FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7020, 998 aa 1>>>pF1KB7020 998 - 998 aa - 998 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4959+/-0.000551; mu= -0.0835+/- 0.034 mean_var=736.9046+/-161.708, 0's: 0 Z-trim(120.6): 1028 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.047246 statistics sampled from 34688 (36041) to 34688 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.423), width: 16 Scan time: 12.060 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004434 (OMIM: 601839) ephrin type-B receptor 3 ( 998) 6755 477.5 1.5e-133 NP_059145 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B rece ( 986) 4737 339.9 3.9e-92 NP_001296122 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B r (1055) 4732 339.6 5.1e-92 NP_004433 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B rece ( 987) 4728 339.3 6e-92 NP_004432 (OMIM: 600600) ephrin type-B receptor 1 ( 984) 4722 338.9 7.9e-92 XP_006710504 (OMIM: 600997,603688) PREDICTED: ephr ( 980) 4719 338.7 9.1e-92 NP_004435 (OMIM: 600011) ephrin type-B receptor 4 ( 987) 3877 281.3 1.7e-74 NP_004429 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor 4 ( 986) 3815 277.1 3.2e-73 NP_001291465 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor ( 986) 3815 277.1 3.2e-73 NP_001291466 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor ( 935) 3748 272.5 7.5e-72 XP_005264772 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 982) 3721 270.7 2.7e-71 NP_005224 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 983) 3719 270.6 3e-71 NP_001268695 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1016) 3697 269.1 8.7e-71 NP_872272 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor 5 (1015) 3695 268.9 9.5e-71 XP_005246431 (OMIM: 602188) PREDICTED: ephrin type ( 949) 3694 268.8 9.6e-71 NP_001275558 (OMIM: 602190) ephrin type-A receptor ( 993) 3655 266.2 6.2e-70 XP_016865854 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 989) 3631 264.6 1.9e-69 XP_005248726 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 994) 3620 263.8 3.3e-69 XP_005264773 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 918) 3542 258.4 1.2e-67 NP_004431 (OMIM: 602190) ephrin type-A receptor 7 ( 998) 3187 234.3 2.5e-60 XP_016861357 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1016) 2749 204.5 2.5e-51 XP_016861356 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1032) 2749 204.5 2.5e-51 XP_016861355 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1038) 2749 204.5 2.5e-51 NP_005223 (OMIM: 179610) ephrin type-A receptor 1 ( 976) 2606 194.7 2.1e-48 XP_016867305 (OMIM: 600011) PREDICTED: ephrin type (1005) 2606 194.7 2.1e-48 XP_006710505 (OMIM: 600997,603688) PREDICTED: ephr ( 956) 2574 192.5 9.3e-48 NP_001296121 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B r ( 928) 2305 174.1 3e-42 XP_016863369 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 852) 2266 171.4 1.8e-41 XP_016863367 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 904) 2262 171.2 2.3e-41 XP_011510844 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type ( 394) 2243 169.3 3.7e-41 NP_001073917 (OMIM: 600066) ephrin type-A receptor (1130) 2244 170.1 5.9e-41 XP_016863370 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 817) 2135 162.4 8.7e-39 XP_016863368 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 869) 2131 162.2 1.1e-38 XP_016861699 (OMIM: 600066) PREDICTED: ephrin type (1104) 2052 157.0 5.1e-37 NP_004422 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A rece ( 976) 1991 152.8 8.6e-36 XP_016856023 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 973) 1989 152.6 9.4e-36 XP_016856024 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 965) 1986 152.4 1.1e-35 XP_005265710 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 874) 1945 149.5 7.1e-35 XP_011530037 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 926) 1945 149.6 7.4e-35 NP_001305690 