Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7016
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7016, 835 aa
1>>>pF1KB7016 835 - 835 aa - 835 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5721+/-0.000903; mu= 8.9138+/- 0.055
mean_var=241.0032+/-49.548, 0's: 0 Z-trim(114.8): 53 B-trim: 150 in 1/53
Lambda= 0.082616
statistics sampled from 15346 (15397) to 15346 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.473), width: 16
Scan time: 4.990
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12985.1 TRIM28 gene_id:10155|Hs108|chr19 ( 835) 5662 688.2 1.5e-197
CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110) 1172 153.2 2.3e-36
CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1127) 1172 153.2 2.3e-36
CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1050) 949 126.6 2.2e-28
CCDS47720.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1016) 944 126.0 3.3e-28
>>CCDS12985.1 TRIM28 gene_id:10155|Hs108|chr19 (835 aa)
initn: 5662 init1: 5662 opt: 5662 Z-score: 3660.1 bits: 688.2 E(32554): 1.5e-197
Smith-Waterman score: 5662; 100.0% identity (100.0% similar) in 835 aa overlap (1-835:1-835)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAEALE
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CCDS12 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAEALE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLGPAAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVC
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CCDS12 LLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLGPAAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HQRVKYTKDHTVRSTGPAKSRDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDH
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CCDS12 HQRVKYTKDHTVRSTGPAKSRDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 QYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAIL
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CCDS12 QYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTA
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CCDS12 QIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEPHGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEPHGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 APMAPPRAPGPLSKQGSGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSG
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CCDS12 APMAPPRAPGPLSKQGSGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 LMRKVPRVSLERLDLDLTADSQPPVFKVFPGSTTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPAG
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CCDS12 LMRKVPRVSLERLDLDLTADSQPPVFKVFPGSTTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPAG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 TPGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAPPTATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTS
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CCDS12 TPGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAPPTATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 SGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVP
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CCDS12 SGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 GEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPL
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CCDS12 GEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 HQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB7 DVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLSSQELSGGPGDGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLSSQELSGGPGDGP
790 800 810 820 830
>>CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110 aa)
initn: 830 init1: 562 opt: 1172 Z-score: 766.3 bits: 153.2 E(32554): 2.3e-36
Smith-Waterman score: 1177; 32.0% identity (60.5% similar) in 744 aa overlap (5-683:68-803)
10 20 30
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRST
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CCDS87 LTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTP
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
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CCDS87 APAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS---LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140
pF1KB7 GPAAPAAANSSGDGGAAGDGT---VVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDA
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CCDS87 -PEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKS
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGPAKSRDGERT
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CCDS87 EQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRP
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 VYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDK
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CCDS87 VFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEK
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 HATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQE
. .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .:
CCDS87 KNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQM
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 RLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEP-
.: .:. .: .... .:.. :..::. : ..:::: ::.:: :::.. :: :::
CCDS87 KLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430
pF1KB7 HGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAER---PGTNSTGPAPMAPP------RAPGPLSKQG
.: ..:. : . :.:.. .:..: : :: . . . ..:: ..:: ..
CCDS87 NGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQ
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470 480
pF1KB7 ---SGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAE-PHVSGVKRSRSGEGEVSGLMRKVPRV----
. .: . .:. . . : : .. . ... .. . :... ::.
CCDS87 LRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQ
520 530 540 550 560 570
490 500 510 520 530
pF1KB7 SLERLDLDLTADSQPPVFKV------FPG---STTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPA
...: ... : : ... .:: . .:... . . :. : :.
CCDS87 TMQRGNMNCGA-FQAHQMRLAQNAARIPGIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPV
580 590 600 610 620 630
540 550 560 570 580
pF1KB7 GT-------PGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAP---PTATEGPETKPVLMALA----EGP
. : .: : :: ... : .. : :..:. ::. : : . :
CCDS87 VSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSPSVTAIELIPSVTN-PENLPSLPDIPPIQLEDA
640 650 660 670 680 690
590 600 610 620 630
pF1KB7 GAEG-----PRLASPSGSTSSGLEVVAPE-GTSAPGGGPGTLDDSATICR--VCQKPGDL
:. . : : : . .. : : :: . : . :..: : : .. :.
CCDS87 GSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPSPGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSR
700 710 720 730 740 750
640 650 660 670 680
pF1KB7 VMCN-------QCEFCFHLDCHLPALQDVPG-EEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADS
:. . . :. : .. . :. :: :. ::. . . : ::: :
CCDS87 GSCGSSGRTAEKTSLSFKSD-QVKVKQE-PGTEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSS
760 770 780 790 800
690 700 710 720 730 740
pF1KB7 TGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPLHQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQE
CCDS87 PESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKIEPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMH
810 820 830 840 850 860
>>CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1127 aa)
initn: 916 init1: 562 opt: 1172 Z-score: 766.2 bits: 153.2 E(32554): 2.3e-36
Smith-Waterman score: 1177; 32.0% identity (60.5% similar) in 744 aa overlap (5-683:68-803)
10 20 30
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRST
:::.:..: .:.: . . : : ::: .
