059.1 FGF2 gene_id:2247|Hs108|chr4 ( 288) 345 67.5 1.2e-11
CCDS9501.1 FGF14 gene_id:2259|Hs108|chr13 ( 247) 337 66.1 2.7e-11
CCDS9500.1 FGF14 gene_id:2259|Hs108|chr13 ( 252) 337 66.1 2.8e-11
CCDS11105.1 FGF11 gene_id:2256|Hs108|chr17 ( 225) 334 65.6 3.6e-11
>>CCDS34021.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4 (268 aa)
initn: 1785 init1: 1785 opt: 1785 Z-score: 1617.7 bits: 307.0 E(32554): 8.7e-84
Smith-Waterman score: 1785; 100.0% identity (100.0% similar) in 268 aa overlap (1-268:1-268)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
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CCDS34 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPP
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 SPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
250 260
>>CCDS3586.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4 (123 aa)
initn: 788 init1: 788 opt: 788 Z-score: 726.4 bits: 141.0 E(32554): 3.9e-34
Smith-Waterman score: 788; 100.0% identity (100.0% similar) in 119 aa overlap (1-119:1-119)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHR
CCDS35 VHR
>>CCDS8527.1 FGF6 gene_id:2251|Hs108|chr12 (208 aa)
initn: 433 init1: 335 opt: 423 Z-score: 394.6 bits: 80.4 E(32554): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 423; 40.6% identity (66.8% similar) in 187 aa overlap (32-218:37-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 SLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASS
:.::.: : .:: . .. .: : :
CCDS85 LFITMSRGAGRLQGTLWALVFLGILVGMVVPSPAGTRANNTLLDSR-GWGTLLSRSRA--
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSVL
.:... .:.. : . . .: ::: ::::::::. :::...:.:: : :.:
CCDS85 ----GLAGEIAGVNWES-GYLVGIKRQRRLYCNVGIGFHLQVLPDGRISGTHEENPYSLL
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRT
:: .: .:.:.. :: : :.::..::.:.:. .: ..::::: . :.::.: : ...
CCDS85 EISTVERGVVSLFGVRSALFVAMNSKGRLYATPSFQEECKFRETLLPNNYNAYESDLYQG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPS
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CCDS85 T------YIALSKYGRVKRG--SKVSPIMTVTHFLPRI
180 190 200
250 260
pF1KB6 PIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
>>CCDS5998.1 FGF20 gene_id:26281|Hs108|chr8 (211 aa)
initn: 367 init1: 263 opt: 408 Z-score: 381.0 bits: 77.9 E(32554): 6.6e-15
Smith-Waterman score: 408; 48.3% identity (76.9% similar) in 143 aa overlap (87-227:65-203)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SSASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGS-HEA
: .::::.: ::::: :::.:.:. ..
CCDS59 PLLGERRSAAERSARGGPGAAQLAHLHGILRRRQLYCRTG--FHLQILPDGSVQGTRQDH
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 NMLSVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYA
.....::...:. :.:.:::: :. .:.:. ::.:..: :.:..: :::.:.:: ::::.
CCDS59 SLFGILEFISVAVGLVSIRGVDSGLYLGMNDKGELYGSEKLTSECIFREQFEENWYNTYS
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SAIHRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQ-PELSFTVTVP
: :.. :::...::::: : . : : : .. :::::: . :. :::
CCDS59 SNIYKHGDTGRRYFVALNKDGTPRDGA--RSKRHQKFTHFLPRPVDPERVPELYKDLLMY
160 170 180 190 200 210
240 250 260
pF1KB6 EKKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
CCDS59 T
>>CCDS9298.1 FGF9 gene_id:2254|Hs108|chr13 (208 aa)
initn: 410 init1: 267 opt: 402 Z-score: 375.7 bits: 76.9 E(32554): 1.3e-14
Smith-Waterman score: 402; 37.7% identity (70.0% similar) in 207 aa overlap (26-227:1-200)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGP--AATDRNPRGSSSRQS-SSSAMSSS
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CCDS92 MAPLGEVGNYFGVQDAVPFGNVPVLPVDSPVLLSD
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSH-EAN
..: :..: .: .. . . . :: .::::.: :::.:.:.: ..:.. . .
