Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6532
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6532, 389 aa
1>>>pF1KB6532 389 - 389 aa - 389 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4547+/-0.000907; mu= 11.6977+/- 0.054
mean_var=91.3021+/-17.900, 0's: 0 Z-trim(107.6): 59 B-trim: 22 in 1/51
Lambda= 0.134225
statistics sampled from 9617 (9675) to 9617 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 2549 503.7 1.2e-142
CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 1141 231.0 1.4e-60
CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 1141 231.0 1.5e-60
CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 1077 218.6 8.3e-57
CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 1029 209.3 5.1e-54
CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 1021 207.8 1.5e-53
CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 1019 207.4 1.7e-53
CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 1000 203.7 2.3e-52
CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 944 192.9 4.8e-49
CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 678 141.5 2.6e-33
CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 659 137.8 3.3e-32
CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 627 131.6 2.4e-30
CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 619 130.1 7.8e-30
CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 599 126.2 9.8e-29
CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 599 126.2 9.9e-29
CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 599 126.2 1.1e-28
CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 602 126.9 1.1e-28
CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 594 125.3 2.9e-28
CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 594 125.3 3e-28
CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 593 125.2 3.9e-28
CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 564 119.4 9.9e-27
CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 564 119.4 1e-26
CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 564 119.4 1.1e-26
CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 559 118.4 1.5e-26
CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 550 116.6 4.9e-26
CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 544 115.4 1e-25
CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 536 113.9 2.4e-25
CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 536 114.0 5.8e-25
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 516 110.1 6.1e-24
CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 515 109.9 6.2e-24
CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 515 109.9 6.5e-24
CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 500 106.9 3.7e-23
CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 489 104.8 1.6e-22
CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 450 97.3 4.7e-20
CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 408 89.2 1.2e-17
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 380 83.8 5.8e-16
CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 378 83.4 7.5e-16
CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 371 81.9 8.9e-16
CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 374 82.6 1.1e-15
CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 353 78.5 1.5e-14
>>CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 (403 aa)
initn: 2549 init1: 2549 opt: 2549 Z-score: 2674.3 bits: 503.7 E(32554): 1.2e-142
Smith-Waterman score: 2549; 100.0% identity (100.0% similar) in 389 aa overlap (1-389:15-403)
10 20 30 40
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSEND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MAIPGIPYERRLLIMADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSEND
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 IMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 IMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 PKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQ
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 PCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLD
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNV
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380
pF1KB6 CTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 CTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
370 380 390 400
>>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1136 init1: 1136 opt: 1141 Z-score: 1200.9 bits: 231.0 E(32554): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1141; 50.3% identity (76.1% similar) in 356 aa overlap (26-379:34-389)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQ
:..:. : .::. . . ...:. :: :.
CCDS56 EEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQRNELNAKVRLLREELQLLQEQGS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 IVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREV
::::.. . ..: .::. ..:: ...: . . :. :::: . :. . :: .:
CCDS56 YVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 DPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGP
:::: : : . .: ::::..::.:..::::::. .::::. .:: ::: :::::
CCDS56 DPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 PGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEI
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CCDS56 PGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRL
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CCDS56 DSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAI
::::.. :::.:::::::::. .. :. . :..: : .::....:::::::.:.
CCDS56 DRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYAL
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KB6 RADHDFVVQEDFMKAVRKVA--DSKKLESKLDYKPV
: . :.:::: :: :: ::.:
CCDS56 RERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
370 380 390
>>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1136 init1: 1136 opt: 1141 Z-score: 1200.8 bits: 231.0 E(32554): 1.5e-60
Smith-Waterman score: 1141; 50.3% identity (76.1% similar) in 356 aa overlap (26-379:42-397)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQ
:..:. : .::. . . ...:. :: :.
CCDS11 EEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQRNELNAKVRLLREELQLLQEQGS
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 IVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREV
::::.. . ..: .::. ..:: ...: . . :. :::: . :. . :: .:
CCDS11 YVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKV
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 DPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGP
:::: : : . .: ::::..::.:..::::::. .::::. .:: ::: :::::
CCDS11 DPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGP
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 PGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEI
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CCDS11 PGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEI
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRL
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CCDS11 DSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRI
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAI
::::.. :::.:::::::::. .. :. . :..: : .::....:::::::.:.
CCDS11 DRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYAL
320 330 340 350 360 370
360 370 380
pF1KB6 RADHDFVVQEDFMKAVRKVA--DSKKLESKLDYKPV
: . :.:::: :: :: ::.:
CCDS11 RERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
380 390 400
>>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa)
initn: 1104 init1: 1052 opt: 1077 Z-score: 1133.3 bits: 218.6 E(32554): 8.3e-57
Smith-Waterman score: 1078; 45.5% identity (75.1% similar) in 374 aa overlap (20-377:46-419)
10 20 30 40
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSEN----
:... ...: ....::: :.. .
