Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7111
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7111, 261 aa
1>>>pF1KB7111 261 - 261 aa - 261 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3314+/-0.000908; mu= 13.9926+/- 0.054
mean_var=61.0479+/-12.163, 0's: 0 Z-trim(105.3): 29 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.164149
statistics sampled from 8325 (8351) to 8325 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 1.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 1801 435.0 2.5e-122
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 1264 307.8 4.2e-84
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 1077 263.6 1.1e-70
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 880 216.9 1.1e-56
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 868 214.1 8.3e-56
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 863 212.9 1.9e-55
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 515 130.5 1.3e-30
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 488 124.2 1.5e-28
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 475 121.1 1.1e-27
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 469 119.6 1.9e-27
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 466 118.9 4.8e-27
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 466 119.0 5.7e-27
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 464 118.4 6.3e-27
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 442 113.2 2e-25
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 438 112.4 6.6e-25
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 427 109.8 4.2e-24
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 413 106.4 3.1e-23
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 369 96.0 4.3e-20
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 368 95.8 5.6e-20
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 348 91.0 1.1e-18
>>CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 (261 aa)
initn: 1801 init1: 1801 opt: 1801 Z-score: 2309.8 bits: 435.0 E(32554): 2.5e-122
Smith-Waterman score: 1801; 100.0% identity (100.0% similar) in 261 aa overlap (1-261:1-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
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CCDS92 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
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CCDS92 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALKESK
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CCDS92 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALKESK
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB7 QNEMNELISDSGQNAITGFPS
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CCDS92 QNEMNELISDSGQNAITGFPS
250 260
>>CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 (226 aa)
initn: 1283 init1: 1264 opt: 1264 Z-score: 1623.5 bits: 307.8 E(32554): 4.2e-84
Smith-Waterman score: 1264; 77.2% identity (92.0% similar) in 224 aa overlap (1-224:1-224)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
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CCDS92 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
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CCDS92 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKDIEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
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CCDS92 IKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVDC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALKESK
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CCDS92 FVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
190 200 210 220
250 260
pF1KB7 QNEMNELISDSGQNAITGFPS
>>CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX (283 aa)
initn: 1008 init1: 511 opt: 1077 Z-score: 1382.6 bits: 263.6 E(32554): 1.1e-70
Smith-Waterman score: 1077; 58.1% identity (84.1% similar) in 258 aa overlap (1-250:1-254)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
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CCDS14 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
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CCDS14 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQH-IEKKMLRLEGHGDPLHLEE
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
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CCDS14 VKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDC
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPN-------
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CCDS14 FVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRAC---ARRAQRRSNPPSRKGSGFG
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB7 HALK-ESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
: :. : ::::.:.:.:.
CCDS14 HRLSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
240 250 260 270 280
>>CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 (266 aa)
initn: 853 init1: 503 opt: 880 Z-score: 1130.9 bits: 216.9 E(32554): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 880; 46.5% identity (76.0% similar) in 271 aa overlap (1-260:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
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CCDS38 MNWAFLQGLLSGVNKYSTVLSRIWLSVVFIFRVLVYVVAAEEVWDDEQKDFVCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
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CCDS38 PNVCYDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAY-REERERKHHLKHGPNAPSLYDN
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
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CCDS38 LSKKR----GGLWWTYLLSLIFKAAVDAGFLYIFHRLYKDYDMPRVVACSVEPCPHTVDC
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFR----RSKRAQTQKNHPN---
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CCDS38 YISRPTEKKVFTYFMVTTAAICILLNLSEVFYLVGKRCMEIFGPRHRRPRCRECLPDTCP
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB7 -HALKESKQNE-MNELISDSGQNAIT--GFPS
..:... . : : .. .:. . :.:
CCDS38 PYVLSQGGHPEDGNSVLMKAGSAPVDAGGYP
240 250 260
>>CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 785 init1: 513 opt: 868 Z-score: 1115.4 bits: 214.1 E(32554): 8.3e-56
Smith-Waterman score: 868; 52.3% identity (82.4% similar) in 222 aa overlap (1-220:1-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
::: ::.....::::.::..:..:..:.:.:::.. ::::..::::::.:: ::: ::::
CCDS38 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRND-FKDIE
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CCDS38 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAY-REERERRHR--QKHGDQCAKLY
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 DIKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCG-IDPCPNLV
: .: .:.::::: :..:..:.: :.:... :..:...: ...:. . ::::.:
CCDS38 DNAGKK---HGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DCFISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALKE
::.:.::::: .:: ::..::..:..:.. ::::: .: :
CCDS38 DCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYL---ICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSS
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB7 SKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
CCDS38 SASRASTCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
240 250 260 270
>>CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 (273 aa)
initn: 851 init1: 470 opt: 863 Z-score: 1108.9 bits: 212.9 E(32554): 1.9e-55
Smith-Waterman score: 863; 46.8% identity (79.4% similar) in 248 aa overlap (1-244:1-243)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
:.:. .. ...::::.::..:..:....:::::.. .:.:..::.:...:: ::: ::::
CCDS38 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
.:::.:.::::::.::::::::.:. :.:::.::::: :. .. :... .:. . .
