Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6415
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6415, 308 aa
1>>>pF1KB6415 308 - 308 aa - 308 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4891+/-0.000797; mu= 12.1134+/- 0.049
mean_var=125.3925+/-25.234, 0's: 0 Z-trim(113.2): 143 B-trim: 421 in 2/49
Lambda= 0.114535
statistics sampled from 13683 (13846) to 13683 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.759), E-opt: 0.2 (0.425), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 ( 308) 2048 348.9 3e-96
CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 ( 296) 1073 187.7 9.1e-48
CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 ( 298) 878 155.5 4.6e-38
CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 ( 340) 814 145.0 7.7e-35
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 397 76.0 3.2e-14
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 390 74.8 6.8e-14
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 390 74.8 6.8e-14
CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 ( 206) 374 72.1 4.1e-13
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 348 67.8 8e-12
CCDS58036.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 183) 335 65.6 3.2e-11
CCDS8673.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 ( 199) 329 64.7 6.9e-11
>>CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 (308 aa)
initn: 2048 init1: 2048 opt: 2048 Z-score: 1841.6 bits: 348.9 E(32554): 3e-96
Smith-Waterman score: 2048; 100.0% identity (100.0% similar) in 308 aa overlap (1-308:1-308)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTLNGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRSMPVDERDLQAALTPGALTAAA
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CCDS10 MTLNGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRSMPVDERDLQAALTPGALTAAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 AGTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGGVEDGPEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AGTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGGVEDGPEA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDGGRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDKGSFEKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDGGRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDKGSFEKA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSAALHHNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSAALHHNV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMAFRAKSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMAFRAKSK
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SCHDLSVL
::::::::
CCDS10 SCHDLSVL
>>CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 (296 aa)
initn: 1007 init1: 814 opt: 1073 Z-score: 971.1 bits: 187.7 E(32554): 9.1e-48
Smith-Waterman score: 1073; 57.9% identity (79.8% similar) in 292 aa overlap (23-308:9-296)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTLNGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRSMPVDERDLQAALTPGALTAAA
:.:.. : : .: :.:.: : :.. : .
CCDS62 MTLNNVTMRQGTV--GMQPQQQRWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRN
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 AGTGTQGP--RLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGGVEDGP
..: : .: :: ::. : :.: .. :.:.:.: :::::.:: ::.::.:.
CCDS62 RHSATPEDHCRRSWSSDSTDSVIS--SESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSM
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 EA--EAAGH-TYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDG-GRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDK
.. :. :. ::.:...:::: :.... :.::. : ..:: ::: .::::.::::.::.
CCDS62 DSDCEVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSA
.:::::::::.::::::::.:.::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::
CCDS62 ASFEKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 ALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMA
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CCDS62 AVQHNVKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMA
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB6 FRAKSKSCHDLSVL
:. :::::::::::
CCDS62 FKLKSKSCHDLSVL
290
>>CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 (298 aa)
initn: 724 init1: 511 opt: 878 Z-score: 796.9 bits: 155.5 E(32554): 4.6e-38
Smith-Waterman score: 907; 51.4% identity (75.5% similar) in 294 aa overlap (34-308:12-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 NGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRS---MPVDERDLQAALTPGALTAAA
:::::. .:.. : : :: :...
CCDS13 MTLNTEQEAKTPLHRRASTPLPLSPRGHQ----PGRLSTVP
10 20 30
70 80 90 100
pF1KB6 AGTGTQGPRLDW----------PEDSEDSLSSGGSDSD---ESVYKVLLLGAPGVGKSAL
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CCDS13 S-TQSQHPRLGQSASLNPPTQKPSPAPDDWSSESSDSEGSWEALYRVVLLGDPGVGKTSL
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 ARIFGGVEDGPEAEAAGH-TYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQD--GGRWLPGHCMAMGDA
: .:.: .. : :. .:.:...::::...:.: : :: . : :. :.:
CCDS13 ASLFAGKQERDLHEQLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSA
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 YVIVYSVTDKGSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVV
::::::..:.::::.:::::.::::..:.: :::::::::.::.: :::::.::::::::
CCDS13 YVIVYSIADRGSFESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVV
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 FDCKFIETSAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGR
::::::::::.:.::: ::::::::.:::: ... :.. . :: ::...:.:::.:
CCDS13 FDCKFIETSATLQHNVAELFEGVVRQLRLRR--RDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLAR
220 230 240 250 260 270
290 300
pF1KB6 IVARNSRKMAFRAKSKSCHDLSVL
..::..:. :..:.:::::.:.::
CCDS13 LTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
280 290
>>CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 (340 aa)
initn: 798 init1: 440 opt: 814 Z-score: 739.0 bits: 145.0 E(32554): 7.7e-35
Smith-Waterman score: 822; 49.0% identity (68.6% similar) in 306 aa overlap (21-308:50-340)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTLNGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRSMPVDERDLQAA
: :.. : .:. : .: :::: .
