Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7062, 664 aa
1>>>pF1KB7062 664 - 664 aa - 664 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0078+/-0.00134; mu= 16.3018+/- 0.080
mean_var=100.2993+/-20.554, 0's: 0 Z-trim(102.1): 106 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.128063
statistics sampled from 6715 (6820) to 6715 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 3.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6350.1 RNF139 gene_id:11236|Hs108|chr8 ( 664) 4406 825.7 0
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CCDS56393.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5 ( 693) 782 156.1 1.5e-37
>>CCDS6350.1 RNF139 gene_id:11236|Hs108|chr8 (664 aa)
initn: 4406 init1: 4406 opt: 4406 Z-score: 4406.3 bits: 825.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4406; 100.0% identity (100.0% similar) in 664 aa overlap (1-664:1-664)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAIFNSYPDSSQSRFCIVLQIFLRLF
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CCDS63 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAIFNSYPDSSQSRFCIVLQIFLRLF
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 GVFASSIVLILSQRSLFKFYTYSSAFLLAATSVLVNYYASLHIDFYGAYNTSAFGIELLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GVFASSIVLILSQRSLFKFYTYSSAFLLAATSVLVNYYASLHIDFYGAYNTSAFGIELLP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPVIGLITELPLHIRETLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPVIGLITELPLHIRETLLF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TSSLILTLNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYGLQLLMEDTWKRIRFPDILRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TSSLILTLNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYGLQLLMEDTWKRIRFPDILRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNLIISGCDSTLTVLGMSAVISS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VAHYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFILALQTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 TAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVLFVSACLFILPVLLSYVLWHHYALNTWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVLFVSACLFILPVLLSYVLWHHYALNTWL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 FAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYNVLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYNVLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMF
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pF1KB7 GNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQAKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQAKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 QEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALCLRKWLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 QEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALCLRKWLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 VSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNEDDSTDCDDDVQRERNGVIQHTGAAAEEFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNEDDSTDCDDDVQRERNGVIQHTGAAAEEFN
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 DDTD
::::
CCDS63 DDTD
>>CCDS56390.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5 (663 aa)
initn: 626 init1: 478 opt: 782 Z-score: 787.8 bits: 156.1 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 824; 28.9% identity (60.8% similar) in 599 aa overlap (14-586:3-575)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAI--------FNSYPDSSQSRFCIV
:.... :.:.:::::: ....:.. :.. :: : .
CCDS56 MAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVSSFFQQIQRSSLSNNPLF
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KB7 LQIFLRL----FGVFASSIVLILSQRSLFKFYTYS-SAFLLAATSVLVNYYASLHIDFYG
.: : : . : ..: : .. : ..: : .:.:: : . :. ...:
CCDS56 QYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYAGHQISRDYVRSELEF--
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 AYNTSAFGIEL-LPRKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPVIGL
::. . : . : .: :.: : . . . . : . ..:...
CCDS56 AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFSAH--------MLPLLAR
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 ITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYGLQL
. .:: ::... . ..:.: :.... :. .: : .. .: . .. ..:::
CCDS56 LCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAKSAYRELVQVVEVYGLLA
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 LMEDTWKRIRFPDILRVFWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNLIIS
: . :... : .. ::::. . : . :. : . : . . :. . :
CCDS56 LGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQPASRERLLFLFLTSIAE
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB7 GCDSTLTVLGMSAVISSVA-------HYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFILAL
:.. ..::. ..: :: .. : ::... . :.. : ..:::.
CCDS56 CCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMNR---GMTEGVTLLILAV
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 QTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLLTAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVLFVS
:::: :. .: . :: . ......:. . ..::....:.::. .:. .:: . ::
CCDS56 QTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALGASRDKSLWKHFRA--VS
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 ACLFIL--PVLLSYVLWHHYALNTWLFAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYNVLW
:::.: :. ..:.. . . .. ::. . . . :.:. .: .:.:::.. . .