CCDS38 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAY-REVQEKRHREAHGENSGRLYLN
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
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CCDS38 PGKKR----GGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDC
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFR----RSKRAQTQKNHPNHAL
:::.:.::..::.::.....::.:::..:: ::. : : . :. .:. .::. .
CCDS38 FISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTT
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB7 KESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
. ::...
CCDS38 SSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
240 250 260 270
>>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa)
initn: 453 init1: 263 opt: 515 Z-score: 663.0 bits: 130.5 E(32554): 1.3e-30
Smith-Waterman score: 515; 34.3% identity (69.0% similar) in 242 aa overlap (2-241:3-236)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPG
.:. : ... .:. .: .:..:..:..:::...:.... :. ::::.:::::::::
CCDS58 MGEWAFLGSLLDAVQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CKNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKD-I
:...:::. ::::: :.: ......:.: .: :.: :.. .. .: . .
CCDS58 CRQTCYDRAFPVSHYRFWLFHILLLSAPPVLF---VVYSMHRAGKEAGGAEAAAQCAPGL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EDIKKQKVRIEGS-LWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNL
. . ... : :. .:.. : .:. .:: :... . :. :::.
CCDS58 PEAQCAPCALRARRARRCYLLSVALRLLAELTFLGGQALLY-GFRVAPHFACAGPPCPHT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VDCFISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALK
::::.:::::::::..:....... ::.:::: .:: .. :: . :. :.: .
CCDS58 VDCFVSRPTEKTVFVLFYFAVGLLSALLSVAELGHLL----WKGRPRAGERDNRCNRAHE
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB7 ESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
:...
CCDS58 EAQKLLPPPPPPPPPPALPSRRPGPEPCAPPAYAHPAPASLRECGSGRGKASPATGRRDL
240 250 260 270 280 290
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 753 init1: 467 opt: 488 Z-score: 625.9 bits: 124.2 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 769; 51.1% identity (74.7% similar) in 229 aa overlap (2-216:3-230)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPG
::. : ... ::.::: ::.::.::.::::..:: .::. :::::: :::::: :::
CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CKNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYY-RHETTRKFRRGEK------R
:.:::::. ::.::::::.::.::::::.:. . :...: : : :: :..:.
CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYVRMEEKRKSREAEELGQQAGT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB7 NDFKDIEDIKK-------QKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPW
: : ..:: .: :.::.: :: :.:. .::..:. :::: :...
CCDS30 NGGPDQGSVKKSSGSKGTKKFRLEGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLY-GFRILP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 VLKCGIDPCPNLVDCFISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRA
. .:. ::::.::::.:::::::.: .::.:.. . ..::: :: .: ::
CCDS30 LYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSALKRP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB7 QTQKNHPNHALKESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
CCDS30 VEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPAKPFNQ
240 250 260 270 280 290
>>CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 (370 aa)
initn: 462 init1: 303 opt: 475 Z-score: 610.3 bits: 121.1 E(32554): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 475; 35.3% identity (63.9% similar) in 238 aa overlap (6-233:7-235)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPG
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CCDS71 MEGVDLLGFLIITLNCNVTMVGKLWFVLTMLLRMLVIVLAGRPVYQDEQERFVCNTLQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CKNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRN-DFKDI
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CCDS71 CANVCYDVFSPVSHLRFWLIQGVCVLLPSAVFSVYV-LHRGATLAAL--GPRRCPDPREP
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