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor ( 969) 1945 149.6 7.5e-35 NP_004430 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor 5 (1037) 1945 149.7 7.8e-35 NP_001268694 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1038) 1945 149.7 7.8e-35 NP_001316019 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A r ( 922) 1934 148.8 1.2e-34 NP_001092909 (OMIM: 611123) ephrin type-A receptor (1008) 1867 144.3 3.1e-33 NP_001268696 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1004) 1816 140.9 3.4e-32 XP_011514181 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1022) 1810 140.5 4.5e-32 XP_006715944 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1022) 1810 140.5 4.5e-32 XP_011514182 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1022) 1810 140.5 4.5e-32 NP_004436 (OMIM: 602757) ephrin type-B receptor 6 (1022) 1810 140.5 4.5e-32 NP_872585 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 539) 1801 139.4 5.1e-32 >>NP_004434 (OMIM: 601839) ephrin type-B receptor 3 prec (998 aa) initn: 6755 init1: 6755 opt: 6755 Z-score: 2518.4 bits: 477.5 E(85289): 1.5e-133 Smith-Waterman score: 6755; 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NP_004 GSCVVDAVPAPGPSPSLYCREDGQWAEQPVTGCSCAPGFEAAEGNTKCRACAQGTFKPLS 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 GEGPCLPCPPNSRTTSPAASICTCHNNFYRADSDSADSACTTVPSPPRGVISNVNETSLI ::: : ::: ::.... ....: :. ...:: .: . ::: :: ::.:.: .: .:: NP_004 GEGSCQPCPANSHSNTIGSAVCQCRVGYFRARTDPRGAPCTTPPSAPRSVVSRLNGSSLH 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB7 LEWSEPRDLGGRDDLLYNVICKKCHGAGGASACSRCDDNVEFVPRQLGLTERRVHISHLL :::: : . :::.:: : . :..:. .: .:. : .. : : :.: : . : NP_004 LEWSAPLESGGREDLTYALRCRECRPGG---SCAPCGGDLTFDPGPRDLVEPWVVVRGLR 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KB7 AHTRYTFEVQAVNGVSGKSPLPPRYAAVNITTNQAAPSEVPTLRLHSSSGSSLTLSWAPP ::::: :.::::. . : . ::.::.. .: : .:. :: :::.:.:: : NP_004 PDFTYTFEVTALNGVSSLATGPVPFEPVNVTTDREVPPAVSDIRVTRSSPSSLSLAWAVP 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KB7 ERPNGVILDYEMKYFEK-SEGIAST--VTSQMNSVQLDGLRPDARYVVQVRARTVAGYGQ . :.:..::::.:: :: .:: .:. . .. : ..: ::. : :.::::::. :::: NP_004 RAPSGAVLDYEVKYHEKGAEGPSSVRFLKTSENRAELRGLKRGASYLVQVRARSEAGYGP 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KB7 YSRPAEFETTSERGSGAQQLQEQLPLIVGSATAGLVFVVAVVVIAIVCLRKQRHGSDSEY ... . .: ... : .::: ::.:.:..:.:.:..:.:.:..::::: .: ..:: NP_004 FGQEHHSQTQLDESEG---WREQLALIAGTAVVGVVLVLVVIVVAVLCLRKQSNGREAEY 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 pF1KB7 TEKLQQY-IAPGMKVYIDPFTYEDPNEAVREFAKEIDVSCVKIEEVIGAGEFGEVCRGRL ..: :: :. : :::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::: NP_004 SDKHGQYLIGHGTKVYIDPFTYEDPNEAVREFAKEIDVSYVKIEEVIGAGEFGEVCRGRL 580 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 710 pF1KB7 KQPGRREVFVAIKTLKVGYTERQRRDFLSEASIMGQFDHPNIIRLEGVVTKSRPVMILTE : ::..: ::::::: ::::::::.:::::::::::.::::::::::::.: ::::::: NP_004 KAPGKKESCVAIKTLKGGYTERQRREFLSEASIMGQFEHPNIIRLEGVVTNSMPVMILTE 640 650 660 670 680 690 720 730 740 750 760 770 pF1KB7 FMENCALDSFLRLNDGQFTVIQLVGMLRGIAAGMKYLSEMNYVHRDLAARNILVNSNLVC :::: ::::::::::::::::::::::::::.::.::.::.::::::::::::::::::: NP_004 FMENGALDSFLRLNDGQFTVIQLVGMLRGIASGMRYLAEMSYVHRDLAARNILVNSNLVC 700 710 720 730 740 750 780 790 800 810 820 830 pF1KB7 KVSDFGLSRFLEDDPSDPTYTSSLGGKIPIRWTAPEAIAYRKFTSASDVWSYGIVMWEVM ::::::::::::.. ::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::: NP_004 KVSDFGLSRFLEENSSDPTYTSSLGGKIPIRWTAPEAIAFRKFTSASDAWSYGIVMWEVM 760 770 780 790 800 810 840 850 860 870 880 890 pF1KB7 SYGERPYWDMSNQDVINAVEQDYRLPPPMDCPTALHQLMLDCWVRDRNLRPKFSQIVNTL :.::::::::::::::::.::::::::: ::::.::::::::: .::: ::.: :.:..: NP_004 SFGERPYWDMSNQDVINAIEQDYRLPPPPDCPTSLHQLMLDCWQKDRNARPRFPQVVSAL 820 830 840 850 860 870 900 910 920 930 940 950 pF1KB7 DKLIRNAASLKVIASAQSGMSQPLLDRTVPDYTTFTTVGDWLDAIKMGRYKESFVSAGFA ::.::: ::::..: ..: :.::::. : :..: .::.:: :::::::.:::..:::. 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