CCDS56 LCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGTLFIYVLFMVEEFRKEPV
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 EKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMFGNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQAKN
:..:: .::: .: ..::. .. . . :. .: . . .... .:.:.:..:.:.
CCDS56 ENMDDVIYYVNGTYRLLEFLVALCVVAYGVSETIFGEWTVMGSMIIFIHSYYNVWLRAQL
450 460 470 480 490 500
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pF1KB7 GWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRLQEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALCLRK
:::.:. :: ::.::.::: .:.. ::.:::::... :: ::::.:.::: ::.:
CCDS56 GWKSFLLRRDAVNKIKSLPIATKEQLEKHNDICAICYQDMK-SAVITPCSHFFHAGCLKK
510 520 530 540 550 560
580 590 600 610 620 630
pF1KB7 WLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSNVSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNEDDS
:::.:.:::.::
CCDS56 WLYVQETCPLCHCHLKNSSQLPGLGTEPVLQPHAGAEQNVMFQEGTEPPGQEHTPGTRIQ
570 580 590 600 610 620
>>CCDS56391.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5 (677 aa)
initn: 626 init1: 478 opt: 782 Z-score: 787.6 bits: 156.1 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 824; 28.9% identity (60.8% similar) in 599 aa overlap (14-586:17-589)
10 20 30 40
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAI--------FNSYPDSSQSRF
:.... :.:.:::::: ....:.. :.. :: :
CCDS56 MVFSKKKKKKKKNNMAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVSSFFQQIQRSSLSNN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 CIVLQIFLRL----FGVFASSIVLILSQRSLFKFYTYS-SAFLLAATSVLVNYYASLHID
. .: : : . : ..: : .. : ..: : .:.:: : . :. ...
CCDS56 PLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYAGHQISRDYVRSELE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 FYGAYNTSAFGIEL-LPRKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPV
: ::. . : . : .: :.: : . . . . : . ..:.
CCDS56 F--AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFSAH--------MLPL
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 IGLITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYG
.. . .:: ::... . ..:.: :.... :. .: : .. .: . .. ..::
CCDS56 LARLCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAKSAYRELVQVVEVYG
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 LQLLMEDTWKRIRFPDILRVFWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNL
: : . :... : .. ::::. . : . :. : . : . . :. .
CCDS56 LLALGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQPASRERLLFLFLTS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KB7 IISGCDSTLTVLGMSAVISSVA-------HYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFI
: :.. ..::. ..: :: .. : ::... . :.. : ..:
CCDS56 IAECCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMNR---GMTEGVTLLI
290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 LALQTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLLTAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVL
::.:::: :. .: . :: . ......:. . ..::....:.::. .:. .:: .
CCDS56 LAVQTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALGASRDKSLWKHFRA-
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 FVSACLFIL--PVLLSYVLWHHYALNTWLFAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYN
:: :::.: :. ..:.. . . .. ::. . . . :.:. .: .:.:::.. . .
CCDS56 -VSLCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGTLFIYVLFMVEEFRK
400 410 420 430 440 450
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pF1KB7 VLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMFGNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQ
:..:: .::: .: ..::. .. . . :. .: . . .... .:.:.:..:.
CCDS56 EPVENMDDVIYYVNGTYRLLEFLVALCVVAYGVSETIFGEWTVMGSMIIFIHSYYNVWLR
460 470 480 490 500 510
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pF1KB7 AKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRLQEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALC
:. :::.:. :: ::.::.::: .:.. ::.:::::... :: ::::.:.::: :
CCDS56 AQLGWKSFLLRRDAVNKIKSLPIATKEQLEKHNDICAICYQDMK-SAVITPCSHFFHAGC
520 530 540 550 560 570
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pF1KB7 LRKWLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSNVSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNE
:.::::.:.:::.::
CCDS56 LKKWLYVQETCPLCHCHLKNSSQLPGLGTEPVLQPHAGAEQNVMFQEGTEPPGQEHTPGT
580 590 600 610 620 630
>>CCDS56392.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5 (680 aa)
initn: 626 init1: 478 opt: 782 Z-score: 787.6 bits: 156.1 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 824; 28.9% identity (60.8% similar) in 599 aa overlap (14-586:20-592)
10 20 30 40
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAI--------FNSYPDSSQ
:.... :.:.:::::: ....:.. :.. ::
CCDS56 MAEVVFSKKKKKKKKNNMAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVSSFFQQIQRSSL
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 SRFCIVLQIFLRL----FGVFASSIVLILSQRSLFKFYTYS-SAFLLAATSVLVNYYASL
: . .: : : . : ..: : .. : ..: : .:.:: : . :.
