FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7166, 396 aa
1>>>pF1KB7166 396 - 396 aa - 396 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6148+/-0.000793; mu= 16.8151+/- 0.048
mean_var=86.0552+/-16.614, 0's: 0 Z-trim(109.4): 24 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.138257
statistics sampled from 10865 (10886) to 10865 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.334), width: 16
Scan time: 2.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 2689 546.0 2.3e-155
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 663 141.9 1.1e-33
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 464 102.2 9.6e-22
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 462 101.8 1.3e-21
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 449 99.1 6.6e-21
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 438 96.9 2.8e-20
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CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 432 95.9 9.2e-20
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 416 92.5 5.8e-19
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 405 90.4 3e-18
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 388 86.9 2.5e-17
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 386 86.5 3.3e-17
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 384 86.1 4.5e-17
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 377 84.6 9.7e-17
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 374 84.1 1.7e-16
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 369 83.1 3.3e-16
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 354 80.0 2.3e-15
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 343 77.9 1.2e-14
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 342 77.7 1.4e-14
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 327 74.8 1.4e-13
>>CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 (396 aa)
initn: 2689 init1: 2689 opt: 2689 Z-score: 2902.9 bits: 546.0 E(32554): 2.3e-155
Smith-Waterman score: 2689; 100.0% identity (100.0% similar) in 396 aa overlap (1-396:1-396)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPYAMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPYAMR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 WKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEMELESDKENKEQSQPKPKHDGRRRIREDGLMKIYVLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEMELESDKENKEQSQPKPKHDGRRRIREDGLMKIYVLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGVTG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLNSKRRELEDPGAYNYPFTWNTPSAPPGYNIAVKPDQIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLNSKRRELEDPGAYNYPFTWNTPSAPPGYNIAVKPDQIQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 YTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADLEALQREIRMAQERLDLAVQAYSHQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADLEALQREIRMAQERLDLAVQAYSHQN
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB7 NPHGPREKKAKVGSKAGSNKSTASSKSGDGKTSVWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NPHGPREKKAKVGSKAGSNKSTASSKSGDGKTSVWI
370 380 390
>>CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 (439 aa)
initn: 1211 init1: 631 opt: 663 Z-score: 718.3 bits: 141.9 E(32554): 1.1e-33
Smith-Waterman score: 1174; 46.5% identity (68.8% similar) in 432 aa overlap (1-386:4-431)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQ
::::::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::.:: :::.::.:::.:
CCDS15 MTNMSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKVWLTVLVVFRIVLTAVGGEAIYSDEQAKFTCNTRQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PGCENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPY
:::.::::::::::::::::::::....::::::::::.:..:. . : ..: : .:
CCDS15 PGCDNVCYDAFAPLSHVRFWVFQIVVISTPSVMYLGYAVHRLARASEQER-RRALRRRPG
70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KB7 AMRWKQ------HRALEETEEDNEEDPMM-YPEMELESDK--------------------
: . : . : . .::.::. : : : .
CCDS15 PRRAPRAHLPPPHAGWPEPADLGEEEPMLGLGEEEEEEETGAAEGAGEEAEEAGAEEACT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 -----ENKEQSQPKP--KHDGRRRIREDGLMKIYVLQLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQV
..: . : : .:::::::...:::..:: ::.::..:::.::.:::.::::.:
CCDS15 KAVGADGKAAGTPGPTGQHDGRRRIQREGLMRVYVAQLVARAAFEVAFLVGQYLLYGFEV
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 HPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGVTGLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLN
.::. ::: :::: .:::.:::::::.:::.:: :. ::::::. :: :::.:. .:..
CCDS15 RPFFPCSRQPCPHVVDCFVSRPTEKTVFLLVMYVVSCLCLLLNLCEMAHLGLGSAQDAVR
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB7 SKRRELED-PGAYNYPFTWNTPSA------PPGYNIAVKPDQ---IQYTELSNAKIAYKQ
..: . :. : :.: :: :...:. . . .:.: . .
CCDS15 GRRGPPASAPAPAPRPPPCAFPAAAAGLACPPDYSLVVRAAERARAHDQNLANLALQALR
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 NKANTAQEQQYGSHEENLPADLEALQREIRMAQERLDLAVQAYS--HQNNPHGPREKKAK
. : ...... .: .::: .. : :. : :..: . .:. : : .:. .
