FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7138, 331 aa
1>>>pF1KB7138 331 - 331 aa - 331 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9593+/-0.00128; mu= 17.6672+/- 0.077
mean_var=107.6343+/-34.399, 0's: 0 Z-trim(101.9): 282 B-trim: 907 in 2/48
Lambda= 0.123623
statistics sampled from 6229 (6725) to 6229 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.549), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 1.820
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 ( 367) 469 95.3 8.3e-20
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX ( 370) 459 93.5 2.9e-19
CCDS9482.1 OXGR1 gene_id:27199|Hs108|chr13 ( 337) 452 92.2 6.4e-19
CCDS14258.1 GPR34 gene_id:2857|Hs108|chrX ( 381) 436 89.4 5e-18
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CCDS14115.1 P2RY8 gene_id:286530|Hs108|chrX ( 359) 421 86.7 3.1e-17
CCDS7950.1 APLNR gene_id:187|Hs108|chr11 ( 380) 420 86.6 3.6e-17
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 416 85.8 5.9e-17
CCDS3157.1 GPR87 gene_id:53836|Hs108|chr3 ( 358) 410 84.7 1.2e-16
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 409 84.5 1.3e-16
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 407 84.2 1.8e-16
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CCDS4032.1 F2R gene_id:2149|Hs108|chr5 ( 425) 405 83.9 2.5e-16
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CCDS9492.1 GPR183 gene_id:1880|Hs108|chr13 ( 361) 390 81.2 1.4e-15
CCDS2368.1 GPR1 gene_id:2825|Hs108|chr2 ( 355) 388 80.8 1.8e-15
CCDS12350.1 F2RL3 gene_id:9002|Hs108|chr19 ( 385) 386 80.5 2.4e-15
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CCDS14398.1 P2RY4 gene_id:5030|Hs108|chrX ( 365) 378 79.0 6.3e-15
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 378 79.0 6.4e-15
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 376 78.7 8e-15
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 373 78.1 1.2e-14
CCDS58959.1 F2RL2 gene_id:2151|Hs108|chr5 ( 352) 373 78.1 1.2e-14
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 373 78.1 1.2e-14
CCDS4031.1 F2RL2 gene_id:2151|Hs108|chr5 ( 374) 373 78.2 1.2e-14
CCDS318.1 PTAFR gene_id:5724|Hs108|chr1 ( 342) 371 77.8 1.4e-14
CCDS329.1 OPRD1 gene_id:4985|Hs108|chr1 ( 372) 370 77.6 1.7e-14
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 369 77.5 2e-14
CCDS8219.1 P2RY2 gene_id:5029|Hs108|chr11 ( 377) 368 77.3 2.2e-14
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 364 76.5 3.5e-14
>>CCDS9491.1 GPR18 gene_id:2841|Hs108|chr13 (331 aa)
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Smith-Waterman score: 2182; 100.0% identity (100.0% similar) in 331 aa overlap (1-331:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MITLNNQDQPVPFNSSHPDEYKIAALVFYSCIFIIGLFVNITALWVFSCTTKKRTTVTIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MITLNNQDQPVPFNSSHPDEYKIAALVFYSCIFIIGLFVNITALWVFSCTTKKRTTVTIY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MMNVALVDLIFIMTLPFRMFYYAKDEWPFGEYFCQILGALTVFYPSIALWLLAFISADRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MMNVALVDLIFIMTLPFRMFYYAKDEWPFGEYFCQILGALTVFYPSIALWLLAFISADRY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 MAIVQPKYAKELKNTCKAVLACVGVWIMTLTTTTPLLLLYKDPDKDSTPATCLKISDIIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MAIVQPKYAKELKNTCKAVLACVGVWIMTLTTTTPLLLLYKDPDKDSTPATCLKISDIIY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LKAVNVLNLTRLTFFFLIPLFIMIGCYLVIIHNLLHGRTSKLKPKVKEKSIRIIITLLVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LKAVNVLNLTRLTFFFLIPLFIMIGCYLVIIHNLLHGRTSKLKPKVKEKSIRIIITLLVQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VLVCFMPFHICFAFLMLGTGENSYNPWGAFTTFLMNLSTCLDVILYYIVSKQFQARVISV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VLVCFMPFHICFAFLMLGTGENSYNPWGAFTTFLMNLSTCLDVILYYIVSKQFQARVISV
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB7 MLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
310 320 330
>>CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13 (344 aa)
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Smith-Waterman score: 495; 28.7% identity (63.9% similar) in 335 aa overlap (11-325:2-324)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MITLNNQDQPVPFNSSH---PDEYKIAAL-VFYSCIFIIGLFVNITALWVFSCTTKKRTT
: :::: : .: . ..: .:..::. : .:...: :. : :.
