Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6689
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6689, 335 aa
1>>>pF1KB6689 335 - 335 aa - 335 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6302+/-0.000917; mu= 8.6200+/- 0.055
mean_var=108.2432+/-22.345, 0's: 0 Z-trim(107.2): 131 B-trim: 464 in 1/51
Lambda= 0.123275
statistics sampled from 9256 (9420) to 9256 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 2.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 2254 411.9 3.8e-115
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1898 348.6 4.2e-96
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 1856 341.1 7.5e-94
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1853 340.6 1.1e-93
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 1713 315.7 3.5e-86
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 1651 304.6 7.2e-83
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1631 301.1 8.3e-82
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1607 296.8 1.6e-80
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 1260 235.1 6.4e-62
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 1234 230.5 1.6e-60
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 1217 227.5 1.6e-59
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 1212 226.6 2.8e-59
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 1206 225.5 5.2e-59
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 1207 225.8 5.6e-59
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 1206 225.6 5.9e-59
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 1207 225.8 6.2e-59
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 1185 221.8 7.7e-58
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 1185 221.8 7.8e-58
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 1183 221.5 9.8e-58
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 1183 221.5 9.8e-58
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 1183 221.5 1e-57
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 1183 221.5 1e-57
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 1163 217.9 1.2e-56
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 1151 215.8 5.2e-56
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 1121 210.3 1.6e-54
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 1106 207.7 9.9e-54
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 1099 206.5 3.1e-53
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 1089 204.8 1.1e-52
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 839 160.1 1.6e-39
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 812 155.4 4.9e-38
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 782 150.0 1.7e-36
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 753 145.1 1.6e-34
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 743 143.3 5.4e-34
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 569 112.3 7.4e-25
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 552 109.1 4.4e-24
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 546 108.1 9.3e-24
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 517 102.8 2.6e-22
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 517 102.9 2.9e-22
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 454 91.7 6.8e-19
CCDS74390.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 491) 317 67.5 2.6e-11
CCDS74391.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 503) 317 67.5 2.6e-11
CCDS74392.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 584) 317 67.5 3e-11
CCDS74393.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 596) 317 67.5 3e-11
>>CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 (335 aa)
initn: 2254 init1: 2254 opt: 2254 Z-score: 2180.8 bits: 411.9 E(32554): 3.8e-115
Smith-Waterman score: 2254; 99.4% identity (100.0% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
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CCDS12 MGPLSAPPCTQHITWKGLLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
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CCDS12 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS12 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMRSDPVTLNVLYGPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
310 320 330
>>CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 (326 aa)
initn: 1898 init1: 1898 opt: 1898 Z-score: 1838.8 bits: 348.6 E(32554): 4.2e-96
Smith-Waterman score: 1898; 88.5% identity (94.1% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
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CCDS62 MGPLSAPPCTQRITWKGVLLTASLLNFWNPPTTAQVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
:::::::::::. ::::::::::::: ::::::.::: :::::::::::::.::::::
CCDS62 NLAGYIWYKGQMTYLYHYITSYVVDGQRIIYGPAYSGRERVYSNASLLIQNVTQEDAGSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
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CCDS62 TLHIIKRRDGTGGVTGHFTFTLHPKLSKPYITINNLNPRENKDVLTFTCEPKSKNYTYIW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
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CCDS62 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPNVTRNETGPYQCEIRDRYGGIRSDPVTLNVLYGPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
::::::::::::::::::::::::::: :.: :::::::: :::::::::::::: :::.
CCDS62 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPRAQYSWTINGKFQLSGQKLSIPQITTKHSGLYA
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
:::::::::::::::.::.::
CCDS62 CSVRNSATGKESSKSITVKVSDWILP
310 320
>>CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 (326 aa)
initn: 1856 init1: 1856 opt: 1856 Z-score: 1798.4 bits: 341.1 E(32554): 7.5e-94
Smith-Waterman score: 1856; 86.9% identity (92.2% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
:: ::::::::.: :::.::::::::::::: :::::::: : :::::::::::::::::
CCDS82 MGTLSAPPCTQRIKWKGLLLTASLLNFWNLPTTAQVTIEAEPTKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
::.::::::::. :::::::::::::.: ::::::.::::.:::::::::::::::::::
CCDS82 NLTGYIWYKGQMRDLYHYITSYVVDGEIIIYGPAYSGRETAYSNASLLIQNVTREDAGSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
:::::: : :::::: :::.:. ::::::::::: .:::::::: ::::::::::::::
CCDS82 TLHIIKGDDGTRGVTGRFTFTLHPKLPKPYITINNLNPRENKDVLNFTCEPKSENYTYIW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::: ::..:::::::::::::
CCDS82 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYQCEIRDRYGGIRSDPVTLNVLYGPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
:: :::::::::::: ::::: :.:::::.: :::: ::: :::: : .::::: :::.
