Result of FASTA (omim) for
pF1KB6566
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6566, 400 aa
1>>>pF1KB6566 400 - 400 aa - 400 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6081+/-0.000531; mu= -4.0003+/- 0.033
mean_var=239.7684+/-49.074, 0's: 0 Z-trim(115.3): 152 B-trim: 315 in 2/53
Lambda= 0.082828
statistics sampled from 25534 (25686) to 25534 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 8.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 2525 315.2 1.8e-85
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1635 208.8 2e-53
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 1584 202.8 1.5e-51
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 1565 200.5 7e-51
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 1554 199.2 1.7e-50
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 1535 196.9 7.9e-50
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 1535 196.9 8.3e-50
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 1515 194.5 4.3e-49
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 1514 194.4 4.4e-49
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 1421 183.3 1.1e-45
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1416 182.8 1.9e-45
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1414 182.5 2.4e-45
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 1322 171.5 4e-42
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 1322 171.5 4.2e-42
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1301 169.0 2.2e-41
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 1242 161.9 2.8e-39
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 1242 161.9 2.8e-39
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 1227 160.2 1.3e-38
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 1218 159.0 2.1e-38
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 1215 158.7 2.6e-38
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 1213 158.4 3.2e-38
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 1209 158.0 4.4e-38
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 1208 157.8 4.7e-38
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 1174 153.7 7.2e-37
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 1174 153.8 7.4e-37
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 1173 153.6 7.8e-37
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 1168 153.0 1.2e-36
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 1157 151.7 3e-36
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 1157 151.7 3.1e-36
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 1157 151.8 3.3e-36
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 1134 149.0 2.1e-35
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 1123 147.7 5.1e-35
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1108 145.9 1.8e-34
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1108 145.9 1.8e-34
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 1061 140.3 8.7e-33
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 1054 139.4 1.6e-32
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 1054 139.5 1.7e-32
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 1027 136.2 1.6e-31
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 1022 135.6 2.3e-31
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 998 132.7 1.7e-30
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 700 97.0 6.1e-20
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 700 97.0 6.1e-20
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 700 97.0 6.1e-20
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 645 90.6 8.7e-18
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 647 91.0 1.3e-17
XP_011523088 (OMIM: 602761) PREDICTED: keratin, ty ( 245) 631 88.7 1.7e-17
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 637 89.6 1.7e-17
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 637 89.6 1.7e-17
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 628 88.5 3.3e-17
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 628 88.5 3.3e-17
>>NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskeletal (400 aa)
initn: 2525 init1: 2525 opt: 2525 Z-score: 1655.4 bits: 315.2 E(85289): 1.8e-85
