Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6906
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6906, 223 aa
1>>>pF1KB6906 223 - 223 aa - 223 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3981+/-0.000873; mu= 13.3239+/- 0.052
mean_var=72.6947+/-14.103, 0's: 0 Z-trim(107.0): 32 B-trim: 10 in 1/50
Lambda= 0.150426
statistics sampled from 9271 (9301) to 9271 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 1.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12708.1 ELSPBP1 gene_id:64100|Hs108|chr19 ( 223) 1663 369.9 7.1e-103
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 458 108.7 8.2e-24
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 458 108.7 8.5e-24
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 458 108.7 9.1e-24
CCDS46512.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 ( 657) 346 84.4 1.9e-16
CCDS46135.1 BSPH1 gene_id:100131137|Hs108|chr19 ( 132) 335 81.6 2.7e-16
CCDS2400.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2176) 346 84.7 5e-16
CCDS77522.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2240) 346 84.7 5.1e-16
CCDS77523.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2265) 346 84.7 5.1e-16
CCDS77525.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2267) 346 84.7 5.1e-16
CCDS42813.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2296) 346 84.7 5.2e-16
CCDS46510.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2330) 346 84.7 5.2e-16
CCDS2399.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2355) 346 84.7 5.3e-16
CCDS77526.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2446) 346 84.8 5.4e-16
CCDS42814.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2477) 346 84.8 5.5e-16
>>CCDS12708.1 ELSPBP1 gene_id:64100|Hs108|chr19 (223 aa)
initn: 1663 init1: 1663 opt: 1663 Z-score: 1960.4 bits: 369.9 E(32554): 7.1e-103
Smith-Waterman score: 1663; 99.6% identity (100.0% similar) in 223 aa overlap (1-223:1-223)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFTYKGSVYFTCTHIHSLSPWCATRAVYN
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CCDS12 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFTYKGSVYFTCTHIHSLSPWCATRAVYN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYNSCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCETNEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYNSCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCETNEY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMEDESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALVPGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMEDESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALVPGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB6 PCHFPFNYKNKNYFNCTNKGSKENLVWCATSYNYDQDHTWVYC
::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PCHFPFNYKNKNYFNCTNEGSKENLVWCATSYNYDQDHTWVYC
190 200 210 220
>>CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 (584 aa)
initn: 459 init1: 173 opt: 458 Z-score: 541.0 bits: 108.7 E(32554): 8.2e-24
Smith-Waterman score: 458; 33.2% identity (62.7% similar) in 217 aa overlap (17-223:106-314)
10 20 30 40
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT-YKGSVYFTCTH
: .... :. . : : :. .: .
CCDS76 SDVTPLRFSRIHDGEADIMINFGRWEHGDGYPFDGKDGLLAHAFAPGTGVGGDSHFDDDE
80 90 100 110 120 130
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 IHSLSPWCATRAVY-NGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYNSCISQGSFLGSLWCSVTS
. .:. ..:. : :.. .::. :::.. :: :::: . : : ::::.:
CCDS76 LWTLGEGQVVRVKYGNADGEYCK--------FPFLFNGKEYNSCTDTGRSDGFLWCSTTY
140 150 160 170 180
110 120 130 140 150
pF1KB6 VFDEKQQWKFCETNE---YGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCM-EDESNKL-WCPTTENM
:.. .. :: . .:::. .:: :: .... ..: : ... :: :::..
CCDS76 NFEKDGKYGFCPHEALFTMGGNAEGQPCKFPFRFQGTSYDSCTTEGRTDGYRWCGTTEDY
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 DKDGKWSFCADTRISAL---VPGFPCHFPFNYKNKNYFNCTNKGSKENLVWCATSYNYDQ
:.: :..:: .: .:.. : :: :::.. ...: .::. : ... .::::. :::.
CCDS76 DRDKKYGFCPETAMSTVGGNSEGAPCVFPFTFLGNKYESCTSAGRSDGKMWCATTANYDD
250 260 270 280 290 300
220
pF1KB6 DHTWVYC
:. : .:
CCDS76 DRKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHAMGLEHSQDPGALMAPIYTYTKNFRLSQDDIKGIQE
310 320 330 340 350 360
>>CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 (610 aa)
initn: 459 init1: 173 opt: 458 Z-score: 540.7 bits: 108.7 E(32554): 8.5e-24
Smith-Waterman score: 458; 33.2% identity (62.7% similar) in 217 aa overlap (17-223:132-340)
10 20 30 40
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT-YKGSVYFTCTH
: .... :. . : : :. .: .
