Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6524
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6524, 387 aa
1>>>pF1KB6524 387 - 387 aa - 387 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5717+/-0.000654; mu= 16.0992+/- 0.040
mean_var=75.7752+/-15.407, 0's: 0 Z-trim(111.8): 20 B-trim: 6 in 1/48
Lambda= 0.147337
statistics sampled from 12682 (12691) to 12682 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.76), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 3.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32679.1 SGCA gene_id:6442|Hs108|chr17 ( 387) 2654 573.0 1.5e-163
CCDS45729.1 SGCA gene_id:6442|Hs108|chr17 ( 263) 1326 290.7 1.1e-78
CCDS5637.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 ( 437) 1092 241.1 1.5e-63
CCDS47643.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 ( 462) 1092 241.1 1.6e-63
CCDS75634.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 ( 396) 1060 234.2 1.5e-61
CCDS47642.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 ( 451) 1038 229.6 4.4e-60
>>CCDS32679.1 SGCA gene_id:6442|Hs108|chr17 (387 aa)
initn: 2654 init1: 2654 opt: 2654 Z-score: 3049.6 bits: 573.0 E(32554): 1.5e-163
Smith-Waterman score: 2654; 100.0% identity (100.0% similar) in 387 aa overlap (1-387:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPAVHI
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CCDS32 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPAVHI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 TYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQVIEVTAYNRDSFDTTRQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQVIEVTAYNRDSFDTTRQRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLLNVTSALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLLNVTSALD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCYDTLAPHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCYDTLAPHF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RVDWCNVTLVDKSVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEAPDRDFLVDALVTLLVPLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RVDWCNVTLVDKSVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEAPDRDFLVDALVTLLVPLLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ALLLTLLLAYVMCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASREVPRPLSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ALLLTLLLAYVMCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASREVPRPLSTL
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB6 PMFNVHTGERLPPRVDSAQVPLILDQH
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PMFNVHTGERLPPRVDSAQVPLILDQH
370 380
>>CCDS45729.1 SGCA gene_id:6442|Hs108|chr17 (263 aa)
initn: 1326 init1: 1326 opt: 1326 Z-score: 1526.5 bits: 290.7 E(32554): 1.1e-78
Smith-Waterman score: 1526; 68.0% identity (68.0% similar) in 387 aa overlap (1-387:1-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPAVHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPAVHI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 TYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQVIEVTAYNRDSFDTTRQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQVIEVTAYNRDSFDTTRQRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLLNVTSALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLLNVTSALD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCYDTLAPHF
:::::::::::::::
CCDS45 RGGRVPLPIEGRKEG---------------------------------------------
190
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RVDWCNVTLVDKSVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEAPDRDFLVDALVTLLVPLLV
CCDS45 ------------------------------------------------------------
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ALLLTLLLAYVMCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASREVPRPLSTL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 -------------------LKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASREVPRPLSTL
200 210 220 230
370 380
pF1KB6 PMFNVHTGERLPPRVDSAQVPLILDQH
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PMFNVHTGERLPPRVDSAQVPLILDQH
240 250 260
>>CCDS5637.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 (437 aa)
initn: 726 init1: 554 opt: 1092 Z-score: 1254.4 bits: 241.1 E(32554): 1.5e-63
Smith-Waterman score: 1092; 45.0% identity (71.8% similar) in 369 aa overlap (28-387:50-418)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPA
..: .: .:::.:..: : . :
CCDS56 RGTRRMSPATTGTFLLTVYSIFSKVHSDRNVYPSAGVLFVHVLEREYFKGEFPPYPKPGE
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VH---ITYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQ-VIEVTAYNRDSF
. ::....:.:.:: : :::: ::.:. : :::: : :. : .::.::::: .:
CCDS56 ISNDPITFNTNLMGYPDRPGWLRYIQRTPYSDGVLYGSPTAENVGKPTIIEITAYNRRTF
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 DTTRQRLVLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLL
.:.:. :...: . : :::::::.... ..::.: : . ::.:. ..:.: .:. .
CCDS56 ETARHNLIINIMSAEDFPLPYQAEFFIKNMNVEEMLASEVLGDFLGAVKNVWQPERLNAI
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NVTSALDRGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCY
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CCDS56 NITSALDRGGRVPLPINDLKEGVYVMVGADVPFSSCLREVENPQNQLRCSQEMEPVITCD
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DTLAPHFRVDWCNVTLVDKSVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEA-PDRDFLVDALV
. .: .:::...::::. . . :.::: . ::... .::. .: :.
