Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7177
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7177, 482 aa
1>>>pF1KB7177 482 - 482 aa - 482 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8532+/-0.000919; mu= 8.2814+/- 0.056
mean_var=177.5586+/-35.248, 0's: 0 Z-trim(111.7): 46 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.096251
statistics sampled from 12524 (12567) to 12524 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.711), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 2.170
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9974.2 RCOR1 gene_id:23186|Hs108|chr14 ( 485) 3141 448.3 8.5e-126
CCDS8052.1 RCOR2 gene_id:283248|Hs108|chr11 ( 523) 1458 214.6 2e-55
CCDS44313.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 ( 436) 987 149.2 8.6e-36
CCDS44314.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 ( 449) 987 149.2 8.7e-36
CCDS44312.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 ( 553) 987 149.2 1e-35
CCDS31016.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 ( 495) 909 138.4 1.7e-32
>>CCDS9974.2 RCOR1 gene_id:23186|Hs108|chr14 (485 aa)
initn: 3141 init1: 3141 opt: 3141 Z-score: 2372.0 bits: 448.3 E(32554): 8.5e-126
Smith-Waterman score: 3141; 100.0% identity (100.0% similar) in 482 aa overlap (1-482:4-485)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVEKGPEVSGKRRGRNNAAASASAAAASAAASAACASPAATAASGAAASSASAAAAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 MPAMVEKGPEVSGKRRGRNNAAASASAAAASAAASAACASPAATAASGAAASSASAAAAS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 AAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSSSNSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 AAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSSSNSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIAIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 AKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIAIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 SLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 TKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVPQVKKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 TKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVPQVKKEK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 HSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 HSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 ALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQV
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 KNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVR
430 440 450 460 470 480
480
pF1KB7 YASAS
:::::
CCDS99 YASAS
>>CCDS8052.1 RCOR2 gene_id:283248|Hs108|chr11 (523 aa)
initn: 1309 init1: 726 opt: 1458 Z-score: 1108.5 bits: 214.6 E(32554): 2e-55
Smith-Waterman score: 1458; 54.3% identity (76.8% similar) in 435 aa overlap (57-476:3-425)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 ASAAASAACASPAATAASGAAASSASAAAASAAAAPNNGQ---NKSLAAAAPNGNSSSNS
:. :. :. ..: : ..:::.
CCDS80 MPSVMEKPSAGSGILSRSRAKTVPNGG-----
10 20
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 WEEGSSGSSSDEEHGGGGM-RVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLS
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CCDS80 -QPHSEDDSSEEEHSHDSMIRVGTNYQAVIPECKPESPARYSN-KELKGMLVWSPNHCVS
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 EAKLDEYIAIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQ
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CCDS80 DAKLDKYIAMAKEKHGYNIEQALGMLLWHKHDVEKSLADLANFTPFPDEWTVEDKVLFEQ
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 AFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQK-REREESEDEL
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CCDS80 AFGFHGKCFQRIQQMLPDKLIPSLVKYYYSWKKTRSRTSVMDRQARRLGGRKDKEDSDEL
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310
pF1KB7 EEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVP--PTETVPQV-KKEKHSTQAKN---RAKRKPPKGMF
::. :. . : : ... .: : .. : ::: . .: .. :..:.:::::.
