Result of FASTA (omim) for
pF1KB7016
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7016, 835 aa
1>>>pF1KB7016 835 - 835 aa - 835 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8146+/-0.000367; mu= 6.9334+/- 0.023
mean_var=258.2060+/-52.469, 0's: 0 Z-trim(122.3): 148 B-trim: 516 in 1/56
Lambda= 0.079816
statistics sampled from 40004 (40200) to 40004 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.763), E-opt: 0.2 (0.471), width: 16
Scan time: 16.100
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005753 (OMIM: 601742) transcription intermediar ( 835) 5662 665.7 2.4e-190
XP_016856943 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 638) 1172 148.5 8.7e-35
NP_148980 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-prote (1110) 1172 148.8 1.3e-34
NP_056990 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-prote (1127) 1172 148.8 1.3e-34
XP_005270994 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1134) 1172 148.8 1.3e-34
XP_011539870 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1150) 1172 148.8 1.3e-34
XP_005270993 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1151) 1172 148.8 1.3e-34
NP_056989 (OMIM: 188550,603406) transcription inte (1050) 949 123.1 6.7e-27
NP_003843 (OMIM: 188550,603406) transcription inte (1016) 944 122.5 9.7e-27
XP_011518827 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1020) 670 90.9 3.1e-17
XP_011518826 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1032) 670 90.9 3.1e-17
XP_011518812 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1364) 670 91.1 3.8e-17
XP_011518811 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1367) 670 91.1 3.8e-17
XP_011518810 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1385) 670 91.1 3.8e-17
XP_011518809 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 670 91.1 3.8e-17
XP_011518806 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 670 91.1 3.8e-17
XP_016874118 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 670 91.1 3.8e-17
XP_006718460 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 670 91.1 3.8e-17
XP_011518816 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 637 87.2 5.1e-16
XP_016874119 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 637 87.2 5.1e-16
XP_011518814 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 637 87.2 5.1e-16
XP_011518815 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 637 87.2 5.1e-16
XP_011518813 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1355) 630 86.5 9.1e-16
NP_055633 (OMIM: 612000) tripartite motif-containi (1216) 578 80.4 5.4e-14
XP_006718461 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518824 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518818 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518820 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518817 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518821 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518819 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_016874120 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_011518825 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 578 80.4 5.4e-14
XP_016856942 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 718) 396 59.2 7.5e-08
XP_011518829 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite ( 743) 392 58.8 1.1e-07
XP_011518828 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1001) 392 58.9 1.3e-07
XP_016856941 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 735) 361 55.2 1.2e-06
NP_112223 (OMIM: 616996) E3 ubiquitin-protein liga ( 755) 336 52.3 9.4e-06
XP_011514891 (OMIM: 616996) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 755) 336 52.3 9.4e-06
NP_079464 (OMIM: 609318) tripartite motif-containi ( 580) 303 48.4 0.00011
NP_001139107 (OMIM: 609318) tripartite motif-conta ( 562) 299 48.0 0.00015
XP_011540501 (OMIM: 609318) PREDICTED: tripartite ( 476) 294 47.3 0.00019
NP_997279 (OMIM: 616923) RING finger protein 207 [ ( 634) 292 47.2 0.00028
XP_016856748 (OMIM: 616923) PREDICTED: RING finger ( 656) 292 47.2 0.00028
>>NP_005753 (OMIM: 601742) transcription intermediary fa (835 aa)
initn: 5662 init1: 5662 opt: 5662 Z-score: 3538.2 bits: 665.7 E(85289): 2.4e-190
Smith-Waterman score: 5662; 100.0% identity (100.0% similar) in 835 aa overlap (1-835:1-835)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAEALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAEALE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLGPAAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLGPAAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HQRVKYTKDHTVRSTGPAKSRDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HQRVKYTKDHTVRSTGPAKSRDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 QYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEPHGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEPHGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 APMAPPRAPGPLSKQGSGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 APMAPPRAPGPLSKQGSGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSG
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pF1KB7 LMRKVPRVSLERLDLDLTADSQPPVFKVFPGSTTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LMRKVPRVSLERLDLDLTADSQPPVFKVFPGSTTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPAG
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pF1KB7 TPGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAPPTATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TPGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAPPTATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 SGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVP
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NP_005 SGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 GEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPL
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NP_005 GEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 HQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB7 DVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLSSQELSGGPGDGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLSSQELSGGPGDGP
790 800 810 820 830
>>XP_016856943 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 ubiqu (638 aa)
initn: 562 init1: 562 opt: 1172 Z-score: 745.5 bits: 148.5 E(85289): 8.7e-35
Smith-Waterman score: 1173; 40.3% identity (70.9% similar) in 447 aa overlap (5-433:68-510)
10 20 30
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRST
:::.:..: .:.: . . : : ::: .
