FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7057, 605 aa 1>>>pF1KB7057 605 - 605 aa - 605 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8465+/-0.000399; mu= 17.0263+/- 0.025 mean_var=105.6656+/-21.681, 0's: 0 Z-trim(115.7): 517 B-trim: 1079 in 2/49 Lambda= 0.124769 statistics sampled from 25694 (26297) to 25694 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16 Scan time: 11.940 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 4056 741.3 2.2e-213 NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 4026 735.9 9.7e-212 NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 592 117.9 1.5e-25 XP_011531880 (OMIM: 608868) PREDICTED: leucine-ric (1045) 577 115.3 1.1e-24 NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 536 107.9 1.6e-22 NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 524 105.5 4.9e-22 XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545) 524 105.5 4.9e-22 NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 524 105.5 4.9e-22 NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762) 523 105.4 7.2e-22 XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771) 523 105.4 7.2e-22 NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 522 105.3 9.3e-22 NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811) 513 103.7 2.6e-21 NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 467 95.3 6.4e-19 XP_011542154 (OMIM: 605352) PREDICTED: malignant f (1003) 466 95.3 1.1e-18 NP_004216 (OMIM: 605352) malignant fibrous histioc (1052) 466 95.3 1.1e-18 NP_001264156 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 835) 463 94.7 1.4e-18 NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat an ( 592) 457 93.5 2.2e-18 XP_016861623 (OMIM: 608868) PREDICTED: leucine-ric (1068) 460 94.2 2.4e-18 NP_056356 (OMIM: 608868) leucine-rich repeats and (1093) 460 94.2 2.4e-18 XP_016874279 (OMIM: 608870) PREDICTED: leucine-ric ( 623) 453 92.8 3.8e-18 NP_963924 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713) 452 92.6 4.8e-18 XP_016855539 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713) 452 92.6 4.8e-18 XP_011507368 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713) 452 92.6 4.8e-18 NP_006329 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713) 452 92.6 4.8e-18 XP_005244884 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713) 452 92.6 4.8e-18 XP_011536195 (OMIM: 608870) PREDICTED: leucine-ric (1041) 453 93.0 5.6e-18 NP_001129523 (OMIM: 608870) leucine-rich repeats a (1059) 453 93.0 5.6e-18 NP_700356 (OMIM: 608870) leucine-rich repeats and (1119) 453 93.0 5.9e-18 NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606) 415 85.9 4.3e-16 NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 415 85.9 4.3e-16 XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 415 85.9 4.3e-16 NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 415 85.9 4.5e-16 NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 415 85.9 4.5e-16 XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 415 85.9 4.5e-16 NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 415 85.9 4.6e-16 NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 recept ( 473) 405 84.0 1.3e-15 XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 406 84.3 1.3e-15 NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 406 84.3 1.3e-15 NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 406 84.3 1.3e-15 NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 406 84.3 1.3e-15 NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 406 84.3 1.3e-15 NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 406 84.3 1.3e-15 >>NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growth fa (605 aa) initn: 4056 init1: 4056 opt: 4056 Z-score: 3951.9 bits: 741.3 E(85289): 2.2e-213 Smith-Waterman score: 4056; 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XP_011 ---SLDCGGRGLAALPGDLPSWTRSLNLSYNKLSEIDPAGFEDLPNLQEVYLNNNELTAV 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 EPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLW :. . .. : :..:..::. . . .: : :: : ...... : . XP_011 -PSLGAASSHVVSLFLQHNKIRSVEGSQLKAYLSLEVLDLSLNNITEVRNTCFPHGPPIK 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 DLNLGWNSLAVLPDAAFRGLG-SLRELVLAGNRLAYLQPALFSGLAELRELDLSRNALRA .:::. : ...: .:: ::. :: : :. ::.. : :. : .: .:::.:: .: XP_011 ELNLAGNRIGTLELGAFDGLSRSLLTLRLSKNRITQLPVRAFK-LPRLTQLDLNRNRIRL 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB7 IKANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSHNRVAGLLEDTFPGLLGL :.. .: : :. : :.:: :. .. ::: ::. .. : :: : .. : :... : .: XP_011 IEGLTFQGLNSLEVLKLQRNNISKLTDGAFWGLSKMHVLVLSFNNLTRLDEESLAELSSL 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 pF1KB7 RVLRLSHNAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAERS---FEGLGQLEVLTLDHNQ :::::::.:. . .:: :. :. :.: ::.: : . : :: .: ::: :. XP_011 SVLRLSHNSISHIAEGAFKGLRSLRVLDLDHNEISGTIEDTSGAFSGLDSLSKLTLFGNK 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 LQEVKAGAFLGLTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEGSCLGRIRPHTFTGL .. : :: :: .. .::.:: .:.. ..: . .:. ::. XP_011 IKSVAKRAFSGLEGLEHLNLGGNAIRSVQFDAFVKMKNLKELHISSDSFLCDCQLKWLPP 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 SGLRRLFLKDNGLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHRLFQGLGKLEYLLLSRNR XP_011 WLIGRMLQAFVTATCAHPESLKGQSIFSVPPESFVCDDFLKPQIITQPETTMAMVGKDIR 410 420 430 440 450 460 >>NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repeat (927 aa) initn: 1183 init1: 324 opt: 536 Z-score: 525.2 bits: 107.9 E(85289): 1.6e-22 Smith-Waterman score: 586; 33.0% identity (59.0% similar) in 437 aa overlap (12-420:5-420) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MALRKGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAEGPACPAACVCSYDDDADELSVFC : :: ..::: : :. . :. : : : : : :. : .: : NP_001 MPGPLGLLCFLALG---LLGS--AGPSGAAPPLCAAPCSCDGDRRVD-----C 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 SSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLG :...:: .:.:. . :::: : ::.:: . : :...:. : :.::..:: .. .:. : NP_001 SGKGLTAVPEGLSAFTQALQLAGNDLSFIHPKALSGLKELKVLTLQNNQLKTVPSEAIRG 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 LENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWN : : :.:. :.. :. .: : : :..: :... . .: .: :.:. : NP_001 LSALQSLRLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQALTLALN 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KB7 SLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFSGLAELRELDLSRNAL----RAIKAN ... .:: :: .:.:: : : .:.. :. :.:: .:. :::. : : .:::: NP_001 KISSIPDFAFTNLSSLVVLHLHNNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDLNYNNLGEFPQAIKA- 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 pF1KB7 VFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLS------------HN-------- :: :..: . : :... ::: : :: . : :: NP_001 ----LPSLKELGFHSNSISVIPDGAFDGNPLLRTIHLYDNPLSFVGNSAFHNLSDLHSLV 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KB7 -RVAGLLEDTFPGLLG---LRVLRLSHNAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAER : :..... ::.: : :. : :. . :.:. .. ..:. :.:..: ::.: NP_001 IRGASMVQQ-FPNLTGTVHLESLTLTGTKISSIPNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLP-- 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KB7 SFEGLGQLEVLTLDHNQLQEVKAGAFLGLTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLH ::.: :: ..:..::. ..: :.: :: .. ...:: : .... ..: :: . .: NP_001 SFNGCHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSRNLIHEIHSRAFATLGPITNLD 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB7 LEGSCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDNGLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHR . .... ::.:: .: : : NP_001 VS---FNELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGC 400 410 420 430 440 450 >>NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N subunit (545 aa) initn: 702 init1: 508 opt: 524 Z-score: 516.5 bits: 105.5 E(85289): 4.9e-22 Smith-Waterman score: 533; 32.8% identity (58.7% similar) in 387 aa overlap (39-420:18-395) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 ALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAEGPA--CPAACVCSYDDDADELSVFCSSRNLT :: :: .: : .. ::::...:. 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NP_001 MLPGAWLLWTSLLLLARPAQPCPMGCDCFVQE------VFCSDEELA 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 RLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAF---QNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLEN .: .: :. . . ...... :: ::... ::: : : ...:.:. :: NP_001 TVPLDIPPYTKNIIFVETSFTTLETRAFGSNPNLTKVVFLNTQ---LCQFRPDAFGGLPR 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 LCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLA : :.. ... .:. . :.. .:..: :. : : : .:::. :..: .:.: :.: NP_001 LEDLEVTGSSFLNLSTNIFSNLTSLGKLTLNFNMLEALPEGLFQHLAALESLHLQGNQLQ 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 VLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFSGLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQLPR .:: :. : :. : :: : :: : :: :. :. : :: ::: .. .:: .: NP_001 ALPRRLFQPLTHLKTLNLAQNLLAQLPEELFHPLTSLQTLKLSNNALSGLPQGVFGKLGS 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 LQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSHNRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHNAIA ::.:.:: : :. . : .: : :. : :..: .. : . : .: .: : :. : . 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NP_001 VLPAGLFAHTPCLVGLSLTHNQLETVAEGTFAHLSNLRSLMLSYNAITHLPAGIFRDLEE 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KB7 VAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEGSCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDNGLV .. . :..: : : .:..:.::. : : . : . : .: : :. : NP_001 LVKLYLGSNNLTALHPALFQNLSKLELLSLSKNQLTTLPEGIFDTNYNLFNLALHGNPWQ 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KB7 GIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHRLFQGLGKLEYLLLSRNRLAELPADALGPLQR NP_001 CDCHLAYLFNWLQQYTDRLLNIQTYCAGPAYLKGQVVPALNEKQLVCPVTRDHLGFQVTW 400 410 420 430 440 450 >>NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like protein p (762 aa) initn: 692 init1: 372 opt: 523 Z-score: 513.7 bits: 105.4 E(85289): 7.2e-22 Smith-Waterman score: 608; 31.0% identity (51.7% similar) in 606 aa overlap (35-553:27-614) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 KGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAEGPACPAACVCSYDDDADELSVFCSSRN .: . :: ::.: : .. : : .: NP_612 MEGPRSSTHVPLVLPLLVLLLLAPARQAAAQRCPQACIC----DNSRRHVACRYQN 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 LTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENL ::..::..: :: : :.:: :. .: ::::.. : :.:. .. . :. :: : NP_612 LTEVPDAIPELTQRLDLQGNLLKVIPAAAFQGVPHLTHLDLRHCEVELVAEGAFRGLGRL 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 CHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLAV :.: :.:: : .. .: : : .: : .:. : : .::.: :::. :.:. 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