Result of FASTA (omim) for
pF1KB6405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6405, 305 aa
1>>>pF1KB6405 305 - 305 aa - 305 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1787+/-0.000411; mu= 15.6850+/- 0.025
mean_var=59.0221+/-12.551, 0's: 0 Z-trim(108.9): 41 B-trim: 144 in 1/52
Lambda= 0.166942
statistics sampled from 17055 (17078) to 17055 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.561), E-opt: 0.2 (0.2), width: 16
Scan time: 6.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001405 (OMIM: 603896,606686) translation initia ( 305) 1931 473.8 1.8e-133
XP_011531449 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: tran ( 317) 344 91.6 2.2e-18
NP_001305898 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 317) 344 91.6 2.2e-18
NP_001305897 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 328) 344 91.6 2.3e-18
NP_001305896 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 492) 344 91.7 3.2e-18
XP_006712195 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: tran ( 507) 344 91.7 3.3e-18
NP_001305895 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 508) 344 91.7 3.3e-18
NP_056451 (OMIM: 603896,606687) translation initia ( 522) 344 91.7 3.4e-18
NP_001029288 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 523) 344 91.7 3.4e-18
NP_751945 (OMIM: 603896,606687) translation initia ( 543) 344 91.7 3.5e-18
NP_001305894 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 544) 344 91.7 3.5e-18
NP_055054 (OMIM: 603896,606454) translation initia ( 351) 317 85.1 2.2e-16
NP_001026897 (OMIM: 615105) methylthioribose-1-pho ( 369) 251 69.2 1.4e-11
XP_011526658 (OMIM: 615105) PREDICTED: methylthior ( 322) 221 62.0 1.8e-09
NP_001316501 (OMIM: 615105) methylthioribose-1-pho ( 340) 219 61.5 2.7e-09
NP_115661 (OMIM: 615105) methylthioribose-1-phosph ( 322) 213 60.1 7e-09
>>NP_001405 (OMIM: 603896,606686) translation initiation (305 aa)
initn: 1931 init1: 1931 opt: 1931 Z-score: 2517.0 bits: 473.8 E(85289): 1.8e-133
Smith-Waterman score: 1931; 100.0% identity (100.0% similar) in 305 aa overlap (1-305:1-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVD
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NP_001 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSVAVSSGGELFLRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSVAVSSGGELFLRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 DGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 AAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDEL
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 IKLYL
:::::
NP_001 IKLYL
>>XP_011531449 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: translat (317 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 451.1 bits: 91.6 E(85289): 2.2e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:105-306)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
XP_011 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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XP_011 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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XP_011 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
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XP_011 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 L
XP_011 SDQ
>>NP_001305898 (OMIM: 603896,606687) translation initiat (317 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 451.1 bits: 91.6 E(85289): 2.2e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:105-306)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
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NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
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NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 L
NP_001 SDQ
>>NP_001305897 (OMIM: 603896,606687) translation initiat (328 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 450.8 bits: 91.6 E(85289): 2.3e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:116-317)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
90 100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 L
NP_001 SDQ
>>NP_001305896 (OMIM: 603896,606687) translation initiat (492 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 448.1 bits: 91.7 E(85289): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:280-481)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
250 260 270 280 290 300
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
310 320 330 340 350 360
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
370 380 390 400 410 420
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
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NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 L
NP_001 SDQ
490
>>XP_006712195 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: translat (507 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 447.9 bits: 91.7 E(85289): 3.3e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:295-496)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
XP_006 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
270 280 290 300 310 320
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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XP_006 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
330 340 350 360 370 380
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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XP_006 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
390 400 410 420 430 440
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
XP_006 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 L
XP_006 SDQ
>>NP_001305895 (OMIM: 603896,606687) translation initiat (508 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 447.9 bits: 91.7 E(85289): 3.3e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:296-497)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
270 280 290 300 310 320
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
330 340 350 360 370 380
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
390 400 410 420 430 440
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 L
NP_001 SDQ
>>NP_056451 (OMIM: 603896,606687) translation initiation (522 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 447.7 bits: 91.7 E(85289): 3.4e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:310-511)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
NP_056 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
280 290 300 310 320 330
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
NP_056 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
340 350 360 370 380 390
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
NP_056 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
400 410 420 430 440 450
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
: .. : .. . .: :. .:. . : : : :. :..:.::.. :.:
NP_056 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 L
NP_056 SDQ
520
>>NP_001029288 (OMIM: 603896,606687) translation initiat (523 aa)
initn: 279 init1: 279 opt: 344 Z-score: 447.7 bits: 91.7 E(85289): 3.4e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:311-512)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
.: :. . :. . . :..: .::... :
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
290 300 310 320 330 340
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
.: :.:. : . .:: : :..:.: : :.. ..: : .::.. .: :..:.. ...
NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
350 360 370 380 390 400
200 210 220 230 240
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
:..::.... ::......:: :.:. :.:.: : : :..:: :. : :. : :
NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
410 420 430 440 450 460
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
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