FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6678, 436 aa 1>>>pF1KB6678 436 - 436 aa - 436 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8705+/-0.000855; mu= 14.5831+/- 0.052 mean_var=72.0107+/-14.175, 0's: 0 Z-trim(107.4): 22 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.151139 statistics sampled from 9541 (9559) to 9541 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16 Scan time: 2.630 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 436) 2916 645.0 4.2e-185 CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 456) 2021 449.9 2.5e-126 CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 407) 1959 436.3 2.6e-122 CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 406) 1912 426.1 3.2e-119 CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 415) 1912 426.1 3.2e-119 CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 ( 411) 1863 415.4 5.3e-116 CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 343) 1682 375.9 3.4e-104 CCDS10705.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 ( 412) 289 72.2 1.1e-12 >>CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (436 aa) initn: 2916 init1: 2916 opt: 2916 Z-score: 3436.6 bits: 645.0 E(32554): 4.2e-185 Smith-Waterman score: 2916; 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CCDS11 SPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVA 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KB6 LGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYA ::.:::..::::::::::::::.:::.::::::: :. :. ..:::::::::::::::: CCDS11 LGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTPQPGTG-GTPLAGFGYGLPISRLYA 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KB6 QYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSRE .::::::.:.:.::.:::::::.:::::::.::::::::.::.::.: .:: :::::: : CCDS11 KYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTE 340 350 360 370 380 390 430 pF1KB6 PKDMTTFRSA ::. .:.: CCDS11 PKNTSTYRVS 400 >>CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (406 aa) initn: 1516 init1: 810 opt: 1912 Z-score: 2254.0 bits: 426.1 E(32554): 3.2e-119 Smith-Waterman score: 1912; 68.6% identity (88.4% similar) in 395 aa overlap (42-435:12-404) 20 30 40 50 60 70 pF1KB6 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC :: :.. :.::::::::.::::::: ::: CCDS14 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC 10 20 30 40 80 90 100 110 120 130 pF1KB6 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED ::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: :: CCDS14 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED 50 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 190 pF1KB6 AKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISI ... .: ...:..:::::::.::::::::::::.:: :: : :.:::::::: .:::. CCDS14 PQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISF 110 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 250 pF1KB6 RMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELE :::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::.::.:. ::. ::. .:::: CCDS14 RMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELE 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 LEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGV-YPPIQVHVTLGNE .::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: . .: :: ... ::::.: CCDS14 VEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKE 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 DLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQ ::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::.::::::::::::::::.::: CCDS14 DLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQ 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KB6 GDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDM :::::::.:: :::::::.::::..:.:::::.::.::.::.:. ::::: :: ::.: CCDS14 GDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDA 340 350 360 370 380 390 pF1KB6 TTFRSA . ... CCDS14 SKYKAKQ 400 >>CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (415 aa) initn: 1516 init1: 810 opt: 1912 Z-score: 2253.8 bits: 426.1 E(32554): 3.2e-119 Smith-Waterman score: 1912; 68.6% identity (88.4% similar) in 395 aa overlap (42-435:12-404) 20 30 40 50 60 70 pF1KB6 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC :: :.. :.::::::::.::::::: ::: CCDS48 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC 10 20 30 40 80 90 100 110 120 130 pF1KB6 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED ::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: :: CCDS48 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED 50 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 190 pF1KB6 AKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISI ... .: ...:..:::::::.::::::::::::.:: :: : :.:::::::: .:::. CCDS48 PQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISF 110 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 250 pF1KB6 RMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELE :::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::.::.:. ::. ::. .:::: CCDS48 RMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELE 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 LEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGV-YPPIQVHVTLGNE .::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: . .: :: ... ::::.: CCDS48 VEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKE 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 DLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQ ::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::.::::::::::::::::.::: CCDS48 DLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQ 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KB6 GDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDM :::::::.:: :::::::.::::..:.:::::.::.::.::.:. ::::: :: ::.: CCDS48 GDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDA 340 350 360 370 380 390 pF1KB6 TTFRSA . ... CCDS48 SKYKAKQDKIKTNRTF 400 410 >>CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 (411 