CCDS92 HLGQSEAGGL-PRGPAVTDLDHLKGILRRR--QLYCRTG--FHLEIFPNGTIQGTRKDHS
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 MLSVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYAS
...::..... :.:.:::: :. .:.:..::.:..: :.:..: :::.:.:: ::::.:
CCDS92 RFGILEFISIAVGLVSIRGVDSGLYLGMNEKGELYGSEKLTQECVFREQFEENWYNTYSS
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AIHRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQ-PELSFTVTVPE
... :::..:::::: : ..: :.: .. :::::: . .. :::
CCDS92 NLYKHVDTGRRYYVALNKDGTPREGT--RTKRHQKFTHFLPRPVDPDKVPELYKDILSQS
160 170 180 190 200
240 250 260
pF1KB6 KKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
>>CCDS75996.1 FGF16 gene_id:8823|Hs108|chrX (207 aa)
initn: 376 init1: 254 opt: 398 Z-score: 372.2 bits: 76.2 E(32554): 2.1e-14
Smith-Waterman score: 398; 38.7% identity (71.5% similar) in 186 aa overlap (51-228:19-200)
30 40 50 60 70
pF1KB6 HGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASSSPA---ASLGSQGSGLEQS
::.... ..::. ::. . :...
CCDS75 MAEVGGVFASLDWDLHGFSSSLGNVPLADSPGFLNERLGQIEGKLQRG
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 S---FQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGS-HEANMLSVLEIFAVSQGIVGI
: : . : .::::.: :::.:.:.: :.:. :. . ...::..... :...:
CCDS75 SPTDFAHLKGILRRRQLYCRTG--FHLEIFPNGTVHGTRHDHSRFGILEFISLAVGLISI
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 RGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRTEKTGREWYVALN
::: :. .:.:...:.:..: :.: .: :::.:.:: ::::::.... . :..:::::
CCDS75 RGVDSGLYLGMNERGELYGSKKLTRECVFREQFEENWYNTYASTLYKHSDSERQYYVALN
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 KRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPR-FKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAP
: :. ..: :.: .. :::::: :. : .:
CCDS75 KDGSPREGY--RTKRHQKFTHFLPRPVDPSKLPSMSRDLFHYR
170 180 190 200
260
pF1KB6 RKNTNSVKYRLKFRFG
>>CCDS8194.1 FGF4 gene_id:2249|Hs108|chr11 (206 aa)
initn: 417 init1: 305 opt: 397 Z-score: 371.3 bits: 76.0 E(32554): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 397; 38.3% identity (64.3% similar) in 196 aa overlap (26-219:20-206)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGS--SSRQSSSSAMSSSS
::: . : ::. : :. . . .. . :
CCDS81 MSGPGTAAVALLPAVLLALLAPWAGRGGAAAPTAPNGTLEAELERRWESLVALS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANML
. :.:. .. ....... .. . .: ::: :::::::: :::...:.: .
CCDS81 LARLPVAAQPKE-AAVQSGAGDYLLGIKRLRRLYCNVGIGFHLQALPDGRIGGAHADTRD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAI
:.::. : .:.:.: :: : :.:::.::::..: :::.: :.: . :.::.: :
CCDS81 SLLELSPVERGVVSIFGVASRFFVAMSSKGKLYGSPFFTDECTFKEILLPNNYNAYESY-
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKK
. : ..::.: ::.:.: ::.: ::::::.
CCDS81 ---KYPG--MFIALSKNGKTKKG--NRVSPTMKVTHFLPRL
180 190 200
240 250 260
pF1KB6 PPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
>>CCDS3950.1 FGF10 gene_id:2255|Hs108|chr5 (208 aa)
initn: 356 init1: 226 opt: 363 Z-score: 340.7 bits: 70.4 E(32554): 1.2e-12
Smith-Waterman score: 363; 39.5% identity (70.3% similar) in 172 aa overlap (48-217:38-203)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 AWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASSSPAASLGSQGS-GLEQ
:. .. : : :..: ..:..: .: : .
