Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6368
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6368, 298 aa
1>>>pF1KB6368 298 - 298 aa - 298 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9096+/-0.0008; mu= 10.1494+/- 0.049
mean_var=135.1694+/-26.569, 0's: 0 Z-trim(113.8): 160 B-trim: 431 in 1/52
Lambda= 0.110315
statistics sampled from 14233 (14412) to 14233 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.775), E-opt: 0.2 (0.443), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 ( 298) 1960 322.5 2.4e-88
CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 ( 296) 881 150.8 1.2e-36
CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 ( 308) 878 150.3 1.7e-36
CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 ( 340) 664 116.3 3.3e-26
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 405 74.9 5.9e-14
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 373 69.8 2e-12
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 373 69.8 2.2e-12
CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 ( 206) 364 68.4 5.2e-12
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 ( 183) 358 67.4 9.3e-12
CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 ( 183) 353 66.6 1.6e-11
CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX ( 183) 349 65.9 2.5e-11
>>CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 (298 aa)
initn: 1960 init1: 1960 opt: 1960 Z-score: 1699.6 bits: 322.5 E(32554): 2.4e-88
Smith-Waterman score: 1960; 100.0% identity (100.0% similar) in 298 aa overlap (1-298:1-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTLNTEQEAKTPLHRRASTPLPLSPRGHQPGRLSTVPSTQSQHPRLGQSASLNPPTQKPS
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CCDS13 MTLNTEQEAKTPLHRRASTPLPLSPRGHQPGRLSTVPSTQSQHPRLGQSASLNPPTQKPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHEQLGEDVYERT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHEQLGEDVYERT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFESASELRIQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFESASELRIQLR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQHNVAELFEGVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQHNVAELFEGVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB6 RQLRLRRRDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RQLRLRRRDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
250 260 270 280 290
>>CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 (296 aa)
initn: 748 init1: 540 opt: 881 Z-score: 771.6 bits: 150.8 E(32554): 1.2e-36
Smith-Waterman score: 894; 52.1% identity (76.2% similar) in 286 aa overlap (27-298:14-296)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTLNTEQEAKTPLHRRASTPLPLSPRGHQPGRLS-TVPSTQSQHPRLGQSASLNPPTQKP
: :: . ..:. ...: . . ..
CCDS62 MTLNNVTMRQGTVGMQPQQQRWSIPA-DGRHLMVQKEPHQYSHRNRH
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KB6 SPAPDD-----WSSESSDSEGSWEA---LYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQER-DLH-
: .:.: :::.:.:: : :. :::::.:. ::::..::..::: .. :
CCDS62 SATPEDHCRRSWSSDSTDSVISSESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDC
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 EQLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSF
: ::::.::::: ::::..:....: :: .: .. : .. :.: :.::.:::::.::.::
CCDS62 EVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWE-NKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDRASF
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 ESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQ
:.::::::::::..:.. .::::::::.::.::::::: ::::::::::::::::::..:
CCDS62 EKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAVQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 HNVAELFEGVVRQLRLRRRDSAAKEP---PAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALK
::: :::::.:::.:::: :: :. .: :. ..:::: ....:.. . :.:
CCDS62 HNVKELFEGIVRQVRLRR-DSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMAFK
230 240 250 260 270 280
290
pF1KB6 ARSKSCHNLAVL
.:::::.:.::
CCDS62 LKSKSCHDLSVL
290
>>CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 (308 aa)
initn: 724 init1: 511 opt: 878 Z-score: 768.8 bits: 150.3 E(32554): 1.7e-36
Smith-Waterman score: 907; 51.4% identity (75.5% similar) in 294 aa overlap (12-298:34-308)
10 20 30
pF1KB6 MTLNTEQEAKTPLHRRASTPLPLSPRGHQ----PGRLSTVP
:::::. .:.. : : :: :...