CCDS94 MVSVNSSHCFYNDSFKYTLYGCMFSMVFVLGLISNCVAIYIFICVLKVRNE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VTIYMMNVALVDLIFIMTLPFRMFYYAKDEWPFGEYFCQILGALTVFYPSI--ALWLLAF
.: ::.:.:. ::.:..:::::.::.. .::::. .:.: .. .:: .. .. .:.
CCDS94 TTTYMINLAMSDLLFVFTLPFRIFYFTTRNWPFGDLLCKI--SVMLFYTNMYGSILFLTC
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ISADRYMAIVQPKYAKELKNTCKAVLACVGVWIMTLTTTTPLLLLYKDPDK-DSTPATCL
::.::..::: : .: :.. .: ..:.:::. .. ..: ... . .. ... .:.
CCDS94 ISVDRFLAIVYPFKSKTLRTKRNAKIVCTGVWLTVIGGSAPAVFVQSTHSQGNNASEACF
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB7 KISDIIYLKAVNVLNLTRLTFF-----FLIPLFIMIGCYLVIIHNLLHGRTSKLKPKVKE
. . .:. :.:...: :.:::.. . : .....: . : . . :
CCDS94 EN----FPEATWKTYLSRIVIFIEIVGFFIPLILNVTCSSMVLKTLTKPVTLSRSKINKT
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 KSIRIIITLLVQVLVCFMPFHICFAFLMLGTGENSYN---PWGAFTTFLMNL-----STC
: ...:.. :. ::.:..: . . : .. : .. : . ..: . :
CCDS94 KVLKMIFVHLIIFCFCFVPYNINLILYSLVRTQTFVNCSVVAAVRTMYPITLCIAVSNCC
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KB7 LDVILYYIVSKQFQARVISVMLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
.: :.::..: .: :. . .:. :.::..:: . ... :
CCDS94 FDPIVYYFTSDTIQN---SIKM-KNW--SVRRSDFRFSEVHGAENFIQHNLQTLKSKIFD
290 300 310 320 330
CCDS94 NESAA
340
>>CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 (367 aa)
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Smith-Waterman score: 469; 30.4% identity (64.5% similar) in 276 aa overlap (28-294:65-333)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MITLNNQDQPVPFNSSHPDEYKIAALVFYSCIFIIGLFVNITALWVFSCTTKKRTTV
:: ::..: : :::.: :. : .
CCDS21 APPGLITNFSLATAEQCGQETPLENMLFASFYLLDFILALVGNTLALWLFIRDHKSGTPA
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60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TIYMMNVALVDLIFIMTLPFRMFY-YAKDEWPFGEYFCQILGALTVFYPSIALWLLAFIS
....:..:..:: ...:: :. : .. ..::::: :.. : : . ....:. ::
CCDS21 NVFLMHLAVADLSCVLVLPTRLVYHFSGNHWPFGEIACRLTGFLFYLNMYASIYFLTCIS
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ADRYMAIVQPKYAKELKNTCKAVLACVGVWIMTLTTTTPLLLLYKDPDKDSTPATCLKIS
:::..:::.: . .:. : :::. .:... .. .:::. . . . : ..::..
CCDS21 ADRFLAIVHPVKSLKLRRPLYAHLACAFLWVVVAVAMAPLLVSPQTVQTNHT-VVCLQL-
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DIIYLKAVNVLNLTRLTFFFLIPLFIMIGCYLVIIHNLLHGRTSKLKPKVKEKSIRIIIT
: . .. :. :. : .:.. . :::.::..: .: ... ..: :..:.:
CCDS21 ---YREKASHHALVSLAVAFTFPFITTVTCYLLIIRSLRQGL--RVEKRLKTKAVRMIAI
220 230 240 250 260
240 250 260 270 280
pF1KB7 LLVQVLVCFMPFHICFAFLML---GTGENSYNPW-----GAFTTFLMNLSTCLDVILYYI
.:. ::::.:.:. . .: . : . . . .:. : .:. :: :.:..
CCDS21 VLAIFLVCFVPYHVNRSVYVLHYRSHGASCATQRILALANRITSCLTSLNGALDPIMYFF
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330
pF1KB7 VSKQFQARVISVMLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
:...:.
