Result of FASTA (omim) for
pF1KB7014
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7014, 1914 aa
1>>>pF1KB7014 1914 - 1914 aa - 1914 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7267+/-0.000409; mu= 23.6404+/- 0.026
mean_var=97.4477+/-19.832, 0's: 0 Z-trim(113.3): 197 B-trim: 458 in 1/54
Lambda= 0.129924
statistics sampled from 22289 (22542) to 22289 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 20.360
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011511210 (OMIM: 601055) PREDICTED: plexin-A1 i (1914) 12893 2428.7 0
XP_011511211 (OMIM: 601055) PREDICTED: plexin-A1 i (1914) 12893 2428.7 0
NP_115618 (OMIM: 601055) plexin-A1 precursor [Homo (1896) 12756 2403.0 0
NP_059984 (OMIM: 300022) plexin-A3 precursor [Homo (1871) 8581 1620.4 0
NP_079455 (OMIM: 601054) plexin-A2 precursor [Homo (1894) 8278 1563.6 0
XP_005274763 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1789) 8270 1562.1 0
NP_065962 (OMIM: 604280) plexin-A4 isoform 1 precu (1894) 8230 1554.6 0
XP_005250743 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1894) 8230 1554.6 0
XP_006716234 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1894) 8230 1554.6 0
XP_011529485 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1684) 7708 1456.8 0
XP_005273222 (OMIM: 601054) PREDICTED: plexin-A2 i (1823) 7065 1336.3 0
XP_005273221 (OMIM: 601054) PREDICTED: plexin-A2 i (1974) 7065 1336.3 0
XP_016868268 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1827) 5284 1002.4 0
XP_011514978 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1437) 5240 994.1 0
XP_006724892 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1841) 5024 953.7 0
XP_005274762 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1853) 4453 846.7 0
XP_011510891 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i (1795) 1637 318.8 3.1e-85
NP_861440 (OMIM: 604280) plexin-A4 isoform 2 precu ( 522) 1586 308.8 9.3e-83
NP_001099013 (OMIM: 604280) plexin-A4 isoform 3 pr ( 492) 1585 308.6 1e-82
NP_055918 (OMIM: 604282) plexin-D1 precursor [Homo (1925) 1564 305.2 4.3e-81
NP_005384 (OMIM: 300214) plexin-B3 isoform 1 precu (1909) 1531 299.0 3.1e-79
NP_001156729 (OMIM: 300214) plexin-B3 isoform 2 [H (1932) 1531 299.0 3.1e-79
XP_011510890 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i (1894) 1480 289.4 2.3e-76
XP_011510894 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i ( 981) 1372 268.9 1.8e-70
XP_016884193 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1282 252.3 3.4e-65
XP_005261968 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1282 252.3 3.4e-65
XP_005261967 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1282 252.3 3.4e-65
XP_016884192 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1282 252.3 3.4e-65
XP_005261966 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1282 252.3 3.4e-65
NP_036533 (OMIM: 604293) plexin-B2 precursor [Homo (1838) 1282 252.3 3.4e-65
XP_006724476 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1282 252.3 3.4e-65
XP_011528984 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1901) 1282 252.3 3.5e-65
NP_001123554 (OMIM: 601053) plexin-B1 precursor [H (2135) 1243 245.0 6e-63
XP_016862120 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2135) 1243 245.0 6e-63
NP_002664 (OMIM: 601053) plexin-B1 precursor [Homo (2135) 1243 245.0 6e-63
XP_011532139 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 1147 227.0 1.6e-57
XP_011532138 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 1147 227.0 1.6e-57
XP_016862119 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 1147 227.0 1.6e-57