CCDS10 NGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRS---MPVDERDLQAALTPGALTAAA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 S-TQSQHPRLGQSASLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSL
. : .: ::: : . :. :: .:::. :..:.:.::: :::::..:
CCDS10 AGTGTQGPRLDW----------PEDSEDSLSSGGSDSD---ESVYKVLLLGAPGVGKSAL
70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ASLFAGKQERDLHEQLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSA
: .:.: .. : :. .:.:...::::...:.: : :: . : :. :.:
CCDS10 ARIFGGVEDGPEAEAAGH-TYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQD--GGRWLPGHCMAMGDA
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 YVIVYSIADRGSFESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVV
::::::..:.::::.:::::.::::..:.: :::::::::.::.: :::::.::::::::
CCDS10 YVIVYSVTDKGSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVV
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 FDCKFIETSATLQHNVAELFEGVVRQLRLRR--RDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLAR
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CCDS10 FDCKFIETSAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGR
230 240 250 260 270 280
280 290
pF1KB6 LTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
..::..:. :..:.:::::.:.::
CCDS10 IVARNSRKMAFRAKSKSCHDLSVL
290 300
>>CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 (340 aa)
initn: 532 init1: 453 opt: 664 Z-score: 584.1 bits: 116.3 E(32554): 3.3e-26
Smith-Waterman score: 704; 42.6% identity (64.9% similar) in 336 aa overlap (1-298:9-340)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTLNTEQEAKTPL-HRRASTPLPLSPRGHQPGRLSTVPSTQSQHPRLGQSAS
: ..:: : : :::: : .:.. . :. . .. : : ..
CCDS45 MHTDLDTDMDMDTETTALCPSGSRRASPPGTPTPEA-DATLLKKSEKLLAELDRSGLPSA
10 20 30 40 50
60 70 80
pF1KB6 LNPPTQKPS-PAP-----------D--DW-----SSESSDSEGSWEA-------LYRVVL
. : .. : :.: : :: :: :::: :: :: ...:.:
CCDS45 PGAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVML
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 LGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHEQLG-EDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKS
.:. ::::..::. :.: : . :: . ::.::: . :: :..:::: : :: . .
CCDS45 VGESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWE-QGDAGG
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 WSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCRE
: .. ::: :.:..::.:..:: :: .. : ..:: . .:.::::::.:::: ::
CCDS45 WLRDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSRE
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 VSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQHNVAELFEGVVRQLRLRR-RDSAA---KEPPAPRR
::.:::: : ...:: :::::.:.::. :::::.:::.:::: :. :. .: .:.
CCDS45 VSLEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEG
240 250 260 270 280 290
270 280 290
pF1KB6 PA------SLAQRARRFLARLTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
:: ::...:.:::: :. :.:. .: ::.:::.:.::
CCDS45 PAPPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAK--FFKQRSRSCHDLSVL
300 310 320 330 340
>>CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 (217 aa)
initn: 404 init1: 260 opt: 405 Z-score: 364.0 bits: 74.9 E(32554): 5.9e-14
Smith-Waterman score: 405; 36.2% identity (66.2% similar) in 210 aa overlap (68-274:10-211)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 STQSQHPRLGQSASLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLA
: .: : :: : :.::.:: ::::....
CCDS11 MEVENEASCSPGSASGGSRE--YKVVMLGAGGVGKSAMT
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SLFAGKQERDLHEQLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAY
: ..: : :. ::.:. . .:.: . : ..:: : . . . .:. ..:: ..
CCDS11 MQFISHQFPDYHDPTIEDAYKTQVRIDNEPAYLDILDT--AGQAEFTAMREQYMRGGEGF
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 VIVYSIADRGSFESAS---ELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACA
.: ::..:: ::. :. :: .:.:.:.. .:..::::: :: . :.::.::: . :
CCDS11 IICYSVTDRQSFQEAAKFKELIFQVRHTYE---IPLVLVGNKIDLEQFRQVSTEEGLSLA
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 VVFDCKFIETSATLQHNVAELFEGVVRQLRLRRRDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLAR
..: :.::::.:. . . :.:.::..: .. . : :. :: .. . : .
CCDS11 QEYNCGFFETSAALRFCIDDAFHGLVREIRKKESMPSLMEKKLKRKD-SLWKKLKGSLKK
160 170 180 190 200 210
280 290
pF1KB6 LTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
CCDS11 KRENMT
>>CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 351 init1: 247 opt: 373 Z-score: 336.4 bits: 69.8 E(32554): 2e-12
Smith-Waterman score: 373; 32.6% identity (71.3% similar) in 181 aa overlap (81-259:22-200)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHE
:..:.:: ::::.... : ... . :.