CCDS21 VAEKFRHALCNLLCGKRLKGPPPSFEGKTNESSLSAKSEL
330 340 350 360
>>CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX (370 aa)
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Smith-Waterman score: 459; 29.7% identity (64.8% similar) in 290 aa overlap (20-294:38-319)
10 20 30 40
pF1KB7 MITLNNQDQPVPFNSSHPDEYKIAALVFYSCIFIIGLFVNITALWVFSC
.:.. . : :: .::.::..: ..:.::
CCDS14 DFQFQDSNSSLRPRLGNATANNTCIVDDSFKYNLNGAV-YSVVFILGLITNSVSLFVFCF
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50 60 70 80 90 100
pF1KB7 TTKKRTTVTIYMMNVALVDLIFIMTLPFRMFYYAKDEWPFGEYFCQILGALTVFYPSI--
: :. ..:.. :.:. ::.:. ::::..:: . .::::. .:.: : :.: .:
CCDS14 RMKMRSETAIFITNLAVSDLLFVCTLPFKIFYNFNRHWPFGDTLCKISG--TAFLTNIYG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 ALWLLAFISADRYMAIVQPKYAKELKNTCKAVLACVGVWIMTLTTTTPLLLLYKDPDKDS
.. .:. ::.::..::: : .. ... .....:.::::..:. : .. . ..
CCDS14 SMLFLTCISVDRFLAIVYPFRSRTIRTRRNSAIVCAGVWILVLSGGISASL-FSTTNVNN
130 140 150 160 170 180
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pF1KB7 TPATCLKISDIIYLKAVNVLNLTRLTFF-----FLIPLFIMIGCYLVIIHNLLHGRTSKL
. .::.. . : : :...:.: :.:::.. ..: :....: . : .
CCDS14 ATTTCFEG----FSKRVWKTYLSKITIFIEVVGFIIPLILNVSCSSVVLRTLRKPATLSQ
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB7 KPKVKEKSIRIIITLLVQVLVCFMPFH-ICFAFLMLGTGE--NSYNPWGA-----FTTFL
:.: ...: . .. .:::.:.. . : . .. . : . : .: :
CCDS14 IGTNKKKVLKMITVHMAVFVVCFVPYNSVLFLYALVRSQAITNCFLERFAKIMYPITLCL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 MNLSTCLDVILYYIVSKQFQARVISVMLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
.:. :.: ..::.. ..::
CCDS14 ATLNCCFDPFIYYFTLESFQKSFYINAHIRMESLFKTETPLTTKPSLPAIQEEVSDQTTN
300 310 320 330 340 350
>>CCDS9482.1 OXGR1 gene_id:27199|Hs108|chr13 (337 aa)
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Smith-Waterman score: 452; 32.3% identity (61.1% similar) in 285 aa overlap (27-301:38-317)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MITLNNQDQPVPFNSSHPDEYKIAALVFYSCIFIIGLFVNITALWVFSCTTKKRTT
:.:. ::..:. : ... .. . .
CCDS94 LANASDFPDYAAAFGNCTDENIPLKMHYLPVIYGIIFLVGFPGNAVVISTYIFKMRPWKS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VTIYMMNVALVDLIFIMTLPFRMFYYAKDE-WPFGEYFCQILGALTVF--YPSIALWLLA
:: :.:.: .::... .::: . :::. : : ::...:... : : :: :.:
CCDS94 STIIMLNLACTDLLYLTSLPFLIHYYASGENWIFGDFMCKFIRFSFHFNLYSSI-LFLTC
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 FISADRYMAIVQPKYAKELKNTCKAVLACVGVWIMTLTTTTPLLLLYKDPDKDSTPATCL
: : :: .:..: ...: ::.::. :::..:... :. .: . .. . : ::
CCDS94 F-SIFRYCVIIHPMSCFSIHKTRCAVVACAVVWIISLVAVIPMTFLITSTNRTNRSA-CL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KISDIIYLKAVNVLNLTRLTFFFLIPLFIMIGCYLVIIHNLLHGRTSKLKPKVKEKSIRI
... :.... :: . : .:: :. :: .:::.: :: . .:.:. :.
CCDS94 DLTSSDELNTIKWYNLILTATTFCLPLVIVTLCYTTIIHTLTHGLQTD--SCLKQKARRL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KB7 IITLLVQVLVCFMPFHICFA------FLMLGTG-ENSYNPWGAFTTFLMNLSTCLDVILY
: ::. :::.:::: . .: .. . ::. . . : :.: ...::
CCDS94 TILLLLAFYVCFLPFHILRVIRIESRLLSISCSIENQIHEAYIVSRPLAALNTFGNLLLY
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KB7 YIVSKQFQARVISVMLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
.:: .:: : :..
CCDS94 VVVSDNFQQAVCSTVRCKVSGNLEQAKKISYSNNP
310 320 330
>>CCDS14258.1 GPR34 gene_id:2857|Hs108|chrX (381 aa)
initn: 336 init1: 190 opt: 436 Z-score: 437.1 bits: 89.4 E(32554): 5e-18
Smith-Waterman score: 500; 30.3% identity (62.0% similar) in 347 aa overlap (5-324:28-369)
10 20
pF1KB7 MITLNNQDQP------VPFNSSHPDEYKIAALVF---
:..::: .: .. : . :. . :.
