Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6688
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6688, 458 aa
1>>>pF1KB6688 458 - 458 aa - 458 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3202+/-0.00102; mu= 17.8150+/- 0.061
mean_var=160.5714+/-63.524, 0's: 0 Z-trim(105.0): 290 B-trim: 1074 in 2/48
Lambda= 0.101214
statistics sampled from 7628 (8212) to 7628 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.608), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 2.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 3017 453.7 1.8e-127
CCDS59174.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 248) 994 157.9 1.1e-38
CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 471) 939 150.3 4.1e-36
CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 ( 481) 790 128.5 1.5e-29
CCDS53867.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 387) 677 111.9 1.2e-24
CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 ( 377) 623 104.0 2.8e-22
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 600 100.9 3.6e-21
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 574 96.8 4.1e-20
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 544 92.5 8.7e-19
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 532 90.9 3.3e-18
CCDS5006.1 HTR1E gene_id:3354|Hs108|chr6 ( 365) 519 88.8 1e-17
CCDS33829.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 367) 519 88.8 1e-17
CCDS8362.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 414) 487 84.2 2.8e-16
CCDS8361.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 443) 487 84.2 2.9e-16
CCDS4393.1 DRD1 gene_id:1812|Hs108|chr5 ( 446) 467 81.3 2.2e-15
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 462 80.6 3.8e-15
CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 ( 477) 457 79.9 6.3e-15
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 450 78.7 1.1e-14
CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 429) 450 78.8 1.2e-14
CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 455) 450 78.8 1.3e-14
CCDS6054.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 466) 450 78.9 1.3e-14
CCDS34869.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 475) 450 78.9 1.3e-14
CCDS2978.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 400) 431 76.0 8e-14
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 419 74.3 2.9e-13
CCDS4395.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 359) 410 72.8 6.3e-13
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 411 73.2 6.6e-13
CCDS47344.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 397) 410 72.9 6.7e-13
CCDS2920.1 HTR1F gene_id:3355|Hs108|chr3 ( 366) 404 72.0 1.2e-12
CCDS7710.1 DRD4 gene_id:1815|Hs108|chr11 ( 419) 403 71.9 1.4e-12
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 401 71.6 1.7e-12
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 401 71.7 1.8e-12
CCDS197.1 HTR6 gene_id:3362|Hs108|chr1 ( 440) 395 70.8 3.2e-12
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 389 69.9 5.8e-12
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 389 69.9 5.9e-12
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 389 70.0 6.2e-12
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 ( 479) 367 66.8 5.7e-11
CCDS5155.1 TAAR6 gene_id:319100|Hs108|chr6 ( 345) 365 66.2 5.9e-11
>>CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX (458 aa)
initn: 3017 init1: 3017 opt: 3017 Z-score: 2401.9 bits: 453.7 E(32554): 1.8e-127
Smith-Waterman score: 3017; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVNLRNAVHSFLVHLIGLLVWQSDISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVNLRNAVHSFLVHLIGLLVWQSDISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKKLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKKLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 ISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVNNTTCVLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVNNTTCVLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LRRQALMLLHGHTEEPPGLSLDFLKCCKRNTAEEENSANPNQDQNARRRKKKERRPRGTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LRRQALMLLHGHTEEPPGLSLDFLKCCKRNTAEEENSANPNQDQNARRRKKKERRPRGTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QAINNERKASKVLGIVFFVFLIMWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QAINNERKASKVLGIVFFVFLIMWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SGINPLVYTLFNKIYRRAFSNYLRCNYKVEKKPPVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SGINPLVYTLFNKIYRRAFSNYLRCNYKVEKKPPVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB6 EPVIEKASDNEPGIEMQVENLELPVNPSSVVSERISSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EPVIEKASDNEPGIEMQVENLELPVNPSSVVSERISSV
430 440 450
>>CCDS59174.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX (248 aa)
initn: 994 init1: 994 opt: 994 Z-score: 808.0 bits: 157.9 E(32554): 1.1e-38
Smith-Waterman score: 994; 98.1% identity (99.4% similar) in 155 aa overlap (1-155:1-155)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVNLRNAVHSFLVHLIGLLVWQSDISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MVNLRNAVHSFLVHLIGLLVWQSDISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKKLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKKLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWA
:::::::::::::::::::::::::::::::: ..
