Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6370
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6370, 298 aa
1>>>pF1KB6370 298 - 298 aa - 298 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6413+/-0.000754; mu= 13.8233+/- 0.045
mean_var=75.2559+/-15.195, 0's: 0 Z-trim(109.0): 73 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.147844
statistics sampled from 10510 (10585) to 10510 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 2.190
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 2062 448.9 2.1e-126
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CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 698 158.0 9.2e-39
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 679 154.0 1.6e-37
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CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 663 150.6 2e-36
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CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 635 144.6 1.1e-34
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CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 618 140.9 1.3e-33
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 541 124.4 8.7e-29
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 453 105.8 5.2e-23
CCDS54974.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 334) 434 101.7 7.9e-22
CCDS53440.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 249) 414 97.3 1.2e-20
CCDS53441.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 214) 409 96.2 2.2e-20
CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 254) 387 91.6 6.6e-19
CCDS43449.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 383) 387 91.7 9.3e-19
CCDS56412.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 332) 384 91.0 1.3e-18
CCDS75423.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 351) 371 88.3 9.2e-18
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 370 88.0 9.2e-18
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 343 82.3 5.4e-16
CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 ( 335) 303 73.7 2.1e-13
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 299 72.8 3e-13
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 299 72.8 3.1e-13
CCDS75421.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 235) 296 72.2 4.3e-13
CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 ( 333) 280 68.8 6.1e-12
CCDS54975.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 246) 277 68.1 7.4e-12
CCDS4581.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 168) 273 67.2 9.7e-12
CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 256) 274 67.5 1.2e-11
CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 ( 333) 272 67.1 2e-11
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 262 65.0 7.4e-11
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 260 64.5 9.5e-11
>>CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 (298 aa)
initn: 2062 init1: 2062 opt: 2062 Z-score: 2382.7 bits: 448.9 E(32554): 2.1e-126
Smith-Waterman score: 2062; 100.0% identity (100.0% similar) in 298 aa overlap (1-298:1-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFFR
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CCDS56 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFFR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNSKDRKSQPMGLWRQVEGMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSNGSHVLQGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YNSKDRKSQPMGLWRQVEGMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSNGSHVLQGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 FGCEIENNRSSGAFWKYYYDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEPVYVQRAKA
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CCDS56 FGCEIENNRSSGAFWKYYYDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEPVYVQRAKA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYPGKIDVHWT
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CCDS56 YLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYPGKIDVHWT
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250 260 270 280 290
pF1KB6 RAGEVQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQPLVVPWEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RAGEVQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQPLVVPWEAS
250 260 270 280 290
>>CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 (362 aa)
initn: 572 init1: 209 opt: 719 Z-score: 833.3 bits: 162.5 E(32554): 4.3e-40
Smith-Waterman score: 719; 39.3% identity (66.9% similar) in 305 aa overlap (1-298:1-301)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVP-QENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFF
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CCDS34 MLVMAPR--TVLLLLSAALALTETWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFV
10 20 30 40 50
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pF1KB6 RYNSK--DRKSQPMGLWRQVEGMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSN-GSHV
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CCDS34 RFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHT
60 70 80 90 100 110
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pF1KB6 LQGRFGCEI-ENNRSSGAFWKYYYDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEPVYV
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CCDS34 LQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAREAE
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180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QRAKAYLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYPGKI
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CCDS34 QR-RAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DVHWTRAGE--VQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQPLVV
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CCDS34 TLTWQRDGEDQTQDTELV-ETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTL
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PWEAS
:: :
CCDS34 RWEPSSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDSAQGS
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>>CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (337 aa)
initn: 617 init1: 311 opt: 698 Z-score: 809.6 bits: 158.0 E(32554): 9e-39
Smith-Waterman score: 698; 37.7% identity (65.3% similar) in 300 aa overlap (3-298:4-300)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFF
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CCDS75 MGPRARPALL-LLMLLQTAVLQGRLLRSHSLHYLFMGASEQDLGLSLFEALGYVDDQLFV
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pF1KB6 RYNSKDRKSQPMGLWRQVE-GMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSNGSHVLQ
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CCDS75 FYDHESRRVEPRTPWVSSRISSQMWLQLSQSLKGWDHMFTVDFWTIMENHNHSKESHTLQ
