Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7113
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7113, 270 aa
1>>>pF1KB7113 270 - 270 aa - 270 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9941+/-0.00072; mu= 16.7139+/- 0.043
mean_var=62.4321+/-12.598, 0's: 0 Z-trim(109.6): 21 B-trim: 167 in 1/49
Lambda= 0.162319
statistics sampled from 10953 (10974) to 10953 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 2.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 1908 454.9 2.7e-128
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 1085 262.2 2.8e-70
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 1051 254.2 7.1e-68
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 884 215.1 3.6e-56
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 868 211.4 5.5e-55
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 865 210.6 7.8e-55
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 850 207.2 1.1e-53
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 477 119.9 2.4e-27
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 470 118.2 6.9e-27
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 463 116.6 2.9e-26
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 443 112.0 7.5e-25
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 436 110.3 2.1e-24
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 431 109.2 6.3e-24
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 425 107.6 9.8e-24
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 414 105.1 7.1e-23
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 412 104.8 1.3e-22
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 357 91.8 8.8e-19
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 342 88.3 9.2e-18
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 338 87.3 1.5e-17
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 266 70.5 2e-12
>>CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 1908 init1: 1908 opt: 1908 Z-score: 2416.7 bits: 454.9 E(32554): 2.7e-128
Smith-Waterman score: 1908; 100.0% identity (100.0% similar) in 270 aa overlap (1-270:1-270)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
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CCDS38 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 GKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIAR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCR
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CCDS38 PTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCR
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB7 CHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 CHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
250 260 270
>>CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 (266 aa)
initn: 1038 init1: 833 opt: 1085 Z-score: 1375.2 bits: 262.2 E(32554): 2.8e-70
Smith-Waterman score: 1085; 59.6% identity (81.1% similar) in 270 aa overlap (1-265:1-259)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
:.: ::.::::::::::...::::::::.:::::::::::.:: :::::: ::::::::
CCDS38 MNWAFLQGLLSGVNKYSTVLSRIWLSVVFIFRVLVYVVAAEEVWDDEQKDFVCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
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CCDS38 PNVCYDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREERERKHHLKHGPNAPSLYDNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIAR
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CCDS38 SKKRGGLWWTYLLSLIFKAAVDAGFLYIFHRLYKDYDMPRVVACS-VEPCPHTVDCYISR
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 PTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLR--GLHKDKPRGG-CSPSSSASRAS
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CCDS38 PTEKKVFTYFMVTTAAICILLNLSEVFYLVGKRCMEIFGPRHRRPRCRECLPD-------
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 TCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQ--ASAPNLTPI
:: . : ..:. :. ::. :. .:::
CCDS38 TCP-PYVLSQGGH--PEDGNSVLMKAGSAPVDAGGYP
240 250 260
>>CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 (273 aa)
initn: 1016 init1: 800 opt: 1051 Z-score: 1332.0 bits: 254.2 E(32554): 7.1e-68
Smith-Waterman score: 1051; 57.1% identity (85.8% similar) in 240 aa overlap (1-240:1-239)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
:.:. ...::::::::::::::::::.::.::::::.:.:::::.:..:::::::.::::
CCDS38 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
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CCDS38 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLYLNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIAR
:::.:::::::. ::.:: ... :::..:... . .: .:.: .. ::::::::.:..