CCDS80 EEGRGGVS-EGEPDPADPKREPLPSRPLNARPGPGKKEVQVSQYRHHPLRTRRRPPKGMY
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 LSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEV
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CCDS80 LSPEGLTAVSGSPDLANLTLRGLDSQLISLKRQVQSMKQTNSSLRQALEGGIDPLRPPEA
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 IQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQ
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CCDS80 NTKFNSRWTTDEQLLAVQAIRRYGKDFGAIAEVIGNKTLTQVKTFFVSYRRRFNLEEVLQ
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480
pF1KB7 EWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMP----EEEDEAPVLDVRYASAS
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CCDS80 EWEAE----QDGAPGAPVPMEEARRGAPLPAPALEEDDEVQITSVSTSVPRSVPPAPPPP
390 400 410 420 430 440
CCDS80 PPPTSLSQPPPLLRPPLPTAPTLLRQPPPLQQGRFLQPRLAPNQPPPPLIRPALAAPRHS
450 460 470 480 490 500
>>CCDS44313.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 (436 aa)
initn: 1365 init1: 768 opt: 987 Z-score: 756.1 bits: 149.2 E(32554): 8.6e-36
Smith-Waterman score: 1376; 61.6% identity (81.9% similar) in 349 aa overlap (64-399:19-364)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 ACASPAATAASGAAASSASAAAASAAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSSSNS---WEEGSSG
::. :: :... .: ::.:. . : ::
CCDS44 MPGMMEKGPELLGKNRSANGSAKSPAGGGGSGASSTNGGLHYSEPESG
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 SSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYI
:::.:: : :::: .::: .:.:::. : . ..:: ::::::: ... .:::::::
CCDS44 CSSDDEHDVG-MRVGAEYQARIPEFDPG--ATKYTDKDNGGMLVWSPYHSIPDAKLDEYI
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 AIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKT
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS44 AIAKEKHGYNVEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKS
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260
pF1KB7 FHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARK--QKREREESEDELEEANGNN
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CCDS44 FHRIQQMLPDKTIASLVKYYYSWKKTRSRTSLMDRQARKLANRHNQGDSDDDVEETHPMD
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 PIDIEVDQNKESKKE---VPPTET--VPQVKKEKHSTQAKNRAKR---KPPKGMFLSQED
: . : .::.::: :..: . ..: .: : .....: .:::::.:.:::
CCDS44 GNDSDYDPKKEAKKEGNTEQPVQTSKIGLGRREYQSLQHRHHSQRSKCRPPKGMYLTQED
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 VEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCN
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CCDS44 VVAVSCSPNAANTILRQLDMELISLKRQVQNAKQVNSALKQKMEGGIEEFKPPESNQKIN
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 ARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAE
:::::::::::::. :
CCDS44 ARWTTEEQLLAVQGTDPTGSSDTGSITSCPIIHSNTNSPYCHSEPASTTSSSNTACCPGS
350 360 370 380 390 400
>>CCDS44314.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 (449 aa)
initn: 1676 init1: 768 opt: 987 Z-score: 755.9 bits: 149.2 E(32554): 8.7e-36
Smith-Waterman score: 1689; 62.3% identity (82.8% similar) in 424 aa overlap (64-470:19-439)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 ACASPAATAASGAAASSASAAAASAAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSSSNS---WEEGSSG
::. :: :... .: ::.:. . : ::
CCDS44 MPGMMEKGPELLGKNRSANGSAKSPAGGGGSGASSTNGGLHYSEPESG
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 SSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYI
:::.:: : :::: .::: .:.:::. : . ..:: ::::::: ... .:::::::
CCDS44 CSSDDEHDVG-MRVGAEYQARIPEFDPG--ATKYTDKDNGGMLVWSPYHSIPDAKLDEYI
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 AIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKT
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS44 AIAKEKHGYNVEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKS
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260
pF1KB7 FHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARK--QKREREESEDELEEANGNN
:::::::::::.::::::.::::::::..::.:::.::: ..... .:.:..::.. .
CCDS44 FHRIQQMLPDKTIASLVKYYYSWKKTRSRTSLMDRQARKLANRHNQGDSDDDVEETHPMD
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 PIDIEVDQNKESKKE---VPPTET--VPQVKKEKHSTQAKNRAKR---KPPKGMFLSQED
: . : .::.::: :..: . ..: .: : .....: .:::::.:.:::
CCDS44 GNDSDYDPKKEAKKEGNTEQPVQTSKIGLGRREYQSLQHRHHSQRSKCRPPKGMYLTQED
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 VEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCN
: ::: . .::.:.::::::::.:.:::.:: ::.:::::.:..:::: .. :: :: :
CCDS44 VVAVSCSPNAANTILRQLDMELISLKRQVQNAKQVNSALKQKMEGGIEEFKPPESNQKIN
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 ARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAE
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CCDS44 ARWTTEEQLLAVQGVRKYGKDFQAIADVIGNKTVGQVKNFFVNYRRRFNLEEVLQEWEAE
350 360 370 380 390 400
450 460 470 480
pF1KB7 HGKEETNGPSNQ--KPVKSPDN--SIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS
.: . .:: .. . .:: .: : : .::.:
CCDS44 QGTQASNGDASTLGEETKSASNVPSGKSTDEEEEVCLCMEFELI
410 420 430 440
>>CCDS44312.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 (553 aa)
initn: 1678 init1: 768 opt: 987 Z-score: 754.7 bits: 149.2 E(32554): 1e-35
Smith-Waterman score: 1694; 62.4% identity (82.8% similar) in 425 aa overlap (64-471:19-440)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 ACASPAATAASGAAASSASAAAASAAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSSSNS---WEEGSSG
::. :: :... .: ::.:. . : ::
CCDS44 MPGMMEKGPELLGKNRSANGSAKSPAGGGGSGASSTNGGLHYSEPESG
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 SSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYI
:::.:: : :::: .::: .:.:::. : . ..:: ::::::: ... .:::::::
CCDS44 CSSDDEHDVG-MRVGAEYQARIPEFDPG--ATKYTDKDNGGMLVWSPYHSIPDAKLDEYI
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 AIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKT
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS44 AIAKEKHGYNVEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKS
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260
pF1KB7 FHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARK--QKREREESEDELEEANGNN
:::::::::::.::::::.::::::::..::.:::.::: ..... .:.:..::.. .
