FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6648, 445 aa 1>>>pF1KB6648 445 - 445 aa - 445 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5589+/-0.00137; mu= -18.2767+/- 0.080 mean_var=374.6500+/-82.066, 0's: 0 Z-trim(107.8): 623 B-trim: 240 in 1/52 Lambda= 0.066262 statistics sampled from 9084 (9821) to 9084 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16 Scan time: 2.880 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS1500.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 445) 2883 290.2 2.9e-78 CCDS73024.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 388) 2424 246.3 4.1e-65 CCDS55682.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 384) 2420 245.9 5.3e-65 CCDS31979.1 NEK5 gene_id:341676|Hs108|chr13 ( 708) 686 80.3 7e-15 CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 ( 841) 648 76.7 1e-13 CCDS46915.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 470) 624 74.2 3e-13 CCDS82836.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 482) 624 74.3 3.1e-13 CCDS54639.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 599) 624 74.3 3.7e-13 CCDS3069.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 645) 624 74.3 4e-13 CCDS6854.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 313) 579 69.8 4.3e-12 CCDS55338.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 331) 579 69.9 4.5e-12 CCDS55339.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 338) 579 69.9 4.6e-12 CCDS48015.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 347) 579 69.9 4.7e-12 CCDS73576.1 NEK3 gene_id:4752|Hs108|chr13 ( 506) 576 69.7 7.8e-12 CCDS1394.1 NEK7 gene_id:140609|Hs108|chr1 ( 302) 566 68.6 9.8e-12 CCDS56348.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1189) 549 67.3 9.5e-11 CCDS56349.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1214) 549 67.3 9.6e-11 CCDS56350.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1242) 549 67.3 9.8e-11 CCDS47162.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1258) 549 67.3 9.9e-11 >>CCDS1500.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 (445 aa) initn: 2883 init1: 2883 opt: 2883 Z-score: 1518.7 bits: 290.2 E(32554): 2.9e-78 Smith-Waterman score: 2883; 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CCDS31 MDKYDVIKAIGQGAFGKAYLAKGKSDSKHCVIKEINFEKMPIQEKEASKKEVILLE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB6 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYL-DEEFVLRVMTQ ..:::::: ... . . : :.::::::.:::: . : ...: : .:. .: ..: CCDS31 KMKHPNIVAFFNSF--QENGRLFIVMEYCDGGDLMKRI---NRQRGVLFSEDQILGWFVQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 LTLALKECHRRSDGGHTVLHRDLKPANVFLDGKQNV-KLGDFGLARILNHDTSFAKTFVG ..:.::. : :. .::::.: :.::. . : ::::::.::.::.. .:.: .: CCDS31 ISLGLKHIHDRK-----ILHRDIKAQNIFLSKNGMVAKLGDFGIARVLNNSMELARTCIG 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 TPYYMSPEQMNRMSYNEKSDIWSLGCLLYELCALMPPFTAFSQKELAGKIREGKFRRIPY ::::.::: . ::.:.:::::::.:::::.: :: . . ..:. :: ...: : CCDS31 TPYYLSPEICQNKPYNNKTDIWSLGCVLYELCTLKHPFEGNNLQQLVLKICQAHFAPISP 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 RYSDELNEIITRMLNLKDYHRPSVEEILENPLIADLVADEQRRNL--ERRGRQL----GE .: ::. .:....... :::.. ::. :.. .:. .. :. ...: : CCDS31 GFSRELHSLISQLFQVSPRDRPSINSILKRPFLENLIPKYLTPEVIQEEFSHMLICRAGA 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 PEKSQDSSPVLSELKLKEIQLQERERALKAREERLEQKEQELCVRERLAEDKLARAENLL : :. .. :... :......: CCDS31 PA-SRHAGKVVQKCKIQKVRFQGKCPPRSRISVPIKRNAILHRNEWRPPAGAQKARSIKM 290 300 310 320 330 340 >>CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 (841 aa) initn: 675 init1: 419 opt: 648 Z-score: 359.9 bits: 76.7 E(32554): 1e-13 Smith-Waterman score: 651; 31.9% identity (60.8% similar) in 436 aa overlap (1-433:1-417) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MPSRAEDYEVLYTIGTGSYGRCQKIRRKSDGKILVWKELDYGSMTEAEKQMLVSEVNLLR :: : : : ..: ::::. .... ::: : :.:. . . :.. .:..:: CCDS28 MPLAA--YCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQYVIKKLNLRNASSRERRAAEQEAQLLS 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 ELKHPNIVRYYDRIIDRTNTTLYIVMEYCEGGDLASVITKGTKERQYLDEEFVLRVMTQL .::::::: : . . . ::::: .:::::: . . .. : : :. :.. ..:. 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