CCDS57 EKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAPP
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90
pF1KB6 ---DLKA----LQSVG--QIV--GEVLKQLTEE-KFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLK
:: : ::: :.. .... .:. :.:... . ..:: :. . ..
CCDS57 ALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIE
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 PGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPL
: ::..: . : :: ..:: : :. :. .:.::..:: .:::..::::.: ::
CCDS57 EGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPL
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 TNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESAR
.:: : .:: :::: ::.::::::::: :::::.. : :..:..: .:.::.::.::
CCDS57 LHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGAR
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 LIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRV
..::.:..:: .. :.::.:::::::: ::..:...: :.:::..::.::.:::: .
CCDS57 MVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNI
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 KMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVK
:..:::::::::::::.:::::::::...::. ..: :.:::: .. . .: .: ...
CCDS57 KVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLAR
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380
pF1KB6 LSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
: . .::..:.:::::::::::: . .....::..:: :: :
CCDS57 LCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
380 390 400 410 420 430
>>CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (418 aa)
initn: 1025 init1: 975 opt: 1029 Z-score: 1083.3 bits: 209.3 E(32554): 5.1e-54
Smith-Waterman score: 1029; 41.6% identity (72.9% similar) in 387 aa overlap (3-387:33-418)
10 20 30
pF1KB6 MADPRD-KALQDYRKKLLEHKE-IDGRLKELR
.:.: . : . ::: .. : .. . . ..
CCDS12 EIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 EQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKS
.. :.: :.. ......: .::. ..:. :. . .. :: .:.: : : .:.
CCDS12 DEQKNLKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRE
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 KLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIE
:::.. ::: . ... :: :.: .. .. .. .: :..:::.. : .:.::..:
CCDS12 LLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 LPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGE
::::. ::....:: ::.: :.::::: :::.::.::: . :..::.: .:.::.::
CCDS12 LPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGE
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 SARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTL
. :..:..: :... : :::.::::::. .::. :.::::.:: :.::::::::::
CCDS12 GPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQN
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 HRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEA
::.:::::: :::::::::::::::::.. ::... . :.. .. .. :.: :
CCDS12 VNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLED
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KB6 IVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
: : ..:::. ..: :.::.:.: .. .:. .:: :: . : . . : .. ::
CCDS12 YVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEF-YK
370 380 390 400 410
>>CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (440 aa)
initn: 1015 init1: 1015 opt: 1021 Z-score: 1074.6 bits: 207.8 E(32554): 1.5e-53
Smith-Waterman score: 1021; 42.6% identity (75.9% similar) in 373 aa overlap (13-379:59-431)
10 20 30
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRL---KEL---REQLKEL
: :::. ..: : .:. .::.: :
CCDS32 VPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPL
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 TKQYEKSENDLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGT
.. :. .. . :... . :: . . . ... ::... : .. :. .::. :.::
CCDS32 EEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGC
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 RVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNP
: :. . ... : ..:::: :. : . .:..::::..::.:..: .:::::.:
CCDS32 SVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHP
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 ELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIR
: ....:: :::: .:::::::::::::.:::.: . .::.::.: ...::.:.. .:.:
CCDS32 EYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVR
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 EMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMI
:.: :..: : :.:.::::::: .:.. .....::::::..:::::.::::. ::.:
CCDS32 ELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVI
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 MATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSD
::::: .::::::.::::.::::.. ::.:... :..::.. .: .. . .. .:
CCDS32 MATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKD
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380
pF1KB6 GFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
..:::.. .:::::..:.: . :..::: :. ..: .:.
CCDS32 DLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
390 400 410 420 430 440
>>CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (367 aa)
initn: 1015 init1: 1015 opt: 1019 Z-score: 1073.8 bits: 207.4 E(32554): 1.7e-53
Smith-Waterman score: 1019; 43.4% identity (77.4% similar) in 350 aa overlap (30-379:9-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQIVGEV
.::.: : .. :. .. . :... . :: .
CCDS81 MEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVY
. . ... ::... : .. :. .::. :.:: : :. . ... : ..::::
CCDS81 EEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGK
:. : . .:..::::..::.:..: .:::::.:: ....:: :::: .:::::::::
CCDS81 VMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGG
::::.:::.: . .::.::.: ...::.:.. .:.::.: :..: : :.:.:::::::
CCDS81 TLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGT
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIH
.:.. .....::::::..:::::.::::. ::.:::::: .::::::.::::.::::.
CCDS81 KRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHD
. ::.:... :..::.. .: .. . .. .: ..:::.. .:::::..:.: .
CCDS81 FPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRM
280 290 300 310 320 330
370 380
pF1KB6 FVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
:..::: :. ..: .:.
CCDS81 KVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
340 350 360
>>CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (387 aa)
initn: 1025 init1: 975 opt: 1000 Z-score: 1053.5 bits: 203.7 E(32554): 2.3e-52
Smith-Waterman score: 1000; 42.8% identity (72.4% similar) in 362 aa overlap (26-387:27-387)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSENDLKALQSVGQIVGE
:. : . ..: : . ....: .::. ..:.