CCDS82 LPRIYPSFTYYRSGEVLYLSCSADSNPPAQYSWTINEKFQLPGQKLFIRHITTKHSGLYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
:::::::::::::::::::::
CCDS82 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSDWTVP
310 320
>>CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 (333 aa)
initn: 1931 init1: 1853 opt: 1853 Z-score: 1795.4 bits: 340.6 E(32554): 1.1e-93
Smith-Waterman score: 1853; 84.5% identity (92.3% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
:::: :: :::.:::::.::::::::::: : ::.::::: :::::::::::::::::::
CCDS77 MGPLPAPSCTQRITWKGLLLTASLLNFWNPPTTAEVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
:: ::.::::.. :::::: ::.:::.: ::::::.::::::::::::::::::.:::.:
CCDS77 NLPGYFWYKGEMTDLYHYIISYIVDGKIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTRKDAGTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
:::::::::.:: .:::.:: ::: ::::::: .:::::::::::::::::::::::
CCDS77 TLHIIKRGDETREEIRHFTFTLYSKLPIPYITINNLNPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
::::::::::: :::::::::::::::::::::::.:::::: ::..:.:: ::::::::
CCDS77 WLNGQSLPVSPGVKRPIENRILILPSVTRNETGPYQCEIRDRYGGLRSNPVILNVLYGPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
:: :::::::::::::: ::::.::::::::::::::::::::::: ::::: .: :::.
CCDS77 LPRIYPSFTYYRSGENLDLSCFTESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLFIPQITRNHSGLYA
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
:::.::::::: ::::::.::.:
CCDS77 CSVHNSATGKEISKSMTVKVSGPCHGDLTESQS
310 320 330
>>CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 (335 aa)
initn: 1713 init1: 1713 opt: 1713 Z-score: 1660.8 bits: 315.7 E(32554): 3.5e-86
Smith-Waterman score: 1713; 74.9% identity (88.6% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
::::::::::.:: :::.:.::::::::::: :::::::: :::::::::::::::::::
CCDS12 MGPLSAPPCTEHIKWKGLLVTASLLNFWNLPTTAQVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
::.::::::::. ::::::::::::::: ::::::.::::.:::::::::::::::::::
CCDS12 NLTGYIWYKGQIRDLYHYITSYVVDGQIIIYGPAYSGRETAYSNASLLIQNVTREDAGSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
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CCDS12 TLHIIKRGDGTRGVTGYFTFTLYLETPKPSISSSNLNPREAMETVILTCDPETPDTSYQW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
:.::::::.. : . :: :.: .::. .::::::::. .. .:::::::.:.:::
CCDS12 WMNGQSLPMTHRFQLSETNRTLFLFGVTKYTAGPYECEIRNSGSASRSDPVTLNLLHGPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
:: :.::.: ::::.::::::::.:::::.: ::::::::::::.: :::::::: :::.
CCDS12 LPRIHPSYTNYRSGDNLYLSCFANSNPPAQYSWTINGKFQQSGQNLFIPQITTKHSGLYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
:::::::::.::: :.::.::: . :: ::::::
CCDS12 CSVRNSATGEESSTSLTVKVSASTRIGLLPLLNPT
310 320 330
>>CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 (335 aa)
initn: 1651 init1: 1651 opt: 1651 Z-score: 1601.2 bits: 304.6 E(32554): 7.2e-83
Smith-Waterman score: 1651; 72.2% identity (86.2% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
::::::::::.:: :::.:::: :::::::: :::: ::: :::::::::::::::::::
CCDS12 MGPLSAPPCTEHIKWKGLLLTALLLNFWNLPTTAQVMIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
::.::::::::. ::::::::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLTGYIWYKGQIRDLYHYITSYVVDGQIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
::::::::: ::::::::::.:::. ::: :. .: .::: ... .::.:.. . .:.:
CCDS12 TLHIIKRGDGTRGVTGYFTFTLYLETPKPSISSSNLNPREAMETVILTCNPETPDASYLW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
:.::::::.. :.. :: :.: .::. .::::::: . .. .:::::::.:.:::
CCDS12 WMNGQSLPMTHRMQLSETNRTLFLFGVTKYTAGPYECEIWNSGSASRSDPVTLNLLHGPD
190 200 210 220 230 240
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CCDS12 CHTTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
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CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQF--HVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLW
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CCDS12 VPTISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYM
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]