Result of FASTA (omim) for
pF1KB6686
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6686, 458 aa
1>>>pF1KB6686 458 - 458 aa - 458 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7686+/-0.000584; mu= -1.9763+/- 0.036
mean_var=387.5505+/-77.063, 0's: 0 Z-trim(117.1): 173 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.065149
statistics sampled from 28565 (28738) to 28565 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 10.470
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 2941 291.1 4.3e-78
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 2682 266.7 8.6e-71
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 2069 209.1 2e-53
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 2065 208.7 2.5e-53
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 2014 203.9 7.2e-52
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 1797 183.6 1e-45
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 1778 181.8 3.5e-45
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1613 166.2 1.6e-40
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1584 163.6 1.2e-39
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1582 163.5 1.5e-39
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 1524 157.9 5.6e-38
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 1510 156.5 1.2e-37
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 1462 152.1 3.3e-36
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 1447 150.7 8.4e-36
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 1449 151.0 8.6e-36
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 1385 144.8 4.6e-34
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 1338 140.4 9.8e-33
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 1286 135.5 2.8e-31
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 1286 135.5 2.8e-31
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 1256 132.7 2e-30
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 1256 132.7 2e-30
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1247 131.9 3.7e-30
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 1243 131.5 4.8e-30
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 1178 125.3 3.1e-28
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 1177 125.2 3.3e-28
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 1175 125.0 3.8e-28
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 1171 124.7 5.1e-28
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 1161 123.7 9.1e-28
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 1154 123.1 1.5e-27
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 1143 122.0 3e-27
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 1120 119.9 1.3e-26
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 1120 119.9 1.4e-26
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1070 115.2 3.6e-25
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1070 115.2 3.6e-25
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 1046 112.9 1.7e-24
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 1046 113.0 1.8e-24
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 1038 112.2 3e-24
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 1021 110.6 9.5e-24
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 1020 110.5 9.5e-24
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 1019 110.4 9.8e-24
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 754 85.3 2.4e-16
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 754 85.3 2.4e-16
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 754 85.3 2.4e-16
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 695 80.1 1.9e-14
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 689 79.4 2.3e-14
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 677 78.4 5.5e-14
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 668 77.4 8.5e-14
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 665 77.3 1.2e-13
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 663 77.1 1.4e-13
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 661 76.9 1.6e-13
>>NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cytosk (458 aa)
initn: 2941 init1: 2941 opt: 2941 Z-score: 1523.0 bits: 291.1 E(85289): 4.3e-78
Smith-Waterman score: 2941; 99.8% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGGRGVSTCSTRFVSGGSAGGYGGGVSCGFGGGAGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGGRGVSTCSTRFVSGGSAGGYGGGVSCGFGGGAGSG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 FGGGYGGGLGGGYGGGLGGGFGGGFAGGFVDFGACDGGLLTGNEKITMQNLNDRLASYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 FGGGYGGGLGGGYGGGLGGGFGGGFAGGFVDFGACDGGLLTGNEKITMQNLNDRLASYLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRDKILTATIENNRVILEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 KVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRDKILTATIENNRVILEI
130 140 150 160 170 180
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pF1KB6 DNARLAVDDFRLKYENELALRQSVEADINGLRRVLDELTLSKTDLEMQIESLNEELAYMK
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 DNARLAADDFRLKYENELALRQSVEADINGLRRVLDELTLSKTDLEMQIESLNEELAYMK