CCDS46 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKEEVKRIQSIPLVIGQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLV
:. . .. :: .:.: : : .:. :::.. ::: . ... :: :.: .
CCDS46 FLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 YNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTG
. .. .. .: :..:::.. : .:.::..:::::. ::....:: ::.: :.::::: :
CCDS46 MMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 KTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIG
::.::.::: . :..::.: .:.::.::. :..:..: :... : :::.::::::.
CCDS46 KTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKI
.::. :.::::.:: :.:::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::
CCDS46 TKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 HIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADH
.. ::... . :.. .. .. :.: : : : ..:::. ..: :.::.:.: ..
CCDS46 EFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENR
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KB6 DFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
.:. .:: :: . : . . : .. ::
CCDS46 YIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEF-YK
370 380
>>CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 (439 aa)
initn: 959 init1: 937 opt: 944 Z-score: 994.1 bits: 192.9 E(32554): 4.8e-49
Smith-Waterman score: 946; 42.7% identity (70.2% similar) in 379 aa overlap (7-379:67-432)
10 20 30
pF1KB6 MADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKEL
.:..: :. :. ... : : .. ::
CCDS79 STEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVIEL
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 -----TKQYEKSEN-DLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKS
. : : . : :: . : :. . :.: :.. ... : :.: .:
CCDS79 LDVDPNDQEEDGANIDLDS-QRKGKCA--VIKTSTRQTYFL-----P--VIGL---VDAE
100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 KLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIE
::::: :... . :.. :: : : : : .. . .::.::::..::.:: :.:
CCDS79 KLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIV
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 LPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGE
::... : :. .:: :::: :.:::::::::::::: :.: .:::... ..:. .::.
CCDS79 LPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGD
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 SARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTL
.:.:.:. : :... : :::.::.:::: .::. ..:::.:::..:::::.:::.
CCDS79 GAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPN
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 HRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEA
.::.: :::: : ::::::: :::::::.. .:::.:: :..::. .. ...::
CCDS79 TQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEE
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380
pF1KB6 IVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
... .: ::::. . ::.::::.:.: ...::.:... .: .::
CCDS79 LARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
390 400 410 420 430
>>CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 (806 aa)
initn: 685 init1: 653 opt: 678 Z-score: 711.6 bits: 141.5 E(32554): 2.6e-33
Smith-Waterman score: 678; 39.2% identity (70.3% similar) in 283 aa overlap (84-356:424-700)
60 70 80 90 100
pF1KB6 GQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTI----MR
:...: :. : : :..:.. .:
CCDS65 VDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFR
400 410 420 430 440 450
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 YLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPELFQRVGIIPPKG
. . .: . . . .:.. .:::: . :::.:... :. .:. : . :. : ::
CCDS65 WALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKG
460 470 480 490 500 510
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 CLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCI
:.::::: ::::::.:.:.. . ::... . .. ..::: .::.:. ::. ::.
CCDS65 VLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCV
520 530 540 550 560 570
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 IFMDEIDAI----GGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMATNRPDTL
.:.::.:.: :: . : .::: :. ..:..:::..: . : .: :::::: .
CCDS65 LFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVIN----QILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDII
580 590 600 610 620
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 DPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILK--IHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGFNGADL
:::.:::::::. :.: ::.:..:. ::: .. .:..: ..: : ..:...::.::::
CCDS65 DPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAK--DVDLEFLAKMTNGFSGADL
630 640 650 660 670 680
350 360 370 380
pF1KB6 RNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
..: .: .:::
CCDS65 TEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAMEVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSV
690 700 710 720 730 740
>--
initn: 649 init1: 360 opt: 642 Z-score: 673.9 bits: 134.5 E(32554): 3.2e-31
Smith-Waterman score: 642; 41.7% identity (71.5% similar) in 242 aa overlap (114-355:185-423)
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 RRQLDKSKLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIR
: .:. . .:. ..:.:..::: .:.
CCDS65 RGGMRAVEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLA
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 ELREVIELPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSI
...:..:::: .: ::. .:. ::.: ::::::::::::.:::::.. :. . . :
CCDS65 QIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEI
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 VDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQ
..: ::: .:. :. :. . : :::.::.:::. .: : : .. : .: . .::.
CCDS65 MSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKR--EKTHGEVE-RRIVSQLLTL
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 MDGFDTLHRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKH
:::. .: .. :::::...:::: : ::.::.. : .:. .::.::.::. .
CCDS65 MDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLA
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 GEIDYEAIVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESK
..: : ... . : :::: .:.::.. ::
CCDS65 DDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDD
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 LDYKPV
CCDS65 FRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPS
460 470 480 490 500 510
389 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 23:15:55 2016 done: Fri Nov 4 23:15:56 2016
Total Scan time: 2.690 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]