FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6628, 406 aa 1>>>pF1KB6628 406 - 406 aa - 406 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3927+/-0.00118; mu= 9.2090+/- 0.071 mean_var=217.1917+/-44.611, 0's: 0 Z-trim(109.9): 145 B-trim: 690 in 1/51 Lambda= 0.087027 statistics sampled from 11041 (11196) to 11041 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.344), width: 16 Scan time: 2.620 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS41919.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 405) 2638 344.2 1.3e-94 CCDS41920.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 423) 1900 251.5 1.1e-66 CCDS41921.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 439) 1896 251.1 1.5e-66 CCDS76658.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 269) 1717 228.3 6.5e-60 CCDS56186.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 508) 1451 195.3 1.1e-49 CCDS13265.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 524) 1384 186.9 3.9e-47 CCDS13266.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 530) 1323 179.2 7.9e-45 >>CCDS41919.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 (405 aa) initn: 2377 init1: 2377 opt: 2638 Z-score: 1812.0 bits: 344.2 E(32554): 1.3e-94 Smith-Waterman score: 2638; 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CCDS13 -RLQLMARLAEGTGLQIPP--------AAQQA--LQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEAS 360 370 380 390 400 380 390 400 pF1KB6 ALTALSPALNLASQCLQLSSLFTPQTM ::.: . . ::.::.:::..:.::: CCDS13 ALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSA 410 420 430 440 450 460 >>CCDS13266.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 (530 aa) initn: 1463 init1: 1161 opt: 1323 Z-score: 918.3 bits: 179.2 E(32554): 7.9e-45 Smith-Waterman score: 1462; 57.5% identity (76.4% similar) in 440 aa overlap (3-405:2-436) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN .::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : . CCDS13 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK- 10 20 30 40 50 70 80 90 pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRS------------------ :::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. :: CCDS13 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KB6 ---RDHRREDRVH--YRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSA . ::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::. 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