Result of FASTA (omim) for
pF1KB6590
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6590, 406 aa
1>>>pF1KB6590 406 - 406 aa - 406 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9012+/-0.000385; mu= 18.6651+/- 0.024
mean_var=63.3749+/-13.286, 0's: 0 Z-trim(112.0): 25 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.161107
statistics sampled from 20762 (20787) to 20762 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.611), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16
Scan time: 8.410
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepr ( 406) 2725 642.4 5.9e-184
NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [H ( 420) 1046 252.2 1.8e-66
XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 420) 1046 252.2 1.8e-66
NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a pre ( 396) 1018 245.6 1.6e-64
XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 401) 998 241.0 4e-63
NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein ( 388) 906 219.6 1.1e-56
NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprote ( 388) 901 218.4 2.4e-56
NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprote ( 388) 900 218.2 2.8e-56
XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 ( 388) 900 218.2 2.8e-56
NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prep ( 388) 840 204.2 4.4e-52
XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 411) 783 191.0 4.5e-48
NP_683865 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform b pre ( 363) 626 154.5 3.9e-37
XP_011507547 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 368) 606 149.8 1e-35
NP_001304260 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform c ( 288) 563 139.8 8.4e-33
NP_001159896 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 2 p ( 315) 508 127.0 6.3e-29
NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D prepro ( 412) 429 108.7 2.6e-23
NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 396) 318 82.9 1.5e-15
NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 518) 318 83.0 1.8e-15
NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 468) 317 82.7 2e-15
XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secret ( 423) 259 69.2 2.1e-11
NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 501) 258 69.0 2.8e-11
NP_620428 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 476) 194 54.2 8.2e-07
NP_620429 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 432) 147 43.2 0.0015
>>NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepropro (406 aa)
initn: 2725 init1: 2725 opt: 2725 Z-score: 3423.6 bits: 642.4 E(85289): 5.9e-184
Smith-Waterman score: 2725; 100.0% identity (100.0% similar) in 406 aa overlap (1-406:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 PALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 STSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 STSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB6 LCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
370 380 390 400
>>NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [Homo (420 aa)
initn: 470 init1: 470 opt: 1046 Z-score: 1314.3 bits: 252.2 E(85289): 1.8e-66
Smith-Waterman score: 1046; 42.9% identity (68.6% similar) in 382 aa overlap (36-406:26-402)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 RMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEWSQPMK
: :.: : . .: ... : : : .: .
NP_004 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLR-G--WREPAE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RLTLGNTTSS-----VILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
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NP_004 LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGIT-VTQMFGEVTE
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NP_004 SVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 MPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLG
:.: : .:.:::..:.:: .. : : .: .. ::.: . ::::: ::: :. . :
NP_004 EPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPD--G
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYIS
:..::::::: :: . .. . . :::.:. :.:: . :: :: :..:::.: :.
NP_004 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GSTSSIEKLMEALGAKKRLF-DYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSS
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NP_004 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 KKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDR----RNNRIGFALAR
.:: ...:.:.:::.:: : :: .:. . . ::: . :.:.: ::
NP_004 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
360 370 380 390 400 410
NP_004 GETAQAQFPG
420
>>XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A isofor (420 aa)
initn: 470 init1: 470 opt: 1046 Z-score: 1314.3 bits: 252.2 E(85289): 1.8e-66
Smith-Waterman score: 1046; 42.9% identity (68.6% similar) in 382 aa overlap (36-406:26-402)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 RMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEWSQPMK
: :.: : . .: ... : : : .: .
XP_011 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLR-G--WREPAE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RLTLGNTTSS-----VILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
:: . . : :.:: :.::.::::.:::::.: :.:::::::.:::: .: .
XP_011 LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGIT-VTQMFGEVTE
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XP_011 SVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 MPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLG
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XP_011 EPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPD--G
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYIS
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XP_011 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GSTSSIEKLMEALGAKKRLF-DYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSS
: : :. : :.:. : .:.. :.: : :: .:: ::: ..::. :::.: . ..
