Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7114
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7114, 273 aa
1>>>pF1KB7114 273 - 273 aa - 273 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7547+/-0.000696; mu= 17.8954+/- 0.042
mean_var=59.7173+/-11.885, 0's: 0 Z-trim(109.4): 26 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.165968
statistics sampled from 10840 (10864) to 10840 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.334), width: 16
Scan time: 2.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 1914 466.2 1.1e-131
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 1113 274.4 5.8e-74
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 1051 259.6 1.7e-69
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 903 224.1 6.9e-59
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 863 214.6 6e-56
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 855 212.7 2.4e-55
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 828 206.1 1.8e-53
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 445 114.5 8.9e-26
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 442 113.9 2e-25
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 425 109.8 2.7e-24
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 406 105.3 7.8e-23
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 395 102.5 3.4e-22
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 398 103.4 3.5e-22
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 392 101.9 6.8e-22
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 392 101.9 7.2e-22
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 376 98.2 1.3e-20
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 358 93.8 2.3e-19
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 343 90.2 2.5e-18
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 331 87.2 1.6e-17
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 272 73.2 3.1e-13
>>CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 (273 aa)
initn: 1914 init1: 1914 opt: 1914 Z-score: 2477.7 bits: 466.2 E(32554): 1.1e-131
Smith-Waterman score: 1914; 100.0% identity (100.0% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-273)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
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CCDS38 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLYLNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLYLNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKRGGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDCFISKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 GKKRGGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDCFISKP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTTSSCKQ
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CCDS38 SEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTTSSCKQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB7 DDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
250 260 270
>>CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 (266 aa)
initn: 1133 init1: 1113 opt: 1113 Z-score: 1441.3 bits: 274.4 E(32554): 5.8e-74
Smith-Waterman score: 1113; 67.7% identity (87.6% similar) in 226 aa overlap (1-226:1-226)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
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CCDS38 MNWAFLQGLLSGVNKYSTVLSRIWLSVVFIFRVLVYVVAAEEVWDDEQKDFVCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLYLNP
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CCDS38 PNVCYDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREERERKHHLKHGPNAPSLYDNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKRGGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDCFISKP
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CCDS38 SKKRGGLWWTYLLSLIFKAAVDAGFLYIFHRLYKDYDMPRVVACSVEPCPHTVDCYISRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTTSSCKQ
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CCDS38 TEKKVFTYFMVTTAAICILLNLSEVFYLVGKRCMEIFGPRHRRPRCRECLPDTCPPYVLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB7 DDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
CCDS38 QGGHPEDGNSVLMKAGSAPVDAGGYP
250 260
>>CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 1016 init1: 800 opt: 1051 Z-score: 1361.0 bits: 259.6 E(32554): 1.7e-69
Smith-Waterman score: 1051; 57.1% identity (85.8% similar) in 240 aa overlap (1-239:1-240)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
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CCDS38 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLYLNP
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CCDS38 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 GKKRGGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKC-HADPCPNIVDCFISK
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CCDS38 GKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIAR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTTSSCK
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CCDS38 PTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270
pF1KB7 QDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
CCDS38 CHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
250 260 270
>>CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 (223 aa)
initn: 883 init1: 528 opt: 903 Z-score: 1170.7 bits: 224.1 E(32554): 6.9e-59
Smith-Waterman score: 903; 55.2% identity (81.3% similar) in 230 aa overlap (1-225:1-221)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
:.: ... ::::::::::. : :::..::.::.:::.:.::.::.:..:.:.::.:::::
CCDS50 MSWMFLRDLLSGVNKYSTGTGWIWLAVVFVFRLLVYMVAAEHVWKDEQKEFECNSRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLYLNP
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CCDS50 KNVCFDDFFPISQVRLWALQLIMVSTPSLLVVLHVAYHEGREKRHRK-------KLYVSP
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GKKRGGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDCFISKP
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CCDS50 GTMDGGLWYAYLISLIVKTGFEIGFLVLFYKLYDGFSVPYLIKCDLKPCPNTVDCFISKP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 SEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSK---RCHECLAA--RKAQAMCTGHHPHGTT
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CCDS50 TEKTIFILFLVITSCLCIVLNFIELSFLVLKCFIKC--CLQKYLKKPQVLSV
180 190 200 210 220
240 250 260 270
pF1KB7 SSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
>>CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 (261 aa)
initn: 851 init1: 470 opt: 863 Z-score: 1117.9 bits: 214.6 E(32554): 6e-56
Smith-Waterman score: 863; 46.8% identity (79.4% similar) in 248 aa overlap (1-243:1-244)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
:.:. .. ...::::.::..:..:....:::::.. .:.:..::.:...:: ::: ::::
CCDS92 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAY-REVQEKRHREAHGENSGRLYLN
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CCDS92 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PGKKR----GGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDC
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CCDS92 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 FISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTT
:::.:.::..::.::.....::.:::..:: ::. : : . :. .:. .::. .