Smith-Waterman score: 2525; 100.0% identity (100.0% similar) in 400 aa overlap (1-400:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTSYSYRQSSATSSFGGLGGGSVRFGPGVAFRAPSIHGGSGGRGVSVSSARFVSSSSSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MTSYSYRQSSATSSFGGLGGGSVRFGPGVAFRAPSIHGGSGGRGVSVSSARFVSSSSSGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YGGGYGGVLTASDGLLAGNEKLTMQNLNDRLASYLDKVRALEAANGELEVKIRDWYQKQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YGGGYGGVLTASDGLLAGNEKLTMQNLNDRLASYLDKVRALEAANGELEVKIRDWYQKQG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PGPSRDYSHYYTTIQDLRDKILGATIENSRIVLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRMSVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PGPSRDYSHYYTTIQDLRDKILGATIENSRIVLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRMSVE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 ADINGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKEELAYLKKNHEEEISTLRGQVGGQVSVEVDSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ADINGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKEELAYLKKNHEEEISTLRGQVGGQVSVEVDSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PGTDLAKILSDMRSQYEVMAEQNRKDAEAWFTSRTEELNREVAGHTEQLQMSRSEVTDLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PGTDLAKILSDMRSQYEVMAEQNRKDAEAWFTSRTEELNREVAGHTEQLQMSRSEVTDLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RTLQGLEIELQSQLSMKAALEDTLAETEARFGAQLAHIQALISGIEAQLGDVRADSERQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RTLQGLEIELQSQLSMKAALEDTLAETEARFGAQLAHIQALISGIEAQLGDVRADSERQN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB6 QEYQRLMDIKSRLEQEIATYRSLLEGQEDHYNNLSASKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QEYQRLMDIKSRLEQEIATYRSLLEGQEDHYNNLSASKVL
370 380 390 400
>>NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, type I (432 aa)
initn: 1675 init1: 1580 opt: 1635 Z-score: 1080.2 bits: 208.8 E(85289): 2e-53
Smith-Waterman score: 1635; 66.4% identity (87.6% similar) in 396 aa overlap (1-390:1-394)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTSYSYRQSSATSSF---GGLGGGSVRFGPGVA--FRAPSIHGGS-GGRGVSVSSARFVS
::. : :: ...::. .:::::: : . .. . : : . :: :: : ..... . :
NP_000 MTT-SIRQFTSSSSIKGSSGLGGGSSRTSCRLSGGLGAGSCRLGSAGGLGSTLGGSSYSS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SSSSGAYGGGYGGVLTASDGLLAGNEKLTMQNLNDRLASYLDKVRALEAANGELEVKIRD
: :. :::::. . . ::::::.:: :::::::::::::::::::: :: ::::::::
NP_000 CYSFGS-GGGYGSSFGGVDGLLAGGEKATMQNLNDRLASYLDKVRALEEANTELEVKIRD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 WYQKQGPGPSRDYSHYYTTIQDLRDKILGATIENSRIVLQIDNARLAADDFRTKFETEQA
:::.:.:::.::::.:: ::..:..::: ::..:. :.::::::::::::::::::::::
NP_000 WYQRQAPGPARDYSQYYRTIEELQNKILTATVDNANILLQIDNARLAADDFRTKFETEQA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LRMSVEADINGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKEELAYLKKNHEEEISTLRGQVGGQVS
::.::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::...:::::::...
NP_000 LRLSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIENLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGEIN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VEVDSAPGTDLAKILSDMRSQYEVMAEQNRKDAEAWFTSRTEELNREVAGHTEQLQMSRS
::.:.:::.::..::..::.::: :::.:::::: :: :.::::::::: ..: .: ..:
NP_000 VEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRKDAEDWFFSKTEELNREVATNSELVQSGKS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 EVTDLRRTLQGLEIELQSQLSMKAALEDTLAETEARFGAQLAHIQALISGIEAQLGDVRA
:...::::.:.:::::::::::::.:: .::::: :. .::..::.::...: ::...:
NP_000 EISELRRTMQALEIELQSQLSMKASLEGNLAETENRYCVQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 DSERQNQEYQRLMDIKSRLEQEIATYRSLLEGQEDHYNNLSASKVL
. :.:::::. :.:.:.:::::::::: ::::.. :
NP_000 EMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLEGEDAHLTQYKKEPVTTRQVRTIVEEVQDG
360 370 380 390 400 410
NP_000 KVISSREQVHQTTR
420 430
>>NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,148066,16 (472 aa)
initn: 1684 init1: 1522 opt: 1584 Z-score: 1046.7 bits: 202.8 E(85289): 1.5e-51
Smith-Waterman score: 1584; 64.1% identity (86.1% similar) in 396 aa overlap (11-398:42-430)
10 20 30
pF1KB6 MTSYSYRQSSATSSFGG-LGGGSVRFGPGVAFRAPSIHGG
: :..:: :. .: ::. : :. .. ::
NP_000 SSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSGGAY---GLGGG
20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 SGGRGVSVSSARFVSSSSSG-------AYGGGYGGVLTASDGLLAGNEKLTMQNLNDRLA
:: : : ::. : :. ..: . :::.:: ....::::.:.::.::::::::::
NP_000 YGG-GFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQNLNDRLA
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SYLDKVRALEAANGELEVKIRDWYQKQGPGPSRDYSHYYTTIQDLRDKILGATIENSRIV
:::::::::: ::..::::::::::.: :. .::: :. ::.:::.::: ::..:. ..
NP_000 SYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKILTATVDNANVL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 LQIDNARLAADDFRTKFETEQALRMSVEADINGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKEELA
::::::::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::.:::::::.::::::
NP_000 LQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIESLKEELA
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 YLKKNHEEEISTLRGQVGGQVSVEVDSAPGTDLAKILSDMRSQYEVMAEQNRKDAEAWFT
:::::::::...:::::::.:.::.:.:::.::..::..::.::: :::.:::::: ::
NP_000 YLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRKDAEEWFF
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 SRTEELNREVAGHTEQLQMSRSEVTDLRRTLQGLEIELQSQLSMKAALEDTLAETEARFG
..::::::::: ..: .: ..::...::::.:.:::::::::::::.::..: ::..:.
