Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7012
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7012, 1040 aa
1>>>pF1KB7012 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8707+/-0.00118; mu= 10.1931+/- 0.070
mean_var=227.4470+/-49.283, 0's: 0 Z-trim(109.1): 189 B-trim: 37 in 1/49
Lambda= 0.085042
statistics sampled from 10441 (10646) to 10441 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 4.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1449.1 CNTN2 gene_id:6900|Hs108|chr1 (1040) 6996 872.9 0
CCDS8737.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 (1018) 3362 427.0 9.9e-119
CCDS8738.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 (1007) 3356 426.3 1.6e-118
CCDS33790.1 CNTN3 gene_id:5067|Hs108|chr3 (1028) 3084 392.9 1.8e-108
CCDS53697.1 CNTN5 gene_id:53942|Hs108|chr11 (1026) 3057 389.6 1.8e-107
CCDS53696.1 CNTN5 gene_id:53942|Hs108|chr11 (1100) 3054 389.3 2.5e-107
CCDS43041.1 CNTN4 gene_id:152330|Hs108|chr3 (1026) 3050 388.7 3.3e-107
CCDS2557.1 CNTN6 gene_id:27255|Hs108|chr3 (1028) 2912 371.8 4.2e-102
CCDS58168.1 CNTN5 gene_id:53942|Hs108|chr11 ( 911) 2653 340.0 1.4e-92
CCDS2558.1 CNTN4 gene_id:152330|Hs108|chr3 ( 698) 2192 283.3 1.3e-75
CCDS58225.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 ( 627) 2090 270.7 6.8e-72
CCDS58812.1 CHL1 gene_id:10752|Hs108|chr3 (1208) 1415 188.2 9e-47
CCDS55153.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1192) 1270 170.4 2e-41
CCDS48192.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1248) 1217 163.9 1.9e-39
CCDS14734.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1253) 1217 163.9 1.9e-39
CCDS14733.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1257) 1217 163.9 1.9e-39
CCDS53460.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1240) 1209 162.9 3.7e-39
CCDS74887.1 CHL1 gene_id:10752|Hs108|chr3 (1171) 1169 158.0 1.1e-37
CCDS2556.1 CHL1 gene_id:10752|Hs108|chr3 (1224) 1169 158.0 1.1e-37
CCDS5751.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1183) 1159 156.8 2.5e-37
CCDS34590.1 SDK1 gene_id:221935|Hs108|chr7 (2213) 1110 151.1 2.5e-35
CCDS53461.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 ( 619) 767 108.4 4.9e-23
CCDS30982.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1169) 699 100.3 2.5e-20
CCDS53462.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1174) 699 100.3 2.5e-20
CCDS2971.1 BOC gene_id:91653|Hs108|chr3 (1114) 611 89.5 4.2e-17
CCDS53957.1 NEO1 gene_id:4756|Hs108|chr15 (1408) 609 89.4 5.9e-17
CCDS58378.1 NEO1 gene_id:4756|Hs108|chr15 (1450) 609 89.4 6e-17
CCDS10247.1 NEO1 gene_id:4756|Hs108|chr15 (1461) 609 89.4 6e-17
CCDS77788.1 BOC gene_id:91653|Hs108|chr3 (1115) 606 88.9 6.5e-17
CCDS10205.1 IGDCC3 gene_id:9543|Hs108|chr15 ( 814) 542 80.9 1.2e-14
CCDS42040.1 PRTG gene_id:283659|Hs108|chr15 (1150) 529 79.5 4.6e-14
CCDS4884.1 PTK7 gene_id:5754|Hs108|chr6 (1070) 521 78.5 8.7e-14
CCDS59021.1 PTK7 gene_id:5754|Hs108|chr6 (1078) 521 78.5 8.7e-14
CCDS4887.1 PTK7 gene_id:5754|Hs108|chr6 (1014) 467 71.8 8.3e-12
CCDS54610.1 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1551) 466 71.9 1.2e-11
CCDS42929.1 DSCAM gene_id:1826|Hs108|chr21 (2012) 468 72.3 1.2e-11
CCDS46872.2 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1606) 466 71.9 1.2e-11
CCDS12140.1 PTPRS gene_id:5802|Hs108|chr19 (1910) 465 71.9 1.5e-11
CCDS10206.1 IGDCC4 gene_id:57722|Hs108|chr15 (1250) 453 70.2 3.1e-11
>>CCDS1449.1 CNTN2 gene_id:6900|Hs108|chr1 (1040 aa)
initn: 6996 init1: 6996 opt: 6996 Z-score: 4654.5 bits: 872.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6996; 99.9% identity (99.9% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPGLSYRWLLNEFPNFIPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPGLSYRWLLNEFPNFIPTD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQLNLAAEDTRLFAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQLNLAAEDTRLFAPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 IKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPTLQIPSVSFED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPTLQIPSVSFED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 EGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGCAAAGKPRPTVRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGCAAAGKPRPTVRW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LRNGELLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASAELAVQALAPDFR
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LRNGEPLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASAELAVQALAPDFR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVTPDGTLIIRNISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVTPDGTLIIRNISR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 SDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTLQCHASHDPTMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTLQCHASHDPTMDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 TFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCMAQTVVDSASKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCMAQTVVDSASKEA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 TVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTPPAGKWKQVRTNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTPPAGKWKQVRTNP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 ANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGLSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGLSGG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 GGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNESVRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNESVRP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 YTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSEMNVTWEPVQQDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSEMNVTWEPVQQDM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 NGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTGPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTGPAS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 PSANATTMKPPPRRPPGNISWTFSSSSLSIKWDPVVPFRNESAVTGYKMLYQNDLHLTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PSANATTMKPPPRRPPGNISWTFSSSSLSIKWDPVVPFRNESAVTGYKMLYQNDLHLTPT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 LHLTGKNWIEIPVPEDIGHALVQIRTTGPGGDGIPAEVHIVRNGGTSMMVENMAVRPAPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LHLTGKNWIEIPVPEDIGHALVQIRTTGPGGDGIPAEVHIVRNGGTSMMVENMAVRPAPH
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 PGTVISHSVAMLILIGSLEL
::::::::::::::::::::
CCDS14 PGTVISHSVAMLILIGSLEL
1030 1040
>>CCDS8737.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 (1018 aa)
initn: 2772 init1: 1723 opt: 3362 Z-score: 2245.1 bits: 427.0 E(32554): 9.9e-119
Smith-Waterman score: 3362; 50.5% identity (75.1% similar) in 1003 aa overlap (10-1000:9-992)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTT-----FGPVFEDQPLSVLFPEESTEE
::.... .. .. .: : .. :::.::.::.....:::: :
CCDS87 MKMWLLVSHLVIISITTCLAEFTWYRRYGHGVSEEDKGFGPIFEEQPINTIYPEESLEG
10 20 30 40 50
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pF1KB7 QVLLACRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASN
.: : ::::::: .:.:.::. .. : ..:...::::::: :: : .:::.: :::::
CCDS87 KVSLNCRARASPFPVYKWRMNNGDVDLT-SDRYSMVGGNLVINNPDKQKDAGIYYCLASN
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 PVGTVVSREAILRFGFLQEFSKEERDPVKAHEGWGVMLPCNPPAHYPG-LSYRWLLNEFP
: : : :: : ::.:. : ::: :...:: :..: :.:: :.: :::::::::::
CCDS87 NYGMVRSTEATLSFGYLDPFPPEERPEVRVKEGKGMVLLCDPPYHFPDDLSYRWLLNEFP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 NFIPTDGRHFVSQTTGNLYIARTNASDLGNYSCLATSHMDFSTKSVFSKFAQL-NLAAED
:: : :.:::::.:::::: ..::: :::::...: :::::::: : . .
CCDS87 VFITMDKRRFVSQTNGNLYIANVEASDKGNYSCFVSSPS--ITKSVFSKFIPLIPIPERT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 TRLFAPSIKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQWTTAEPT---
:. . .: ..: ..:::.::.:::::::.::::: :.:::: : :. .::: .
CCDS87 TKPYPADIVVQFK-DVYALMGQNVTLECFALGNPVPDIRWRKV---LEPMPSTAEISTSG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB7 --LQIPSVSFEDEGTYECEAENSKGRDTVQGRIIVQAQPEWLKVISDTEADIGSNLRWGC
:.: ....:::: ::::::: .:.: :.:: ::: :::.. :.:::.::::.: : :
CCDS87 AVLKIFNIQLEDEGIYECEAENIRGKDKHQARIYVQAFPEWVEHINDTEVDIGSDLYWPC
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 AAAGKPRPTVRWLRNGELLASQNRVEVLAGDLRFSKLSLEDSGMYQCVAENKHGTIYASA
.:.::: ::.:::.:: :.::. ...:..:::::.::: .:.:::.:
CCDS87 VATGKPIPTIRWLKNG--------YAYHKGELRLYDVTFENAGMYQCIAENTYGAIYANA
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ELAVQALAPDFRLNPVRRLIPAARGGEILIPCQPRAAPKAVVLWSKGTEILVNSSRVTVT
:: . :::: :..::... : ::.::...: :.:.:::: :::::: ::::::. .
CCDS87 ELKILALAPTFEMNPMKKKILAAKGGRVIIECKPKAAPKPKFSWSKGTEWLVNSSRILIW
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 PDGTLIIRNISRSDEGKYTCFAENFMGKANSTGILSVRDATKITLAPSSADINLGDNLTL
::.: : ::.:.: : ::::::: ::::::: : . : :.: ::: .:::..:.: :.
