FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6648, 445 aa
1>>>pF1KB6648 445 - 445 aa - 445 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5589+/-0.00137; mu= -18.2767+/- 0.080
mean_var=374.6500+/-82.066, 0's: 0 Z-trim(107.8): 623 B-trim: 240 in 1/52
Lambda= 0.066262
statistics sampled from 9084 (9821) to 9084 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1500.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 445) 2883 290.2 2.9e-78
CCDS73024.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 388) 2424 246.3 4.1e-65
CCDS55682.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 384) 2420 245.9 5.3e-65
CCDS31979.1 NEK5 gene_id:341676|Hs108|chr13 ( 708) 686 80.3 7e-15
CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 ( 841) 648 76.7 1e-13
CCDS46915.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 470) 624 74.2 3e-13
CCDS82836.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 482) 624 74.3 3.1e-13
CCDS54639.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 599) 624 74.3 3.7e-13
CCDS3069.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 645) 624 74.3 4e-13
CCDS6854.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 313) 579 69.8 4.3e-12
CCDS55338.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 331) 579 69.9 4.5e-12
CCDS55339.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 338) 579 69.9 4.6e-12
CCDS48015.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 347) 579 69.9 4.7e-12
CCDS73576.1 NEK3 gene_id:4752|Hs108|chr13 ( 506) 576 69.7 7.8e-12
CCDS1394.1 NEK7 gene_id:140609|Hs108|chr1 ( 302) 566 68.6 9.8e-12
CCDS56348.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1189) 549 67.3 9.5e-11
CCDS56349.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1214) 549 67.3 9.6e-11
CCDS56350.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1242) 549 67.3 9.8e-11
CCDS47162.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1258) 549 67.3 9.9e-11
>>CCDS1500.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 (445 aa)
initn: 2883 init1: 2883 opt: 2883 Z-score: 1518.7 bits: 290.2 E(32554): 2.9e-78
Smith-Waterman score: 2883; 100.0% identity (100.0% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-445)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 YYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRY
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNLERRGRQLGEPEKSQDSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 PVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RKFLSLASNPELLNLPSSVIKKKVHFSGESKENIMRSENSESQLTSKSKCKDLKKRLHAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 RKFLSLASNPELLNLPSSVIKKKVHFSGESKENIMRSENSESQLTSKSKCKDLKKRLHAA
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB6 QLRAQALSDIEKNYQLKSRQILGMR
:::::::::::::::::::::::::
CCDS15 QLRAQALSDIEKNYQLKSRQILGMR
430 440
>>CCDS73024.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 (388 aa)
initn: 2424 init1: 2424 opt: 2424 Z-score: 1282.4 bits: 246.3 E(32554): 4.1e-65
Smith-Waterman score: 2424; 100.0% identity (100.0% similar) in 371 aa overlap (1-371:1-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL
70 80 90 100 110 120
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pF1KB6 TLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNVKLGDFGLARILNHDTSFAKTFVGTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNVKLGDFGLARILNHDTSFAKTFVGTP
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190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 YYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNLERRGRQLGEPEKSQDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNLERRGRQLGEPEKSQDSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RKFLSLASNPELLNLPSSVIKKKVHFSGESKENIMRSENSESQLTSKSKCKDLKKRLHAA
:::::::::::
CCDS73 RKFLSLASNPESHFVAQAGMQWCDHSSM
370 380
>>CCDS55682.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 (384 aa)
initn: 2418 init1: 2418 opt: 2420 Z-score: 1280.4 bits: 245.9 E(32554): 5.3e-65
Smith-Waterman score: 2420; 98.9% identity (99.5% similar) in 376 aa overlap (1-375:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL
70 80 90 100 110 120
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pF1KB6 TLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNVKLGDFGLARILNHDTSFAKTFVGTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNVKLGDFGLARILNHDTSFAKTFVGTP
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190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRY
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pF1KB6 SDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNLERRGRQLGEPEKSQDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNLERRGRQLGEPEKSQDSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB6 RKFLSLASNPEL-LNLPSSVIKKKVHFSGESKENIMRSENSESQLTSKSKCKDLKKRLHA
:::::::::: . .::
CCDS55 RKFLSLASNPGMRINLVNRSWCYK
370 380
>>CCDS31979.1 NEK5 gene_id:341676|Hs108|chr13 (708 aa)
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Smith-Waterman score: 686; 37.9% identity (69.4% similar) in 317 aa overlap (6-314:2-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR
. :.:. .:: :..:. . :::.: : ::... .: ::. .:: ::.
