Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6970
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6970, 241 aa
1>>>pF1KB6970 241 - 241 aa - 241 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2613+/-0.000951; mu= 14.3588+/- 0.057
mean_var=61.1791+/-12.238, 0's: 0 Z-trim(103.9): 31 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.163973
statistics sampled from 7617 (7645) to 7617 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16
Scan time: 1.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS799.1 PSMA5 gene_id:5686|Hs108|chr1 ( 241) 1538 372.4 1.5e-103
CCDS55619.1 PSMA5 gene_id:5686|Hs108|chr1 ( 183) 1173 286.0 1.2e-77
CCDS45842.1 PSMA8 gene_id:143471|Hs108|chr18 ( 250) 518 131.1 6.9e-31
CCDS13489.1 PSMA7 gene_id:5688|Hs108|chr20 ( 248) 497 126.1 2.1e-29
CCDS32808.1 PSMA8 gene_id:143471|Hs108|chr18 ( 256) 496 125.9 2.6e-29
CCDS5467.1 PSMA2 gene_id:5683|Hs108|chr7 ( 234) 450 115.0 4.5e-26
CCDS10303.1 PSMA4 gene_id:5685|Hs108|chr15 ( 261) 437 111.9 4.2e-25
CCDS9731.1 PSMA3 gene_id:5684|Hs108|chr14 ( 255) 426 109.3 2.5e-24
CCDS7816.1 PSMA1 gene_id:5682|Hs108|chr11 ( 263) 411 105.8 3e-23
CCDS31431.1 PSMA1 gene_id:5682|Hs108|chr11 ( 269) 410 105.5 3.6e-23
CCDS9655.1 PSMA6 gene_id:5687|Hs108|chr14 ( 246) 403 103.9 1e-22
CCDS77169.1 PSMA8 gene_id:143471|Hs108|chr18 ( 224) 371 96.3 1.8e-20
CCDS61437.1 PSMA6 gene_id:5687|Hs108|chr14 ( 227) 318 83.7 1.1e-16
CCDS45113.1 PSMA3 gene_id:5684|Hs108|chr14 ( 248) 309 81.6 5.2e-16
CCDS45319.1 PSMA4 gene_id:5685|Hs108|chr15 ( 190) 267 71.6 4e-13
>>CCDS799.1 PSMA5 gene_id:5686|Hs108|chr1 (241 aa)
initn: 1538 init1: 1538 opt: 1538 Z-score: 1972.4 bits: 372.4 E(32554): 1.5e-103
Smith-Waterman score: 1538; 100.0% identity (100.0% similar) in 241 aa overlap (1-241:1-241)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
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CCDS79 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKD
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 I
:
CCDS79 I
>>CCDS55619.1 PSMA5 gene_id:5686|Hs108|chr1 (183 aa)
initn: 1173 init1: 1173 opt: 1173 Z-score: 1507.6 bits: 286.0 E(32554): 1.2e-77
Smith-Waterman score: 1173; 100.0% identity (100.0% similar) in 183 aa overlap (59-241:1-183)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 EAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLMEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTL
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CCDS55 MEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTL
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 IDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDE
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 KGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSSLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSSLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEE
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240
pF1KB6 KLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKDI
160 170 180
>>CCDS45842.1 PSMA8 gene_id:143471|Hs108|chr18 (250 aa)
initn: 521 init1: 348 opt: 518 Z-score: 668.1 bits: 131.1 E(32554): 6.9e-31
Smith-Waterman score: 518; 37.7% identity (71.5% similar) in 239 aa overlap (6-241:3-234)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
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CCDS45 MASRYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGIRGTNIVVLGVEKKSVAKLQD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
...:: .: :. :..:: :::...:..:::: :.: .: .. .::: .:. ...:
CCDS45 ERTVRKICALDDHVCMAFAGLTADARVVINRARVECQSHKLTVEDPVTVEYITRFIATLK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKG-PQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQS
.. . .. ::::.. :. : :. : .:.. :::::. : ::: ... ..