XP_011532135 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 1147 227.0 1.6e-57
XP_011532137 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 1147 227.0 1.6e-57
XP_011532136 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 1147 227.0 1.6e-57
XP_011510892 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i (1467) 907 181.9 4.1e-44
XP_016874161 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1315) 758 154.0 9.7e-36
XP_006719249 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1555) 739 150.5 1.3e-34
NP_005752 (OMIM: 604259) plexin-C1 precursor [Homo (1568) 739 150.5 1.3e-34
XP_016874160 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1323) 732 149.1 2.9e-34
XP_011536032 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1322) 727 148.1 5.5e-34
NP_001311330 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 ( 934) 427 91.8 3.6e-17
NP_001311331 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 ( 960) 418 90.1 1.2e-16
XP_006716053 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 ( 960) 418 90.1 1.2e-16
>>XP_011511210 (OMIM: 601055) PREDICTED: plexin-A1 isofo (1914 aa)
initn: 12893 init1: 12893 opt: 12893 Z-score: 13053.3 bits: 2428.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 12893; 100.0% identity (100.0% similar) in 1914 aa overlap (1-1914:1-1914)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMLTPAGPEHRGPRPQPAMPLPPRSLQVLLLLLLLLLLLPGMWAEAGLPRAGGGSQPPFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MMLTPAGPEHRGPRPQPAMPLPPRSLQVLLLLLLLLLLLPGMWAEAGLPRAGGGSQPPFR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TFSASDWGLTHLVVHEQTGEVYVGAVNRIYKLSGNLTLLRAHVTGPVEDNEKCYPPPSVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TFSASDWGLTHLVVHEQTGEVYVGAVNRIYKLSGNLTLLRAHVTGPVEDNEKCYPPPSVQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SCPHGLGSTDNVNKLLLLDYAANRLLACGSASQGICQFLRLDDLFKLGEPHHRKEHYLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SCPHGLGSTDNVNKLLLLDYAANRLLACGSASQGICQFLRLDDLFKLGEPHHRKEHYLSS
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190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VQEAGSMAGVLIAGPPGQGQAKLFVGTPIDGKSEYFPTLSSRRLMANEEDADMFGFVYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VQEAGSMAGVLIAGPPGQGQAKLFVGTPIDGKSEYFPTLSSRRLMANEEDADMFGFVYQD
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250 260 270 280 290 300
pF1KB7 EFVSSQLKIPSDTLSKFPAFDIYYVYSFRSEQFVYYLTLQLDTQLTSPDAAGEHFFTSKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFVSSQLKIPSDTLSKFPAFDIYYVYSFRSEQFVYYLTLQLDTQLTSPDAAGEHFFTSKI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VRLCVDDPKFYSYVEFPIGCEQAGVEYRLVQDAYLSRPGRALAHQLGLAEDEDVLFTVFA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QGQKNRVKPPKESALCLFTLRAIKEKIKERIQSCYRGEGKLSLPWLLNKELGCINSPLQI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DDDFCGQDFNQPLGGTVTIEGTPLFVDKDDGLTAVAAYDYRGRTVVFAGTRSGRIRKILV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 VLQAWNVPDLSAGVNCSFEDFTESESVLEDGRIHCRSPSAREVAPITRGQGDQRVVKLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 KSKETGKKFASVDFVFYNCSVHQSCLSCVNGSFPCHWCKYRHVCTHNVADCAFLEGRVNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 SEDCPQILPSTQIYVPVGVVKPITLAARNLPQPQSGQRGYECLFHIPGSPARVTALRFNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SEDCPQILPSTQIYVPVGVVKPITLAARNLPQPQSGQRGYECLFHIPGSPARVTALRFNS
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pF1KB7 SSLQCQNSSYSYEGNDVSDLPVNLSVVWNGNFVIDNPQNIQAHLYKCPALRESCGLCLKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 DCSPHYRALSPKRFTFVTPTFYRVSPSRGPLSGGTWIGIEGSHLNAGSDVAVSVGGRPCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DCSPHYRALSPKRFTFVTPTFYRVSPSRGPLSGGTWIGIEGSHLNAGSDVAVSVGGRPCS