CCDS92 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFR----RSKRAQTQKNHPNHAL
190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 SSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
. ::...
CCDS92 KESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
240 250 260
>>CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX (283 aa)
initn: 843 init1: 490 opt: 855 Z-score: 1107.1 bits: 212.7 E(32554): 2.4e-55
Smith-Waterman score: 855; 52.2% identity (80.4% similar) in 230 aa overlap (1-223:1-222)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
:::. . ::::::..:::.::.:::..::::..: .:.:: ::.:....: ::: ::::
CCDS14 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKR--HREAHGENSGRLYL
..::.:.:::.::::::.::::::. :.:::.::::... ::. . :.::. :.:
CCDS14 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEKKMLRLEGHGDP---LHL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 NPGKKR-----GGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIV
. :.. : :::::: :.::. . .:.:::. .:: : . .::: . :::: :
CCDS14 EEVKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DCFISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHG
:::.:.:.::..::.::.:...:::.::..:..::. . : ::.::
CCDS14 DCFVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRAC-----ARRAQRRSNPPSRKG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 TTSSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
CCDS14 SGFGHRLSPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
240 250 260 270 280
>>CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 (226 aa)
initn: 828 init1: 485 opt: 828 Z-score: 1073.5 bits: 206.1 E(32554): 1.8e-53
Smith-Waterman score: 828; 50.2% identity (83.1% similar) in 219 aa overlap (1-213:1-218)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
:.:. .. .:.::::.::..:.:::...::::... .:.:..::.:.. :: ::: ::::
CCDS92 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLY---
.:::.:..::.::.::::::::.:. :.:::.::::::. .::... .:: ....
CCDS92 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRR-HEKKRKFIKGEIKSEFKDIE
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 -LNPGKKR--GGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVD
.. : : :.:::::. :. :.. . ::.:::. .: . . .:::.: :::: ::
CCDS92 EIKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 CFISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGT
::.:.:.::..::.::.:...::::::..:: ::. . :
CCDS92 CFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
180 190 200 210 220
240 250 260 270
pF1KB7 TSSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
>>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa)
initn: 470 init1: 299 opt: 445 Z-score: 576.3 bits: 114.5 E(32554): 8.9e-26
Smith-Waterman score: 445; 33.8% identity (66.2% similar) in 213 aa overlap (3-211:4-215)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPG
:... .::..:. : ::.:: ...:::.:: ... :. :....: ::: :::
CCDS58 MGEWAFLGSLLDAVQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CSNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRL---
: ..:.:. ::::: :.: ....:.. : .: :.. .: .: :: .. . :
CCDS58 CRQTCYDRAFPVSHYRFWLFHILLLSAPPVLFVVYSMHRAGKEAGGAEAAAQCAPGLPEA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 YLNPGKKRGG-LWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVDC
: :. :. :.... ....:: .: . . : : . :::. :::
CCDS58 QCAPCALRARRARRCYLLSVALRLLAELTFLGGQALLYG-FRVAPHFACAGPPCPHTVDC
130 140 150 160 170
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pF1KB7 FISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGTT
:.:.:.::..:.::. :.. . ::...:: .:. :
CCDS58 FVSRPTEKTVFVLFYFAVGLLSALLSVAELGHLLWKGRPRAGERDNRCNRAHEEAQKLLP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 SSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
CCDS58 PPPPPPPPPALPSRRPGPEPCAPPAYAHPAPASLRECGSGRGKASPATGRRDLAI
240 250 260 270 280 290
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 653 init1: 409 opt: 442 Z-score: 570.0 bits: 113.9 E(32554): 2e-25
Smith-Waterman score: 675; 43.8% identity (73.9% similar) in 226 aa overlap (2-208:3-227)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPG
.::.. ..: ::..::..::.::...::::.:. ..:: ::.:...:: :::.:::
CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB7 CSNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMH-VAYREVQEKRH-REAH--------
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