aa) initn: 1872 init1: 1076 opt: 1863 Z-score: 2196.1 bits: 415.4 E(32554): 5.3e-116 Smith-Waterman score: 1863; 65.4% identity (87.4% similar) in 413 aa overlap (19-430:1-405) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFS-RSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSM ..:: : :: .: .:.. :: .:. ..:.::::::: CCDS56 MKAARFVLRSAGSLNGAGL-----VPREVEHFSRYSPSPLSM 10 20 30 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 KQFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQ ::.::::: ::::.::: :::::::::::::.:::..:: .:. : :::::.:::::::. CCDS56 KQLLDFGSENACERTSFAFLRQELPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLM 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 ELLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQY .:..:..:: .: ::. ::.::.:..::::..:.::::::.::::.. :::::.::.:: CCDS56 DLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTLIKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQY 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 FLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRL :::::::.::: :::.::: :.:. . :.:: :::::.:::.:. :..:..: .: : CCDS56 FLDRFYMNRISTRMLMNQHILIFSDSQTGNPS---HIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRML 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 CDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYP :: ::..::::.: ..:.: : :::..:::::::.::.:::::::::::.::. :. CCDS56 CDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIHIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLT 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 PIQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGL ::.: :.::.::::.:.:::::::::: :::::.: ::::: : ...:: .::::::::: CCDS56 PIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGL 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 PISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADD :::::::.::::::.:::: ::::::.::.::::..:::.:::.::.:.:::. . :::: CCDS56 PISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADD 340 350 360 370 380 390 420 430 pF1KB6 WCVPSREPKDMTTFRSA ::.::::::.. CCDS56 WCIPSREPKNLAKEVAM 400 410 >>CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (343 aa) initn: 1664 init1: 642 opt: 1682 Z-score: 1984.1 bits: 375.9 E(32554): 3.4e-104 Smith-Waterman score: 1682; 68.6% identity (89.5% similar) in 344 aa overlap (91-434:1-341) 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 QFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQE ::::.:::: .: :::::::::::.::: . CCDS56 MKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD 10 20 30 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 LLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYF ...: ::. :: ... .:::... ::::::::.:::::::.:::...: :::..::.::: CCDS56 IMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYF 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 LDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLC :::::.::::::::.:::.:.: :. .:.: ::::::.::::: ::.::.:. :. :: CCDS56 LDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGST--NPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLC 100 110 120 130 140 250 260 270 280 290 300 pF1KB6 DLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYPP : ::. ::.::..:.:: . :::..::::::::::.:::::::::::.: : . . :: CCDS56 DKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPP 150 160 170 180 190 200 310 320 330 340 350 360 pF1KB6 IQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLP :.: :.::.:::..::::::::::::::.:::.::::::: :. :. ..:::::::::: CCDS56 IKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTPQPGTG-GTPLAGFGYGLP 210 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 420 pF1KB6 ISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDW ::::::.::::::.:.:.::.:::::::.:::::::.::::::::.::.::.: .:: :: CCDS56 ISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDW 270 280 290 300 310 320 430 pF1KB6 CVPSREPKDMTTFRSA :::: :::. .:.: CCDS56 CVPSTEPKNTSTYRVS 330 340 >>CCDS10705.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 (412 aa) initn: 540 init1: 146 opt: 289 Z-score: 341.3 bits: 72.2 E(32554): 1.1e-12 Smith-Waterman score: 552; 33.7% identity (61.6% similar) in 341 aa overlap (78-398:93-407) 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 FYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSV .:.::::::.:. .: . :: . .:.. CCDS10 AEKPSVRLTPTMMLYAGRSQDGSHLLKSARYLQQELPVRIAHRIKGFRCLPFIIGCNPTI 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 QLVQSWYIQSLQELLDF---KDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYK :. ::...:.: :: ::. :..:. . . : .. . :.::. .:.:. : . CCDS10 LHVHELYIRAFQKLTDFPPIKDQ-ADEAQ----YCQLVRQLLDDHKDVVTLLAEGLRESR 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 ESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCN . . . . :.::::. ::..:::: ..: : : :. .: : . CCDS10 KHIEDEKL----VRYFLDKTLTSRLGIRMLATHHLALHEDK----PDF---VGIICTRLS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KB6 VLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELELE-ELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKN ..:. . :::::. : :.:..... .. :. : ..: : ... ::.:: CCDS10 PKKIIEKWVDFARRLCEHKYGNAPRVRINGHVAARFP-------FIPMPLDYILPELLKN 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 pF1KB6 AMRATMEHHANRGVYPPIQVHVTLGNED--LTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPR ::::::: : . : .: .:..:.: : ...::::::. . .::...: ..:: CCDS10 AMRATMESHLDTPYNVP-DVVITIANNDVDLIIRISDRGGGIAHKDLDRVMDYHFTTAEA 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 pF1KB6 ----PRVET----------SRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVI ::. ... :. :::.::: :: ::.:. :.:.: ::.: ::: . CCDS10 STQDPRISPLFGHLDMHSGAQSGPMHGFGFGLPTSRAYAEYLGGSLQLQSLQGIGTD--V 340 350 360 370 380 390 390 400 410 420 430 pF1KB6 YIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDMTTFRSA :.. :. : CCDS10 YLRLRHIDGREESFRI 400 410 436 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 11:22:08 2016 done: Sat Nov 5 11:22:08 2016 Total Scan time: 2.630 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]