Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7186
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7186, 437 aa
1>>>pF1KB7186 437 - 437 aa - 437 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7049+/-0.000762; mu= 12.5170+/- 0.046
mean_var=119.7131+/-24.374, 0's: 0 Z-trim(113.1): 11 B-trim: 601 in 2/51
Lambda= 0.117220
statistics sampled from 13749 (13758) to 13749 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.769), E-opt: 0.2 (0.423), width: 16
Scan time: 3.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13259.1 SPAG4 gene_id:6676|Hs108|chr20 ( 437) 2951 509.7 2.3e-144
CCDS13209.1 SUN5 gene_id:140732|Hs108|chr20 ( 379) 770 140.8 2.3e-33
CCDS13978.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 ( 717) 543 102.6 1.3e-21
CCDS56231.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 ( 738) 543 102.6 1.4e-21
CCDS64647.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7 ( 345) 533 100.7 2.4e-21
CCDS34636.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7 ( 357) 533 100.7 2.5e-21
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CCDS43533.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 ( 702) 490 93.6 6.6e-19
CCDS47525.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 ( 785) 490 93.7 7.2e-19
>>CCDS13259.1 SPAG4 gene_id:6676|Hs108|chr20 (437 aa)
initn: 2951 init1: 2951 opt: 2951 Z-score: 2705.1 bits: 509.7 E(32554): 2.3e-144
Smith-Waterman score: 2951; 100.0% identity (100.0% similar) in 437 aa overlap (1-437:1-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MRRSSRPGSASSSRKHTPNFFSENSSMSITSEDSKGLRSAEPGPGEPEGRRARGPSCGEP
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CCDS13 MRRSSRPGSASSSRKHTPNFFSENSSMSITSEDSKGLRSAEPGPGEPEGRRARGPSCGEP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ALSAGVPGGTTWAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTL
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CCDS13 ALSAGVPGGTTWAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DLRQEMPPPRVFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTAVSLLSLFLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLRQEMPPPRVFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTAVSLLSLFLSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 FWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKEVSTVRAANSER
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CCDS13 FWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKEVSTVRAANSER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTV
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CCDS13 VAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LQVYDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQVYDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 HGVRTSEGAEGSAQGPH
:::::::::::::::::
CCDS13 HGVRTSEGAEGSAQGPH
430
>>CCDS13209.1 SUN5 gene_id:140732|Hs108|chr20 (379 aa)
initn: 657 init1: 479 opt: 770 Z-score: 712.6 bits: 140.8 E(32554): 2.3e-33
Smith-Waterman score: 770; 37.1% identity (64.9% similar) in 385 aa overlap (63-437:7-375)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 DSKGLRSAEPGPGEPEGRRARGPSCGEPALSAGVPGGTTWAGSSQQKPAPRSHNWQTACG
: : ::. . ..: :: . :
CCDS13 MPRSSRSPGDPGALL--EDVAHNPRPRRIAQR---G
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLDLRQEMPPPRVFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGD
: : .: : :: .... : ::. . : . . . . .: . : . : .
CCDS13 RNTSR--MAEDT-SPNMNDNIL--LPVRNNDQALGLTQCMLGCVSWFTCFACSLRTQAQQ
40 50 60 70 80
160 170 180 190 200
pF1KB7 VLVSMYRE--VCSIRFLFTAVSLLSLFLSAFWLGLLYLVSPLE-------NEPKEMLTLS
:: . : .:. . :.. :: : .::. ..: : .. : : . : :
CCDS13 VLFNTCRCKLLCQKLMEKTGILLLCAF--GFWMFSIHLPSKMKVWQDDSINGPLQSLRL-
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKEVSTVRAANSE-RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALS
:.:.:: .. ..:.:.. ...: ... ..: ..: ..:. ... .. :...:::.::.
CCDS13 -YQEKVRHHSGEIQDLRGSMNQLIAKLQEMEAMSDEQKMAQKIMKMIHGDYIEKPDFALK
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 SVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVV
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CCDS13 SIGASIDFEHTSVTYNHEKAHSYWNWIQLWNYAQPPDVILEPNVTPGNCWAFEGDRGQVT
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 IQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQVYDETEVSLGKFTFDVEKSE
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CCDS13 IQLAQKVYLSNLTLQHIPKTISLSGSLDTAPKDFVIYGMEGSPKEEVFLGAFQFQPENI-
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430
pF1KB7 IQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRAHGVRTSEGAEGSAQGPH
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CCDS13 IQMFPLQNQPARAFSAVKVKISSNWGNPGFTCLYRVRVHG-SVAPPREQPHQNPYPKRD
330 340 350 360 370
>>CCDS13978.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 (717 aa)
initn: 520 init1: 319 opt: 543 Z-score: 501.3 bits: 102.6 E(32554): 1.3e-21
Smith-Waterman score: 543; 39.7% identity (68.2% similar) in 214 aa overlap (212-422:500-713)
190 200 210 220 230
pF1KB7 WLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELD-KLHKE-VSTVRAANSE
::.. .. : :. :.:: : : . .