CCDS45 SDVTPLRFSRIHDGEADIMINFGRWEHGDGYPFDGKDGLLAHAFAPGTGVGGDSHFDDDE
110 120 130 140 150 160
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 IHSLSPWCATRAVY-NGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYNSCISQGSFLGSLWCSVTS
. .:. ..:. : :.. .::. :::.. :: :::: . : : ::::.:
CCDS45 LWTLGEGQVVRVKYGNADGEYCK--------FPFLFNGKEYNSCTDTGRSDGFLWCSTTY
170 180 190 200 210
110 120 130 140 150
pF1KB6 VFDEKQQWKFCETNE---YGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCM-EDESNKL-WCPTTENM
:.. .. :: . .:::. .:: :: .... ..: : ... :: :::..
CCDS45 NFEKDGKYGFCPHEALFTMGGNAEGQPCKFPFRFQGTSYDSCTTEGRTDGYRWCGTTEDY
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 DKDGKWSFCADTRISAL---VPGFPCHFPFNYKNKNYFNCTNKGSKENLVWCATSYNYDQ
:.: :..:: .: .:.. : :: :::.. ...: .::. : ... .::::. :::.
CCDS45 DRDKKYGFCPETAMSTVGGNSEGAPCVFPFTFLGNKYESCTSAGRSDGKMWCATTANYDD
280 290 300 310 320 330
220
pF1KB6 DHTWVYC
:. : .:
CCDS45 DRKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHAMGLEHSQDPGALMAPIYTYTKNFRLSQDDIKGIQE
340 350 360 370 380 390
>>CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 (660 aa)
initn: 459 init1: 173 opt: 458 Z-score: 540.2 bits: 108.7 E(32554): 9.1e-24
Smith-Waterman score: 458; 33.2% identity (62.7% similar) in 217 aa overlap (17-223:182-390)
10 20 30 40
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT-YKGSVYFTCTH
: .... :. . : : :. .: .
CCDS10 SDVTPLRFSRIHDGEADIMINFGRWEHGDGYPFDGKDGLLAHAFAPGTGVGGDSHFDDDE
160 170 180 190 200 210
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 IHSLSPWCATRAVY-NGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYNSCISQGSFLGSLWCSVTS
. .:. ..:. : :.. .::. :::.. :: :::: . : : ::::.:
CCDS10 LWTLGEGQVVRVKYGNADGEYCK--------FPFLFNGKEYNSCTDTGRSDGFLWCSTTY
220 230 240 250 260
110 120 130 140 150
pF1KB6 VFDEKQQWKFCETNE---YGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCM-EDESNKL-WCPTTENM
:.. .. :: . .:::. .:: :: .... ..: : ... :: :::..
CCDS10 NFEKDGKYGFCPHEALFTMGGNAEGQPCKFPFRFQGTSYDSCTTEGRTDGYRWCGTTEDY
270 280 290 300 310 320
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 DKDGKWSFCADTRISAL---VPGFPCHFPFNYKNKNYFNCTNKGSKENLVWCATSYNYDQ
:.: :..:: .: .:.. : :: :::.. ...: .::. : ... .::::. :::.
CCDS10 DRDKKYGFCPETAMSTVGGNSEGAPCVFPFTFLGNKYESCTSAGRSDGKMWCATTANYDD
330 340 350 360 370 380
220
pF1KB6 DHTWVYC
:. : .:
CCDS10 DRKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHAMGLEHSQDPGALMAPIYTYTKNFRLSQDDIKGIQE
390 400 410 420 430 440
>>CCDS46512.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (657 aa)
initn: 456 init1: 192 opt: 346 Z-score: 408.9 bits: 84.4 E(32554): 1.9e-16
Smith-Waterman score: 354; 29.9% identity (56.4% similar) in 234 aa overlap (5-223:238-461)
10 20 30
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT
.:: .: : .: ... : .:. :
CCDS46 WMMVDCTCLGEGSGRITCTSRNRCNDQDTRTSYRIGDT----WSKKDNRGNLLQCIC--T
210 220 230 240 250 260
40 50 60 70 80
pF1KB6 YKGSVYFTC---THIHSLS----PWCATRA-VYNGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYN
.: . : : ... : :. .:: ::. : . : : .:. : .:.