CCDS45 QKYTQSNG-----RRPFGISALIVGFDDDGISRLYQTDPSGTYHAWKANAIGRSAKTVRE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SLQEVYHKSM--TLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEV
:.. : .. . .:::: .. : .:.. .. ::::: .. .: ..::. .:.:
CCDS45 FLEKNYTEDAIASDSEAIKLAIKALLEVVQS--GGKNIELAIIRRNQPLKMFSAKEVELY
180 190 200 210 220 230
240
pF1KB6 IKDI
. .:
CCDS45 VTEIEKEKEEAEKKKSKKSV
240 250
>>CCDS13489.1 PSMA7 gene_id:5688|Hs108|chr20 (248 aa)
initn: 505 init1: 337 opt: 497 Z-score: 641.3 bits: 126.1 E(32554): 2.1e-29
Smith-Waterman score: 506; 37.9% identity (71.7% similar) in 240 aa overlap (8-241:3-232)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
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CCDS13 MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGVRGRDIVVLGVEKKSVAKLQD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
...:: .: .. :..:: :::. .:..:::: :.: .: .. .::: .:. ...:
CCDS13 ERTVRKICALDDNVCMAFAGLTADARIVINRARVECQSHRLTVEDPVTVEYITRYIASLK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKG-PQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQS
.. . .. ::::.. :. : : : :.:.. :::::. : ::: .::.:
CCDS13 QRYTQSNG-----RRPFGISALIVGFDFDGTPRLYQTDPSGTYHAWKANAIG---RGAKS
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNAT-----NIELATVQPGQNFHMFTKEEL
..: .:..: :::... . .: :.. :... :::::... :...... ::.
CCDS13 -VREFLEKNYT-DEAIETDDLTIKLVIKALLEVVQSGGKNIELAVMRRDQSLKILNPEEI
170 180 190 200 210 220
240
pF1KB6 EEVIKDI
:. . .:
CCDS13 EKYVAEIEKEKEENEKKKQKKAS
230 240
>>CCDS32808.1 PSMA8 gene_id:143471|Hs108|chr18 (256 aa)
initn: 514 init1: 232 opt: 496 Z-score: 639.8 bits: 125.9 E(32554): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 496; 36.7% identity (69.8% similar) in 245 aa overlap (6-241:3-240)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
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CCDS32 MASRYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGIRGTNIVVLGVEKKSVAKLQD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMS------GLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQ
...:: .: :. :.. :: :::...:..:::: :.: .: .. .::: .:.
CCDS32 ERTVRKICALDDHVCMAFAVLTIFIGLTADARVVINRARVECQSHKLTVEDPVTVEYITR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 AVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKG-PQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSA
...: .. . .. ::::.. :. : :. : .:.. :::::. : ::: .
CCDS32 FIATLKQKYTQSNG-----RRPFGISALIVGFDDDGISRLYQTDPSGTYHAWKANAIGRS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SEGAQSSLQEVYHKSM--TLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTK
.. .. :.. : .. . .:::: .. : .:.. .. ::::: .. .: ..::.
CCDS32 AKTVREFLEKNYTEDAIASDSEAIKLAIKALLEVVQS--GGKNIELAIIRRNQPLKMFSA
180 190 200 210 220 230
240
pF1KB6 EELEEVIKDI
.:.: . .:
CCDS32 KEVELYVTEIEKEKEEAEKKKSKKSV
240 250
>>CCDS5467.1 PSMA2 gene_id:5683|Hs108|chr7 (234 aa)
initn: 413 init1: 234 opt: 450 Z-score: 581.6 bits: 115.0 E(32554): 4.5e-26
Smith-Waterman score: 450; 32.5% identity (70.9% similar) in 234 aa overlap (8-241:6-233)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
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CCDS54 MAERGYSFSLTTFSPSGKLVQIEYALAAVAGGAPSVGIKAANGVVLATEKKQKSILYD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
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CCDS54 ERSVHKVEPITKHIGLVYSGMGPDYRVLVHRARKLAQQYYLVYQEPIPTAQLVQRVASVM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSS
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CCDS54 ----QEYTQSGGV-RPFGVSLLICGWNEGRPYLFQSDPSGAYFAWKATAMGKNYVNGKTF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKD
:.. :.... :..::..... ::. .: ... :::.. . . .:. .: :... .
CCDS54 LEKRYNEDLELEDAIHTAILTLKESFEGQMTEDNIEVGICNEA-GFRRLTPTEVKDYLAA
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 I
:
CCDS54 IA
>>CCDS10303.1 PSMA4 gene_id:5685|Hs108|chr15 (261 aa)
initn: 308 init1: 165 opt: 437 Z-score: 564.2 bits: 111.9 E(32554): 4.2e-25
Smith-Waterman score: 437; 36.0% identity (69.8% similar) in 242 aa overlap (8-239:5-238)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
:: .. :::::::.:::::.::: ..: .:: ...:: ::.:.: :..
CCDS10 MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGHAGTCLGILANDGVLLAAERRNIHKLLD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 PSSI-EKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNL
. ::: ... ..:...:. .::..: .. :. .: . . :.: . :... :. ..
