Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6665
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6665, 424 aa
1>>>pF1KB6665 424 - 424 aa - 424 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7022+/-0.000889; mu= 8.3840+/- 0.053
mean_var=202.3016+/-43.052, 0's: 0 Z-trim(113.6): 74 B-trim: 505 in 1/54
Lambda= 0.090173
statistics sampled from 14189 (14265) to 14189 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.438), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31481.1 PACSIN3 gene_id:29763|Hs108|chr11 ( 424) 2898 389.3 3.7e-108
CCDS54536.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 ( 445) 1432 198.6 9.8e-51
CCDS43023.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 ( 486) 1407 195.4 9.9e-50
CCDS4793.1 PACSIN1 gene_id:29993|Hs108|chr6 ( 444) 1318 183.8 2.9e-46
>>CCDS31481.1 PACSIN3 gene_id:29763|Hs108|chr11 (424 aa)
initn: 2898 init1: 2898 opt: 2898 Z-score: 2055.3 bits: 389.3 E(32554): 3.7e-108
Smith-Waterman score: 2898; 100.0% identity (100.0% similar) in 424 aa overlap (1-424:1-424)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEKAYAQQLADW
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CCDS31 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEKAYAQQLADW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVRAWQRGAFHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVRAWQRGAFHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRESHAKADSAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRESHAKADSAV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETCQAAERQRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETCQAAERQRLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 FFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPGMAMNWPQFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPGMAMNWPQFE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGTAPPPQSPGSPGTGQDEEWSDEESPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGTAPPPQSPGSPGTGQDEEWSDEESPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 KAATGVRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLKMSEEDEQGWCQGQLQSGRIGLYPANYVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KAATGVRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLKMSEEDEQGWCQGQLQSGRIGLYPANYVE
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 CVGA
::::
CCDS31 CVGA
>>CCDS54536.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 (445 aa)
initn: 1690 init1: 1367 opt: 1432 Z-score: 1024.3 bits: 198.6 E(32554): 9.8e-51
Smith-Waterman score: 1694; 56.1% identity (81.4% similar) in 440 aa overlap (4-422:6-444)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEKAYAQQLA
....: :. . ::::.:::.:::.:..::::::.::..:..:::::::::::::.
CCDS54 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DWARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVRAWQRGAF
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CCDS54 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 HRPVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRESHAKADS
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CCDS54 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AVSQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETCQAAERQR
... :::.:::...:.: ... ::: .::..: :: . ::.:::.:::.:: :: :..:
CCDS54 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LLFFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPGMAMNWPQ
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CCDS54 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 FEEWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGTAPP-PQSPGSPGTGQD--EEWSD
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CCDS54 FEEWSADLNRTLSRREKK-KATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSVSSYEKTQSYPTDWSD
310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB6 EES--PRK--------------AATG--VRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLKMSEED
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CCDS54 DESNNPFSSTDANGDSNPFDDDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDED
360 370 380 390 400 410
400 410 420
pF1KB6 EQGWCQGQLQSGRIGLYPANYVECVGA
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CCDS54 EQGWCKGRLDNGQVGLYPANYVEAIQ
420 430 440
>>CCDS43023.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 (486 aa)
initn: 1690 init1: 1367 opt: 1407 Z-score: 1006.3 bits: 195.4 E(32554): 9.9e-50
Smith-Waterman score: 1471; 50.7% identity (74.2% similar) in 454 aa overlap (4-395:6-458)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEKAYAQQLA
....: :. . ::::.:::.:::.:..::::::.::..:..:::::::::::::.
CCDS43 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DWARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVRAWQRGAF
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CCDS43 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 HRPVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRESHAKADS
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CCDS43 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AVSQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETCQAAERQR
... :::.:::...:.: ... ::: .::..: :: . ::.:::.:::.:: :: :..:
CCDS43 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LLFFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPGMAMNWPQ
: ::...:: ...:::::. .. ...::.:.:.::. :::::.:..:::::::::::
CCDS43 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB6 FEEWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGTAPP-PQS----PGSPGTG-----
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CCDS43 FEEWSADLNRTLSRREKK-KATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQS
310 320 330 340 350
350 360
pF1KB6 -----QDEE-----------------------------WSDEES--PRK-----------
.::. :::.:: : .
CCDS43 SYNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNPF
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410
pF1KB6 ---AATG--VRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLKMSEEDEQGWCQGQLQSGRIGLYPA
:..: ::::::::: ::: :::::.::.:: :: .
CCDS43 DDDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPA
420 430 440 450 460 470
420
pF1KB6 NYVECVGA
CCDS43 NYVEAIQ
480
>>CCDS4793.1 PACSIN1 gene_id:29993|Hs108|chr6 (444 aa)
initn: 1658 init1: 1280 opt: 1318 Z-score: 944.2 bits: 183.8 E(32554): 2.9e-46
Smith-Waterman score: 1593; 51.5% identity (79.8% similar) in 441 aa overlap (1-422:10-444)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEK
.:::: . ::::.:::.:::.:..::::::.::..: ::::.:::
CCDS47 MSSSYDEASLAPEETT------DSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AYAQQLADWARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVR
::.:::.:::..:: .:::::::.::.:: :..: :...: :: ::...: ..: :.:.
CCDS47 AYGQQLTDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 AWQRGAFHRPVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRE
::. :.:. ..:::.:.. :::::::::::: :..::.::.::.:: : :.:: :.:::
CCDS47 NWQKDAYHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTRE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SHAKADSAVSQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETC
..:....:. :: .:::..:..: ....::. .::..: .. . ::.:::.:::.:: :
CCDS47 MNSKTEQSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 QAAERQRLLFFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPG
: :..::.:.:..:: ...::.:. . .. ...:.:.:.:..:. .:::::.::: :::
CCDS47 QQFEEKRLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB6 MAMNWPQFEEWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGTAPPPQ--SPGSPGTGQ
: :::::::::. : .: ..::: .. . :.::. . . ..:. . : .: ::
CCDS47 MPMNWPQFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALTNATGAVESTSQAGDRGSVSSYDRGQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB6 D--EEWSDEES--P-------------RKAATGVRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLK
::::.:: : . . :::::::::: ::: :::::.::.:: :
CCDS47 PYATEWSDDESGNPFGGSETNGGANPFEDDSKGVRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTK
360 370 380 390 400 410
400 410 420
pF1KB6 MSEEDEQGWCQGQLQSGRIGLYPANYVECVGA
..::::::::.:.:.::..::::::::: .
CCDS47 LGEEDEQGWCRGRLDSGQLGLYPANYVEAI
420 430 440
424 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 11:41:34 2016 done: Sat Nov 5 11:41:35 2016
Total Scan time: 3.390 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]