CCDS11 MDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHD
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 QLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFE
::.:. . .: : ..: ..:: : . . . ... ...: ...: :::.:: ::.
CCDS11 PTIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDT--AGQAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFH
60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQH
. :.. . :....: .:..:::::.:: . :.:. ::: : : :.: :.::::. ..
CCDS11 EVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRY
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280
pF1KB6 NVAELFEGVVRQLRLRRRDS--AAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALKAR
. ..:...::..: ..... : .. :.
CCDS11 YIDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPKNSVWKRLKSPFRKKKDSVT
170 180 190 200 210
290
pF1KB6 SKSCHNLAVL
>>CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (236 aa)
initn: 351 init1: 247 opt: 373 Z-score: 336.0 bits: 69.8 E(32554): 2.2e-12
Smith-Waterman score: 373; 32.6% identity (71.3% similar) in 181 aa overlap (81-259:39-217)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHE
:..:.:: ::::.... : ... . :.
CCDS58 ATEEGPKRTMDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHD
10 20 30 40 50 60
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 QLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFE
::.:. . .: : ..: ..:: : . . . ... ...: ...: :::.:: ::.
CCDS58 PTIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDT--AGQAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFH
70 80 90 100 110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQH
. :.. . :....: .:..:::::.:: . :.:. ::: : : :.: :.::::. ..
CCDS58 EVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRY
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280
pF1KB6 NVAELFEGVVRQLRLRRRDS--AAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALKAR
. ..:...::..: ..... : .. :.
CCDS58 YIDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPKNSVWKRLKSPFRKKKDSVT
190 200 210 220 230
290
pF1KB6 SKSCHNLAVL
>>CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 (206 aa)
initn: 339 init1: 206 opt: 364 Z-score: 329.0 bits: 68.4 E(32554): 5.2e-12
Smith-Waterman score: 364; 32.5% identity (70.7% similar) in 191 aa overlap (79-269:13-200)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 SASLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDL
::..:...:. ::::..:. : . .
CCDS54 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVED
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 HEQLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGS
.: : :.. ...:::.. . ..:: : . : . ... ...: ... :.::.. :
CCDS54 YEPTKADSYRKKVVLDGEEVQIDILDT--AGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMES
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 FESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATL
: .....: :. :... ..::..:::::.:: :.:::::.. : .. ...::::
CCDS54 FAATADFREQILRVKEDENVPFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKT
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 QHNVAELFEGVVRQLRLRRRDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALKAR
. :: ..: ..:..: :. ... :: . .. :::.: :
CCDS54 RANVDKVFFDLMREIRARKMEDS-KEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
170 180 190 200
290
pF1KB6 SKSCHNLAVL
>>CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 (183 aa)
initn: 340 init1: 240 opt: 358 Z-score: 324.6 bits: 67.4 E(32554): 9.3e-12
Smith-Waterman score: 358; 37.4% identity (69.9% similar) in 163 aa overlap (81-243:4-164)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHE
:.::.::. ::::..:. :. . ..
CCDS94 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGTFIEKYD
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 QLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFE
:: :.. . ::. ..: ..:: .:.. . .. ...:.....:::.... ::.
CCDS94 PTIEDFYRKEIEVDSSPSVLEILDTAGTEQFAS--MRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQ
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQH
. . .: :. :... ..::.::::::.:: :::: :::: : . : :.:::: .
CCDS94 DIKPMRDQIIRVKRYEKVPVILVGNKVDLESEREVSSSEGRALAEEWGCPFMETSAKSKT
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 NVAELFEGVVRQLRLRRRDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALKARSK
: ::: .:::.
CCDS94 MVDELFAEIVRQMNYAAQPDKDDPCCSACNIQ
160 170 180
>>CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 (183 aa)
initn: 335 init1: 234 opt: 353 Z-score: 320.3 bits: 66.6 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 353; 36.8% identity (71.8% similar) in 163 aa overlap (81-243:4-164)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHE
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