CCDS46 GNGRGEWKCERHTSVQTTSSGSGPFTDVRAAVYQPQ-PHPQPPPYGHCVTD---SGVVYS
270 280 290 300 310
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 SCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCETNEYGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMED
.. . :. : . . . . :. ::::: .::..: : . . .: .
CCDS46 VGMQWLKTQGNKQMLCTCLGNGVSCQETAVTQTYGGNSNGEPCVLPFTYNGRTFYSCTTE
320 330 340 350 360 370
150 160 170 180 190
pF1KB6 --ESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALVPGFP-----CHFPFNYKNKNYFNCTNK
....::: :: :...: :.:::.: . . . : ::::: :.:.:: .::..
CCDS46 GRQDGHLWCSTTSNYEQDQKYSFCTDHTVLVQTRGGNSNGALCHFPFLYNNHNYTDCTSE
380 390 400 410 420 430
200 210 220
pF1KB6 GSKENLVWCATSYNYDQDHTWVYC
: ..:. ::.:. ::: :. . .:
CCDS46 GRRDNMKWCGTTQNYDADQKFGFCPMAAHEEICTTNEGVMYRIGDQWDKQHDMGHMMRCT
440 450 460 470 480 490
>>CCDS46135.1 BSPH1 gene_id:100131137|Hs108|chr19 (132 aa)
initn: 335 init1: 335 opt: 335 Z-score: 406.1 bits: 81.6 E(32554): 2.7e-16
Smith-Waterman score: 335; 42.7% identity (70.8% similar) in 89 aa overlap (28-116:44-132)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFTYKGSVYFTCTHIHSLSPWCATRA
:::::: ::...:. : . .. ::.
CCDS46 NSSACIFPVILNELSSTVETITHFPEVTDGECVFPFHYKNGTYYDCIKSKARHKWCSLNK
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VYNGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYNSCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCET
.:.: ::.:..::. :.::: :: : : ..: .:. :::.:. :.. . ::.::
CCDS46 TYEGYWKFCSAEDFANCVFPFWYRRLIYWECTDDGEAFGKKWCSLTKNFNKDRIWKYCE
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 NEYGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMEDESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALV
>>CCDS2400.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2176 aa)
initn: 431 init1: 192 opt: 346 Z-score: 401.3 bits: 84.7 E(32554): 5e-16
Smith-Waterman score: 354; 29.9% identity (56.4% similar) in 234 aa overlap (5-223:238-461)
10 20 30
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT
.:: .: : .: ... : .:. :
CCDS24 WMMVDCTCLGEGSGRITCTSRNRCNDQDTRTSYRIGDT----WSKKDNRGNLLQCIC--T
210 220 230 240 250 260
40 50 60 70 80
pF1KB6 YKGSVYFTC---THIHSLS----PWCATRA-VYNGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYN
.: . : : ... : :. .:: ::. : . : : .:. : .:.
CCDS24 GNGRGEWKCERHTSVQTTSSGSGPFTDVRAAVYQPQ-PHPQPPPYGHCVTD---SGVVYS
270 280 290 300 310
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 SCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCETNEYGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMED
.. . :. : . . . . :. ::::: .::..: : . . .: .
CCDS24 VGMQWLKTQGNKQMLCTCLGNGVSCQETAVTQTYGGNSNGEPCVLPFTYNGRTFYSCTTE
320 330 340 350 360 370
150 160 170 180 190
pF1KB6 --ESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALVPGFP-----CHFPFNYKNKNYFNCTNK
....::: :: :...: :.:::.: . . . : ::::: :.:.:: .::..
CCDS24 GRQDGHLWCSTTSNYEQDQKYSFCTDHTVLVQTRGGNSNGALCHFPFLYNNHNYTDCTSE
380 390 400 410 420 430
200 210 220
pF1KB6 GSKENLVWCATSYNYDQDHTWVYC
: ..:. ::.:. ::: :. . .:
CCDS24 GRRDNMKWCGTTQNYDADQKFGFCPMAAHEEICTTNEGVMYRIGDQWDKQHDMGHMMRCT
440 450 460 470 480 490
>>CCDS77522.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2240 aa)
initn: 431 init1: 192 opt: 346 Z-score: 401.1 bits: 84.7 E(32554): 5.1e-16
Smith-Waterman score: 354; 29.9% identity (56.4% similar) in 234 aa overlap (5-223:238-461)
10 20 30
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT
.:: .: : .: ... : .:. :
CCDS77 WMMVDCTCLGEGSGRITCTSRNRCNDQDTRTSYRIGDT----WSKKDNRGNLLQCIC--T
210 220 230 240 250 260
40 50 60 70 80
pF1KB6 YKGSVYFTC---THIHSLS----PWCATRA-VYNGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYN
.: . : : ... : :. .:: ::. : . : : .:. : .:.