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pF1KB7 FSWRNSREIRCLTPPGQSPGSAPIIININRAQLTNPEVKYNYTEDPTILRIDPEWSINSG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 PDELGFVMDNVRSLLVLNSTSFLYYPDPVLEPLSPTGLLELKPSSPLILKGRNLLPPAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KNHPKLLLRRTESVAEKMLTNWFTFLLYKFLKECAGEPLFMLYCAIKQQMEKGPIDAITG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VPYSQRPKAADMDLEWRQGRMARIILQDEDVTTKIDNDWKRLNTLAHYQVTDGSSVALVP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQTSAYNISNSSTFTKSLSRYESMLRTASSPDSLRSRTPMITPDLESGTKLWHLVKNHDH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDQREGDRGSKMVSEIYLTRLLATKGTLQKFVDDLFETIFSTAHRGSALPLAIKYMFDFL
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pF1KB7 DEQADKHQIHDADVRHTWKSNCLPLRFWVNVIKNPQFVFDIHKNSITDACLSVVAQTFMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DEQADKHQIHDADVRHTWKSNCLPLRFWVNVIKNPQFVFDIHKNSITDACLSVVAQTFMD
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pF1KB7 SCSTSEHKLGKDSPSNKLLYAKDIPNYKSWVERYYADIAKMPAISDQDMSAYLAEQSRLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SCSTSEHKLGKDSPSNKLLYAKDIPNYKSWVERYYADIAKMPAISDQDMSAYLAEQSRLH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LSQFNSMSALHEIYSYITKYKDEILAALEKDEQARRQRLRSKLEQVVDTMALSS
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>>XP_011511211 (OMIM: 601055) PREDICTED: plexin-A1 isofo (1914 aa)
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10 20 30 40 50 60
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XP_011 LSQFNSMSALHEIYSYITKYKDEILAALEKDEQARRQRLRSKLEQVVDTMALSS
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>>NP_115618 (OMIM: 601055) plexin-A1 precursor [Homo sap (1896 aa)
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Smith-Waterman score: 12756; 100.0% identity (100.0% similar) in 1896 aa overlap (19-1914:1-1896)
10 20 30 40 50 60
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NP_115 MPLPPRSLQVLLLLLLLLLLLPGMWAEAGLPRAGGGSQPPFR
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NP_115 SSLQCQNSSYSYEGNDVSDLPVNLSVVWNGNFVIDNPQNIQAHLYKCPALRESCGLCLKA
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NP_115 TITGENLGLRFEDVRLGVRVGKVLCSPVESEYISAEQIVCEIGDASSVRAHDALVEVCVR
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pF1KB7 DCSPHYRALSPKRFTFVTPTFYRVSPSRGPLSGGTWIGIEGSHLNAGSDVAVSVGGRPCS
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NP_115 DCSPHYRALSPKRFTFVTPTFYRVSPSRGPLSGGTWIGIEGSHLNAGSDVAVSVGGRPCS
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pF1KB7 GTLLTVTGTNLATVREPRIRAKYGGIERENGCLVYNDTTMVCRAPSVANPVRSPPELGER
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pF1KB7 PDELGFVMDNVRSLLVLNSTSFLYYPDPVLEPLSPTGLLELKPSSPLILKGRNLLPPAPG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_115 LPAIVGIGGGGGLLLLVIVAVLIAYKRKSRDADRTLKRLQLQMDNLESRVALECKEAFAE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LQTDIHELTNDLDGAGIPFLDYRTYAMRVLFPGIEDHPVLKEMEVQANVEKSLTLFGQLL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 KNHPKLLLRRTESVAEKMLTNWFTFLLYKFLKECAGEPLFMLYCAIKQQMEKGPIDAITG
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NP_115 KNHPKLLLRRTESVAEKMLTNWFTFLLYKFLKECAGEPLFMLYCAIKQQMEKGPIDAITG
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NP_079 IRADGPPHGG---VQYEMVSVLKDGSPILRDMAFSIDQRYLYVMSERQVTRVPVESCEQY
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pF1KB7 TSCELCLGSRDPHCGWCVLHSICSRRDACERADEPQRFAADLLQCVQLTVQPRNVSVTMS
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NP_079 TTCGECLSSGDPHCGWCALHNMCSRRDKCQQAWEPNRFAASISQCVSLAVHPSSISVSEH
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