CCDS59 PLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLCAISLDRCISSYPCDWTEGRRKGVREQHDVRAQRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 ISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVNNTTCVLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYV
CCDS59 KFRSYWVLRSFLHTADDYGDYVLPDHLRSAPTSFDVTARPHRGTAWTKSGFPEVLQEEYG
190 200 210 220 230 240
>>CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 (471 aa)
initn: 1240 init1: 769 opt: 939 Z-score: 761.9 bits: 150.3 E(32554): 4.1e-36
Smith-Waterman score: 1413; 55.0% identity (78.0% similar) in 409 aa overlap (53-458:74-471)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 SDISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSIVIIIIMTIGGNILVIMAVSMEK
.:: :: ...::.::.::::::::::.::
CCDS94 NWTVDSENRTNLSCEGCLSPSCLSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEK
50 60 70 80 90 100
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 KLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASI
::.::::::::::::::::.:.::::.:.:.::: : :::: :: ::: ::::::::::
CCDS94 KLQNATNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASI
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 MHLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFV
::::::::::::::.:::.::::::::::..:: ::.::.:.:.::::.::.:. :::
CCDS94 MHLCAISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVF-
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 NNTTCVLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYVLRRQALMLLHGHTEEPPGLSLD
.. .:.: : :::::::::.:::::::::::: ::: :...: . . . :..
CCDS94 KEGSCLLADDNFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFS
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 FLKCCKRNTAEEENSANPNQDQNARRRKKKERRPRGTMQAINNERKASKVLGIVFFVFLI
:: . . .. . : . .:. : :::.:.::.:: ::::::::.:..
CCDS94 FLP--------QSSLSSEKLFQRSIHREPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVV
290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 MWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVCSGINPLVYTLFNKIYRRAFSNY
::::::::::..:.:..:::. .. ::::::::::. :..:::::::::: :: ::: :
CCDS94 MWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRY
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430
pF1KB6 LRCNYKVEKKP-PVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTNEPVIEKASDNEPGIEM--QVE
..:.:: .::: . . . : : .. .:... ..... . :..::. .. . .
CCDS94 IQCQYKENKKPLQLILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDA--KTTDNDCSMVALGKQH
400 410 420 430 440 450
440 450
pF1KB6 NLELPVNPSSVVSERISSV
. : . :. :.:..: :
CCDS94 SEEASKDNSDGVNEKVSCV
460 470
>>CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 (481 aa)
initn: 1236 init1: 640 opt: 790 Z-score: 644.2 bits: 128.5 E(32554): 1.5e-29
Smith-Waterman score: 1208; 52.4% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (54-391:55-403)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 DISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSIVIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKK
.: :: :...:: ::::: :::.:::.:::
CCDS24 HVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKK
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 LHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASIM
:. ::::::::::.::.::::.:::..::.:... .:::: :::.:. :::::::::::
CCDS24 LQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIM
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 HLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVN
::::::.:::.::..::. ...:::. :..::..:: ::::...:.:. :.. . :
CCDS24 HLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPIKGIETDVDN-PN
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 NTTCVLNDP---NFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYVLRRQALMLLHGHTEEPPGLS
: ::::. .:.:.::..::: ::.::..:: :::..:...: .. . .. :.
CCDS24 NITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLT
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300
pF1KB6 L------DFLKCCKRNTAE-----EENSANPNQ-DQNARRRKKKERRPRGTMQAINNERK
. : : . . . ....: ::. :.. :: . . ..:.:.::..