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pF1KB6 GRFGCEIENNRSSGAFWKYYYDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEPVYVQRA
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CCDS75 VILGCEMQEDNSTEGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRARQN
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pF1KB6 KAYLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYPGKIDVH
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CCDS75 RAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVT-HHVTSSVTTLRCRALNYYPQNITMK
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pF1KB6 WTRAGE---VQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQPLVVPW
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CCDS75 WLKDKQPMDAKEFEPK-DVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGLDQPLIVIW
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pF1KB6 EAS
: :
CCDS75 EPSPSGTLVIGVISGIAVFVVILFIGILFIILRKRQGSSF
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>>CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (348 aa)
initn: 617 init1: 311 opt: 698 Z-score: 809.4 bits: 158.0 E(32554): 9.2e-39
Smith-Waterman score: 698; 37.7% identity (65.3% similar) in 300 aa overlap (3-298:4-300)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFF
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CCDS45 MGPRARPALL-LLMLLQTAVLQGRLLRSHSLHYLFMGASEQDLGLSLFEALGYVDDQLFV
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pF1KB6 RYNSKDRKSQPMGLWRQVE-GMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSNGSHVLQ
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CCDS45 FYDHESRRVEPRTPWVSSRISSQMWLQLSQSLKGWDHMFTVDFWTIMENHNHSKESHTLQ
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pF1KB6 GRFGCEIENNRSSGAFWKYYYDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEPVYVQRA
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CCDS45 VILGCEMQEDNSTEGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRARQN
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pF1KB6 KAYLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYPGKIDVH
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CCDS45 RAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVT-HHVTSSVTTLRCRALNYYPQNITMK
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pF1KB6 WTRAGE---VQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQPLVVPW
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CCDS45 WLKDKQPMDAKEFEPK-DVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGLDQPLIVIW
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EAS
: :
CCDS45 EPSPSGTLVIGVISGIAVFVVILFIGILFIILRKRQGSRGAMGHYVLAERE
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>>CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 (365 aa)
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Smith-Waterman score: 679; 39.0% identity (64.0% similar) in 308 aa overlap (1-298:1-301)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFFR
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CCDS34 MAVMAPRTL-LLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVR
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pF1KB6 YNSKDRKSQ---PMGLWRQVEGMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSN-GSHV
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CCDS34 FDS-DAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHT
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pF1KB6 LQGRFGCEIENNRSSGAFWKYY----YDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEP
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CCDS34 IQIMYGCDVG---SDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAH
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pF1KB6 VYVQRAKAYLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYP
... .:::. : ::.::. .:. :.: :::.. .: : .. :.: : :::
CCDS34 -EAEQLRAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYP
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pF1KB6 GKIDVHWTRAGE--VQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQP
..: . : : :: .:. :: .. :.::.:.:..:.:: . :.::::: .: .:
CCDS34 AEITLTWQRDGEDQTQDTELV-ETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKP
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LVVPWEAS
:.. :: :
CCDS34 LTLRWELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSA
300 310 320 330 340 350
>>CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (346 aa)
initn: 529 init1: 214 opt: 663 Z-score: 769.1 bits: 150.5 E(32554): 1.6e-36
Smith-Waterman score: 663; 37.2% identity (65.4% similar) in 301 aa overlap (4-298:1-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFFR
:.: : :::: : . .. : .:: :. :..:. . : . :. ..: ::.:
CCDS43 MAPRSL-LLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLR
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pF1KB6 YNSKDR--KSQPMGLWRQVEGMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSN-GSHVL
..: . .: : . :: . :. . :: . .:..... ::.:. :::.:
CCDS43 FDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTL
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pF1KB6 QGRFGCEI-ENNRSSGAFWKYYYDGKDYIEFNKEIPAWVPFDPAAQITKQKWEAEPVYVQ
:: ::.. ..: .. .. ::::::: .:... .:. : .::::.. .::: :..
CCDS43 QGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE-YAE
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pF1KB6 RAKAYLEEECPATLRKYLKYSKNILDRQDPPSVVVTSHQAPGEKKKLKCLAYDFYPGKID
. ..::: :: ::.::. .:. :.: :::.. :. : .. :.: : :::..:
CCDS43 EFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPAEIT
180 190 200 210 220 230
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pF1KB6 VHWTRAGE--VQEPELRGDVLHNGNGTYQSWVVVAVPPQDTAPYSCHVQHSSLAQPLVVP
. : : :: .:. :: .. :.::.:.:..:.::: . :.::::: .: :::..
CCDS43 LTWQRDGEEQTQDTELV-ETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLILR
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pF1KB6 WEAS
:: :
CCDS43 WEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
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>>CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (442 aa)
initn: 427 init1: 214 opt: 663 Z-score: 767.5 bits: 150.6 E(32554): 2e-36
Smith-Waterman score: 663; 37.2% identity (65.4% similar) in 301 aa overlap (4-298:1-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVRMVPVLLSLLLLLGPAVPQENQDGRYSLTYIYTGLSKHVEDVPAFQALGSLNDLQFFR
:.: : :::: : . .. : .:: :. :..:. . : . :. ..: ::.:
CCDS43 MAPRSL-LLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLR
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70 80 90 100 110
pF1KB6 YNSKDR--KSQPMGLWRQVEGMEDWKQDSQLQKAREDIFMETLKDIVEYYNDSN-GSHVL
..: . .: : . :: . :. . :: . .:..... ::.:. :::.:
CCDS43 FDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTL
60 70 80 90 100 110
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]