Result of FASTA (omim) for
pF1KB7006
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7006, 1066 aa
1>>>pF1KB7006 1066 - 1066 aa - 1066 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2952+/-0.000446; mu= -0.0095+/- 0.028
mean_var=276.2288+/-56.747, 0's: 0 Z-trim(119.3): 67 B-trim: 294 in 1/58
Lambda= 0.077168
statistics sampled from 33185 (33252) to 33185 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 14.020
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003364 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin is (1066) 6820 773.6 0
NP_054706 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin is (1134) 5878 668.7 5.1e-191
XP_016858892 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 905) 638 85.3 1.7e-15
NP_004380 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isoform 1 ( 905) 638 85.3 1.7e-15
NP_001269527 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 939) 638 85.3 1.8e-15
NP_037398 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 is ( 895) 621 83.4 6.4e-15
NP_001120856 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 ( 895) 621 83.4 6.4e-15
XP_016871642 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 907) 621 83.4 6.4e-15
NP_001277239 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 783) 615 82.7 9.1e-15
NP_001277238 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 803) 615 82.7 9.3e-15
XP_016871640 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 918) 615 82.7 1e-14
NP_001269528 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 584) 610 82.1 1.1e-14
XP_016871644 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634) 607 81.7 1.4e-14
XP_016871643 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634) 607 81.7 1.4e-14
XP_016871645 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634) 607 81.7 1.4e-14
NP_001269529 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 537) 602 81.1 1.8e-14
XP_016858894 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 876) 601 81.2 2.9e-14
XP_016858893 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 891) 601 81.2 3e-14
XP_011530858 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 953) 601 81.2 3.1e-14
NP_001269526 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 953) 601 81.2 3.1e-14
XP_011530857 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 953) 601 81.2 3.1e-14
NP_001310924 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310917 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310922 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310926 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310927 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310923 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310918 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310921 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310920 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310928 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001277241 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310916 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310929 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310919 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
NP_001310925 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 580 78.7 1e-13
XP_016871646 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 530) 576 78.2 1.4e-13
XP_016871641 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 970) 576 78.4 2.2e-13
NP_001307739 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 585) 565 77.0 3.4e-13
NP_001158355 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 860) 540 74.4 3.2e-12
NP_001310933 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 533 73.4 3.4e-12
NP_001310934 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 533 73.4 3.4e-12
NP_001310932 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 533 73.4 3.4e-12
NP_001310931 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 533 73.4 3.4e-12
XP_016858895 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 492) 504 70.2 3.3e-11
NP_001310940 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 505) 495 69.2 6.7e-11
NP_001310942 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 455) 477 67.2 2.5e-10
NP_001310941 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 455) 477 67.2 2.5e-10
NP_001310930 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 491) 471 66.5 4.2e-10
XP_011530859 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 504) 466 66.0 6.3e-10
>>NP_003364 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin isofor (1066 aa)
initn: 6820 init1: 6820 opt: 6820 Z-score: 4117.6 bits: 773.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6820; 100.0% identity (100.0% similar) in 1066 aa overlap (1-1066:1-1066)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 INEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 DVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 VANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 LLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 DTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 IQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 SLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 EAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 DFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 AARQLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AARQLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 VTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQAT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KB7 EMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ
1030 1040 1050 1060
>>NP_054706 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin isofor (1134 aa)
initn: 5877 init1: 5877 opt: 5878 Z-score: 3550.5 bits: 668.7 E(85289): 5.1e-191
Smith-Waterman score: 6437; 93.8% identity (93.8% similar) in 1098 aa overlap (1-1030:1-1098)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 ELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 INEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 INEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 QILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 DVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 VANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 LLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 DTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 IQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 IQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 SLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 EAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 EAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 DFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMM
850 860 870 880 890 900
910
pF1KB7 AARQLHDEARKWSSK---------------------------------------------
:::::::::::::::
NP_054 AARQLHDEARKWSSKPGIPAAEVGIGVVAEADAADAAGFPVPPDMEDDYEPELLLMPSNQ
910 920 930 940 950 960
920 930 940 950
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