Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6715
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6715, 81 aa
1>>>pF1KB6715 81 - 81 aa - 81 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9549+/-0.000511; mu= 9.9287+/- 0.031
mean_var=55.7636+/-10.881, 0's: 0 Z-trim(113.2): 35 B-trim: 10 in 1/53
Lambda= 0.171751
statistics sampled from 13862 (13898) to 13862 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.819), E-opt: 0.2 (0.427), width: 16
Scan time: 1.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9621.1 NEDD8 gene_id:4738|Hs108|chr14 ( 81) 514 134.2 8.3e-33
CCDS33202.1 RPS27A gene_id:6233|Hs108|chr2 ( 156) 307 83.1 4e-17
CCDS12382.1 UBA52 gene_id:7311|Hs108|chr19 ( 128) 304 82.3 5.6e-17
CCDS11177.1 UBB gene_id:7314|Hs108|chr17 ( 229) 303 82.2 1.1e-16
CCDS9260.1 UBC gene_id:7316|Hs108|chr12 ( 685) 303 82.4 2.8e-16
>>CCDS9621.1 NEDD8 gene_id:4738|Hs108|chr14 (81 aa)
initn: 514 init1: 514 opt: 514 Z-score: 702.5 bits: 134.2 E(32554): 8.3e-33
Smith-Waterman score: 514; 100.0% identity (100.0% similar) in 81 aa overlap (1-81:1-81)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYK
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CCDS96 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYK
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB6 ILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
:::::::::::::::::::::
CCDS96 ILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
70 80
>>CCDS33202.1 RPS27A gene_id:6233|Hs108|chr2 (156 aa)
initn: 313 init1: 303 opt: 307 Z-score: 420.9 bits: 83.1 E(32554): 4e-17
Smith-Waterman score: 307; 55.6% identity (81.5% similar) in 81 aa overlap (1-81:1-81)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYK
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CCDS33 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYN
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB6 ILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
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CCDS33 IQKESTLHLVLRLRGGAKKRKKKSYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKISRLRRE
70 80 90 100 110 120
>>CCDS12382.1 UBA52 gene_id:7311|Hs108|chr19 (128 aa)
initn: 312 init1: 303 opt: 304 Z-score: 418.2 bits: 82.3 E(32554): 5.6e-17
Smith-Waterman score: 304; 56.0% identity (79.8% similar) in 84 aa overlap (1-81:1-84)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYK
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CCDS12 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYN
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB6 ILGGSVLHLVLALRGG---GGLRQ
: :.::::: :::: .:::
CCDS12 IQKESTLHLVLRLRGGIIEPSLRQLAQKYNCDKMICRKCYARLHPRAVNCRKKKCGHTNN
70 80 90 100 110 120
>>CCDS11177.1 UBB gene_id:7314|Hs108|chr17 (229 aa)
initn: 325 init1: 303 opt: 303 Z-score: 413.0 bits: 82.2 E(32554): 1.1e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:1-76)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYK
: : ::::::: : ...::.: .: .: ....::::::.:::::..:::..: .: .::.
CCDS11 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYN
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB6 ILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
: :.::::: ::::
CCDS11 IQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLI
70 80 90 100 110 120
>--
initn: 314 init1: 303 opt: 303 Z-score: 413.0 bits: 82.2 E(32554): 1.1e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:77-152)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS11 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
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CCDS11 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
110 120 130 140 150 160
CCDS11 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
170 180 190 200 210 220
>--
initn: 303 init1: 303 opt: 303 Z-score: 413.0 bits: 82.2 E(32554): 1.1e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:153-228)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS11 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
130 140 150 160 170 180
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS11 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGC
190 200 210 220
>>CCDS9260.1 UBC gene_id:7316|Hs108|chr12 (685 aa)
initn: 303 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:229-304)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
200 210 220 230 240 250
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
260 270 280 290 300 310
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
320 330 340 350 360 370
>--
initn: 325 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:1-76)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYK
: : ::::::: : ...::.: .: .: ....::::::.:::::..:::..: .: .::.
CCDS92 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYN
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB6 ILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
: :.::::: ::::
CCDS92 IQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLI
70 80 90 100 110 120
>--
initn: 314 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:77-152)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
110 120 130 140 150 160
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
170 180 190 200 210 220
>--
initn: 303 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:153-228)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
130 140 150 160 170 180
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
190 200 210 220 230 240
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
250 260 270 280 290 300
>--
initn: 355 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:533-608)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
510 520 530 540 550 560
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
570 580 590 600 610 620
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
630 640 650 660 670 680
>--
initn: 325 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:305-380)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
280 290 300 310 320 330
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
340 350 360 370 380 390
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
400 410 420 430 440 450
>--
initn: 314 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:381-456)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
360 370 380 390 400 410
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
420 430 440 450 460 470
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
480 490 500 510 520 530
>--
initn: 303 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:457-532)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
430 440 450 460 470 480
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTIT
490 500 510 520 530 540
CCDS92 LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
550 560 570 580 590 600
>--
initn: 311 init1: 303 opt: 303 Z-score: 405.8 bits: 82.4 E(32554): 2.8e-16
Smith-Waterman score: 303; 57.9% identity (82.9% similar) in 76 aa overlap (1-76:609-684)
10 20 30
pF1KB6 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERV
: : ::::::: : ...::.: .: .: ..
CCDS92 GKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKI
580 590 600 610 620 630
40 50 60 70 80
pF1KB6 EEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGGGGLRQ
..::::::.:::::..:::..: .: .::.: :.::::: ::::
CCDS92 QDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGV
640 650 660 670 680
81 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 04:11:07 2016 done: Sat Nov 5 04:11:08 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]