Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6634
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6634, 440 aa
1>>>pF1KB6634 440 - 440 aa - 440 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5222+/-0.000705; mu= 14.0904+/- 0.043
mean_var=178.1286+/-57.971, 0's: 0 Z-trim(114.6): 190 B-trim: 1685 in 2/49
Lambda= 0.096096
statistics sampled from 14712 (15146) to 14712 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.781), E-opt: 0.2 (0.465), width: 16
Scan time: 3.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS197.1 HTR6 gene_id:3362|Hs108|chr1 ( 440) 2977 424.8 8.5e-119
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 608 96.3 6.2e-20
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 608 96.3 6.4e-20
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 608 96.4 6.7e-20
CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 429) 600 95.2 1.3e-19
CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 455) 600 95.2 1.4e-19
CCDS6054.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 466) 600 95.3 1.4e-19
CCDS34869.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 475) 600 95.3 1.4e-19
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 581 92.6 8.1e-19
CCDS5936.1 HTR5A gene_id:3361|Hs108|chr7 ( 357) 565 90.3 3.4e-18
CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 360) 543 87.2 2.9e-17
CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 378) 543 87.2 3e-17
CCDS34270.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 387) 543 87.3 3e-17
CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 388) 543 87.3 3e-17
CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 411) 543 87.3 3.1e-17
CCDS34272.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 428) 543 87.3 3.2e-17
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 490 80.0 5.6e-15
CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 471) 489 79.9 6.1e-15
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 486 79.3 6.7e-15
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 477 78.3 2.1e-14
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 472 77.4 2.9e-14
CCDS4393.1 DRD1 gene_id:1812|Hs108|chr5 ( 446) 471 77.3 3.3e-14
CCDS4395.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 359) 453 74.7 1.6e-13
CCDS47344.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 397) 453 74.8 1.7e-13
CCDS801.1 GPR61 gene_id:83873|Hs108|chr1 ( 451) 452 74.7 2.1e-13
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 447 74.2 3.9e-13
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 413 69.3 8.9e-12
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 410 68.9 1.2e-11
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 404 68.1 2.1e-11
CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 ( 477) 404 68.1 2.2e-11
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 395 66.8 5e-11
CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 ( 460) 393 66.6 6.1e-11
>>CCDS197.1 HTR6 gene_id:3362|Hs108|chr1 (440 aa)
initn: 2977 init1: 2977 opt: 2977 Z-score: 2246.2 bits: 424.8 E(32554): 8.5e-119
Smith-Waterman score: 2977; 100.0% identity (100.0% similar) in 440 aa overlap (1-440:1-440)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNT
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CCDS19 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETLQVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETLQVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RTPRPGVESADSRRLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPFFVANIVQAVCDCISPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RTPRPGVESADSRRLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPFFVANIVQAVCDCISPG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLASPSLRTSHSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLASPSLRTSHSGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNF
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB6 FNIDPAEPELRPHPLGIPTN
::::::::::::::::::::
CCDS19 FNIDPAEPELRPHPLGIPTN
430 440
>>CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (432 aa)
initn: 411 init1: 229 opt: 608 Z-score: 471.3 bits: 96.3 E(32554): 6.2e-20
Smith-Waterman score: 630; 32.1% identity (59.1% similar) in 389 aa overlap (8-366:53-432)
10 20
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
::. .:.: : ::. .: :
CCDS74 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
30 40 50 60 70 80
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
... : .. :: :.: :.. .: ::. ::...::: .:: :...::: . ..
CCDS74 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
: : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: : :: : .:..
CCDS74 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
..:..: :.: . :: :.:: . . : : . .. ... .....:..: ...
CCDS74 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
: : .: ::::.:.. :. ... . . . : :. :: :: :
CCDS74 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
: . ::. ::::..: : : :::::. . : . :.:: . .. :::
CCDS74 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
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CCDS74 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVL
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFFNIDPAE
>>CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (445 aa)
initn: 411 init1: 229 opt: 608 Z-score: 471.2 bits: 96.3 E(32554): 6.4e-20
Smith-Waterman score: 637; 32.3% identity (59.2% similar) in 390 aa overlap (8-367:53-433)
10 20
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
::. .:.: : ::. .: :
CCDS74 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
30 40 50 60 70 80
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
... : .. :: :.: :.. .: ::. ::...::: .:: :...::: . ..
CCDS74 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
: : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: : :: : .:..
CCDS74 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
..:..: :.: . :: :.:: . . : : . .. ... .....:..: ...
CCDS74 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
: : .: ::::.:.. :. ... . . . : :. :: :: :
CCDS74 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
: . ::. ::::..: : : :::::. . : . :.:: . .. :::
CCDS74 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
: :: .::.:: .: ::.. . .: : .:. : :. .:. .. :: . ::
CCDS74 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLQ
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFFNIDPAE
CCDS74 NADYCRKKGHDS
440
>>CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (479 aa)
initn: 411 init1: 229 opt: 608 Z-score: 470.8 bits: 96.4 E(32554): 6.7e-20
Smith-Waterman score: 634; 32.2% identity (58.5% similar) in 407 aa overlap (8-378:53-450)
10 20
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
::. .:.: : ::. .: :
CCDS74 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
30 40 50 60 70 80
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
... : .. :: :.: :.. .: ::. ::...::: .:: :...::: . ..
CCDS74 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
: : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: : :: : .:..
CCDS74 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
..:..: :.: . :: :.:: . . : : . .. ... .....:..: ...
CCDS74 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
: : .: ::::.:.. :. ... . . . : :. :: :: :
CCDS74 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
: . ::. ::::..: : : :::::. . : . :.:: . .. :::
CCDS74 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
: :: .::.:: .: ::.. . .: : .:. : :. .:. .. :: . :.
CCDS74 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLR
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ----QVL--PLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFF
.:: : :: :
CCDS74 ACTRRVLLRPEKRPPVSVWVLQSPDHHNWLADKMLTTVEKKVMIHD
440 450 460 470
>>CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 (429 aa)
initn: 489 init1: 246 opt: 600 Z-score: 465.3 bits: 95.2 E(32554): 1.3e-19
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
..:.. . . : :: . . ... : .: . . .: :.: . . :
CCDS60 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNL
........:.: ..::.. .:.: . . . : :...: .: .:.: ::.::.:::..:
CCDS60 HSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 CLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVP
:.::.:::. . :::: .: :.: .: .:.:. . :. ::. :: : :.:
CCDS60 CIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF-GW------RQPAP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GQ---CRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVAS-LTTGMASQA
. :.. .:: .. .:.:: . : :::. ..:.... . : : : ...
CCDS60 EDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
. ::.. : : :. :: .. :: : ::. ::. ::::..: : . ::::
CCDS60 QVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRL-LKFSREK-KAAKTLGIVVGCFVLCWLPF
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
:.. . . ..:. .: .. :::: :: .:::::: ..::.:. : .:
CCDS60 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 ERQASLASPSLRTSHSGPRPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPG
..:.:
CCDS60 RKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFSSMPRGS
350 360 370 380 390 400
>>CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 (455 aa)
initn: 489 init1: 246 opt: 600 Z-score: 465.1 bits: 95.2 E(32554): 1.4e-19
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
..:.. . . : :: . . ... : .: . . .: :.: . . :
CCDS60 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]