CCDS31 MDKYDVIKAIGQGAFGKAYLAKGKSDSKHCVIKEINFEKMPIQEKEASKKEVILLE
10 20 30 40 50
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pF1KB6 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYL-DEEFVLRVMTQ
..:::::: ... . . : :.::::::.:::: . : ...: : .:. .: ..:
CCDS31 KMKHPNIVAFFNSF--QENGRLFIVMEYCDGGDLMKRI---NRQRGVLFSEDQILGWFVQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LTLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNV-KLGDFGLARILNHDTSFAKTFVG
..:.::. : :. .::::.: :.::. . : ::::::.::.::.. .:.: .:
CCDS31 ISLGLKHIHDRK-----ILHRDIKAQNIFLSKNGMVAKLGDFGIARVLNNSMELARTCIG
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TPYYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPY
::::.::: . ::.:.:::::::.:::::.: :: . . ..:. :: ...: :
CCDS31 TPYYLSPEICQNKPYNNKTDIWSLGCVLYELCTLKHPFEGNNLQQLVLKICQAHFAPISP
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RYSDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNL--ERRGRQL----GE
.: ::. .:....... :::.. ::. :.. .:. .. :. ...: :
CCDS31 GFSRELHSLISQLFQVSPRDRPSINSILKRPFLENLIPKYLTPEVIQEEFSHMLICRAGA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 PEKSQDSSPVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLL
: :. .. :... :......:
CCDS31 PA-SRHAGKVVQKCKIQKVRFQGKCPPRSRISVPIKRNAILHRNEWRPPAGAQKARSIKM
290 300 310 320 330 340
>>CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 (841 aa)
initn: 675 init1: 419 opt: 648 Z-score: 359.9 bits: 76.7 E(32554): 1e-13
Smith-Waterman score: 651; 31.9% identity (60.8% similar) in 436 aa overlap (1-433:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR
:: : : : ..: ::::. .... ::: : :.:. . . :.. .:..::
CCDS28 MPLAA--YCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQYVIKKLNLRNASSRERRAAEQEAQLLS
10 20 30 40 50
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pF1KB6 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL
.::::::: : . . . ::::: .:::::: . . .. : : :. :.. ..:.
CCDS28 QLKHPNIVTYKESW-EGGDGLLYIVMGFCEGGDLYRKLKE--QKGQLLPENQVVEWFVQI
60 70 80 90 100 110
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pF1KB6 TLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNVKLGDFGLARILNHDTSFAKTFVGTP
..::. :.. : .:::::: :::: . .:.::.:.::.:.. ..:.:..:::
CCDS28 AMALQYLHEK----H-ILHRDLKTQNVFLTRTNIIKVGDLGIARVLENHCDMASTLIGTP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRY
:::::: .. :: :::.:.::: .::. .: :.: ... :. .: :::. .: :
CCDS28 YYMSPELFSNKPYNYKSDVWALGCCVYEMATLKHAFNAKDMNSLVYRIIEGKLPPMPRDY
180 190 200 210 220 230
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pF1KB6 SDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVA---DEQRRNLERRGRQLGEPEKSQ
: :: :.: ::. . .::::. ::..: : .. . . . . . . :. ...
CCDS28 SPELAELIRTMLSKRPEERPSVRSILRQPYIKRQISFFLEATKIKTSKNNIKNGDSQSKP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DSSPVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSL
.. : .: . .. .. . . .. . . . . : :...: :: .:::. .
CCDS28 FATVVSGEAESNHEVIHPQPLSSEGSQTYIMGEGK--C----LSQEK-PRASGLLKSPAS
300 310 320 330 340
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pF1KB6 LKERKFLSLASNPELLNLPSSVIKKKVHFSGESKENIMRSENSESQLTSKSKCKDLKKRL
:: . . :: : ::: . .: .... . .:.: . ..:
CCDS28 LKAHTCKQDLSNTTELATISSVNIDILPAKG--RDSVSDGFVQENQPRYLDASNELGGIC
350 360 370 380 390 400
420 430 440
pF1KB6 HAAQLRAQALSDIEKNYQLKSRQILGMR
.:.. . :.: :.