CCDS38 GKKRGGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKC-HADPCPNIVDCFISK
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCR
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CCDS38 PSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTTSSCK
180 190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KB7 CHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
CCDS38 QDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
240 250 260 270
>>CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 (226 aa)
initn: 886 init1: 538 opt: 884 Z-score: 1121.9 bits: 215.1 E(32554): 3.6e-56
Smith-Waterman score: 884; 54.6% identity (80.8% similar) in 229 aa overlap (1-223:1-225)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
::: :::..:.::::.::..:.:::.:.:.::... ::::..:::::: :: ::: ::::
CCDS92 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
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CCDS92 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIK-GEIKSEFKDIE
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB7 GKK------HGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIV
: .:.::::: :..:..:.: :.:...... ::.: :::.: :. :::: :
CCDS92 EIKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKC-NAWPCPNTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSAS
::...::::: .:: ::...:..::.:.. :::::. : : : ::
CCDS92 DCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLI-RYCSGKSK-KPV
180 190 200 210 220
240 250 260 270
pF1KB7 RASTCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
>>CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 (261 aa)
initn: 785 init1: 513 opt: 868 Z-score: 1100.7 bits: 211.4 E(32554): 5.5e-55
Smith-Waterman score: 868; 51.6% identity (82.4% similar) in 221 aa overlap (1-213:1-220)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
::: ::.....::::.::..:..:..:.:.:::.. ::::..::::::.:: ::: ::::
CCDS92 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAY-REERERRHRQKHGDQCAKLYDN
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CCDS92 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AGKKH----GGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVD
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CCDS92 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCG-IDPCPNLVD
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 CYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYL---ICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSS
:.:.::::: .:: ::..::..:..:.. ::::: .: :
CCDS92 CFISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALKES
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 ASRASTCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
CCDS92 KQNEMNELISDSGQNAITGFPS
240 250 260
>>CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 (223 aa)
initn: 855 init1: 539 opt: 865 Z-score: 1097.9 bits: 210.6 E(32554): 7.8e-55
Smith-Waterman score: 865; 59.0% identity (81.4% similar) in 210 aa overlap (1-210:1-202)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
:.: :. ::::::::::. : :::.::::::.:::.::::.:: ::::.:.::..::::
CCDS50 MSWMFLRDLLSGVNKYSTGTGWIWLAVVFVFRLLVYMVAAEHVWKDEQKEFECNSRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
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CCDS50 KNVCFDDFFPISQVRLWALQLIMVSTPSLLVVLHVAYHEGREKRHRKK-------LYVSP
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIAR
: ::::..::.::: : .:. :: :.. :. ::..: :..: .. :::: :::.:..
CCDS50 GTMDGGLWYAYLISLIVKTGFEIGFLVLFYKLYDGFSVPYLIKC-DLKPCPNTVDCFISK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCR
:::: :: :.: .: .::::.. :: .:.
CCDS50 PTEKTIFILFLVITSCLCIVLNFIELSFLVLKCFIKCCLQKYLKKPQVLSV
180 190 200 210 220
>>CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX (283 aa)
initn: 839 init1: 500 opt: 850 Z-score: 1077.4 bits: 207.2 E(32554): 1.1e-53
Smith-Waterman score: 850; 51.1% identity (80.3% similar) in 233 aa overlap (1-223:1-227)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
:.: : .::::::..:::.::.::::.:.::..: ::::: :::::...: ::: ::::
CCDS14 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERR--HRQKHGDQCAKLYD
..::::..::::..:::.::::.:. :.::: .:::.... :.. . . ::: :.
CCDS14 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGD---PLHL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 NAGKKH-----GGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNI
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CCDS14 EEVKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKC-DVYPCPNT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VDCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLI---CHRVLRGLHKDKPRGGCSPS
:::...::::: .:: ::..::..::.:.. :. ::: : : :. ....:
CCDS14 VDCFVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACAR--RAQRRSNPPSRKGSG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 SSASRASTCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
CCDS14 FGHRLSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
240 250 260 270 280
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 740 init1: 477 opt: 477 Z-score: 604.3 bits: 119.9 E(32554): 2.4e-27
Smith-Waterman score: 677; 40.0% identity (64.5% similar) in 290 aa overlap (2-266:3-290)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPG
:: :. ::. :...::. :.:::.:.:.::.:. .:.: ::::::.::.::: :::
CCDS30 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CTNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGD--------
:::::::. ::::.:: :.::..::. :.:. . :: : .::.: :::.:.
CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150
pF1KB7 ------------QCAKLY---DNAGKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGF
: ::. :. . .:.: ::. :.. : ..: ::: :. :.
CCDS30 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY-GW
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 NMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLR
.: . : :::: .:::...::::: :: ::. .. . .::.. :: .:.:. . :
CCDS30 TMEPVFVCQR-APCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 GLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCRCHHKL-VEAGEVDPD-PGNNKLQASAPNLTPI
:.. . . . ....: : . : : : .: : : :..: :
CCDS30 GMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTEE
240 250 260 270 280 290
CCDS30 RLASSRPPLFLDPPPQNGQKPPSRPSSSASKKQYV
300 310 320 330
>>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa)
initn: 463 init1: 286 opt: 470 Z-score: 596.2 bits: 118.2 E(32554): 6.9e-27
Smith-Waterman score: 482; 31.9% identity (58.6% similar) in 273 aa overlap (2-269:3-255)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPG
.: : .::..:. : ::.:: :...::.:: .... :. :::..: ::: :::
CCDS58 MGEWAFLGSLLDAVQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
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