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250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KNHEEEMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEMREQYEAMAERNRRDAEEWFHAKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 KNHEEEMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEMREQYEAMAERNRRDAEEWFHAKS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 AELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQSQLSMKAGLENTVAETECRYALQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 AELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQSQLSMKAGLENTVAETECRYALQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QQIQGLISSIEAQLSELRSEMECQNQEYKMLLDIKTRLEQEIATYRSLLEGQDAKMIGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 QQIQGLISSIEAQLSELRSEMECQNQEYKMLLDIKTRLEQEIATYRSLLEGQDAKMIGFP
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB6 SSAGSVSPRSTSVTTTSSASVTTTSNASGRRTSDVRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_705 SSAGSVSPRSTSVTTTSSASVTTTSNASGRRTSDVRRP
430 440 450
>>NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cytosk (420 aa)
initn: 2682 init1: 2682 opt: 2682 Z-score: 1391.9 bits: 266.7 E(85289): 8.6e-71
Smith-Waterman score: 2682; 99.8% identity (100.0% similar) in 415 aa overlap (1-415:1-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGGRGVSTCSTRFVSGGSAGGYGGGVSCGFGGGAGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGGRGVSTCSTRFVSGGSAGGYGGGVSCGFGGGAGSG
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pF1KB6 FGGGYGGGLGGGYGGGLGGGFGGGFAGGFVDFGACDGGLLTGNEKITMQNLNDRLASYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FGGGYGGGLGGGYGGGLGGGFGGGFAGGFVDFGACDGGLLTGNEKITMQNLNDRLASYLE
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130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRDKILTATIENNRVILEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRDKILTATIENNRVILEI
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pF1KB6 DNARLAVDDFRLKYENELALRQSVEADINGLRRVLDELTLSKTDLEMQIESLNEELAYMK
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DNARLAADDFRLKYENELALRQSVEADINGLRRVLDELTLSKTDLEMQIESLNEELAYMK
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pF1KB6 KNHEEEMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEMREQYEAMAERNRRDAEEWFHAKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KNHEEEMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEMREQYEAMAERNRRDAEEWFHAKS
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310 320 330 340 350 360
pF1KB6 AELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQSQLSMKAGLENTVAETECRYALQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQSQLSMKAGLENTVAETECRYALQL
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370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QQIQGLISSIEAQLSELRSEMECQNQEYKMLLDIKTRLEQEIATYRSLLEGQDAKMIGFP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QQIQGLISSIEAQLSELRSEMECQNQEYKMLLDIKTRLEQEIATYRSLLEGQDAKKRQPP
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430 440 450
pF1KB6 SSAGSVSPRSTSVTTTSSASVTTTSNASGRRTSDVRRP
>>XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, type I (463 aa)
initn: 1985 init1: 1060 opt: 2069 Z-score: 1080.0 bits: 209.1 E(85289): 2e-53
Smith-Waterman score: 2069; 74.3% identity (87.7% similar) in 447 aa overlap (13-446:27-458)
10 20 30 40
pF1KB6 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGG-RGVSTCSTRFVSGGSAGGY
:::::::: . ::: :..:. :.::::.::.:::
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pF1KB6 GGGVS-CGFGGGAGSGFGGGYGGGLGGGYGGGLGGGFGGGFAGGFVDFGACDGGLLTGNE
:::. ::::::::: ::::.:::.:::.:::.::: :::::.:::
XP_011 GGGMRVCGFGGGAGSVFGGGFGGGVGGGFGGGFGGG---------------DGGLLSGNE
70 80 90 100
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pF1KB6 KITMQNLNDRLASYLEKVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRD
:::::::::::::::.::::::::::::::::.::. ::.:.::: ::: :.::::::::
XP_011 KITMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIHDWYQKQTPTSPECDYSQYFKTIEELRD
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pF1KB6 KILTATIENNRVILEIDNARLAVDDFRLKYENELALRQSVEADINGLRRVLDELTLSKTD
::...::.:.::::::::::::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::..::
XP_011 KIMATTIDNSRVILEIDNARLAADDFRLKYENELALRQGVEADINGLRRVLDELTLARTD
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pF1KB6 LEMQIESLNEELAYMKKNHEE-------EMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEM
::::::.:::::::.:::::: ::::::.:..:::::::::.::.:::::::::
XP_011 LEMQIEGLNEELAYLKKNHEEWVPPILQEMKEFSSQLAGQVNVEMDAAPGVDLTRVLAEM
230 240 250 260 270 280
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pF1KB6 REQYEAMAERNRRDAEEWFHAKSAELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQS
:::::::::.::::.: :: .:. ::::::..:: ::::::::::.::::.: :::::::
XP_011 REQYEAMAEKNRRDVEAWFFSKTEELNKEVASNTEMIQTSKTEITDLRRTMQELEIELQS
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 QLSMKAGLENTVAETECRYALQLQQIQGLISSIEAQLSELRSEMECQNQEYKMLLDIKTR
::::::::::..:::::::: :::::::::...:::::::: ::: ::::::::::::::
XP_011 QLSMKAGLENSLAETECRYATQLQQIQGLIGGLEAQLSELRCEMEAQNQEYKMLLDIKTR
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400 410 420 430 440 450
pF1KB6 LEQEIATYRSLLEGQDAKMIGFP----SSAGSVSPRSTSVTTTSSASVTTTSNASGRRTS
::::::::::::::::::: :. ::.:. : . ... :.. ..:.