CCDS87 LTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTP
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
::. :.. . . .:. : : : ::. :.::.. : : : ::.::::::: : ::
CCDS87 APAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS---LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140
pF1KB7 GPAAPAAANSSGDGGAAGDGT---VVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDA
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CCDS87 -PEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKS
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGPAKSRDGERT
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CCDS87 EQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRP
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 VYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDK
:.: :::.: : ::::.:: :::::::: ::.:.:::::.: .::. . .:. .: .:
CCDS87 VFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEK
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 HATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQE
. .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .:
CCDS87 KNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQM
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330 340 350 360 370 380
pF1KB7 RLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEP-
.: .:. .: .... .:.. :..::. : ..:::: ::.:: :::.. :: :::
CCDS87 KLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430
pF1KB7 HGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAER---PGTNSTGPAPMAPP------RAPGPLSKQG
.: ..:. : . :.:.. .:..: : :: . . . ..:: ..:: ..
CCDS87 NGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQ
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470 480
pF1KB7 ---SGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAE-PHVSGVKRSRSGEGEVSGLMRKVPRV----
. .: . .:. . . : : .. . ... .. . :... ::.
CCDS87 LRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQ
520 530 540 550 560 570
490 500 510 520 530
pF1KB7 SLERLDLDLTADSQPPVFKV------FPG---STTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPA
...: ... : : ... .:: . .:... . . :. : :.
CCDS87 TMQRGNMNCGA-FQAHQMRLAQNAARIPGIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPV
580 590 600 610 620 630
540 550 560 570 580
pF1KB7 GT-------PGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAP---PTATEGPETKPVLMALA----EGP
. : .: : :: ... : .. : :..:. ::. : : . :
CCDS87 VSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSPSVTAIELIPSVTN-PENLPSLPDIPPIQLEDA
640 650 660 670 680 690
590 600 610 620 630
pF1KB7 GAEG-----PRLASPSGSTSSGLEVVAPE-GTSAPGGGPGTLDDSATICR--VCQKPGDL
:. . : : : . .. : : :: . : . :..: : : .. :.
CCDS87 GSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPSPGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSR
700 710 720 730 740 750
640 650 660 670 680
pF1KB7 VMCN-------QCEFCFHLDCHLPALQDVPG-EEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADS
:. . . :. : .. . :. :: :. ::. . . : ::: :
CCDS87 GSCGSSGRTAEKTSLSFKSD-QVKVKQE-PGTEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSS
760 770 780 790 800
690 700 710 720 730 740
pF1KB7 TGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPLHQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQE
CCDS87 PESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKIEPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMH
810 820 830 840 850 860
>>CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1050 aa)
initn: 1418 init1: 504 opt: 949 Z-score: 623.0 bits: 126.6 E(32554): 2.2e-28
Smith-Waterman score: 1069; 29.6% identity (59.2% similar) in 764 aa overlap (5-734:8-736)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAE
:.::.:::..::::.: :.:::. : . . .: :: :
CCDS58 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGP------------SAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAA
10 20 30 40
60 70 80 90
pF1KB7 ALELLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLG-------------------PAAPA
:.::. :.::.. .. : :.::::::: :. :: : .::
CCDS58 RLNLLDTCAVCHQNIQS-RAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPA
50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AANS-SGDGGAAGDGTVVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCE
.. ::.. : . :. ::::.:.: . :..:.:..:. .. .. .:: :::::
CCDS58 PGSPVSGSSPFATQVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCE
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 DNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGP-AKSRDGERTVYCNVHK
::: :...:::: : ::.::..::::::.:::::::. ..: : . ..: :.: ::
CCDS58 DNAEANGFCVECVEWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHK
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 HEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKS
.: : :.::.:: :::::::: ::.:.:::.:.: .::. .. .:. .: .: .. .
CCDS58 KEQLKLYCETCDKLTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFT
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 TKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHW
..... : .:.. ::.:. :.:.::. .: :.::.:..:... ..... .. .: .:.
CCDS58 GNQIQNRIIEVNQNQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQ
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 TMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVD--PVEPHGEMKF
.. ..:. ::...:..::. : ..:::: ::.:: ..:.. :. : :: .. ..:
CCDS58 EVAGLSKQLEHVMHFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVT-NNTIQF
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KB7 QWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGPAPMAPPRAP--GPLSKQGSGSSQPMEVQEGY
. : . :... .:..: : .. :. : . : :. :: :. . .
CCDS58 HCDPSFWAQNIINLGSLVIEDKESQ-----PQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPT
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