CCDS14 MRSHTITMTTTSVSSWPYSSHRMRFITNHSDQPPQNFSATPNVTTCPMDEKLLSTVLTTS
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 YSCIFIIGLFVNITALWVFSCTTKKRTTVTIYMMNVALVDLIFIMTLPFRMFYYA-KDEW
:: :::.:: :: ::.:: .::... ::..:::..::..:. ::::..:. ...:
CCDS14 YSVIFIVGLVGNIIALYVFLGIHRKRNSIQIYLLNVAIADLLLIFCLPFRIMYHINQNKW
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
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.: .:...:.: . :.. ::.::: :::. : . .. .: ... .: ::.
CCDS14 TLGVILCKVVGTLFYMNMYISIILLGFISLDRYIKINRSIQQRKAITTKQSIYVCCIVWM
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
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..: : ..: : ..:: :.. : :. ..:. ...:.:: :.:...
CCDS14 LALGGFLTMIILTLKKGGHNST--MCFHYRDKHNAKGEAIFNFILVVMFWLIFLLIILS-
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
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CCDS14 YIKIGKNLLRISKRRSKFPNSGKYATTARNSFIVLIIFTICFVPYHA-FRFIYISSQLNV
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270 280 290 300 310
pF1KB7 SYNPW-------GAFTTFLMNLSTCLDVILYYIVSKQFQARVISVMLYRNYL----RSMR
: : . . : ....::: ..:...:.... ... .:.: . ::
CCDS14 SSCYWKEIVHKTNEIMLVLSSFNSCLDPVMYFLMSSNIR-KIMCQLLFRRFQGEPSRSES
300 310 320 330 340 350
320 330
pF1KB7 RKSFRSG-SLRSLSNINSEML
. :. : ::.. :
CCDS14 TSEFKPGYSLHDTSVAVKIQSSSKST
360 370 380
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: .::::.. : .:.:.: : . ..
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60 70 80 90 100 110
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:: :: ..: : : .::. .:. : ::...... .:.:. . . ::
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CCDS31 TTSDEYLRSYFIYSMCTTVAMFCVPLVLILGCYGLIVRALIYKDLDN-SP-LRRKSIYLV
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240 250 260 270 280
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: .:. : ..:::. . . : . . .: :: : : .:..:.:
CCDS31 IIVLTVFAVSYIPFHV-MKTMNLRARLDFQTPAMCAFNDRVYATYQVTRGLASLNSCVDP
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290 300 310 320 330
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:::.... :. :. :. :. : :: ..:.: :
CCDS31 ILYFLAGDTFRRRLS---------RATRKASRRSEANLQSKSEDMTLNILPEFKQNGDTS
330 340 350 360 370
CCDS31 L
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CCDS94 VNVFMLNLAISDLLFISTLPFRADYYLRGSNWIFGDLACRIMSYSLYVNMYSSI--YFLT
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.:. :..:.:.: .. . .: . : .::. .... ..:: . ..... ..::
CCDS94 VLSVVRFLAMVHPFRLLHVTSIRSAWILCGIIWILIMASS--IMLLDSGSEQNGSVTSCL
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.. .. . ....: :. :.:.: . :::.::. ::. .. . .:.. :..
CCDS94 EL-NLYKIAKLQTMNYIALVVGCLLPFFTLSICYLLIIRVLLKVEVPESGLRVSHRKALT
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pF1KB7 IIITLLVQVLVCFMPFH----ICFAFLMLGTGENSYNPWGAFTTFLMNLSTCLDVILYYI
:: :. ..::.:.: . .. .: .. . ..: : ..:.. .:::.
CCDS94 TIIITLIIFFLCFLPYHTLRTVHLTTWKVGLCKDRLHKALVITLALAAANACFNPLLYYF
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pF1KB7 VSKQFQARVISVMLYRNYLRSMRRKSFRSGSLRSLSNINSEML
....:. :. :..
CCDS94 AGENFKDRLKSALRKGHPQKAKTKCVFPVSVWLRKETRV
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: :. . .:..:.:: ::.:....::. :: :.: :: .:...... :: : .
CCDS26 KLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQT-YYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS--M
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CCDS26 FFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV-
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CCDS26 LQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQL-----KRCQNHNKTK
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pF1KB7 SIRIIITLLVQVLVCFMPFHICFAFLML-------GTGENSYNPWGAFTTFLMNLS-TCL
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CCDS26 AIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCV
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CCDS26 NPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
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CCDS40 GKGVTVETVFSVDEFSASVLTGKLTTVFLPIVYTIVFVVGLPSNGMALWVFLFRTKKKHP
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CCDS40 TC---HDVLPEQLLVGDMFNYFLSLAIGVFLFPAFLTASAYVLMIRMLRSSAMDENSEKK
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CCDS40 RKRAIKLIVTVLAMYLICFTPSNLLLVVHYFLIKSQGQSHVYALYIVALCLSTLNSCIDP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]