Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7001
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7001, 1307 aa
1>>>pF1KB7001 1307 - 1307 aa - 1307 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7954+/-0.00127; mu= 20.8016+/- 0.076
mean_var=106.5035+/-20.981, 0's: 0 Z-trim(103.4): 98 B-trim: 3 in 1/49
Lambda= 0.124277
statistics sampled from 7295 (7394) to 7295 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 5.290
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS82449.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2 (1499) 473 97.4 3.2e-19
CCDS81831.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14 (1571) 438 91.1 2.5e-17
CCDS31597.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11 (1642) 415 87.0 4.5e-16
CCDS56363.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5 (1017) 344 74.1 2.2e-12
>>CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2 (1306 aa)
initn: 8871 init1: 6495 opt: 8873 Z-score: 8598.9 bits: 1603.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8873; 99.9% identity (99.9% similar) in 1307 aa overlap (1-1307:1-1306)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNWKQY
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 HLNLGDSKARLSSSLPSATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDKHTQHFRTKGETDA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
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310 320 330 340 350
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 LEGGILRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRITLTLDDEAAPPAPDSTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LEGGILRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRITLTLDDEAAPPAPDSTW
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pF1KB7 VQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQCLNPIKAFQGCMRLIFIDNQPKDLISVQQGSLGNFSDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 HIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGATCHNSIYEQSCEVYRHQGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 HIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGATCHNSIYEQSCEVYRHQGN
540 550 560 570 580 590
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pF1KB7 TAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELTRVRGANPEKPYAMALDYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELTRVRGANPEKPYAMALDYGG
600 610 620 630 640 650
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pF1KB7 SMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWWIGRSNERHPYWGGSPPGVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWWIGRSNERHPYWGGSPPGVQQ
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pF1KB7 CECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPVTQIVITDTDRSNSEAAWRIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 CECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPVTQIVITDTDRSNSEAAWRIG
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pF1KB7 PLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFFKTTALSGVFLENLGIKDFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFFKTTALSGVFLENLGIKDFIR
780 790 800 810 820 830
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pF1KB7 LEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRAERNLKETSLQVDNLPRSTRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRAERNLKETSLQVDNLPRSTRE
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pF1KB7 TSEEGHFRLQLNSQLFVGGTSSRQKGFLGCIRSLHLNGQKMDLEERAKVTSGVRPGCPGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 CSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEVSAVFEAGTSVTYMFQEPYPVT
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CCDS46 CSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEVSAVFEAGTSVTYMFQEPYPVT
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pF1KB7 KNISLSSSAIYTDSAPSKENIALSFVTTQAPSLLLFINSSSQDFVVVLLCKNGSLQVRYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 LNKEETHVFTIDADNFANRRMHHLKINREGRELTIQMDQQLRLSYNFSPEVEFRVIRSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 LGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGCMSSVQYNHIAPLKAALRHATVAPVTVHGTLTESSC
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB7 GFMVDSDVNAVTTVHSSSDPFGKTDEREPLTNAVRSDSAVIGGVIAVVIFIIFCIIGIMT
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CCDS46 GFMVDSDVNAVTTVHSSSDPFGKTDEREPLTNAVRSDSAVIGGVIAVVIFIIFCIIGIMT
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pF1KB7 RFLYQHKQSHRTSQMKEKEYPENLDSSFRNEIDLQNTVSECKREYFI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RFLYQHKQSHRTSQMKEKEYPENLDSSFRNEIDLQNTVSECKREYFI
1260 1270 1280 1290 1300
>>CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308 aa)
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Smith-Waterman score: 5386; 58.7% identity (83.2% similar) in 1299 aa overlap (11-1306:12-1307)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSP--AQ
: :: . :. ....:.:::::.: : .:::::.:...:.: :.
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pF1KB7 LNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNW
:: : :.::::: :: ::::.:::.:.:.::::::: ::::.::::: :::::.: ::
CCDS73 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
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pF1KB7 KQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRARFVRFVPLEWNPSGKIGMRVEVYGCSYK
:::.:::::: :.:: ::::::...: :..:::.::.::::::.:.::::.::.::.:.