CCDS56 SNNPLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYAGHQISRDYVRS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 HIDFYGAYNTSAFGIEL-LPRKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLL
...: ::. . : . : .: :.: : . . . . : . .
CCDS56 ELEF--AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFSAH--------M
130 140 150 160 170
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pF1KB7 VPVIGLITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYR
.:... . .:: ::... . ..:.: :.... :. .: : .. .: . .. .
CCDS56 LPLLARLCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAKSAYRELVQVVE
180 190 200 210 220
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pF1KB7 IYGLQLLMEDTWKRIRFPDILRVFWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLI
.::: : . :... : .. ::::. . : . :. : . : . . :.
CCDS56 VYGLLALGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQPASRERLLFLF
230 240 250 260 270 280
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pF1KB7 CNLIISGCDSTLTVLGMSAVISSVA-------HYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVL
. : :.. ..::. ..: :: .. : ::... . :.. :
CCDS56 LTSIAECCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMNR---GMTEGVT
290 300 310 320 330
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pF1KB7 FFILALQTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLLTAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHF
..:::.:::: :. .: . :: . ......:. . ..::....:.::. .:. .::
CCDS56 LLILAVQTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALGASRDKSLWKHF
340 350 360 370 380 390
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pF1KB7 PVLFVSACLFIL--PVLLSYVLWHHYALNTWLFAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDG
. :: :::.: :. ..:.. . . .. ::. . . . :.:. .: .:.:::..
CCDS56 RA--VSLCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGTLFIYVLFMVEE
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB7 YYNVLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMFGNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNI
. . :..:: .::: .: ..::. .. . . :. .: . . .... .:.:.:.
CCDS56 FRKEPVENMDDVIYYVNGTYRLLEFLVALCVVAYGVSETIFGEWTVMGSMIIFIHSYYNV
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 YLQAKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRLQEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFH
.:.:. :::.:. :: ::.::.::: .:.. ::.:::::... :: ::::.:.::
CCDS56 WLRAQLGWKSFLLRRDAVNKIKSLPIATKEQLEKHNDICAICYQDMK-SAVITPCSHFFH
520 530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KB7 ALCLRKWLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSNVSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRE
: ::.::::.:.:::.::
CCDS56 AGCLKKWLYVQETCPLCHCHLKNSSQLPGLGTEPVLQPHAGAEQNVMFQEGTEPPGQEHT
580 590 600 610 620 630
>>CCDS4344.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5 (691 aa)
initn: 626 init1: 478 opt: 782 Z-score: 787.5 bits: 156.1 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 824; 28.9% identity (60.8% similar) in 599 aa overlap (14-586:31-603)
10 20 30
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAI------
:.... :.:.:::::: ....:..
CCDS43 MMRNHRIASSLCGDQVFSKKKKKKKKNNMAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVS
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 --FNSYPDSSQSRFCIVLQIFLRL----FGVFASSIVLILSQRSLFKFYTYS-SAFLLAA
:.. :: : . .: : : . : ..: : .. : ..: : .:.:: :
CCDS43 SFFQQIQRSSLSNNPLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYA
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KB7 TSVLVNYYASLHIDFYGAYNTSAFGIEL-LPRKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHS
. :. ...: ::. . : . : .: :.: : . . . . :
CCDS43 GHQISRDYVRSELEF--AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFS
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IYSQLIILDLLVPVIGLITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTR
. ..:... . .:: ::... . ..:.: :.... :. .: : ..
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