CCDS56 KKFRTQFYIDWCKISLVDKTKQVSTYQEVIRGEGILPDGGEYKPPSDSLKSRDYYTDFLI
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 TLLVPLLVALLLTLLLAYVMCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASRE
:: :: :::.: :.:::.::::::: ::.. : :::.::: .:. .:.:::.:. .::
CCDS56 TLAVPSAVALVLFLILAYIMCCRREGVEKRNMQTPDIQLVHHSAIQKSTKELRDMSKNRE
320 330 340 350 360 370
360 370 380
pF1KB6 VPRPLSTLPMFNVHTGERLPP----RVDSAQVPLILDQH
. ::::::.:. ::: .:: ::...::. :.
CCDS56 IAWPLSTLPVFHPVTGEIIPPLHTDNYDSTNMPLMQTQQNLPHQTQIPQQQTTGKWYP
380 390 400 410 420 430
>>CCDS47643.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 (462 aa)
initn: 726 init1: 554 opt: 1092 Z-score: 1254.0 bits: 241.1 E(32554): 1.6e-63
Smith-Waterman score: 1092; 45.0% identity (71.8% similar) in 369 aa overlap (28-387:50-418)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPA
..: .: .:::.:..: : . :
CCDS47 RGTRRMSPATTGTFLLTVYSIFSKVHSDRNVYPSAGVLFVHVLEREYFKGEFPPYPKPGE
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VH---ITYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQ-VIEVTAYNRDSF
. ::....:.:.:: : :::: ::.:. : :::: : :. : .::.::::: .:
CCDS47 ISNDPITFNTNLMGYPDRPGWLRYIQRTPYSDGVLYGSPTAENVGKPTIIEITAYNRRTF
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 DTTRQRLVLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLL
.:.:. :...: . : :::::::.... ..::.: : . ::.:. ..:.: .:. .
CCDS47 ETARHNLIINIMSAEDFPLPYQAEFFIKNMNVEEMLASEVLGDFLGAVKNVWQPERLNAI
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NVTSALDRGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCY
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CCDS47 NITSALDRGGRVPLPINDLKEGVYVMVGADVPFSSCLREVENPQNQLRCSQEMEPVITCD
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DTLAPHFRVDWCNVTLVDKSVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEA-PDRDFLVDALV
. .: .:::...::::. . . :.::: . ::... .::. .: :.
CCDS47 KKFRTQFYIDWCKISLVDKTKQVSTYQEVIRGEGILPDGGEYKPPSDSLKSRDYYTDFLI
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 TLLVPLLVALLLTLLLAYVMCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASRE
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CCDS47 TLAVPSAVALVLFLILAYIMCCRREGVEKRNMQTPDIQLVHHSAIQKSTKELRDMSKNRE
320 330 340 350 360 370
360 370 380
pF1KB6 VPRPLSTLPMFNVHTGERLPP----RVDSAQVPLILDQH
. ::::::.:. ::: .:: ::...::. :.
CCDS47 IAWPLSTLPVFHPVTGEIIPPLHTDNYDSTNMPLMQTQQWSFAPVAQAGVQWSDLGSLQP
380 390 400 410 420 430
CCDS47 PPPRNLPHQTQIPQQQTTGKWYP
440 450 460
>>CCDS75634.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 (396 aa)
initn: 748 init1: 554 opt: 1060 Z-score: 1218.3 bits: 234.2 E(32554): 1.5e-61
Smith-Waterman score: 1060; 46.3% identity (72.9% similar) in 350 aa overlap (44-387:32-377)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 LLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPAVHITYHAHLQGHPDLP
::: : ... : ::....:.:.:: :
CCDS75 QLPRWWELGDPCAWTGQGRGTRRMSPATTGTFL-LTGEISNDP---ITFNTNLMGYPDRP
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 RWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQ-VIEVTAYNRDSFDTTRQRLVLEIGDPEGPLL
:::: ::.:. : :::: : :. : .::.::::: .:.:.:. :...: . : :
CCDS75 GWLRYIQRTPYSDGVLYGSPTAENVGKPTIIEITAYNRRTFETARHNLIINIMSAEDFPL
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 PYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLLNVTSALDRGGRVPLPIEGR
::::::.... ..::.: : . ::.:. ..:.: .:. .:.::::::::::::::.