CCDS44 FHRIQQMLPDKTIASLVKYYYSWKKTRSRTSLMDRQARKLANRHNQGDSDDDVEETHPMD
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 PIDIEVDQNKESKKE---VPPTET--VPQVKKEKHSTQAKNRAKR---KPPKGMFLSQED
: . : .::.::: :..: . ..: .: : .....: .:::::.:.:::
CCDS44 GNDSDYDPKKEAKKEGNTEQPVQTSKIGLGRREYQSLQHRHHSQRSKCRPPKGMYLTQED
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 VEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCN
: ::: . .::.:.::::::::.:.:::.:: ::.:::::.:..:::: .. :: :: :
CCDS44 VVAVSCSPNAANTILRQLDMELISLKRQVQNAKQVNSALKQKMEGGIEEFKPPESNQKIN
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 ARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAE
:::::::::::::..::::.:::::.::::::.: ::::::::::::::..:::::::::
CCDS44 ARWTTEEQLLAVQGVRKYGKDFQAIADVIGNKTVGQVKNFFVNYRRRFNLEEVLQEWEAE
350 360 370 380 390 400
450 460 470 480
pF1KB7 HGKEETNGPSNQ--KPVKSPDN--SIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS
.: . .:: .. . .:: .: : : .::.::
CCDS44 QGTQASNGDASTLGEETKSASNVPSGKSTDEEEEAQTPQAPRTLGPSPPAPSSTPTPTAP
410 420 430 440 450 460
CCDS44 IATLNQPPPLLRPTLPAAPALHRQPPPLQQQARFIQPRPTLNQPPPPLIRPANSMPPRLN
470 480 490 500 510 520
>>CCDS31016.1 RCOR3 gene_id:55758|Hs108|chr1 (495 aa)
initn: 1569 init1: 759 opt: 909 Z-score: 696.8 bits: 138.4 E(32554): 1.7e-32
Smith-Waterman score: 1616; 64.3% identity (84.6% similar) in 384 aa overlap (102-471:1-382)
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 AAAPNGNSSSNSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLG
:::: .::: .:.:::. : . ..:: :
CCDS31 MRVGAEYQARIPEFDPG--ATKYTDKDNGG
10 20
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 MLVWSPNQNLSEAKLDEYIAIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDE
:::::: ... .:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MLVWSPYHSIPDAKLDEYIAIAKEKHGYNVEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDE
30 40 50 60 70 80
200 210 220 230 240
pF1KB7 WTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARK--
::::::::::::::::::.:::::::::::.::::::.::::::::..::.:::.:::
CCDS31 WTVEDKVLFEQAFSFHGKSFHRIQQMLPDKTIASLVKYYYSWKKTRSRTSLMDRQARKLA
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 QKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKE---VPPTET--VPQVKKEKHSTQAKN
..... .:.:..::.. . : . : .::.::: :..: . ..: .: : ..
CCDS31 NRHNQGDSDDDVEETHPMDGNDSDYDPKKEAKKEGNTEQPVQTSKIGLGRREYQSLQHRH
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 RAKR---KPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKE
...: .:::::.:.:::: ::: . .::.:.::::::::.:.:::.:: ::.:::::.
CCDS31 HSQRSKCRPPKGMYLTQEDVVAVSCSPNAANTILRQLDMELISLKRQVQNAKQVNSALKQ
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 KLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFF
:..:::: .. :: :: ::::::::::::::..::::.:::::.::::::.: ::::::
CCDS31 KMEGGIEEFKPPESNQKINARWTTEEQLLAVQGVRKYGKDFQAIADVIGNKTVGQVKNFF
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470
pF1KB7 VNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPSNQ--KPVKSPDN--SIKMPEEEDEAPVLDVR
::::::::..:::::::::.: . .:: .. . .:: .: : : .::.::
CCDS31 VNYRRRFNLEEVLQEWEAEQGTQASNGDASTLGEETKSASNVPSGKSTDEEEEAQTPQAP
330 340 350 360 370 380
480
pF1KB7 YASAS
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