CCDS73 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
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pF1KB7 SDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGDHITLELQKGR
:.:.:.::.:::::::.:: .: .::.::::::.::.::.:.: :: ::::::.:...:
CCDS73 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
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pF1KB7 LALHLNLGDSKARLSSSLPSATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDKHTQHFRTKGE
: : .: :..: .:.: . ::::::::::::::::.:.:::::::::.: .::...::
CCDS73 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
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pF1KB7 TDALDIDYELSFGGIPVPGKPGTFLKKNFHGCIENLYYNGVNIIDLAKRRKHQIYTVGNV
. ...:::.::::::.::: .: ..:::::.::::::::.::::::..: :: ..:::
CCDS73 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
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CCDS73 SFSCSQPQSMPVTFL-SSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGI
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pF1KB7 STWVQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQCLNPIKAFQGCMRLIFIDNQPKDLISVQQGSLGNF
:::::..::::::::. :.: .:. .:::::::: :... :::::::::::::
CCDS73 LGPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNF
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pF1KB7 SDLHIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGATCHNSIYEQSCEVYRH
:::.:: :.:.:::::::::::: :::::.::.:::..:.: ::::::::::::::.:.:
CCDS73 SDLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKH
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pF1KB7 QGNTAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELTRVRGANPEKPYAMALD
.:::.::.:::::::::: :. .:::.:: :: .:::...:::::..:::.::: ..
CCDS73 RGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETA-WTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFFE
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pF1KB7 YGGSMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWWIGRSNERHPYWGGSPPG
: .:::::.:.:. .:::::: .:.:..:::.: ::::..::.::.:: . ::::: :
CCDS73 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
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pF1KB7 VQQCECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPVTQIVITDTDRSNSEAAW
.:.: :::. .:.: :..::::::..:::::::.:..:.:::::.:::::: : .::::.
CCDS73 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
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..::: : ::: :::..:: ::::::::::::.:.:::.:::::::: :::::::::: :
CCDS73 KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
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:::.:. ::. .::..:::::: :. ::::. .::::::.::.:::.::.:::::.: .
CCDS73 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
840 850 860 870 880 890
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:. . .:: ::::::::::::..::.:::::::::.:::. .::::::.:: :.:::
CCDS73 TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
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:::::::..:.::::: :. :..:::: : : ::::..:.:: : .:.:: : ::: :
CCDS73 RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
960 970 980 990 1000 1010
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pF1KB7 PVTKNISLSSSAIYTDSAPSKENIALSFVTTQAPSLLLFINSSSQDFVVVLLCKNGSLQV
..:: : ..... : :.: : .:: ::..::::::..: .... :.. ::::::.
CCDS73 LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
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pF1KB7 RYHLNK-EETHVFTIDADNFANRRMHHLKINREGRELTIQMDQQLRLSYNFSPEVEFRVI
::.::: .: : ..: :.:. ..::. :::: . :..:.. : . ..: .:: ..
CCDS73 RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
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pF1KB7 RSLTLGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGCMSSVQYNHIAPLKAALRHATVAPVTVHGTLT
.::.::.. :. .:...: :.:.::.::.:.:: .:.:::::::. . :::: : .:
CCDS73 KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
1140 1150 1160 1170 1180 1190
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pF1KB7 ESSCGFMVDSDVNAVTTVHSSSDPFGKTDEREPLTNAVRSDSAVIGGVIAVVIFIIFCII
:::: . .:... .:: .: : :.::::.::..::::::::.:::::::..::
CCDS73 ESSCMAQPGTDATSRERTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCIT
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pF1KB7 GIMTRFLYQHKQSHRTSQMKEKEYPENLDSSFRNEIDLQNTVSECKREYFI
.: .: .::.:. .. :. :..: .. .. ...:...::.:.: ..:::
CCDS73 AIAVR-IYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
1260 1270 1280 1290 1300
>>CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288 aa)
initn: 4274 init1: 1815 opt: 4805 Z-score: 4657.2 bits: 874.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4805; 54.2% identity (79.6% similar) in 1281 aa overlap (10-1279:11-1286)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSP--AQ
:: :: . : ... .:: :::: : .:::::.:...:.: ..
CCDS66 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNW
:: : :.:::.: :: ::::.:::.:.:.::::::: :::::::::: ::::: ::::
CCDS66 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
70 80 90 100 110 120
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: . ::..::. .::::.::.:. .: . . .: :.:: . : ..:.:. . . ...
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1290 1300
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CCDS82 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
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CCDS82 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
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pF1KB7 SDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGDHITLELQKGR
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CCDS82 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
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pF1KB7 LALHLNLGDSKARLSSSLPSATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDKHTQHFRTKGE
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CCDS82 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
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CCDS82 FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
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pF1KB7 LLSLEGGILRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRITLTLDDEAAPPAPD
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CCDS82 LLFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPL
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CCDS82 RGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETA-WTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFFE
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CCDS82 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
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CCDS82 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
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CCDS82 KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
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CCDS82 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
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CCDS82 RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
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CCDS82 ATIIIGGKEQGQPFQGQLSGLYYNGLKVLNMAAENDANIAIVGNVRLVGEVPSSMTTEST
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