CCDS77 GNGRGEWKCERHTSVQTTSSGSGPFTDVRAAVYQPQ-PHPQPPPYGHCVTD---SGVVYS
270 280 290 300 310
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 SCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCETNEYGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMED
.. . :. : . . . . :. ::::: .::..: : . . .: .
CCDS77 VGMQWLKTQGNKQMLCTCLGNGVSCQETAVTQTYGGNSNGEPCVLPFTYNGRTFYSCTTE
320 330 340 350 360 370
150 160 170 180 190
pF1KB6 --ESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALVPGFP-----CHFPFNYKNKNYFNCTNK
....::: :: :...: :.:::.: . . . : ::::: :.:.:: .::..
CCDS77 GRQDGHLWCSTTSNYEQDQKYSFCTDHTVLVQTRGGNSNGALCHFPFLYNNHNYTDCTSE
380 390 400 410 420 430
200 210 220
pF1KB6 GSKENLVWCATSYNYDQDHTWVYC
: ..:. ::.:. ::: :. . .:
CCDS77 GRRDNMKWCGTTQNYDADQKFGFCPMAAHEEICTTNEGVMYRIGDQWDKQHDMGHMMRCT
440 450 460 470 480 490
>>CCDS77523.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2265 aa)
initn: 431 init1: 192 opt: 346 Z-score: 401.0 bits: 84.7 E(32554): 5.1e-16
Smith-Waterman score: 354; 29.9% identity (56.4% similar) in 234 aa overlap (5-223:238-461)
10 20 30
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT
.:: .: : .: ... : .:. :
CCDS77 WMMVDCTCLGEGSGRITCTSRNRCNDQDTRTSYRIGDT----WSKKDNRGNLLQCIC--T
210 220 230 240 250 260
40 50 60 70 80
pF1KB6 YKGSVYFTC---THIHSLS----PWCATRA-VYNGQWKYCQSEDYPRCIFPFIYRGKAYN
.: . : : ... : :. .:: ::. : . : : .:. : .:.
CCDS77 GNGRGEWKCERHTSVQTTSSGSGPFTDVRAAVYQPQ-PHPQPPPYGHCVTD---SGVVYS
270 280 290 300 310
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 SCISQGSFLGSLWCSVTSVFDEKQQWKFCETNEYGGNSLRKPCIFPSIYRNNVVSDCMED
.. . :. : . . . . :. ::::: .::..: : . . .: .
CCDS77 VGMQWLKTQGNKQMLCTCLGNGVSCQETAVTQTYGGNSNGEPCVLPFTYNGRTFYSCTTE
320 330 340 350 360 370
150 160 170 180 190
pF1KB6 --ESNKLWCPTTENMDKDGKWSFCADTRISALVPGFP-----CHFPFNYKNKNYFNCTNK
....::: :: :...: :.:::.: . . . : ::::: :.:.:: .::..
CCDS77 GRQDGHLWCSTTSNYEQDQKYSFCTDHTVLVQTRGGNSNGALCHFPFLYNNHNYTDCTSE
380 390 400 410 420 430
200 210 220
pF1KB6 GSKENLVWCATSYNYDQDHTWVYC
: ..:. ::.:. ::: :. . .:
CCDS77 GRRDNMKWCGTTQNYDADQKFGFCPMAAHEEICTTNEGVMYRIGDQWDKQHDMGHMMRCT
440 450 460 470 480 490
>>CCDS77525.1 FN1 gene_id:2335|Hs108|chr2 (2267 aa)
initn: 431 init1: 192 opt: 346 Z-score: 401.0 bits: 84.7 E(32554): 5.1e-16
Smith-Waterman score: 354; 29.9% identity (56.4% similar) in 234 aa overlap (5-223:238-461)
10 20 30
pF1KB6 MTRWSSYLLGWTTFLLYSYESSGGMHEECVFPFT
.:: .: : .: ... : .:. :
CCDS77 WMMVDCTCLGEGSGRITCTSRNRCNDQDTRTSYRIGDT----WSKKDNRGNLLQCIC--T
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