XP_011 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 KKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDR----RNNRIGFALAR
.:: ...:.:.:::.:: : :: .:. . . ::: . :.:.: ::
XP_011 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
360 370 380 390 400 410
XP_011 GETAQAQFPG
420
>>NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a preprop (396 aa)
initn: 961 init1: 479 opt: 1018 Z-score: 1279.5 bits: 245.6 E(85289): 1.6e-64
Smith-Waterman score: 1018; 37.7% identity (72.6% similar) in 401 aa overlap (12-405:5-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
::::: . : ...:. :.: ::....:. : ..:. :
NP_001 MKTLLLLLL---VLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRAR----SQLSEFW
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 SQ---PMKRLTLG---NTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPS
.. : ..: . . ... : ::.: .:.: :.::.:::.: :.:::::::.::::
NP_001 KSHNLDMIQFTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPS
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVT-QM
:. :: :. :. :.::.:.. : ....:.::..::... : ..: :.::. :.
NP_001 VYCTS--PACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQ
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSE
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NP_001 FGESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPE
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 NSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDT
.. :.....:: : .:. :..... . : . ::: . ...::.....: .:: :.:::
NP_001 GGA--GSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQ
:.: :.: ...:..:..:.:: .:.:.: . ..::..: ..: :::. . :..
NP_001 GTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLL
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB6 ESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
. .. ..:. .....:: ::.:: : :: .:::.::. ::: :::.:.: :
NP_001 DFVDGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
350 360 370 380 390
>>XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E iso (401 aa)
initn: 935 init1: 479 opt: 998 Z-score: 1254.3 bits: 241.0 E(85289): 4e-63
Smith-Waterman score: 998; 37.2% identity (71.7% similar) in 406 aa overlap (12-405:5-399)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEW
::::: . : ...:. :.: ::....:. : ..:. :
XP_011 MKTLLLLLL---VLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRAR----SQLSEFW
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 SQ---PMKRLTLG---NTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPS
.. : ..: . . ... : ::.: .:.: :.::.:::.: :.:::::::.::::
XP_011 KSHNLDMIQFTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPS
50 60 70 80 90 100
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pF1KB6 SKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIIT-----VGGIT
:. :: :. :. :.::.:.. : ....:.::..::... : .. : :.:
XP_011 VYCTS--PACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSAFSYQVEGLT
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 VT-QMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYY
:. :.::: . :. :. :::::..:.:. :.: :::.:::...:... .:: :.
XP_011 VVGQQFGESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYM
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 NRDSENSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCL
. . :.. :.....:: : .:. :..... . : . ::: . ...::.....: .::
XP_011 SSNPEGGA--GSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQ
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 ALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSA
:.::::.: :.: ...:..:..:.:: .:.:.: . ..::..: ..: :::. .
XP_011 AIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPT
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 DYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
:.. . .. ..:. .....:: ::.:: : :: .:::.::. ::: :::.:.: :
XP_011 AYTLLDFVDGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
350 360 370 380 390 400
>>NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein [Hom (388 aa)
initn: 805 init1: 213 opt: 906 Z-score: 1138.9 bits: 219.6 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 906; 36.7% identity (66.1% similar) in 401 aa overlap (9-403:2-385)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MDGWRRMPRWGLLLLL--WGSCT-FGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMAR-L
.: ::: : . : . .: : :.. ... ::..... ::
NP_055 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GPEWSQPMKRLTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSK
:.: : :: . : ::.: .:.: :::::: : : :::::::::.::::
NP_055 FPQWEAP----TLVDEQP---LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVY
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 CSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVT-QMFG
:: : ::. :. :. :::.:. .. ... :.::...:.:. : . ::::. : :.::
NP_055 CSSL--ACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 EVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENS
:. .. : :::..:... . . .::.:::: .::....:.:: : . :...
NP_055 LSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDKS-
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 QSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGA
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NP_001 SLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQ-
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pF1KB6 SYISGSTSSIEKLMEALGAKKRL-FDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQE
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XP_016 SLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQ-
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360 370 380 390 400
pF1KB6 SYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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XP_016 ---SEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
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>>NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prepropr (388 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]