FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7139, 333 aa
1>>>pF1KB7139 333 - 333 aa - 333 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6010+/-0.000678; mu= 11.1660+/- 0.041
mean_var=104.1230+/-20.224, 0's: 0 Z-trim(113.8): 21 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.125690
statistics sampled from 14428 (14449) to 14428 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.444), width: 16
Scan time: 3.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 2274 422.1 3e-118
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CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 935 179.4 4e-45
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CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 439 89.4 3.9e-18
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 438 89.3 5.8e-18
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 428 87.4 1.7e-17
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 425 86.8 2.2e-17
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 419 85.7 3.9e-17
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 387 79.9 2.8e-15
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 322 68.1 9.4e-12
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
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Smith-Waterman score: 2274; 99.7% identity (99.7% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-333)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSRGM
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTEERL
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310 320 330
pF1KB7 ASSRPPLFLDPPPQNGQKSPSRPSSSASKKQYV
:::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS30 ASSRPPLFLDPPPQNGQKPPSRPSSSASKKQYV
310 320 330
>>CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 (382 aa)
initn: 1039 init1: 967 opt: 995 Z-score: 982.0 bits: 190.2 E(32554): 2.2e-48
Smith-Waterman score: 1023; 49.1% identity (73.9% similar) in 322 aa overlap (1-298:1-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
::::. : ::::.:: .::. ::.::.::::::::.:: : ::.:::::: :.::: :::
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10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
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CCDS51 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
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130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWT
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CCDS51 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 MEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSRGM
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CCDS51 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFK----GV
190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KB7 RARQGQDAPPTQGTSS--DPYTD---QVFFYL-----PVGQ-GPSSPP------------
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240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 -CPTYNGLSSSEQNWANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNGQKSPSRPSSSASKKQYV
: .:: ..::::::: ..:.
CCDS51 SCRNYNK-QASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQPFDFPDDNQNSKKLAAGHELQP
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>>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa)
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Smith-Waterman score: 1020; 46.8% identity (67.2% similar) in 372 aa overlap (1-328:1-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
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70 80 90 100 110
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pF1KB7 PQVERALAAVERQMAKISVAED-GRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGW
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CCDS92 ELKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQG
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240 250 260 270
pF1KB7 MRARQGQDA---------PPTQGTSSDPYTDQVFF--YL-----PVGQG-----PSSPP-
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CCDS92 VTSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPP
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310
pF1KB7 ------------------CPTYNG---LSSSEQNWANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNG
::: : .:::::: ..:.. :: . : .
CCDS92 AADFKLLALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQ-----PPALKAYPAAST
300 310 320 330 340
320 330
pF1KB7 QKSPSRPSSSASKKQYV
.:: : .:.:
CCDS92 PAAPS-PVGSSSPPLAHEAEAGAAPLLLDGSGSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQP
350 360 370 380 390 400
>>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa)
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Smith-Waterman score: 935; 45.8% identity (71.9% similar) in 334 aa overlap (1-324:1-325)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
::::.:: ..:..:..:::::::.:::::::::.:.:: :.:: :::::.::.:.: :::
CCDS92 MGDWSFLGNFLEEVHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQPG
10 20 30 40 50 60
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: :::::::::::::::::::..:::::.:::.::... : .:. . .:.: :: ..
CCDS92 CQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTVRMQEKRKLREAE-RAKEVRG
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pF1KB7 P-QVERALAAVERQMAKISVAEDG--RLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY
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CCDS92 SGSYEYPVA----EKAELSCWEEGNGRIALQGTLLNTYVCSILIRTTMEVGFIVGQYFIY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 GWTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCL-
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CCDS92 GIFLTTLHVCRRSPCPHPVNCYVSRPTEKNVFIVFMLAVAALSLLLSLAELYHLGWKKIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SRGMRARQG----QDAPPTQGT--SSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQN
.: .. :: : . :. : : : : : . .::.. ... .:.::
CCDS92 QRFVKPRQHMAKCQLSGPSVGIVQSCTPPPD---FNQCLENGPGGKFFNPFSNNMASQQN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB7 WANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNGQKSPSRPSSSASKKQYV
::.::. .. . : . ::: : :.
CCDS92 TDNLVTEQVRGQEQTPGEGFIQVRYGQK-PEVPNGVSPGHRLPHGYHSDKRRLSKASSKA
300 310 320 330 340 350
CCDS92 RSDDLSV
>>CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 (515 aa)
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSR--REERLRQKEGELRA-LP
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CCDS43 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMK-AQLRVELE
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pF1KB7 AKDPQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY
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pF1KB7 GWTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLS
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CCDS43 GFHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIK
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pF1KB7 RGMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTE
::.