CCDS15 DGAAAGDRDRDSSPCVGLPAASRGPPRAGAPAS-RTGSATSAGTVGEQGRP-GTHERPG-
360 370 380 390 400 410
380 390
pF1KB7 VGSKAGSNKSTASSKSGDGKTSVWI
. .:::.:..:::.
CCDS15 AKPRAGSEKGSASSRDGKTTVWI
420 430
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 817 init1: 454 opt: 464 Z-score: 503.9 bits: 102.2 E(32554): 9.6e-22
Smith-Waterman score: 799; 44.6% identity (72.3% similar) in 271 aa overlap (3-272:4-243)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPG
:::: .:::...::: .:..:::::..:::.. ....: .. :::: :::::.:::
CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPYAM
::::::: :.::.:.::.:::.:.:::.::.:.:.: . .:: .:. .:
CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYV-RME----EKRKSR------
70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 RWKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEMELESDKENKEQSQPKPKHDGRRRIREDG-LMKIYV
: : .. :.. :..: : : ...: .: :.. :.
CCDS30 --------EAEELGQQAGTNGGPDQ-----GSVKKSSGSK----GTKKFRLEGTLLRTYI
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LQLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGV
... .:.:::::..:.::::::.. :.: ::: :::. .:::.:::::::::.:.: .:
CCDS30 CHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYGFRILPLYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSV
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 TGLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLNSKRRELEDPGAYNYPFTWNTPSAPPGYNIAVKPDQ
... :.::. :. :::. ::..: .: .:.:
CCDS30 ASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSAL---KRPVEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLL
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 IQYTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADLEALQREIRMAQERLDLAVQAYSH
CCDS30 EEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPAKPFNQFEEKISTGPLGDLSRGYQETLPSYAQVGAQ
270 280 290 300 310 320
>>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa)
initn: 823 init1: 443 opt: 462 Z-score: 501.7 bits: 101.8 E(32554): 1.3e-21
Smith-Waterman score: 834; 38.2% identity (64.3% similar) in 398 aa overlap (3-376:4-359)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPG
:::: ::::. ..::: .::.:::::..:::.. ....:... :::: :.:::.:::
CCDS92 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPYAM
::::::: :.::.:::..:::.:.::...:::...: :..:: .:: :
CCDS92 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLH-IVRME----EKKKER------
70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 RWKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEMELESDKENKEQSQPKPKHDGRRRIREDG-LMKIYV
:: :. ..:.: : :: :..:. . : : :.: : :.. ::
CCDS92 --------EEEEQLKRESP---------SPKE-PPQDNPSSRDD-RGRVRMAGALLRTYV
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LQLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGV
.... .:.:::::. ::::::::...:.: :.: :::. .:::::::::::::...: .:
CCDS92 FNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAV
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 TGLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLNSKRRELEDPGAYNYPFTWNTP------SAPPGYNI
. ::::. :. :::. ......:. : : . :. : : ::. :
CCDS92 ACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTSRL----GPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAI
220 230 240 250 260
300 310 320 330
pF1KB7 AVKPDQIQYTE-LSNAK----------------IAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADL
. : . . :..:. .: . ... . . :..:.. : ..
CCDS92 GFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAADFKLLALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTE-
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 EALQREIRMAQERLDLAVQAYSHQNNPHGPREKKAKVGSKAGSNKSTASSKSGDGKTSVW
: .: :: :..:: ..: .: . :::..
