FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7041, 572 aa 1>>>pF1KB7041 572 - 572 aa - 572 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9723+/-0.000397; mu= 10.5852+/- 0.025 mean_var=297.7505+/-63.550, 0's: 0 Z-trim(121.7): 448 B-trim: 3630 in 2/53 Lambda= 0.074327 statistics sampled from 38143 (38750) to 38143 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.454), width: 16 Scan time: 10.890 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000669 (OMIM: 104219) alpha-1D adrenergic recep ( 572) 3851 426.7 1e-118 NP_000670 (OMIM: 104220) alpha-1B adrenergic recep ( 520) 1604 185.7 3.2e-46 XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 429) 1464 170.5 9.6e-42 NP_150645 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 429) 1464 170.5 9.6e-42 NP_150647 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 455) 1464 170.6 9.9e-42 NP_000671 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 466) 1464 170.6 1e-41 NP_150646 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 475) 1464 170.6 1e-41 XP_016868583 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 1464 170.6 1e-41 XP_016868584 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 1464 170.6 1e-41 XP_006716355 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 1464 170.6 1e-41 XP_011532739 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 402) 1257 148.3 4.4e-35 XP_011532740 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 389) 1245 147.0 1.1e-34 XP_005265876 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 328) 1243 146.7 1.1e-34 XP_011532737 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 556) 1244 147.1 1.4e-34 XP_005265875 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 366) 1237 146.1 1.9e-34 XP_006714884 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 331) 1235 145.8 2e-34 XP_016868585 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 317) 1190 141.0 5.6e-33 NP_001309431 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 372) 1189 141.0 6.6e-33 XP_011542713 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 324) 1176 139.5 1.6e-32 XP_011542714 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 308) 1166 138.4 3.3e-32 NP_001309433 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 342) 1166 138.5 3.5e-32 NP_001309432 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 370) 1166 138.5 3.7e-32 NP_062874 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 432) 753 94.3 8.6e-19 NP_000863 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 445) 753 94.3 8.7e-19 NP_062873 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 479) 753 94.4 9.1e-19 NP_000016 (OMIM: 109691,601665) beta-3 adrenergic ( 408) 645 82.7 2.5e-15 NP_000785 (OMIM: 126449) D(1A) dopamine receptor [ ( 446) 640 82.2 3.9e-15 NP_001243689 (OMIM: 312861) 5-hydroxytryptamine re ( 458) 600 77.9 7.7e-14 NP_000859 (OMIM: 312861) 5-hydroxytryptamine recep ( 458) 600 77.9 7.7e-14 NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamin ( 422) 582 76.0 2.8e-13 NP_076917 (OMIM: 601305) 5-hydroxytryptamine recep ( 357) 544 71.8 4.3e-12 NP_000612 (OMIM: 103780,164230,181500,182135,60678 ( 471) 537 71.2 8.5e-12 NP_000675 (OMIM: 109630,607276) beta-1 adrenergic ( 477) 524 69.8 2.2e-11 NP_000015 (OMIM: 109690,600807,601665) beta-2 adre ( 413) 518 69.1 3.2e-11 NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462) 514 68.7 4.6e-11 NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465) 512 68.5 5.4e-11 NP_071640 (OMIM: 142703) histamine H2 receptor iso ( 359) 509 68.0 5.8e-11 XP_006714928 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 362) 509 68.0 5.8e-11 NP_001124527 (OMIM: 142703) histamine H2 receptor ( 397) 509 68.1 6.1e-11 XP_011532851 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 509 68.1 6.4e-11 XP_016864915 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 509 68.1 6.4e-11 XP_006714927 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 509 68.1 6.4e-11 XP_005265961 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 509 68.1 6.4e-11 XP_011532850 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 509 68.1 6.4e-11 NP_000789 (OMIM: 126453,143465,606798) D(1B) dopam ( 477) 500 67.2 1.3e-10 NP_000673 (OMIM: 104260,607876) alpha-2B adrenergi ( 450) 499 67.1 1.4e-10 NP_000854 (OMIM: 182131) 5-hydroxytryptamine recep ( 390) 483 65.3 4.2e-10 NP_000855 (OMIM: 182133) 5-hydroxytryptamine recep ( 377) 479 64.8 5.5e-10 NP_000786 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 443) 480 65.0 5.7e-10 XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) ( 443) 480 65.0 5.7e-10 >>NP_000669 (OMIM: 104219) alpha-1D adrenergic receptor (572 aa) initn: 3851 init1: 3851 opt: 3851 Z-score: 2252.4 bits: 426.7 E(85289): 1e-118 Smith-Waterman score: 3851; 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NP_150 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILG 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KB7 AFILMAVAGNLLVILSVACNRHLQTVTNYFIVNLAVADLLLSATVLPFSATMEVLGFWAF ..::..: ::.::::::::.:::..::.:.:::::::::::..::::::: .::::.::: NP_150 GLILFGVLGNILVILSVACHRHLHSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAF 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KB7 GRAFCDVWAAVDVLCCTASILSLCTISVDRYVGVRHSLKYPAIMTERKAAAILALLWVVA ::.::..:::::::::::::..:: ::.:::.:: . :.::.:.:.:.. : .:... NP_150 GRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGLCIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALS 100 110 120 130 140 150 230 240 250 260 270 280 pF1KB7 LVVSVGPLLGWKEPVPPDERFCGITEEAGYAVFSSVCSFYLPMAVIVVMYCRVYVVARST ::.:.:::.::..:.: :: .: :.:: ::..::.. :::::.:.:.::::::::::. 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NP_150 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILG 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KB7 AFILMAVAGNLLVILSVACNRHLQTVTNYFIVNLAVADLLLSATVLPFSATMEVLGFWAF ..::..: ::.::::::::.:::..::.:.:::::::::::..::::::: .::::.::: NP_150 GLILFGVLGNILVILSVACHRHLHSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAF 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KB7 GRAFCDVWAAVDVLCCTASILSLCTISVDRYVGVRHSLKYPAIMTERKAAAILALLWVVA ::.::..:::::::::::::..:: ::.:::.:: . :.::.:.:.:.. : .:... NP_150 GRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGLCIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALS 100 110 120 130 140 150 230 240 250 260 270 280 pF1KB7 LVVSVGPLLGWKEPVPPDERFCGITEEAGYAVFSSVCSFYLPMAVIVVMYCRVYVVARST ::.:.:::.::..:.: :: .: :.:: ::..::.. :::::.:.:.::::::::::. 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