Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6590
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6590, 406 aa
1>>>pF1KB6590 406 - 406 aa - 406 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1747+/-0.000906; mu= 16.8987+/- 0.054
mean_var=57.1803+/-11.769, 0's: 0 Z-trim(105.4): 22 B-trim: 331 in 1/47
Lambda= 0.169610
statistics sampled from 8376 (8394) to 8376 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.258), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 ( 406) 2725 675.2 3e-194
CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 ( 420) 1046 264.3 1.5e-70
CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 396) 1018 257.5 1.6e-68
CCDS8001.1 PGA5 gene_id:5222|Hs108|chr11 ( 388) 906 230.1 2.8e-60
CCDS31574.1 PGA3 gene_id:643834|Hs108|chr11 ( 388) 901 228.8 6.6e-60
CCDS31575.1 PGA4 gene_id:643847|Hs108|chr11 ( 388) 900 228.6 7.9e-60
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CCDS73012.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 363) 626 161.5 1.1e-39
CCDS55000.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 ( 315) 508 132.6 4.9e-31
CCDS7725.1 CTSD gene_id:1509|Hs108|chr11 ( 412) 429 113.4 4.1e-25
CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 396) 318 86.2 5.9e-17
CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 518) 318 86.2 7.5e-17
CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 468) 317 86.0 8.2e-17
CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 501) 258 71.5 1.9e-12
>>CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 (406 aa)
initn: 2725 init1: 2725 opt: 2725 Z-score: 3600.8 bits: 675.2 E(32554): 3e-194
Smith-Waterman score: 2725; 100.0% identity (100.0% similar) in 406 aa overlap (1-406:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
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CCDS30 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 PALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLGG
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CCDS30 PALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISG
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CCDS30 QIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 STSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 STSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB6 LCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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CCDS30 LCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
370 380 390 400
>>CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 (420 aa)
initn: 470 init1: 470 opt: 1046 Z-score: 1380.2 bits: 264.3 E(32554): 1.5e-70
Smith-Waterman score: 1046; 42.9% identity (68.6% similar) in 382 aa overlap (36-406:26-402)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 RMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEWSQPMK
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CCDS12 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLR-G--WREPAE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RLTLGNTTSS-----VILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
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CCDS12 LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGIT-VTQMFGEVTE
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CCDS12 SVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 MPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLG
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CCDS12 EPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPD--G
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYIS
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CCDS12 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GSTSSIEKLMEALGAKKRLF-DYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSS
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CCDS12 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 KKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDR----RNNRIGFALAR
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CCDS12 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
360 370 380 390 400 410
CCDS12 GETAQAQFPG
420
>>CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 (396 aa)
initn: 961 init1: 479 opt: 1018 Z-score: 1343.5 bits: 257.5 E(32554): 1.6e-68
Smith-Waterman score: 1018; 37.7% identity (72.6% similar) in 401 aa overlap (12-405:5-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
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CCDS73 MKTLLLLLL---VLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRAR----SQLSEFW
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 SQ---PMKRLTLG---NTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPS
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CCDS73 KSHNLDMIQFTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPS
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVT-QM
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CCDS73 VYCTS--PACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQ
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSE
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CCDS73 FGESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPE
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 NSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDT
.. :.....:: : .:. :..... . : . ::: . ...::.....: .:: :.:::
CCDS73 GGA--GSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQ
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CCDS73 GTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLL
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB6 ESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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CCDS73 DFVDGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
350 360 370 380 390
>>CCDS8001.1 PGA5 gene_id:5222|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 805 init1: 213 opt: 906 Z-score: 1195.6 bits: 230.1 E(32554): 2.8e-60
Smith-Waterman score: 906; 36.7% identity (66.1% similar) in 401 aa overlap (9-403:2-385)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLL--WGSCT-FGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMAR-L
.: ::: : . : . .: : :.. ... ::..... ::
CCDS80 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GPEWSQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSK
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CCDS80 FPQWEAP----TLVDEQP---LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVY
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 CSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVT-QMFG
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CCDS80 CSSL--ACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 EVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENS
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CCDS80 LSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDKS-
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 QSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGA
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CCDS80 ---GSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGETIACAEGCQAIVDTGT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 SYISGSTSSIEKLMEALGAKKRL-FDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQE
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CCDS80 SLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQ-
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB6 SYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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CCDS80 ---SEGSCISGFQGMNVPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
340 350 360 370 380
>>CCDS31574.1 PGA3 gene_id:643834|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 801 init1: 213 opt: 901 Z-score: 1188.9 bits: 228.8 E(32554): 6.6e-60
Smith-Waterman score: 901; 36.4% identity (66.3% similar) in 401 aa overlap (9-403:2-385)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLL--WGSCT-FGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMAR-L
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CCDS31 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GPEWSQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSK
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CCDS31 FPQWKAP----TLVDEQP---LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVY
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 CSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVT-QMFG
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CCDS31 CSSL--ACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 EVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENS
:. .. : :::..:... . . .::.:::: .::....:.:: : . :...
CCDS31 LSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQS-
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 QSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGA
:. ...:: : ..: :..... . : ::: . ...... .. : .:: :.::::.
CCDS31 ---GSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 SYISGSTSSIEKLMEALGAKKRL-FDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQE
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CCDS31 SLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQ-
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB6 SYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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CCDS31 ---SEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
340 350 360 370 380
>>CCDS31575.1 PGA4 gene_id:643847|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 801 init1: 213 opt: 900 Z-score: 1187.6 bits: 228.6 E(32554): 7.9e-60
Smith-Waterman score: 900; 36.4% identity (66.1% similar) in 401 aa overlap (9-403:2-385)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLL--WGSCT-FGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMAR-L
.: ::: : . : . .: : :.. ... ::..... ::
CCDS31 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GPEWSQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSK
:.: : :: . : ::.: .:.: :::::: : : :::::::::.::::
CCDS31 FPQWEAP----TLVDEQP---LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVY
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 CSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVT-QMFG
:: : ::. :. :. :::.:. .. ... :.::...:.:. : . ::::. : :.::
CCDS31 CSSL--ACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFG
110 120 130 140 150 160
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pF1KB6 EVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENS
:. .. : :::..:... . . .::.:::: .::....:.:: : . :...
CCDS31 LSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQS-
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 QSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGA
:. ...:: : ..: :..... . : ::: . ...... .. : .:: :.::::.
CCDS31 ---GSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGT
230 240 250 260 270 280
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pF1KB6 SYISGSTSSIEKLMEALGAKKRL-FDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQE
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CCDS31 SLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQ-
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB6 SYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
:. : ....:..: .: : :: .:::...: ::: ::..:.:
CCDS31 ---SEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
340 350 360 370 380
>>CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 (388 aa)
initn: 769 init1: 258 opt: 840 Z-score: 1108.3 bits: 213.9 E(32554): 2.1e-55
Smith-Waterman score: 840; 35.0% identity (67.4% similar) in 377 aa overlap (33-405:20-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 GWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEWSQ
.. ::.. ::::..::.:. : . .
CCDS48 MKWMVVVLVCLQLLEAAVVKVPLKKFKSIRETMKEKGLLGEFLRTHKYD
10 20 30 40
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pF1KB6 PMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYT
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