CCDS87 EDGSLEINNITRNDGGIYTCFAENNRGKANSTGTLVITDPTRIILAPINADITVGENATM
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 QCHASHDPTMDLTFTWTLDDFPIDFDKPGGHYRRTNVKETIGDLTILNAQLRHGGKYTCM
:: :: ::..::::.:... . :::.: . ::.:. . .. :.: : ::::.:.:.:::
CCDS87 QCAASFDPALDLTFVWSFNGYVIDFNKENIHYQRNFMLDSNGELLIRNAQLKHAGRYTCT
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB7 AQTVVDSASKEATVLVRGPPGPPGGVVVRDIGDTTIQLSWSRGFDNHSPIAKYTLQARTP
:::.::..: : ..::::::::::. ..:: :.. :.:::: ::::::.:::.:..:
CCDS87 AQTIVDNSSASADLVVRGPPGPPGGLRIEDIRATSVALTWSRGSDNHSPISKYTIQTKTI
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KB7 PAGKWKQVRTNPANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREA
. ::...:.: :::: :.:... : :::.:::::.:.: :: :::: ::..:.: :
CCDS87 LSDDWKDAKTDPPIIEGNMEAARAVDLIPWMEYEFRVVATNTLGRGEPSIPSNRIKTDGA
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KB7 APSVAPSGLSGGGGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADA
::.:::: ..:::: :: ..:.:.::::. :..:::...:. . .:. . : . :.
CCDS87 APNVAPSDVGGGGGRNRELTITWAPLSREYHYGNNFGYIVAFKPFDGEEWKKVTVTNPDT
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KB7 QYFVYSNESVRPYTPFEVKIRSYNRRGDGPESLTALVYSAEEEPRVAPTKVWAKGVSSSE
.:...:.. : : :.::....: .:::: ::.:.. ::.. : :::.: .: .::::
CCDS87 GRYVHKDETMSPSTAFQVKVKAFNNKGDGPYSLVAVINSAQDAPSEAPTEVGVKVLSSSE
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 MNVTWEPVQQDMNGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTV
..: :: : .. :. .:.:::: : ::: ::.::.... . :::. .: :.:.: . :
CCDS87 ISVHWEHV---LEKIVESYQIRYWAAHDKEEAANRVQVTSQEYSARLENLLPDTQYFIEV
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930 940
pF1KB7 RAYNRAGTGPASPSANATTMKPPPRRPPGNISWTFSSSSLSIKWDPVVPFRNESAVTGYK
: : :: :: : .: : : :: .:: :: . :.: : :: :: . :::.:::::
CCDS87 GACNSAGCGPPSDMIEAFTKKAPPSQPPRIISSVRSGSRYIITWDHVVALSNESTVTGYK
890 900 910 920 930 940
950 960 970 980 990 1000
pF1KB7 MLYQNDLHLTPTLHLTGKNWIEIPVPEDIGHALVQIRTTGPGGDGIPAEVHIVRNGGTSM
.::. : . :. : :. ::.:.:.: :. .:..:. . ::::. ..:.:
CCDS87 VLYRPDGQHDGKLYSTHKHSIEVPIPRD-GEYVVEVRAHSDGGDGVVSQVKISGAPTLSP
950 960 970 980 990 1000
1010 1020 1030 1040
pF1KB7 MVENMAVRPAPHPGTVISHSVAMLILIGSLEL
CCDS87 SLLGLLLPAFGILVYLEF
1010
>>CCDS8738.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 (1007 aa)
initn: 2780 init1: 1723 opt: 3356 Z-score: 2241.1 bits: 426.3 E(32554): 1.6e-118
Smith-Waterman score: 3356; 50.9% identity (75.6% similar) in 996 aa overlap (12-1000:5-981)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGTATRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLA
:::. ....: .. .. . :::.::.::.....:::: : .: :
CCDS87 MKMWLLVSHLVIISITTCLAVSEEDKGFGPIFEEQPINTIYPEESLEGKVSLN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CRARASPPATYRWKMNGTEMKLEPGSRHQLVGGNLVIMNPTKAQDAGVYQCLASNPVGTV
::::::: .:.:.::. .. : ..:...::::::: :: : .:::.: ::::: : :
CCDS87 CRARASPFPVYKWRMNNGDVDLT-SDRYSMVGGNLVINNPDKQKDAGIYYCLASNNYGMV
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130 140 150 160 170
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:: ..:::: :: ..:.:.::::. :..:::...:. . .:. . : . :. .:.