CCDS13 GGRVGLLQREEMQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVH
470 480 490 500 510 520
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPT
...: ..:: .:: . :::: : :::. . :. : ... . .: ... :
CCDS13 HIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPR
530 540 550 560 570 580
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 VILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVF
:::.: : :::::::.: :: .:..: .:.. . .::.: : .. .. .:::.:::.:
CCDS13 VILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIF
590 600 610 620 630 640
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GLQVYDETEVSL-GKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRV
:.. . : .: ::::.: . :::::.: :.. :...::.:::::..::.::
CCDS13 GFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRF
650 660 670 680 690 700
420 430
pF1KB7 RAHGVRTSEGAEGSAQGPH
:.::
CCDS13 RVHGEPAH
710
>>CCDS56231.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 (738 aa)
initn: 554 init1: 319 opt: 543 Z-score: 501.1 bits: 102.6 E(32554): 1.4e-21
Smith-Waterman score: 543; 39.7% identity (68.2% similar) in 214 aa overlap (212-422:521-734)
190 200 210 220 230
pF1KB7 WLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELD-KLHKE-VSTVRAANSE
::.. .. : :. :.:: : : . .
CCDS56 GGRVGLLQREEMQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVH
500 510 520 530 540 550
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPT
...: ..:: .:: . :::: : :::. . :. : ... . .: ... :
CCDS56 HIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPR
560 570 580 590 600 610
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 VILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVF
:::.: : :::::::.: :: .:..: .:.. . .::.: : .. .. .:::.:::.:
CCDS56 VILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIF
620 630 640 650 660 670
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GLQVYDETEVSL-GKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRV
:.. . : .: ::::.: . :::::.: :.. :...::.:::::..::.::
CCDS56 GFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRF
680 690 700 710 720 730
420 430
pF1KB7 RAHGVRTSEGAEGSAQGPH
:.::
CCDS56 RVHGEPAH
>>CCDS64647.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7 (345 aa)
initn: 535 init1: 330 opt: 533 Z-score: 496.6 bits: 100.7 E(32554): 2.4e-21
Smith-Waterman score: 533; 36.4% identity (68.6% similar) in 239 aa overlap (192-422:104-339)
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 CSIRFLFTAVSLLSLFLSAFWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQA
:::. ...: : : . ... :....
CCDS64 AEYGSRLYKYQARLRMPKEQLELLKKESQNLENNFRQILFLIEQIDVLKAL---LRDMKD
80 90 100 110 120 130
230 240 250 260 270
pF1KB7 ELDKLHKEVS---TVRAAN-SERVAKLV---FQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTS
.:. :. . :. . .:.:..:: ...: :: :. ::::.:.:::: ::
CCDS64 GMDNNHNWNTHGDPVEDPDHTEEVSNLVNYVLKKLREDQVEMADYALKSAGASIIEAGTS
140 150 160 170 180 190
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 HDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDI
..: . .. .:. ..: :. :: .::.: :.::.:::: :.::...:.: .. . .
CCDS64 ESYKNNKAKLYWHGIGFLNHEMPPDIILQPDVYPGKCWAFPGSQGHTLIKLATKIIPTAV
200 210 220 230 240 250
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 TLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQVYDE-TEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP
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CCDS64 TMEHISEKVSPSGNISSAPKEFSVYGITKKCEGEEIFLGQFIYNKTGTTVQTFELQHAVS
260 270 280 290 300 310
400 410 420 430
pF1KB7 AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRAHGVRTSEGAEGSAQGPH
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CCDS64 EYLLCVKLNIFSNWGHPKYTCLYRFRVHGTPGKHI
320 330 340
>>CCDS34636.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7 (357 aa)
initn: 511 init1: 330 opt: 533 Z-score: 496.4 bits: 100.7 E(32554): 2.5e-21
Smith-Waterman score: 533; 36.4% identity (68.6% similar) in 239 aa overlap (192-422:116-351)
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 CSIRFLFTAVSLLSLFLSAFWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQA
:::. ...: : : . ... :....