XP_011 LEQEIATYRSLLEGQDAKMAGIAIREASSGGGGSSSNFHINVEESVDGQVVSSHKREI
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 DVRRP
>>XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, type I (437 aa)
initn: 1985 init1: 1060 opt: 2065 Z-score: 1078.3 bits: 208.7 E(85289): 2.5e-53
Smith-Waterman score: 2065; 78.6% identity (90.1% similar) in 415 aa overlap (13-418:27-426)
10 20 30 40
pF1KB6 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGG-RGVSTCSTRFVSGGSAGGY
:::::::: . ::: :..:. :.::::.::.:::
XP_016 MTTTFLQTSSSTFGGGSTRGGSLLAGGGGFGGGSLSGGGGSRSISASSARFVSSGSGGGY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 GGGVS-CGFGGGAGSGFGGGYGGGLGGGYGGGLGGGFGGGFAGGFVDFGACDGGLLTGNE
:::. ::::::::: ::::.:::.:::.:::.::: :::::.:::
XP_016 GGGMRVCGFGGGAGSVFGGGFGGGVGGGFGGGFGGG---------------DGGLLSGNE
70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 KITMQNLNDRLASYLEKVRALEEANADLEVKIRDWHLKQSPASPERDYSPYYKTIEELRD
:::::::::::::::.::::::::::::::::.::. ::.:.::: ::: :.::::::::
XP_016 KITMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIHDWYQKQTPTSPECDYSQYFKTIEELRD
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 KILTATIENNRVILEIDNARLAVDDFRLKYENELALRQSVEADINGLRRVLDELTLSKTD
::...::.:.::::::::::::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::..::
XP_016 KIMATTIDNSRVILEIDNARLAADDFRLKYENELALRQGVEADINGLRRVLDELTLARTD
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 LEMQIESLNEELAYMKKNHEE-------EMKEFSNQVVGQVNVEMDATPGIDLTRVLAEM
::::::.:::::::.:::::: ::::::.:..:::::::::.::.:::::::::
XP_016 LEMQIEGLNEELAYLKKNHEEWVPPILQEMKEFSSQLAGQVNVEMDAAPGVDLTRVLAEM
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 REQYEAMAERNRRDAEEWFHAKSAELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQS
:::::::::.::::.: :: .:. ::::::..:: ::::::::::.::::.: :::::::
XP_016 REQYEAMAEKNRRDVEAWFFSKTEELNKEVASNTEMIQTSKTEITDLRRTMQELEIELQS
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 QLSMKAGLENTVAETECRYALQLQQIQGLISSIEAQLSELRSEMECQNQEYKMLLDIKTR
::::::::::..:::::::: :::::::::...:::::::: ::: ::::::::::::::
XP_016 QLSMKAGLENSLAETECRYATQLQQIQGLIGGLEAQLSELRCEMEAQNQEYKMLLDIKTR
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 LEQEIATYRSLLEGQDAKMIGFPSSAGSVSPRSTSVTTTSSASVTTTSNASGRRTSDVRR
::::::::::::::::::: :
XP_016 LEQEIATYRSLLEGQDAKMAGIAIREAYSFSL
410 420 430
>>NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskeletal (456 aa)
initn: 2244 init1: 1871 opt: 2014 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52
Smith-Waterman score: 2093; 75.5% identity (89.1% similar) in 440 aa overlap (13-446:27-451)
10 20 30 40
pF1KB6 MSLRLQSSSASYGGGFGGGSCQLGGG-RGVSTCSTRFVSGGSAGGY
:::::::: . ::: :..:. :.::::.::.:::
NP_002 MTTTFLQTSSSTFGGGSTRGGSLLAGGGGFGGGSLSGGGGSRSISASSARFVSSGSGGGY
10 20 30 40 50 60
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:::. ::::::::: ::::.:::.:::.:::.::: :::::.:::
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70 80 90 100
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:::::::::::::::.::::::::::::::::.::. ::.:.::: ::: :.::::::::
NP_002 KITMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIHDWYQKQTPTSPECDYSQYFKTIEELRD
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::...::.:.::::::::::::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::..::
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::::::.:::::::.::::::::::::.:..:::::::::.::.::::::::::::::::
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::.::::.: :: .:. ::::::..:: ::::::::::.::::.: ::::::::::::::
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:::..:::::::: :::::::::...:::::::: ::: :::::::::::::::::::::
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10 20 30 40
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: : : ::: . ::.. ..:.::.:.::: ::: :.::::::::::::: ::
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.:.. :.:::::::..:.:::::::::..: .:: ..:::: :: .::.:::. ::..:
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::...:.: :::: ::..::::: :::.:: ::::::::. .. :
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458 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 11:46:34 2016 done: Sat Nov 5 11:46:36 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]