CCDS10 EVFFSEKIYKLNEDMACSVAGITSDANVLTNELRLIAQRYLLQYQEPIPCEQLVTALCDI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 A---LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEK-GPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASE
::: : .:::::.::. : :.. : ::.. ::::.. : ::. :
CCDS10 KQAYTQFG------G--KRPFGVSLLYIGWDKHYGFQLYQSDPSGNYGGWKATCIGNNSA
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GAQSSLQEVYHKS-MTLKEAIKSSLIILKQVME-EKLNATNIELATV--QPGQN-FHMFT
.: : :.. :... :::: :. .. .:...:. ::.: ..:.::. . :.. ....
CCDS10 AAVSMLKQDYKEGEMTLKSALALAIKVLNKTMDVSKLSAEKVEIATLTRENGKTVIRVLK
170 180 190 200 210 220
240
pF1KB6 KEELEEVIKDI
..:.:..::
CCDS10 QKEVEQLIKKHEEEEAKAEREKKEKEQKEKDK
230 240 250 260
>>CCDS9731.1 PSMA3 gene_id:5684|Hs108|chr14 (255 aa)
initn: 415 init1: 302 opt: 426 Z-score: 550.3 bits: 109.3 E(32554): 2.5e-24
Smith-Waterman score: 426; 34.1% identity (68.5% similar) in 232 aa overlap (8-236:8-234)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
:: ...::::.::.::::::..:.. .::::::. ..:: ..::: . : :.:
CCDS97 MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
.: ... ..: :.: :..::.:::..: : :: :..: ... .. .. ... :. .
CCDS97 EGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 LQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVD-EKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQS
. .: :::: ....:. . . : ::. .::::. . :::.: ..:..
CCDS97 HAYTLYSA-----VRPFGCSFMLGSYSVNDGAQLYMIDPSGVSYGYWGCAIGKARQAAKT
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEE-KLNATNIELATVQPGQN-FHMFTKEELEEV
.... : :: .. .: :. : .: : .: ..::. : : : .. ....:
CCDS97 EIEKLQMKEMTCRDIVKEVAKIIYIVHDEVKDKAFELELSWVGELTNGRHEIVPKDIREE
180 190 200 210 220 230
240
pF1KB6 IKDI
CCDS97 AEKYAKESLKEEDESDDDNM
240 250
>>CCDS7816.1 PSMA1 gene_id:5682|Hs108|chr11 (263 aa)
initn: 382 init1: 153 opt: 411 Z-score: 530.9 bits: 105.8 E(32554): 3e-23
Smith-Waterman score: 413; 30.2% identity (64.9% similar) in 245 aa overlap (3-241:1-236)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLME
. :..:: :...::.::. :.:::.::.: ::...:.... . :.. :: : :
CCDS78 MFRNQYDNDVTVWSPQGRIHQIEYAMEAVKQGSATVGLKSKTHAVLVALKRAQSELA-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLA
. .::...: ::: ...:: :::. : . : : . :.... . : : :.
CCDS78 -AHQKKILHVDNHIGISIAGLTADARLLCNFMRQECLDSRFVFDRPLPV-------SRLV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB6 LQFGEEDADPGAM--SRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQ
.: . : ::.::.::..: :. ::..:. ::... .: : .::. :..:.
CCDS78 SLIGSKTQIPTQRYGRRPYGVGLLIAGYDDMGPHIFQTCPSANYFDCRAMSIGARSQSAR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SSLQEVYHKSM--TLKEAIKSSLIILKQVM--EEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEEL
. :.. . . : .:.: .: .: :.... :. :.. :. .. : .: .. ...
CCDS78 TYLERHMSEFMECNLNELVKHGLRALRETLPAEQDLTTKNVSIGIVGKDLEFTIYDDDDV
170 180 190 200 210 220
240
pF1KB6 EEVIKDI
.. .
CCDS78 SPFLEGLEERPQRKAQPAQPADEPAEKADEPMEH
230 240 250 260
>>CCDS31431.1 PSMA1 gene_id:5682|Hs108|chr11 (269 aa)
initn: 382 init1: 153 opt: 410 Z-score: 529.5 bits: 105.5 E(32554): 3.6e-23
Smith-Waterman score: 412; 30.5% identity (65.0% similar) in 243 aa overlap (5-241:9-242)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITS
:..:: :...::.::. :.:::.::.: ::...:.... . :.. :: :
CCDS31 MQLSKVKFRNQYDNDVTVWSPQGRIHQIEYAMEAVKQGSATVGLKSKTHAVLVALKRAQS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 PLMEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAV
: . .::...: ::: ...:: :::. : . : : . :.... . :
CCDS31 ELA--AHQKKILHVDNHIGISIAGLTADARLLCNFMRQECLDSRFVFDRPL-------PV
70 80 90 100 110
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