CCDS24 VSTVFQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDETLMRRTSTI--GKKSVQTISNEQR
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ASKVLGIVFFVFLIMWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVCSGINPLVY
::::::::::.::.:::::::::: :::. :::: .. ::..::::::: ::.:::::
CCDS24 ASKVLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLCD-SCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVY
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TLFNKIYRRAFSNYLRCNYKVEKKPPVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTNEPVIEKAS
::::: .: ::. :. :::.. :
CCDS24 TLFNKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNPMAENSKFFKKHGIRNGINPA
390 400 410 420 430 440
>>CCDS53867.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 (387 aa)
initn: 931 init1: 485 opt: 677 Z-score: 555.9 bits: 111.9 E(32554): 1.2e-24
Smith-Waterman score: 1104; 51.5% identity (75.0% similar) in 344 aa overlap (118-458:55-387)
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 TNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLCA
: :::: :: ::: :::::::::::::::
CCDS53 GTLHQFNYCERCSESQNNKCISCVDPEDKWYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCA
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 ISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVNNTTC
:::::::::.:::.::::::::::..:: ::.::.:.:.::::.::.:. ::: .. .:
CCDS53 ISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVF-KEGSC
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 VLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYVLRRQALMLLHGHTEEPPGLSLDFLKCC
.: : :::::::::.:::::::::::: ::: :...: . . . :..::
CCDS53 LLADDNFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFSFLP--
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 KRNTAEEENSANPNQDQNARRRKKKERRPRGTMQAINNERKASKVLGIVFFVFLIMWCPF
. . .. . : . .:. : :::.:.::.:: ::::::::.:..:::::
CCDS53 ------QSSLSSEKLFQRSIHREPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPF
210 220 230 240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 FITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVCSGINPLVYTLFNKIYRRAFSNYLRCNY
:::::..:.:..:::. .. ::::::::::. :..:::::::::: :: ::: :..:.:
CCDS53 FITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQY
260 270 280 290 300 310
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 KVEKKP-PVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTNEPVIEKASDNEPGIEM--QVENLELP
: .::: . . . : : .. .:... ..... . :..::. .. . .. :
CCDS53 KENKKPLQLILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDA--KTTDNDCSMVALGKQHSEEAS
320 330 340 350 360 370
450
pF1KB6 VNPSSVVSERISSV
. :. :.:..: :
CCDS53 KDNSDGVNEKVSCV
380
>>CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 562 init1: 228 opt: 623 Z-score: 513.4 bits: 104.0 E(32554): 2.8e-22
Smith-Waterman score: 623; 33.2% identity (64.7% similar) in 334 aa overlap (57-379:42-367)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 VSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSIVIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKKLHN
:. . .: . :. .: .:. .. . .:::.
CCDS23 PQEASNRSLNATETSEAWDPRTLQALKISLAVVLSVITLATVLSNAFVLTTILLTRKLHT
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASIMHLC
.::.. ::: .:.::..::::.:. : ..: . . :: .:.: :. ::::.:::
CCDS23 PANYLIGSLATTDLLVSILVMPISI-AYTITHTWNFGQILCDIWLSSDITCCTASILHLC
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 AISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVNNTT
.:.:::: :: . .:.:. . .: ::::::::: .:.: :. . . :. . .
CCDS23 VIALDRYWAITDALEYSKRRTAGHAATMIAIVWAISICISIP-PL--FWRQAKAQEEMSD
140 150 160 170 180
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CCDS23 RQAFQKIVPFRKAS
370
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CCDS13 PEPPGTPEMQAPVASRRKPPSAFREWRLLGPFRRPTTQLRAKVSSLSHKIRAGGAQRAEA
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CCDS43 TGPNQTSSNSTLPQLDITRAISVGLVLGAFILFAIVGNILVILSVACNRHLRTPTNYFIV
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CCDS43 NLAMADLLLSFTVLPFSAALEVLGY-WVLGRIFCDIWAAVDVLCCTASILSLCAISIDRY
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