CCDS75 PYQAEFFIKNMNVEEMLASEVLGDFLGAVKNVWQPERLNAINITSALDRGGRVPLPINDL
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 KEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCYDTLAPHFRVDWCNVTLVDK
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CCDS75 KEGVYVMVGADVPFSSCLREVENPQNQLRCSQEMEPVITCDKKFRTQFYIDWCKISLVDK
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 SVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEA-PDRDFLVDALVTLLVPLLVALLLTLLLAYV
. . . :.::: . ::... .::. .: :.:: :: :::.: :.:::.
CCDS75 TKQVSTYQEVIRGEGILPDGGEYKPPSDSLKSRDYYTDFLITLAVPSAVALVLFLILAYI
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 MCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASREVPRPLSTLPMFNVHTGERL
::::::: ::.. : :::.::: .:. .:.:::.:. .::. ::::::.:. ::: .
CCDS75 MCCRREGVEKRNMQTPDIQLVHHSAIQKSTKELRDMSKNREIAWPLSTLPVFHPVTGEII
300 310 320 330 340 350
380
pF1KB6 PP----RVDSAQVPLILDQH
:: ::...::. :.
CCDS75 PPLHTDNYDSTNMPLMQTQQNLPHQTQIPQQQTTGKWYP
360 370 380 390
>>CCDS47642.1 SGCE gene_id:8910|Hs108|chr7 (451 aa)
initn: 885 init1: 558 opt: 1038 Z-score: 1192.2 bits: 229.6 E(32554): 4.4e-60
Smith-Waterman score: 1038; 43.9% identity (70.2% similar) in 369 aa overlap (28-387:50-409)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAETLFWTPLLVVLLAGLGDTEAQQTTLHPLVGRVFVHTLDHETFLSLPEHVAVPPA
..: .: .:::.:..: : . :
CCDS47 RGTRRMSPATTGTFLLTVYSIFSKVHSDRNVYPSAGVLFVHVLEREYFKGEFPPYPKPGE
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VH---ITYHAHLQGHPDLPRWLRYTQRSPHHPGFLYGSATPEDRGLQ-VIEVTAYNRDSF
. ::....:.:.:: : :::: ::.:. : :::: : :. : .::.::::: .:
CCDS47 ISNDPITFNTNLMGYPDRPGWLRYIQRTPYSDGVLYGSPTAENVGKPTIIEITAYNRRTF
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 DTTRQRLVLEIGDPEGPLLPYQAEFLVRSHDAEEVLPSTPASRFLSALGGLWEPGELQLL
.:.:. :...: . : :::::::.... ..::.: : . ::.:. ..:.: .:. .
CCDS47 ETARHNLIINIMSAEDFPLPYQAEFFIKNMNVEEMLASEVLGDFLGAVKNVWQPERLNAI
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NVTSALDRGGRVPLPIEGRKEGVYIKVGSASPFSTCLKMVASPDSHARCAQGQPPLLSCY
:.::::::::::::::. :::::. ::. :::.::. : .:... ::.: . :...:
CCDS47 NITSALDRGGRVPLPINDLKEGVYVMVGADVPFSSCLREVENPQNQLRCSQEMEPVITCD
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DTLAPHFRVDWCNVTLVDKSVPEPADEVPTPGDGILEHDPFFCPPTEA-PDRDFLVDALV
. .: .:::...::::. . . :.::: . ::... .::. .: :.
CCDS47 KKFRTQFYIDWCKISLVDKTKQVSTYQEVIRGEGILPDGGEYKPPSDSLKSRDYYTDFLI
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 TLLVPLLVALLLTLLLAYVMCCRREGRLKRDLATSDIQMVHHCTIHGNTEELRQMAASRE
:: :: :::.: :.:::.::::::: ::.::: .:. .:.:::.:. .::
CCDS47 TLAVPSAVALVLFLILAYIMCCRREGV---------IQLVHHSAIQKSTKELRDMSKNRE
320 330 340 350 360 370
360 370 380
pF1KB6 VPRPLSTLPMFNVHTGERLPP----RVDSAQVPLILDQH
. ::::::.:. ::: .:: ::...::. :.
CCDS47 IAWPLSTLPVFHPVTGEIIPPLHTDNYDSTNMPLMQTQQNLPHQTQIPQQQTTGDFRLTT
380 390 400 410 420 430
CCDS47 FQRFEVNGIPEERKLTEAMNL
440 450
387 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 21:05:55 2016 done: Fri Nov 4 21:05:56 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]