CCDS28 SISQVEEEMLQDNTKSSAQPENLIPMWSSDIVTGEKNEPVKPLQPLIKEQKPKDQSLALS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS46915.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 (470 aa)
initn: 535 init1: 331 opt: 624 Z-score: 351.2 bits: 74.2 E(32554): 3e-13
Smith-Waterman score: 632; 32.2% identity (62.1% similar) in 422 aa overlap (5-415:26-422)
10 20 30
pF1KB6 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRC-----QKIRRKSDGKIL
:. : . .:.::.: .: .: . :.:
CCDS46 MLKFQEAAKCVSGSTAISTYPKTLIARRYVLQQKLGSGSFGTVYLVSDKKAKRGEELKVL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 VWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLRELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDL
::.. : .. : . :..:: .: :: ::... .... : . :. ::::: ::
CCDS46 --KEISVGELNPNETVQANLEAQLLSKLDHPAIVKFHASFVEQDN--FCIITEYCEGRDL
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQLTLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQN
. : . . . . :. ... . :: :.. :.: .:::::: :::: :.:
CCDS46 DDKIQEYKQAGKIFPENQIIEWFIQLLLGVDYMHERR-----ILHRDLKSKNVFL--KNN
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 V-KLGDFGLARILNHDTSFAKTFVGTPYYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALM
. :.::::..:.: . ..: :..:::.::::: .....:. :::::::.:.:::.: .
CCDS46 LLKIGDFGVSRLLMGSCDLATTLTGTPHYMSPEALKHQGYDTKSDIWSLACILYEMCCMN
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 PPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPYRYSDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIAD
:.. . .. :: :: .: :: ::: :. ::: . :::. :::. : .
CCDS46 HAFAGSNFLSIVLKIVEGDTPSLPERYPKELNAIMESMLNKNPSLRPSAIEILKIPYL--
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KB6 LVADEQRRNLERRGRQLGEPEKSQD----SSPVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQ
::: .:: : .. .:. : .. ... .. :.:.:: ::: .. ...
CCDS46 ---DEQLQNLMCRYSEMTLEDKNLDCQKEAAHIINAMQ-KRIHLQTL-RAL-SEVQKMTP
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 KEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKERKFLSLASNPELLNLPSSVIKKKVHFSG-
.:. . .:. : :. :: . . . . .. : .. . .. .: .:...:.:..:
CCDS46 RER-MRLRKLQAADEKARKLKKIVEEKYEENSKRMQELRSRNFQQLSVDVLHEKTHLKGM
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 ESKENIMRSENSESQLTSKSKCKDLKKRLHAAQLRAQALSDIEKNYQLKSRQILGMR
: :: :. :..:. . . .: ..
CCDS46 EEKE-----EQPEGRLSCSPQDEDEERWQGREEESDEPTLENLPESQPIPSMDLHELESI
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>>CCDS82836.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 (482 aa)
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CCDS30 HAFAGSNFLSIVLKIVEGDTPSLPERYPKELNAIMESMLNKNPSLRPSAIEILKIPYL--
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CCDS30 ---DEQLQNLMCRYSEMTLEDKNLDCQKEAAHIINAMQ-KRIHLQTL-RAL-SEVQKMTP
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pF1KB6 KEQELCVRERLAEDKLARAENLLKNYSLLKERKFLSLASNPELLNLPSSVIKKKVHFSG-
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CCDS30 RER-MRLRKLQAADEKARKLKKIVEEKYEENSKRMQELRSRNFQQLSVDVLHEKTHLKGM
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CCDS30 EEKE-----EQPEGRLSCSPQDEDEERWQGREEESDEPTLENLPESQPIPSMDLHELESI
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>>CCDS6854.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 (313 aa)
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CCDS68 KLGDLGLGRFFSSETTAAHSLVGTPYYMSPERIHENGYNFKSDIWSLGCLLYEMAALQSP
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CCDS68 FYGDKMNLFSLCQKIEQCDYPPLPGEHYSEKLRELVSMCICPDPHQRPDIGYVHQVAKQM
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