CCDS45 PSGSRRASPPGTPTPEADATLLKKSEKLLAELDRSGLPSAPGAPRRRGSMPVPYKH----
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100
pF1KB6 LTPGALTAAAAGTGTQGPRLDWPED-----SEDSLSSG--GSDSDESVYKVLLLGAPGVG
: : : .:::: . : :::.:: . . ....::.:.: :::
CCDS45 ----QLRRAQAVD-----ELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLVGESGVG
80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 KSALARIFGGVE--DGPEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQ-DGGRWLPGHCMA
::.:: :::.. .. : : ::.: :.:: ::..:.::::::: :.: :: ::.
CCDS45 KSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHCLQ
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 MGDAYVIVYSVTDKGSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRA
:::..::.::::. :: :. : ..:: .: :.:.:::::::::.::::::..:::
CCDS45 TGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEGRH
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KB6 CAVVFDCKFIETSAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQ--------AGTRRRE
: ...:: ::::::::::.. ::::.:::::::: ..:...: : :::
CCDS45 LAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPARRE
250 260 270 280 290 300
280 290 300
pF1KB6 SLGKKAKRFLGRIVARNSRKMAFRAKSKSCHDLSVL
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CCDS45 SLTKKAKRFLANLVPRNAK--FFKQRSRSCHDLSVL
310 320 330 340
>>CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (236 aa)
initn: 379 init1: 292 opt: 397 Z-score: 368.7 bits: 76.0 E(32554): 3.2e-14
Smith-Waterman score: 397; 36.3% identity (61.9% similar) in 223 aa overlap (62-279:8-225)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 APPLHRRSMPVDERDLQAALTPGALTAAAAGTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESV
:. .::. .. : .: . :
CCDS58 MERWLFLGATEEGPKRTMDSGTRPVGSCCSSPAGLSR
10 20 30
100 110 120 130 140
pF1KB6 -YKVLLLGAPGVGKSALARIFGG---VED-GPEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIW
::...::: ::::::.. : . :: : : : : : .: : :.: . :
CCDS58 EYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHDPTIEDA---YKIRIRIDDEPANLDILDTA
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 EQDGGRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDKGSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSD
: . . : :....: ::.::. ::... :.. . :.:.:::.:..:::::::
CCDS58 GQAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSD
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 LVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQA
: . :.:. .:: : : :.: :.::::: .. .. .:...::.:: : ::: .