CCDS92 ---QNWANQAAERQPPALKAYPAASTPAAP----SPVGSSSPPLAHEAEAGAAPLLLDGS
330 340 350 360 370
pF1KB7 I
CCDS92 GSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQPPLPLGDPGRASKASRASSGRARPEDLAI
380 390 400 410 420 430
>>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa)
initn: 759 init1: 436 opt: 449 Z-score: 488.8 bits: 99.1 E(32554): 6.6e-21
Smith-Waterman score: 779; 36.0% identity (64.5% similar) in 386 aa overlap (3-379:4-354)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPG
:::: .:::.:.::: :::.:::::..::... ....:: . :::. : :.: :::
CCDS92 MGDWSFLGNFLEEVHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQPG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 CENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPYAM
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CCDS92 CQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTV-RMQEKRKLREAERAK----
70 80 90 100 110
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pF1KB7 RWKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEMELESDKENKEQSQPKPKHDGRRRIREDG-LMKIYV
: . : :. :... . ..: :: .: :.. ::
CCDS92 --------EVRGSGSYEYPVA-------------EKAELSCWEEGNGRIALQGTLLNTYV
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LQLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGV
..: ::..::::..::::.::. . ..:: : :::: ..:..::::::..:...: .:
CCDS92 CSILIRTTMEVGFIVGQYFIYGIFLTTLHVCRRSPCPHPVNCYVSRPTEKNVFIVFMLAV
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 TGLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLNSKRRELED---PGAYNYPFTWNTPSAPPGYNIAVK
..: :::.. :. :::. ::. . . :... : :: :: .: ..
CCDS92 AALSLLLSLAELYHLGWKKIRQRFVKPRQHMAKCQLSGPSVGIVQSCTP--PPDFNQCLE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 --PDQIQYTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADLEALQREIRMAQERLDLAV
: .. .:: ..: .:: : . :: : .:. :.. ..:..: . ..
CCDS92 NGPGGKFFNPFSN-NMASQQNTDNLVTEQVRG--QEQTPGEGFI---QVRYGQ-KPEVPN
280 290 300 310 320
360 370 380 390
pF1KB7 QAYSHQNNPHG---PREKKAKVGSKAGSNKSTASSKSGDGKTSVWI
. . ::: ... .:..::: :.
CCDS92 GVSPGHRLPHGYHSDKRRLSKASSKARSDDLSV
330 340 350
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 796 init1: 433 opt: 438 Z-score: 477.4 bits: 96.9 E(32554): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 751; 38.0% identity (66.5% similar) in 334 aa overlap (3-334:4-310)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPG
:.:: .::.....::: :::::::::..:::.. ...:::.. :::: : ::: :::
CCDS30 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADKKAARSKPYAM
: ::::: :.::.:.::.:...:.::...:::..:. ... :. .:..
CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIY-LSRREERLRQKEG--------
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 RWKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEMELESDKENKEQSQPKPKHDGRRRIREDGLMKIYVL
. ::: : :..: ...... . .::: ::: .:: ::
CCDS30 ---ELRAL----------PAKDPQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIR-GALMGTYVA
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 QLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKIDCFISRPTEKTIFLLIMYGVT
..: ..:.:.::: ::. :::. ..: .::.: :::. .:::.:::::::::...: :
CCDS30 SVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVG
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 GLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSLNSKRRELEDP--GAYNYPFTWNTPSAPPGYNIAVKPD
. :.::. :..:: . .. ... . : :. . :.: .. : . .:
CCDS30 LISLVLNLLELVHLLCRCLSRGMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPP
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 QIQYTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADLEALQREIRMAQERLDLAVQAYS
:. ::... :: :: . :.. .: . : :
CCDS30 CPTYNGLSSSE----QNWANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNGQKPPSRPSSSASKKQYV
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390
pF1KB7 HQNNPHGPREKKAKVGSKAGSNKSTASSKSGDGKTSVWI
>>CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 (543 aa)
initn: 800 init1: 416 opt: 438 Z-score: 474.5 bits: 97.1 E(32554): 4.2e-20
Smith-Waterman score: 807; 36.8% identity (66.1% similar) in 389 aa overlap (3-385:4-357)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQPG
:..: .:::.:.:::.:::::::.:..::... :..:... :::: :.:::.:::
CCDS50 MGDWNLLGGILEEVHSHSTIVGKIWLTILFIFRMLVLRVAAEDVWDDEQSAFACNTRQPG
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CCDS50 WEQSQDPEPSGEPLTDLHSHCRDSEGSMRESGVWIDRSRPGSRKASFLSRLLSEKRHLHS
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CCDS10 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV
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CCDS51 --KKEEELKVAQTDGVNVDMHLKQIEIKKFKYGIEE------H-GKVKMR-GGLLRTYII
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CCDS51 SILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFSLSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVS
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