XP_016 LTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTP
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
::. :.. . . .:. : : : ::. :.::.. : : : ::.::::::: : ::
XP_016 APAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS---LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140
pF1KB7 GPAAPAAANSSGDGGAAGDGT---VVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDA
: . ::. :: :. ::::.:.: . :.:.:::..:.. ... . .
XP_016 -PEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKS
160 170 180 190 200 210
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pF1KB7 NQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGPAKSRDGERT
.: :::::::: :...::::.: ::.::.:::::::.:::: .:. .. . . .:.:
XP_016 EQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRP
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 VYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDK
:.: :::.: : ::::.:: :::::::: ::.:.:::::.: .::. . .:. .: .:
XP_016 VFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEK
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 HATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQE
. .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .:
XP_016 KNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQM
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 RLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEP-
.: .:. .: .... .:.. :..::. : ..:::: ::.:: :::.. :: :::
XP_016 KLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430
pF1KB7 HGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAER---PGTNSTGPAPMAPP------RAPGPLSKQG
.: ..:. : . :.:.. .:..: : :: . . . ..:: ..:: ..
XP_016 NGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQ
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 SGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSGLMRKVPRVSLERLDLD
XP_016 LRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQ
520 530 540 550 560 570
>>NP_148980 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-protein l (1110 aa)
initn: 830 init1: 562 opt: 1172 Z-score: 742.4 bits: 148.8 E(85289): 1.3e-34
Smith-Waterman score: 1177; 32.0% identity (60.5% similar) in 744 aa overlap (5-683:68-803)
10 20 30
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRST
:::.:..: .:.: . . : : ::: .
NP_148 LTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTP
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
::. :.. . . .:. : : : ::. :.::.. : : : ::.::::::: : ::
NP_148 APAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS---LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140
pF1KB7 GPAAPAAANSSGDGGAAGDGT---VVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDA
: . ::. :: :. ::::.:.: . :.:.:::..:.. ... . .
NP_148 -PEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKS
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGPAKSRDGERT
.: :::::::: :...::::.: ::.::.:::::::.:::: .:. .. . . .:.:
NP_148 EQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRP
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 VYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDK
:.: :::.: : ::::.:: :::::::: ::.:.:::::.: .::. . .:. .: .:
NP_148 VFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEK
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 HATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQE
. .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .:
NP_148 KNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQM
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 RLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEP-
.: .:. .: .... .:.. :..::. : ..:::: ::.:: :::.. :: :::
NP_148 KLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430
pF1KB7 HGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAER---PGTNSTGPAPMAPP------RAPGPLSKQG
.: ..:. : . :.:.. .:..: : :: . . . ..:: ..:: ..
NP_148 NGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQ
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470 480
pF1KB7 ---SGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAE-PHVSGVKRSRSGEGEVSGLMRKVPRV----
. .: . .:. . . : : .. . ... .. . :... ::.
NP_148 LRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQ
520 530 540 550 560 570
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pF1KB7 SLERLDLDLTADSQPPVFKV------FPG---STTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPA
...: ... : : ... .:: . .:... . . :. : :.
NP_148 TMQRGNMNCGA-FQAHQMRLAQNAARIPGIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPV
580 590 600 610 620 630
540 550 560 570 580
pF1KB7 GT-------PGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAP---PTATEGPETKPVLMALA----EGP
. : .: : :: ... : .. : :..:. ::. : : . :
NP_148 VSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSPSVTAIELIPSVTN-PENLPSLPDIPPIQLEDA
640 650 660 670 680 690
590 600 610 620 630
pF1KB7 GAEG-----PRLASPSGSTSSGLEVVAPE-GTSAPGGGPGTLDDSATICR--VCQKPGDL
:. . : : : . .. : : :: . : . :..: : : .. :.
NP_148 GSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPSPGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSR
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