CCDS58 LKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIR--RKEKEAVLAMEK
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300
pF1KB6 GTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMAFRAKSKSCHDLSVL
.. ..:. :. :
CCDS58 KSKPKNSVWKRLKSPFRKKKDSVT
220 230
>>CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 (217 aa)
initn: 363 init1: 270 opt: 390 Z-score: 363.0 bits: 74.8 E(32554): 6.8e-14
Smith-Waterman score: 390; 36.2% identity (65.7% similar) in 210 aa overlap (75-279:4-206)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 RDLQAALTPGALTAAAAGTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGK
..: : : :.... :::..::: ::::
CCDS11 MEVENEASCSPGSASGGSREYKVVMLGAGGVGK
10 20 30
110 120 130 140 150
pF1KB6 SAL-----ARIFGGVEDGPEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDGGRWLPGHCM
::. .. : .: : : : : .. .:.: : : . : : . . :
CCDS11 SAMTMQFISHQFPDYHD-PTIEDA---YKTQVRIDNEPAYLDILDTAGQAEFTAMREQYM
40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 AMGDAYVIVYSVTDKGSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGR
:....: :::::. ::..:.... . ..:.: ..:..::::: :: . :.::..::
CCDS11 RGGEGFIICYSVTDRQSFQEAAKFKELIFQVRHTYEIPLVLVGNKIDLEQFRQVSTEEGL
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 ACAVVFDCKFIETSAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAK
. : ..: :.::::::. .. :.:.::.:: ...: . ... .:..:: :: :
CCDS11 SLAQEYNCGFFETSAALRFCIDDAFHGLVREIR-KKESMPSLMEKK--LKRKDSLWKKLK
150 160 170 180 190 200
280 290 300
pF1KB6 RFLGRIVARNSRKMAFRAKSKSCHDLSVL
CCDS11 GSLKKKRENMT
210
>>CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 356 init1: 292 opt: 390 Z-score: 362.9 bits: 74.8 E(32554): 6.8e-14
Smith-Waterman score: 390; 39.1% identity (65.1% similar) in 192 aa overlap (92-279:22-208)
70 80 90 100 110
pF1KB6 GTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGG---VED-G
::...::: ::::::.. : . ::
CCDS11 MDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHD
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 PEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDGGRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDKGSF
: : : : : .: : :.: . : : . . : :....: ::.::. ::
CCDS11 PTIEDA---YKIRIRIDDEPANLDILDTAGQAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSF
60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 EKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSAALH
... :.. . :.:.:::.:..:::::::: . :.:. .:: : : :.: :.::::: .
CCDS11 HEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYR
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 HNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMAFRA
. .. .:...::.:: : ::: . .. ..:. :. :
CCDS11 YYIDDVFHALVREIR--RKEKEAVLAMEKKSKPKNSVWKRLKSPFRKKKDSVT
170 180 190 200 210
300
pF1KB6 KSKSCHDLSVL
>>CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 (206 aa)
initn: 342 init1: 259 opt: 374 Z-score: 349.0 bits: 72.1 E(32554): 4.1e-13
Smith-Waterman score: 374; 35.4% identity (68.7% similar) in 195 aa overlap (90-279:13-200)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AAGTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGG---VED
...::...:. :::::::. : :::
CCDS54 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVED
10 20 30 40
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GPEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDGGRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDKGS
..: .: ...:.::::... . : :. . . . :.... :.:.:. :
CCDS54 YEPTKA--DSYRKKVVLDGEEVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMES
50 60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSAAL
: ....: :. :... ..::..:::::::: .:.:::.:.. : .. ...::::
CCDS54 FAATADFREQILRVKEDENVPFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKT
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 HHNVQALFEGVVRQIRLRR--DSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMA
. ::. .: ..:.:: :. :::: : : ..:.::.:. .
CCDS54 RANVDKVFFDLMREIRARKMEDSKEKN-----GKKKRKSLAKRIRERCCIL
170 180 190 200
300
pF1KB6 FRAKSKSCHDLSVL
>>CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 (206 aa)
initn: 354 init1: 176 opt: 348 Z-score: 325.7 bits: 67.8 E(32554): 8e-12
Smith-Waterman score: 348; 31.3% identity (68.7% similar) in 195 aa overlap (87-277:10-202)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TAAAAGTGTQGPRLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGG---
:. ...::...:. :::::::. :
CCDS21 MAANKSKGQSSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEF
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VEDGPEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDGGRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTD
::: ..: .: ...:.::::... . : :. . . . :.....:.:.:.
CCDS21 VEDYEPTKA--DSYRKKVVLDGEEVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLLVFSITE
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 KGSFEKASELRVQLRRARQTDD-VPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIET
. :: ..:.: :. :.. .: .:...::::::: . :.: :.:.:. : . ...::
CCDS21 HESFTATAEFREQILRVKAEEDKIPLLVVGNKSDLEERRQVPVEEARSKAEEWGVQYVET
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRK
:: . ::. .: ..:.:: .. :.. . . ... ..:. ..
CCDS21 SAKTRANVDKVFFDLMREIRTKKMSENKDKNGKKSSKNKKSFKERCCLL
160 170 180 190 200
300
pF1KB6 MAFRAKSKSCHDLSVL
>>CCDS58036.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (183 aa)
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90 100 110 120 130 140
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:: : : : : : .: : :.: .
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: : . . : :....: ::.::. ::... :.. . :.:.:::.:..::::
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:::: . :.:. .:: : : :.: :.::::: .. .. .:...::.:: : :::
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. .. ..:. :. :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]