NP_000 TKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLENSLEETKGRYC
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 AQLAHIQALISGIEAQLGDVRADSERQNQEYQRLMDIKSRLEQEIATYRSLLEGQEDHYN
:::.:: .:...: ::...: . :.:::::. :.:.:.:::::::::: ::::.. :
NP_000 MQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLEGEDAH--
370 380 390 400 410 420
400
pF1KB6 NLSASKVL
::.:.
NP_000 -LSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN
430 440 450 460 470
>>NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, type I (473 aa)
initn: 1575 init1: 1536 opt: 1565 Z-score: 1034.4 bits: 200.5 E(85289): 7e-51
Smith-Waterman score: 1587; 60.6% identity (82.1% similar) in 429 aa overlap (7-397:6-434)
10 20 30 40
pF1KB6 MTSYSYRQSSATSSF-------GGLGGGSVRFGP---GVAFRAPSIHGGS----------
:: ...::. ::.:::: :.. : . :::: .::.
NP_005 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSRFSSG
10 20 30 40 50
50 60 70 80
pF1KB6 ------GGRGVSVSSARFVSSSSSGAYGGG------------YGGVLTASDGLLAGNEKL
:: : . ::. .:. .:.:::: .:: ....::::.:.::.
NP_005 GACGLGGGYGGGFSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEKV
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 TMQNLNDRLASYLDKVRALEAANGELEVKIRDWYQKQGPGPSRDYSHYYTTIQDLRDKIL
:::::::::::::::::::: ::..::::::::::.: :. .::: :. ::.:::.::.
NP_005 TMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKII
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 GATIENSRIVLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRMSVEADINGLRRVLDELTLARTDLEM
.:::::.. .::::::::::::::::.: : :::..::::.:::::::::::::::::::
NP_005 AATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLEM
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 QIEGLKEELAYLKKNHEEEISTLRGQVGGQVSVEVDSAPGTDLAKILSDMRSQYEVMAEQ
::::::::::::.::::::. .::::.::.:.::.:.:::.::..::..::.::: :::.
NP_005 QIEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAEK
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 NRKDAEAWFTSRTEELNREVAGHTEQLQMSRSEVTDLRRTLQGLEIELQSQLSMKAALED
::.:::.:: :.:::::.:::...: .: ::::::.:::.::::::::::::::::.::.
NP_005 NRRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLEN
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 TLAETEARFGAQLAHIQALISGIEAQLGDVRADSERQNQEYQRLMDIKSRLEQEIATYRS
.: ::..:. ::..::.::...: ::...: . :.:.:::: :.:.:.::::::::::
NP_005 SLEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYRR
360 370 380 390 400 410
390 400
pF1KB6 LLEGQEDHYNNLSASKVL
::::.. : .. .::
NP_005 LLEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
420 430 440 450 460 470
>>NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskeletal (456 aa)
initn: 1505 init1: 1227 opt: 1554 Z-score: 1027.5 bits: 199.2 E(85289): 1.7e-50
Smith-Waterman score: 1614; 63.3% identity (85.4% similar) in 417 aa overlap (1-388:1-414)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTSYSYRQSSATSSFGGLG--GGSVRFGPGVAFRAPSIHGGSGGRGVSVSSARFVSSSSS
::. .. :.: .:.::: . :::. : : .: . :. ::.:.:..:.::::::::.:.
NP_002 MTT-TFLQTS-SSTFGGGSTRGGSLLAGGG-GFGGGSLSGGGGSRSISASSARFVSSGSG
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:::::::::: ::..:::::.:::::: : .: :::.:. ::..:::::...::.:::.
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160 170 180 190 200 210
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.:.:::::::::::: :.:.: :::..:::::::::::::::::::::::::::::.:::
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::::::::::.. . .:..:::.::.:.:::.::...:..:: :::.:::.::.:.::::
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:.:::::.:::..::..: :..:.::::::.: :::::::::::::.::..::::: :.
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..:: .::.::.:.::::...: . : :::::. :.:::.::::::::::::::::.
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.. .:
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NP_002 SYLEKVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRDKILTATIENNRV
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pF1KB6 VLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRMSVEADINGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKEEL
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NP_002 AYMKKNHEEEMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEMREQYEAMAERNRRDAEEWF
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pF1KB6 TSRTEELNREVAGHTEQLQMSRSEVTDLRRTLQGLEIELQSQLSMKAALEDTLAETEARF
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]