FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7179, 479 aa 1>>>pF1KB7179 479 - 479 aa - 479 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5968+/-0.00109; mu= 16.1216+/- 0.065 mean_var=68.5472+/-14.111, 0's: 0 Z-trim(102.6): 79 B-trim: 37 in 1/49 Lambda= 0.154910 statistics sampled from 6932 (7011) to 6932 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16 Scan time: 2.670 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 3225 730.3 1.1e-210 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 1560 358.2 1.1e-98 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 1137 263.6 3.3e-70 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 1070 248.7 1.1e-65 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 1051 244.4 2.2e-64 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1020 237.5 2.5e-62 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1020 237.5 2.5e-62 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 999 232.8 7.9e-61 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 988 230.3 3.4e-60 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 971 226.5 4.6e-59 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 971 226.6 5.2e-59 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 964 225.0 1.5e-58 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 949 221.6 1.5e-57 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 936 218.7 1.1e-56 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 895 209.6 6.6e-54 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 884 207.1 3.3e-53 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 835 196.1 6.8e-50 CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 749 176.9 3.6e-44 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 730 172.7 7.6e-43 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 730 172.7 7.9e-43 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 623 148.8 1.3e-35 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 585 140.3 4.2e-33 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 585 140.3 4.4e-33 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 570 136.9 4.3e-32 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 563 135.3 9.5e-32 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 509 123.3 5.4e-28 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 507 122.9 8.4e-28 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 501 121.5 1.8e-27 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 501 121.5 1.9e-27 CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 463 113.0 7.3e-25 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 426 104.7 2.2e-22 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 416 102.5 1.1e-21 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 409 101.0 3.3e-21 CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 338 84.9 7.1e-17 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 339 85.3 1.6e-16 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 336 84.6 2.7e-16 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 334 84.2 3.4e-16 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 318 80.6 4e-15 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 318 80.6 4e-15 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 313 79.5 8.4e-15 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 310 78.8 1.5e-14 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 307 78.1 2.1e-14 CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 305 77.7 3.2e-14 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 302 77.0 4.3e-14 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 302 77.0 4.6e-14 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 302 77.0 4.6e-14 CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 298 76.0 4.8e-14 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 300 76.6 7e-14 CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 301 76.9 7.2e-14 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 296 75.7 1.1e-13 >>CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 (479 aa) initn: 3225 init1: 3225 opt: 3225 Z-score: 3896.0 bits: 730.3 E(32554): 1.1e-210 Smith-Waterman score: 3225; 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CCDS61 KGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN ....:. ..:: :::. . ::.:.::.: : :: .:::....:.:.: .:.::::::: CCDS61 VAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLYN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN .: . . .:...:.:.:.::: ::: :::: .:.:.::::.:.:.: ::::::. CCDS61 NAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDKA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI ..:.. .. :..:: :. :::. . :. :.:.:: : : :.:... ..: :: CCDS61 EIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFYT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG .::.:::..::::. : ::::. ::::.: ...::..::: :...: .:. : :::.: CCDS61 INLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLVG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS .: . :: ..: : ..:..:.:::. .. .:.:...:.:: . .::.. . :. CCDS61 EYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLM----RWPLD 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGK----NPQ---- .. : . . .. : .. :.... :. .. . .:.:. . . .: CCDS61 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KB7 EAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIM-VFVMT : . . . . ....::. .:.:. :. ..:: :: :.:: :.:.:.:. :: CCDS61 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA 430 440 450 460 470 480 pF1KB7 ILIIARAD CCDS61 GLFLQPLLGNTGKS 490 >>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (502 aa) initn: 1111 init1: 490 opt: 1070 Z-score: 1292.8 bits: 248.7 E(32554): 1.1e-65 Smith-Waterman score: 1115; 37.6% identity (69.9% similar) in 489 aa overlap (12-478:9-490) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL :. .::: :.. . .:.. .::...: ..:. ::: . .. :.: . CCDS10 MRCSPGGVWLALAASLLHV--SLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYF 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY ...: :: :.::.::.::. .:... : : :: :. ..: :. ..:.:. .:.:::.:: CCDS10 SLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLY 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG :.::.. . .:::.. .: . :.: :::: .:: .:::: :.:.: ::::.:.: CCDS10 NSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGG 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY ..:. .. .:.: .: . ::.. :.:. .. : ::.:::::::::. ..::. .: CCDS10 WSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYY 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KB7 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLI .:::::::::: :: : : ::: ::::.:::.:.::..:::.:.::::::: :..:::: CCDS10 GLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLI 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 GKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCL ..:. .:: .. :...:..:.. : .. .:.:.::..:.. . : . ::. . CCDS10 AQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKV 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 SP--HHSRERDHLTKV-YSKL---PESNLK----AARNKDLSR--KKDMNKRLKNDLGC- : .:...: :..: .: . : :: . . :. : . . . . ..: CCDS10 RPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACS 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 pF1KB7 --------QGKNPQEAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRF .: .: :.. : :.: ....:::. .. . ... :::: .: :.::. CCDS10 PTHDEHLLHGGQPPEGDPDLA--KIL-EEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRL 420 430 440 450 460 470 460 470 pF1KB7 FMWIFFIMVFVMTILIIARAD . : ..... :: :. : CCDS10 CLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 480 490 500 >>CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (531 aa) initn: 1111 init1: 490 opt: 1051 Z-score: 1269.5 bits: 244.4 E(32554): 2.2e-64 Smith-Waterman score: 1096; 37.8% identity (70.0% similar) in 473 aa overlap (28-478:52-519) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLN :.. .::...: ..:. ::: . .. :. CCDS53 TASPPSTPPWDPGHIPGASVRPAPGPVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLT 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 VTLQITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDI : ....: :: :.::.::.::. .:... : : :: :. ..: :. ..:.:. .:.::: CCDS53 VYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDI 90 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 VLYNKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWT .:::.::.. . .:::.. .: . :.: :::: .:: .:::: :.:.: ::::. CCDS53 LLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWS 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 YNGNQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRS :.: ..:. .. .:.: .: . ::.. :.:. .. : ::.:::::::::. ..::. CCDS53 YGGWSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRT 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KB7 SFYIVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENV .: .:::::::::: :: : : ::: ::::.:::.:.::..:::.:.::::::: :..: CCDS53 LYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSV 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 PLIGKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGE :::..:. .:: .. :...:..:.. : .. .:.:.::..:.. . : . :: CCDS53 PLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGE 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 pF1KB7 SCLSP--HHSRERDHLTKV-YSKL---PESNLK----AARNKDLSR--KKDMNKRLKNDL . . : .:...: :..: .: . : :: . . :. : . . . . . CCDS53 DKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRM 380 390 400 410 420 430 410 420 430 440 450 pF1KB7 GC---------QGKNPQEAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVI .: .: .: :.. : :.: ....:::. .. . ... :::: .: :. CCDS53 ACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLA--KIL-EEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVV 440 450 460 470 480 490 460 470 pF1KB7 DRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD ::. . : ..... :: :. : CCDS53 DRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 500 510 520 530 >>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa) initn: 1036 init1: 871 opt: 1020 Z-score: 1232.6 bits: 237.5 E(32554): 2.5e-62 Smith-Waterman score: 1020; 42.7% identity (75.4% similar) in 321 aa overlap (32-351:36-356) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ ..::. :::::.. .::: ... . . .. CCDS53 LSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN ...::. .:: :::. . ::..:::.: : :. ..: : . .:.:.. .:.::::::: CCDS53 VSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN .: . . .:...:.: : .:: ::: :::: .:::::::: :.:.. ::::.:. CCDS53 NAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI ..:. .: .:.:. :. :: . :. :. :.:.:: : :::.:..: ..: :: CCDS53 KIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG .::.:::.:::::. : ::::. ::::.: ...::..::: :...: .:. : .:::: CCDS53 INLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS .: . :: ..: : ..:..:.:.:. .. .: :...:.:. . ::.:. CCDS53 EYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGN 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ CCDS53 AQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSS 370 380 390 400 410 420 >>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa) initn: 1135 init1: 871 opt: 1020 Z-score: 1232.4 bits: 237.5 E(32554): 2.5e-62 Smith-Waterman score: 1086; 36.3% identity (68.9% similar) in 457 aa overlap (32-471:36-491) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ ..::. :::::.. .::: ... . . .. CCDS10 LSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN ...::. .:: :::. . ::..:::.: : :. ..: : . .:.:.. .:.::::::: CCDS10 VSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN .: . . .:...:.: : .:: ::: :::: .:::::::: :.:.. ::::.:. CCDS10 NAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI ..:. .: .:.:. :. :: . :. :. :.:.:: : :::.:..: ..: :: CCDS10 KIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG .::.:::.:::::. : ::::. ::::.: ...::..::: :...: .:. : .:::: CCDS10 INLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVY----DVGE .: . :: ..: : ..:..:.:.:. .. .: :...:.:. . ::.:. . :. CCDS10 EYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNEGN 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KB7 SCLS-PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARN-KDLSRKKDMNKRLK-NDLGCQGKNPQE . : .. : ..:. .:. .. : . .: ..:.: .... . . CCDS10 AQKPRPLYGAELSNLN-CFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSS 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 pF1KB7 AESYCA---------QYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFF .:: : . : ....:::. .: .. .. ..:: :: ::::.:.:.: CCDS10 SESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFT 430 440 450 460 470 480 470 pF1KB7 IMVFVMTILIIARAD .. .. : CCDS10 LVCILGTAGLFLQPLMAREDA 490 500 >>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa) initn: 1046 init1: 857 opt: 999 Z-score: 1205.6 bits: 232.8 E(32554): 7.9e-61 Smith-Waterman score: 999; 42.4% identity (73.7% similar) in 335 aa overlap (20-351:24-358) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGK-YAQ-KLFNDLFEDYSNALRPVEDTDK :::. .. . .:. .:.. :: :.. ::: . . CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISD 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 VLNVTLQITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWR :. : . ....:. :.::.::..:. .:..: ::: : :: .:... ::::::.:.:: CCDS13 VVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWR 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 PDIVLYNKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFG :::::::.:: . . :.. : .:: . : ::: :::: .:::.::::.:.:.. :: CCDS13 PDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 SWTYNGNQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLK ::::. ..:. : . : :: :. :: . .. :. .: ::.: :::.:...... CCDS13 SWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIR 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB7 RRSSFYIVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-S : :: .::.:::.::: :. : ::::. :::..: ...::..::: :...::.:. : CCDS13 RLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTS 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 ENVPLIGKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYD .::::.: . :: ..: : ..:..:.:.: . ... .: :.: :.: . :.:.. CCDS13 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKR 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KB7 VGESCLSPHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQE CCDS13 PSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGP 370 380 390 400 410 420 >>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (479 aa) initn: 1071 init1: 752 opt: 988 Z-score: 1194.1 bits: 230.3 E(32554): 3.4e-60 Smith-Waterman score: 1037; 35.1% identity (68.9% similar) in 447 aa overlap (32-468:35-462) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 NWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTLQ ..::. :: :.. .::::... ..: .. CCDS56 KGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 ITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLYN ....:. .. ::.: : :: .:::....:.:.: .:.::::::: CCDS56 VAITQLANV---------------IWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLYN 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 KADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGN .: . . .:...:.:.:.::: ::: :::: .:.:.::::.:.:.: ::::::. CCDS56 NAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDKA 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 QVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYI ..:.. .. :..:: :. :::. . :. :.:.:: : : :.:... ..: :: CCDS56 EIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFYT 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 VNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIG .::.:::..::::. : ::::. ::::.: ...::..::: :...: .:. : :::.: CCDS56 INLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLVG 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KB7 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS .: . :: ..: : ..:..:.:::. .. .:.:...:.:: . .::.. . :. CCDS56 EYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLM----RWPLD 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 pF1KB7 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGK----NPQ---- .. : . . .. : .. :.... :. .. . .:.:. . . .: CCDS56 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB7 EAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIM-VFVMT : . . . . ....::. .:.:. :. ..:: :: :.:: :.:.:.:. :: CCDS56 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 ILIIARAD CCDS56 GLFLQPLLGNTGKS 470 >>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (457 aa) initn: 1046 init1: 586 opt: 971 Z-score: 1173.9 bits: 226.5 E(32554): 4.6e-59 Smith-Waterman score: 1045; 37.1% identity (69.1% similar) in 453 aa overlap (29-476:22-447) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL .. .: ::.:::...::::: .:..::. CCDS22 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY . : :. ..:: :::.:. . ..: : : : :. :.: :. .:.:::. .::::.::: CCDS22 GLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLY 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG :.:: . . :.:.:.: : ::: ::: :: : . ::.::::.:.:.. .:.:::.: CCDS22 NNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDG 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KB7 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSE-PYPDVTFTLLLKRRSSF . : : :. :::.:.:. :: .. . :. ..:.:: . :: :.:. ....: . 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