CCDS34 AEYGSRLYKYQARLRMPKEQLELLKKESQNLENNFRQILFLIEQIDVLKAL---LRDMKD
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270
pF1KB7 ELDKLHKEVS---TVRAAN-SERVAKLV---FQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTS
.:. :. . :. . .:.:..:: ...: :: :. ::::.:.:::: ::
CCDS34 GMDNNHNWNTHGDPVEDPDHTEEVSNLVNYVLKKLREDQVEMADYALKSAGASIIEAGTS
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 HDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDI
..: . .. .:. ..: :. :: .::.: :.::.:::: :.::...:.: .. . .
CCDS34 ESYKNNKAKLYWHGIGFLNHEMPPDIILQPDVYPGKCWAFPGSQGHTLIKLATKIIPTAV
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 TLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQVYDE-TEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP
:..: .: .:. .:::..:.:.:. : :. ::.: .. . .:::.::.
CCDS34 TMEHISEKVSPSGNISSAPKEFSVYGITKKCEGEEIFLGQFIYNKTGTTVQTFELQHAVS
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430
pF1KB7 AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRAHGVRTSEGAEGSAQGPH
. ::..:.::::::..::::: :.::
CCDS34 EYLLCVKLNIFSNWGHPKYTCLYRFRVHGTPGKHI
330 340 350
>>CCDS55080.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 (682 aa)
initn: 382 init1: 208 opt: 490 Z-score: 453.1 bits: 93.6 E(32554): 6.4e-19
Smith-Waterman score: 490; 30.4% identity (60.8% similar) in 332 aa overlap (102-422:354-678)
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 WAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLD-LRQEMPPPR
: : . ..: .::::.. :. :. .
CCDS55 FHQEHEVRMSHLEDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQLLPTVEHLQLELDQLK
330 340 350 360 370 380
140 150 160 170 180
pF1KB7 VFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTA-------VSLLSLFLSAFWL
: . : .. .. : :.. ::. ...::. .::. : : : .
CCDS55 SELSSWRHVKTGCETVDAVQERVDVQV-REM--VKLLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQF-V
390 400 410 420 430
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKE-VSTVRAANSERVA
. : . :.. ..: .: : .:: .: .. . . .: . :... ..
CCDS55 SKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVT---KQLPTSEAVVSAVSEAGASGITEAQARAIV
440 450 460 470 480 490
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVIL
. ... ..: . :.:: : :.:: . :. : ... . . .: ... : :..
CCDS55 NSALKLYSQDKTGMVDFALESGGGSILSTRCSETYETKTALMSLFGIPLWYFSQSPRVVI
500 510 520 530 540 550
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 EPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQ
.: ..:::::::.:.:: .:..: .. . .::.: : .. ::. .:::.::::.::.
CCDS55 QPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRLSMMIHPAAFTLEHIPKTLSPTGNISSAPKDFAVYGLE
560 570 580 590 600 610
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 V-YDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP-AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
:.: ::.::.: . .: :. . : .:: :...:.::::::..::::: :.
CCDS55 NEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQMFQALKRPDDTAFQIVELRIFSNWGHPEYTCLYRFRV
620 630 640 650 660 670
430
pF1KB7 HGVRTSEGAEGSAQGPH
::
CCDS55 HGEPVK
680
>>CCDS43533.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 (702 aa)
initn: 409 init1: 208 opt: 490 Z-score: 453.0 bits: 93.6 E(32554): 6.6e-19
Smith-Waterman score: 490; 30.4% identity (60.8% similar) in 332 aa overlap (102-422:374-698)
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 WAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLD-LRQEMPPPR
: : . ..: .::::.. :. :. .
CCDS43 FHQEHEVRMSHLEDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQLLPTVEHLQLELDQLK
350 360 370 380 390 400
140 150 160 170 180
pF1KB7 VFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTA-------VSLLSLFLSAFWL
: . : .. .. : :.. ::. ...::. .::. : : : .
CCDS43 SELSSWRHVKTGCETVDAVQERVDVQV-REM--VKLLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQF-V
410 420 430 440 450
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKE-VSTVRAANSERVA
. : . :.. ..: .: : .:: .: .. . . .: . :... ..
CCDS43 SKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVT---KQLPTSEAVVSAVSEAGASGITEAQARAIV
460 470 480 490 500 510
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVIL
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