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CCDS87 LLPAFGILVYLEF
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pF1KB7 VENMAVRPAPHPGTVISHSVAMLILIGSLEL
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CCDS53 SRRFISQETGNLYISKVQTSDVGSYICLVKNTV--TNARVLSPPTPLTLRNDGVMGEYEP
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pF1KB7 SIKARFPAETYALVGQQVTLECFAFGNPVPRIKWRKVDGSLSPQ--WTTAEPTLQIPSVS
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CCDS53 KIEVHFPFTVTAAKGTTVKMECFALGNPVPTITWMKVNGYIPSKARLRKSQAVLEIPNVQ
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CCDS53 TFALNQLKKTIIVTKDQEVVIECKPQGSPKPTISWKKGDRAVRENKRIAILPDGSLRILN
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CCDS53 DEAELLVRGPPGPPGIVIVEEITESTATLSWSPAADNHSPISSYNLQARSPFSLGWQTVK
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pF1KB7 TNPANIEGNAETAQVLGLTPWMDYEFRVIASNILGTGEPSGPSSKIRTREAAPSVAPSGL
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CCDS53 TVPEIITGDMESAMAVDLNPWVEYEFRVVATNPIGTGDPSTPSRMIRTNEAVPKTAPTNV
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pF1KB7 SGGGGAPGELIVNWTPMSREYQNGDGFGYLLSFRRQGSTHWQTARVPGADAQYFVYSNES
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CCDS53 SGRSGRRHELVIAWEPVSEEFQNGEGFGYIVAFRPNGTRGWKEKMVTSSEASKFIYRDES
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CCDS53 VPPLTPFEVKVGVYNNKGDGPFSQIVVICSAEGEPSAAPTDVKATSVSVSEILVAWKHIK
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pF1KB7 QDMNGILLGYEIRYWKAGDKEAAADRVRTAGLDTSARVSGLHPNTKYHVTVRAYNRAGTG
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CCDS53 ESL-GRPQGFEVGYWKDMEQEDTAETVKTRGNESFVILTGLEGNTLYHFTVRAYNGAGYG
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CCDS53 PPSSEVSATTKKSPPSQAPSNLRWEQQGSQVSLGWEPVIPLANESEVVGYKVFYRQEGHS
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pF1KB7 TPTLHLTGKNWIEIPVPEDIGHALVQIRTTGPGGDGIPA-EVHIVRNGGTSMMVENMAVR
. . : : .:.: : : ....:. . :::: . .... .: .. ...
CCDS53 NSQVIETQKLQAVVPLP-DAGVYIIEVRAYSEGGDGTASSQIRVPSYSGGKIT----SAQ
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pF1KB7 PAPHPGTVISHSVAMLILIGSLEL
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CCDS53 STLHSLSTSSSSVTLLLALMIPSTSW
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pF1KB7 TRRKPHLLLVAAVALVSSSAWSSALGSQTTFGPVFEDQPLSVLFPEESTEEQVLLACRAR
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CCDS53 PSWLGAAQNYYSPINLYHSSDAFKQDESVDYGPVFVQEPDDIIFPTDSDEKKVALNCEVR
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CCDS25 NRRFVSQETGNLYIAKVEPSDVGNYTCFITNKE--AQRSVQGPPTPL-VQRTDGVMGEYE
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CCDS25 PKIEVRFPETIQAAKDSSVKLECFALGNPVPDISWRRLDGSPLPGKVKYSKSQAILEIPN
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CCDS25 VATVPEILNGKTYNATVVGLSPWVEYEFRVVAGNSIGIGEPSEPSELLRTKASVPVVAPV
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CCDS25 NIHGGGGSRSELVITWESIPEELQNGEGFGYIIMFRPVGSTTWSKEKVSSVESSRFVYRN
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CCDS25 ESIIPLSPFEVKVGVYNNEGEGSLSTVTIVYSGEDEPQLAPRGTSLQSFSASEMEVSWNA
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CCDS25 IAWNRNTGRVLGYEVLYWTDDSKESMIGKIRVSGNVTTKNITGLKANTIYFASVRAYNTA
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CCDS25 GTGPSSPPVNVTTKKSPPSQPPANIAWKLTNSKLCLNWEHVKTMENESEVLGYKILYRQN
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CCDS25 RQSKTHILETNNTSAE--LLVPFEEDY---LIEIRTVSDGGDGSSSEEIRIPKM--SSLS
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pF1KB7 VENMA-VRPAPHPGT---VISHSVAMLILIGSLEL
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CCDS25 SRGIQFLEPSTHFLSIVIVIFHCFAIQPLI
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CCDS58 GRPQGFEV
910
>>CCDS2558.1 CNTN4 gene_id:152330|Hs108|chr3 (698 aa)
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CCDS25 IQIEQGTLNITIVNLSDAGMYQCLAENKHGVIFSNAELSVIAVGPDFSRTLLKRVTLVKV
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CCDS25 HFGTASSTGNLVVKDPTRVMVPPSSMDVTVGESIVLPCQVTHDHSLDIVFTWSFNGHLID
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]