CCDS39 HCASAFPHLPGCCCCCFLLLFLVSSVPVTCQALGQDMVSPEATNSSSSSFSSPSSAGRHV
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 SSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANM-LSVLEIFAVSQGIVGIRG
:.. . : .:. . . :.: .:::.:... : :.::: .: :.:....
CCDS39 RSYNHLQGDVRWRKLFSFTK--YFLKIEKNGKVSGTKKENCPYSILEITSVEIGVVAVKA
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRTEKTGREWYVALNKR
. :: .:::.:::::..: .:..:::..::..::.:::::: ...::. ::::: .
CCDS39 INSNYYLAMNKKGKLYGSKEFNNDCKLKERIEENGYNTYAS--FNWQHNGRQMYVALNGK
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 GKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAPRKN
: .:: . : : . :.::::
CCDS39 GAPRRGQKTRRK--NTSAHFLPMVVHS
190 200
>>CCDS8195.1 FGF3 gene_id:2248|Hs108|chr11 (239 aa)
initn: 368 init1: 312 opt: 349 Z-score: 327.2 bits: 68.1 E(32554): 6.7e-12
Smith-Waterman score: 404; 36.5% identity (66.5% similar) in 197 aa overlap (63-246:17-209)
40 50 60 70 80
pF1KB6 GPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASSSPAASLGSQ---GSGLEQSSFQWSPSGRRTG
:::. :.. .: . . .. .. :
CCDS81 MGLIWLLLLSLLEPGWPAAGPGARLRRDAGGRGGVYEHLGGAPRRR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 SLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGK
.::: . .:::..:.:.:::: : . :.::: :: :::.:::.::...:::.:.:.
CCDS81 KLYC--ATKYHLQLHPSGRVNGSLENSAYSILEITAVEVGIVAIRGLFSGRYLAMNKRGR
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KB6 LHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRTEKTG----------REWYVALNKRGKAK
:.:: ... .:.: ::..: .:::::: ..:: .. : :::..: .:. .
CCDS81 LYASEHYSAECEFVERIHELGYNTYASRLYRTVSSTPGARRQPSAERLWYVSVNGKGRPR
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSV
:: . : . :. :. :::: . .. :. . . : . ..:.
CCDS81 RGFKTR-RTQK-SSLFLPRVLDHRDHEMVRQLQSGLPRPPGKGVQPRRRRQKQSPDNLEP
170 180 190 200 210 220
260
pF1KB6 KYRLKFRFG
CCDS81 SHVQASRLGSQLEASAH
230
>>CCDS34059.1 FGF2 gene_id:2247|Hs108|chr4 (288 aa)
initn: 325 init1: 176 opt: 345 Z-score: 322.3 bits: 67.5 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 345; 36.0% identity (62.1% similar) in 203 aa overlap (24-222:103-288)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQP-GPAATDRNPRGSSSRQSSSS
.:.. .:. : :: : . .:: . ..
CCDS34 RPSGSRLGDRGRGRALPGGRLGGRGRGRAPERVGGRGRGRGTAAPRAAPAARGSRPGPAG
80 90 100 110 120 130
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AMSSSSASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSG--RRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVN
.:...: .. :: . ::: .: : : . :::. : :: :.:.:::.:.
CCDS34 TMAAGSITTLPALPEDG-GSG----AF---PPGHFKDPKRLYCKNG-GFFLRIHPDGRVD
140 150 160 170 180
120 130 140 150 160
pF1KB6 GSHEANMLSV-LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQEN
: .: . . :.. : .:.:.:.:: .:..:::.. :.: :: ::.: : ::.. :
CCDS34 GVREKSDPHIKLQLQAEERGVVSIKGVCANRYLAMKEDGRLLASKCVTDECFFFERLESN
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 SYNTYASAIHRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSF
.:::: :..: :::::.. :. : : .. : . . ::: .:
CCDS34 NYNTY-----RSRKY-TSWYVALKRTGQYKLG--SKTGPGQKAILFLPMSAKS
250 260 270 280
230 240 250 260
pF1KB6 TVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
268 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]