CCDS43 RGLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPS
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>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::::.:: ..:..:.:::::.:..:::::::::::::: :.: ::::::::: ::: :::
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: :::::.:::::::: ::::..:::::.:.:.::... : ::. ...:.: . :
CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYVRMEEKRKSREAEELGQQAGT
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CCDS30 N------GGPDQGSVKKSSGSKGTKKFRLEGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYG
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180 190 200 210 220 230
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CCDS30 ALKRPVEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPA
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>>CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 (543 aa)
initn: 909 init1: 522 opt: 882 Z-score: 869.0 bits: 169.8 E(32554): 4.4e-42
Smith-Waterman score: 882; 41.8% identity (71.2% similar) in 337 aa overlap (1-329:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
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CCDS50 MGDWNLLGGILEEVHSHSTIVGKIWLTILFIFRMLVLRVAAEDVWDDEQSAFACNTRQPG
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pF1KB7 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQ-KEGELRALPAK
:.:.:::.::::: ::.::::..:::.:.:::.::..: : :. :: :...::: .
CCDS50 CNNICYDDAFPISLIRFWVLQIIFVSSPSLVYMGHALYRLRAFEKDRQRKKSHLRA-QME
70 80 90 100 110
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pF1KB7 DPQVE-RALAAVERQMAKISVAEDGRLR---IRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWR
.:... . ..:.. .. :. :.. ..: :. ::: .: .::::.::. ::.
CCDS50 NPDLDLEEQQRIDRELRRLE--EQKRIHKVPLKGCLLRTYVLHILTRSVLEVGFMIGQYI
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pF1KB7 LYGWTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRC
:::. :.:.. : . ::: ::::::::::::::..:: .. :::.::.::. :: :
CCDS50 LYGFQMHPLYKCTQPPCPNAVDCFVSRPTEKTIFMLFMHSIAAISLLLNILEIFHLGIRK
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pF1KB7 LSRGMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWA---
. : . ...... . .. :. . . . :: : . :....:. .
CCDS50 IMRTLYKKSSSEG--IEDETGPPFHLKKYSVAQQCMICSSLP-ERISPLQANNQQQVIRV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB7 NLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNGQKSPSRPSSSASKKQYV
:. . . . : :. :.::.:. :. .. ...
CCDS50 NVPKSKTMWQIPQPRQLEVDPSNGKKDWSEKDQHSGQLHVHSPCPWAGSAGNQHLGQQSD
300 310 320 330 340 350
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360 370 380 390 400 410
>>CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 (226 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
::: :. .: :..::: .:::::::::::::.:: .:.. ::::::.:: ::: :::
CCDS92 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQ-KEGELRALPAK
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CCDS92 CKNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAY--RRHEKKRKFIKGEIKS-EFK
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 DPQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY-G
: . .. : ..::.:.: ::..:.. . ..::.:.: . .: :
CCDS92 D------IEEIKTQ----------KVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDG
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180 190 200 210 220 230
pF1KB7 WTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCR-CLS
..:. . :. ::: ::::::::::::.: .::..:. : ..::. :: .:: : : .
CCDS92 FSMQRLVKCNAWPCPNTVDCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RGMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTE
.. .
CCDS92 KSKKPV
>>CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 740 init1: 477 opt: 477 Z-score: 476.6 bits: 96.2 E(32554): 3.1e-20
Smith-Waterman score: 677; 40.0% identity (64.5% similar) in 290 aa overlap (3-290:2-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
:: :. ::. :...::. :.:::.:.:.::.:. .:.: ::::::.::.::: :::
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pF1KB7 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
:::::::. ::::.:: :.::..::. :.:. . :: : .::.: :::.:.
CCDS38 CTNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGD--------
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pF1KB7 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY-GW
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CCDS38 ------------QCAKLY---DNAGKKHGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGF
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pF1KB7 TMEPVFVCQR-APCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSR
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CCDS38 NMPRLVQCANVAPCPNIVDCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLR
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pF1KB7 GMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTEE
:.. . . . ....: : . : : : .: : : :..: :
CCDS38 GLHKDKPRGGCSPSSSASRASTCRCHHKL-VEAGEVDPD-PGNNKLQASAPNLTPI
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB7 RLASSRPPLFLDPPPQNGQKSPSRPSSSASKKQYV
>>CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 (261 aa)
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Smith-Waterman score: 732; 45.4% identity (70.3% similar) in 249 aa overlap (3-249:2-232)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
::: :. .. :..::: .::.:.::.::::..:: .:.. :::::: :: ::: :::
CCDS92 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
: :::::. ::.:::: :.::..:::::.:. :: : :.: . ..:: : ::
CCDS92 CKNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYY-RHETTRKFRRGEKRN-DFKD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB7 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY-GW
. ...: ..::.:.: ::..:.. . ..::.:.: . :: :.
CCDS92 ------IEDIKKQ----------KVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGY
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 TMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCR-CLSR
. :. : ::: :::::.:::::::.: :::. ...: ..::. :: .:: . :. :
CCDS92 HLPWVLKCGIDPCPNLVDCFISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
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. ::. .. :
CCDS92 SKRAQTQKNHPNHALKESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
230 240 250 260
333 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 05:12:34 2016 done: Fri Nov 4 05:12:35 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]