Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6678
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6678, 436 aa
1>>>pF1KB6678 436 - 436 aa - 436 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8705+/-0.000855; mu= 14.5831+/- 0.052
mean_var=72.0107+/-14.175, 0's: 0 Z-trim(107.4): 22 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.151139
statistics sampled from 9541 (9559) to 9541 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 2.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 436) 2916 645.0 4.2e-185
CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 456) 2021 449.9 2.5e-126
CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 407) 1959 436.3 2.6e-122
CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 406) 1912 426.1 3.2e-119
CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 415) 1912 426.1 3.2e-119
CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 ( 411) 1863 415.4 5.3e-116
CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 343) 1682 375.9 3.4e-104
CCDS10705.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 ( 412) 289 72.2 1.1e-12
>>CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (436 aa)
initn: 2916 init1: 2916 opt: 2916 Z-score: 3436.6 bits: 645.0 E(32554): 4.2e-185
Smith-Waterman score: 2916; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 QFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYPP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 IQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 ISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDW
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB6 CVPSREPKDMTTFRSA
::::::::::::::::
CCDS22 CVPSREPKDMTTFRSA
430
>>CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (456 aa)
initn: 2896 init1: 2021 opt: 2021 Z-score: 2381.6 bits: 449.9 E(32554): 2.5e-126
Smith-Waterman score: 2860; 95.4% identity (95.6% similar) in 456 aa overlap (1-436:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 QFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160
pF1KB6 LLDFKDKSAEDAKAIYD--------------------FTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGV
::::::::::::::::. :::::::::::::::::::::::
CCDS63 LLDFKDKSAEDAKAIYERPRRTWLQVSSLCCMACKMIFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 IEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSIN
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 PNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 PNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFEL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 FKNAMRATMEHHANRGVYPPIQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FKNAMRATMEHHANRGVYPPIQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAP
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 RPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERL
370 380 390 400 410 420
410 420 430
pF1KB6 PVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDMTTFRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 PVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDMTTFRSA
430 440 450
>>CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (407 aa)
initn: 1964 init1: 840 opt: 1959 Z-score: 2309.3 bits: 436.3 E(32554): 2.6e-122
Smith-Waterman score: 1959; 69.6% identity (89.2% similar) in 398 aa overlap (37-434:11-405)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 LRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFG
:: :.: .. ...:::::::::::::::
CCDS11 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKD
: :::::::: :::::::::::::::::.:::: .: :::::::::::.::: ....: :
CCDS11 SSNACEKTSFTFLRQELPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLD
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYM
:. :: ... .:::... ::::::::.:::::::.:::...: :::..::.::::::::.
CCDS11 KDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYIN
::::::::.:::.:.: :. .:.: ::::::.::::: ::.::.:. :. ::: ::.
CCDS11 SRISIRMLINQHTLIFDGST--NPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMA
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYPPIQVHVT
::.::..:.:: . :::..::::::::::.:::::::::::.: : . . :::.: :.
CCDS11 SPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVA
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYA
::.:::..::::::::::::::.:::.::::::: :. :. ..::::::::::::::::
CCDS11 LGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTPQPGTG-GTPLAGFGYGLPISRLYA
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSRE
.::::::.:.:.::.:::::::.:::::::.::::::::.::.::.: .:: :::::: :
CCDS11 KYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTE
340 350 360 370 380 390
430
pF1KB6 PKDMTTFRSA
::. .:.:
CCDS11 PKNTSTYRVS
400
>>CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (406 aa)
initn: 1516 init1: 810 opt: 1912 Z-score: 2254.0 bits: 426.1 E(32554): 3.2e-119
Smith-Waterman score: 1912; 68.6% identity (88.4% similar) in 395 aa overlap (42-435:12-404)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC
:: :.. :.::::::::.::::::: :::
CCDS14 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED
::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: ::
CCDS14 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 AKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISI
... .: ...:..:::::::.::::::::::::.:: :: : :.:::::::: .:::.
CCDS14 PQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISF
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELE
:::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::.::.:. ::. ::. .::::
CCDS14 RMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELE
170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGV-YPPIQVHVTLGNE
.::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: . .: :: ... ::::.:
CCDS14 VEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKE
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 DLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQ
::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::.::::::::::::::::.:::
CCDS14 DLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQ
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 GDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDM
:::::::.:: :::::::.::::..:.:::::.::.::.::.:. ::::: :: ::.:
CCDS14 GDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDA
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 TTFRSA
. ...
CCDS14 SKYKAKQ
400
>>CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (415 aa)
initn: 1516 init1: 810 opt: 1912 Z-score: 2253.8 bits: 426.1 E(32554): 3.2e-119
Smith-Waterman score: 1912; 68.6% identity (88.4% similar) in 395 aa overlap (42-435:12-404)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC
:: :.. :.::::::::.::::::: :::
CCDS48 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED
::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: ::
CCDS48 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 AKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISI
... .: ...:..:::::::.::::::::::::.:: :: : :.:::::::: .:::.
CCDS48 PQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISF
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELE
:::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::.::.:. ::. ::. .::::
CCDS48 RMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELE
170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGV-YPPIQVHVTLGNE
.::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: . .: :: ... ::::.:
CCDS48 VEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKE
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 DLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQ
::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::.::::::::::::::::.:::
CCDS48 DLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQ
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 GDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDM
:::::::.:: :::::::.::::..:.:::::.::.::.::.:. ::::: :: ::.:
CCDS48 GDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDA
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 TTFRSA
. ...
CCDS48 SKYKAKQDKIKTNRTF
400 410
>>CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 (411 aa)
initn: 1872 init1: 1076 opt: 1863 Z-score: 2196.1 bits: 415.4 E(32554): 5.3e-116
Smith-Waterman score: 1863; 65.4% identity (87.4% similar) in 413 aa overlap (19-430:1-405)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFS-RSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSM
..:: : :: .: .:.. :: .:. ..:.:::::::
CCDS56 MKAARFVLRSAGSLNGAGL-----VPREVEHFSRYSPSPLSM
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KQFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQ
::.::::: ::::.::: :::::::::::::.:::..:: .:. : :::::.:::::::.
CCDS56 KQLLDFGSENACERTSFAFLRQELPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLM
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ELLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQY
.:..:..:: .: ::. ::.::.:..::::..:.::::::.::::.. :::::.::.::
CCDS56 DLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTLIKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQY
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRL
:::::::.::: :::.::: :.:. . :.:: :::::.:::.:. :..:..: .: :
CCDS56 FLDRFYMNRISTRMLMNQHILIFSDSQTGNPS---HIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRML
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 CDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYP
:: ::..::::.: ..:.: : :::..:::::::.::.:::::::::::.::. :.
CCDS56 CDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIHIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLT
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 PIQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGL
::.: :.::.::::.:.:::::::::: :::::.: ::::: : ...:: .:::::::::
CCDS56 PIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGL
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 PISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADD
:::::::.::::::.:::: ::::::.::.::::..:::.:::.::.:.:::. . ::::
CCDS56 PISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADD
340 350 360 370 380 390
420 430
pF1KB6 WCVPSREPKDMTTFRSA
::.::::::..
CCDS56 WCIPSREPKNLAKEVAM
400 410
>>CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (343 aa)
initn: 1664 init1: 642 opt: 1682 Z-score: 1984.1 bits: 375.9 E(32554): 3.4e-104
Smith-Waterman score: 1682; 68.6% identity (89.5% similar) in 344 aa overlap (91-434:1-341)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQE
::::.:::: .: :::::::::::.::: .
CCDS56 MKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD
10 20 30
130 140 150 160 170 180
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