Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6405, 305 aa
1>>>pF1KB6405 305 - 305 aa - 305 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9224+/-0.00102; mu= 11.3258+/- 0.061
mean_var=57.4759+/-11.805, 0's: 0 Z-trim(102.1): 26 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.169173
statistics sampled from 6776 (6785) to 6776 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 2.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31924.1 EIF2B1 gene_id:1967|Hs108|chr12 ( 305) 1931 479.9 1.1e-135
CCDS46244.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 ( 522) 344 92.5 7.3e-19
CCDS33164.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 ( 523) 344 92.5 7.3e-19
CCDS46245.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 ( 543) 344 92.5 7.6e-19
CCDS82432.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 ( 544) 344 92.5 7.6e-19
CCDS9836.1 EIF2B2 gene_id:8892|Hs108|chr14 ( 351) 317 85.9 4.7e-17
CCDS32923.1 MRI1 gene_id:84245|Hs108|chr19 ( 369) 251 69.8 3.5e-12
>>CCDS31924.1 EIF2B1 gene_id:1967|Hs108|chr12 (305 aa)
initn: 1931 init1: 1931 opt: 1931 Z-score: 2549.7 bits: 479.9 E(32554): 1.1e-135
Smith-Waterman score: 1931; 100.0% identity (100.0% similar) in 305 aa overlap (1-305:1-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVD
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CCDS31 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSVAVSSGGELFLRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SSVAVSSGGELFLRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 DGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 AAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP
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CCDS31 AAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDEL
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 IKLYL
:::::
CCDS31 IKLYL
>>CCDS46244.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 (522 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 452.2 bits: 92.5 E(32554): 7.3e-19
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:310-511)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
CCDS46 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
280 290 300 310 320 330
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
CCDS46 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
340 350 360 370 380 390
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
CCDS46 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
400 410 420 430 440 450
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
CCDS46 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 L
CCDS46 SDQ
520
>>CCDS33164.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 (523 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 452.1 bits: 92.5 E(32554): 7.3e-19
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:311-512)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
CCDS33 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
290 300 310 320 330 340
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
CCDS33 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
350 360 370 380 390 400
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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CCDS33 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
410 420 430 440 450 460
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
CCDS33 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 L
CCDS33 SDQ
>>CCDS46245.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 (543 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 451.8 bits: 92.5 E(32554): 7.6e-19
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:331-532)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
CCDS46 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
310 320 330 340 350 360
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
CCDS46 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
370 380 390 400 410 420
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
CCDS46 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
430 440 450 460 470 480
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
CCDS46 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 L
CCDS46 SDQ
>>CCDS82432.1 EIF2B4 gene_id:8890|Hs108|chr2 (544 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 451.8 bits: 92.5 E(32554): 7.6e-19
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:332-533)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
CCDS82 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
310 320 330 340 350 360
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
CCDS82 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
370 380 390 400 410 420
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
CCDS82 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
430 440 450 460 470 480
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
CCDS82 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 L
CCDS82 SDQ
>>CCDS9836.1 EIF2B2 gene_id:8892|Hs108|chr14 (351 aa)
initn: 233 init1: 166 opt: 317 Z-score: 419.6 bits: 85.9 E(32554): 4.7e-17
Smith-Waterman score: 326; 27.5% identity (60.5% similar) in 309 aa overlap (5-304:56-344)
10 20 30
pF1KB6 MDDKELIEYFKSQMKE----DPDMASAVAAIRTL
::.: .. . .. .:. ... .: .
CCDS98 GGPRSSEEMARETLGLLRQIITDHRWSNAGELMELIRREGRRMTAAQPSETTVGNMVRRV
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KB6 LEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVDSSVAVSSGGELFLRFISLASLEYS-DYSKC
:...... :. ..: :.. .. :.: . ..::: . ..: :..
CCDS98 LKIIREEYGR-LHG-RSDESDQQESLHKL-----LTSGG---------LNEDFSFHYAQL
90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 KKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFS
.. .:: . .: .. . ..:: :... .:.: ..::.: :. : : :..:
CCDS98 QSNIIEAINELLVELEGTMENIAAQALEHIHSNEVIMTIGFSRTVEAFLKEA-ARKRKFH
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 VYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINK
: :.: : .:..:: : . .. .::. :::. .: ... ::.:.. .. ::..
CCDS98 VIVAECAPFCQGHEMAVNLSKAGIETTVMTDAAIFAVMSRVNKVIIGTKTILANGALRAV
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 IGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFPLNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEE
::. .:. :: .. :. : : ::. :: :..: :: ..: .. : :. :.
CCDS98 TGTHTLALAAKHHSTPLIVCAPMFKLSPQFP-NEEDSFHKFVAPEEVLPFTE-G-DILEK
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300
pF1KB6 ---H-PWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLYL
: : ::. : ::::.....: .:: . . .::
CCDS98 VSVHCPVFDYVPPELITLFISNIGGNAPSYIYRLMSELYHPDDHVL
310 320 330 340 350
>>CCDS32923.1 MRI1 gene_id:84245|Hs108|chr19 (369 aa)
initn: 169 init1: 131 opt: 251 Z-score: 332.2 bits: 69.8 E(32554): 3.5e-12
Smith-Waterman score: 251; 27.5% identity (55.3% similar) in 295 aa overlap (18-300:70-353)
10 20 30 40
pF1KB6 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRA
: .:. :: .: : :: . ..
CCDS32 IRAMKVRGAPAIALVGCLSLAVELQAGAGGPGLAALVAFVRDKLSFLVTARPTAV-----
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 NLTSAIETLCGVDSSVAVSSGG-ELFLRFISLASLE---YSDYSKCKKIMIERGELFLRR
:.. : . : : . : :. : .: . : .: ..: .. .:.:
CCDS32 NMARAARDLADVAAREAEREGATEEAVRERVICCTEDMLEKDLRDNRSIGDLGARHLLER
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 ISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKK
.. : .:.. : : . :: . : .:. ..: :... . . .. ::..: .: .
CCDS32 VAPSGGKVTVLTHC--NTGA-LATAGYG-TALGVIRSLHSLGRLEHAFCTETRPYNQGAR
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 M-AKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL--VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAK
. : : . ..:.:.. :. :. : . . :.:::. :: :: ::.:: :.:. ::
CCDS32 LTAFELVYEQIPATLITDSMVAAAMAHRGVSAVVVGADRVVANGDTANKVGTYQLAIVAK
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270
pF1KB6 AQNKPFYVVAESFKF-VRLFPLNQ---QDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYT
.. ::::.: : . .:: .. .. : . .. ...: : . .: : :
CCDS32 HHGIPFYVAAPSSSCDLRLETGKEIIIEERPGQELTDVNGVRIAAPGIGV--WNPAFDVT
280 290 300 310 320
280 290 300
pF1KB6 APSLITL-LFTDLGVLTPSAVSDELIKLYL
.::: ..:.:::..: . :
CCDS32 PHDLITGGIITELGVFAPEELRTALTTTISSRDGTLDGPQM
330 340 350 360
305 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 16:54:58 2016 done: Fri Nov 4 16:54:59 2016
Total Scan time: 2.410 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]